『壹』 某個家族的全基因組鑒定與表達分析具體要做什麼實驗
要做基因家族分析。
通常在學習基因家族分析的過程中會涉及到很多細節性的問題。而在解決這些問題的過程中會逐漸提高學術嚴謹性和高標准。
關於基因家族的分析，生物大類相關方向的研究生都應該掌握，尤其研究生新生。但不能天馬行空，而是應該緊密聯系所在課題組的大方向。因為在進行基因家族分析的過程中，會涉及到很多的生物學概念、分子生物學基礎原理以及基因組相關的知識點，而在實際分析和操作過程中，可以較為深入的理解其中蘊含的分子生物學知識。同時，在學習生物信息學的過程中，多少可以初步掌握一些數據分析和繪圖製表的基礎。
『貳』 如何快速地分析基因結構和基因家族
水稻OsMKK基因家族的結構和表達分析OsMKK是水稻MAPK途徑中位於中游的一個分裂原蛋白激酶激酶基因家族,主要承載著上游信號的匯聚、逐步向下擴散傳遞的作用。它們在水稻生長發育和逆境反應中的功能目前還不很清楚。乾旱、低溫、鹽害等非生物逆境是影響水稻產量的重要因素。本文對OsMKK基因家族的結構進行了生物信息學分析,預測了其可能的生物學功能。並以秈稻品種9311為材料,在低溫、高溫、鹽害、H2O2、ABA、JA、SA下脅迫水稻幼苗。測定了水稻苗期在7種處理下生理指標的變化和OsMKK基因家族的表達模式。最後,討論了它們可能的生物學功能。主要實驗結果如下：1.OsMKK染色體定位、進化樹和基因結構分析表明,OsMKK基因家族的8成員位於4條不同染色體上,分為2大類,A、B、C、D4個亞組。第一大類有3個基因：OsMKK1、OsMKK6、OsMKK3,含有多個內含子和外顯子,其調控形式多樣。第二個大類包括5個基因：OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-1、OsMKK10-2、OsMKK10-3,僅僅含有一個外顯子。OsMKK的sub-domain和motif分析表明,該基因家族都含有11個sub-domain、ATP結合位點,磷酸化位點。除OsMKK10-1,OsMKK10-2和OsMKK10-3外,均含有S/TXXXXXS/Tmotif.2.對OsMKK基因家族5』端ATG上游1.0kb區域啟動子順式作用元件的預測,鑒定了有多個特殊的順式作用元件。如低溫響應元件、熱激響應元件、脫水響應元件、ABA響應元件、JA響應元件、防衛反應響應元件。每個基因均含多個不同的順式作用元件,可能與多個逆境反應相關。3.7種處理對水稻苗期葉片的生理指標變化結果表明,相對電導率、丙二醛和脯氨酸含量的變化趨勢比較吻合。隨脅迫時間的延長,相對電導率增大(除ABA處理外)；丙二醛含量都不同程度地增加；脯氨酸含量也呈遞增趨勢(除JA處理外)。說明水稻幼苗隨著脅迫時間的延長,其細胞受脅迫的傷害程度越大。4.OsMKK基因家族在12℃低溫、38℃高溫、250mM鹽、10mMH2O2、50μMABA,50μMJA、1mMSA脅迫下表達具有明顯的誘導特性。12℃低溫處理下,OsMKK4在0-12h表達沒有變化,在24h誘導表達；38℃高溫下,OsMKK3在3h時激活表達,隨後下降。OsMKK4、OsMKK5、OsMKK6在6h表達最強,隨後下降。其它基因的表達在6h時都略有上升；250mM鹽處理下,OsMKK3在1h瞬間誘導表達,表達量達最高值；10mMH2O2處理下,OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-2在1h內就瞬間誘導表達,表達量達最高,隨後下降；50μMABA處理下,OsMKK4、OsMKK5在1h時誘導表達；50μMJA處理下,OsMKK4誘導表達最強,隨著時間增加而增強。其次是OsMKK5,在1h瞬時表達增加,而後不再增加；1mMSA處理下,OsMKK6在6h內受到誘導表達,表達量達最高值。各種逆境對其它基因表達的影響較小。5.OsMKK在水稻莖、葉、葉鞘、幼穗的表達有一定差異。OsMKK1在莖中表達低,其他基因在4個組織中均表達。OsMKK10-2在4個組織中表達量均不高,其它基因在4個組織中均有高有低。
『叄』 對於一個基因，生物信息學分析都要分析什麼
樓主的問題問的太寬泛了。請問你是具體問題出在哪裡呢？你可以利用Biomart這個工具（www.biomart.org），找到種間的orthlogue關系以及各種類型的注釋ID直接的對應關系。你也可以用ncbi裡面的homologene資料庫去找種間的同源序列.multiple alignment可以用clust W或者mega做。系統發育樹可以用mega做。PHYLIP好像也可以。基因結構上可以做做gc含量，外顯子大小，splicing，調控序列什麼的蛋白結構預測軟體很多，不過我沒做過。ncbi有一個conserved domain 的資料庫，你可以和他比較下，分析下結構域。表達情況。。。。你可以找找相關的EST（ncbi）或者array（。。這個不記得了，在ncbi上應該有別人的數據）的表達數據。