1. 污染食品微生物的來源
食品安全是全球廣泛關注的問題，在影響中國食品安全的諸多因素中，微生物污染高居首位。根據中國衛生部通報，在我國1990~1999年間發生的食物中毒事件中，微生物食物中毒居各類食物中毒病原的首位，是威脅中國食品安全的頭號殺手。2007年報告的食物中毒事件中，微生物食物中毒的人數占總數的58.86%。
1 食品中微生物污染的特點及其危害性
食品的微生物污染通常由一些致病微生物引起，主要包括細菌、真菌和病毒3類。由於微生物具有較強的生態適應性，食品原料在種植、收獲、飼養、捕撈、加工、包裝、運輸、銷售、保存及食用等眾多環節都可能被微生物污染。同時，微生物具有易變異性，未來可能不斷有新的病原微生物威脅食品安全和人類健康。相較於其他化學污染來說，食品易受微生物污染的特點是與生俱來的，由於微生物在空氣、水、人體等環境中無所不在，這使其成為食品加工過程中無法杜絕污染的因素之一。可以說，現代食品安全管理中，微生物污染是頭等大事，食品生產者必須足夠重視，才有可能將其危害控制在安全水平之下。
1.1 細菌性污染
細菌性污染是涉及面最廣、影響最大、問題最多的一類食品污染，其引起的食物中毒在所有食物中毒中具有普遍性並極具爆發性。細菌性食物中毒全年皆可發生，具有易發性和普遍性等特點，對人類健康有較大的威脅。
引起食品污染的微生物主要有沙門氏菌、副溶血性弧菌(Bibrio parahemolyticus)、志賀菌(Shigella)、葡萄球菌等。近年來，變形菌屬、李斯特菌(Listeria)、大腸菌科、弧菌屬(Vibrio)引起的食品污染呈上升趨勢：美國1999年沙門氏菌發病1400萬例，住院16430人，死亡582人，損失達23億美元，其中96%的患者由於攝入受污染食物而被感染;1992年印度爆發霍亂弧菌(Vibrio comma)O139中毒事件，波及孟加拉、巴基斯坦等許多國家;1996年5~8月，日本爆發大腸桿菌O157中毒事件，中毒人數過萬，死亡11人;1999年在美國、2000年在法國也發生過李斯特菌中毒事件……根據美國食品和葯物管理局(FDA)統計，2000~2005年，美國共有470人因飲用生牛奶而感染埃希氏大腸桿菌，總共發生中毒事件18起，涉及16個州。我國食品的細菌性污染現象也非常普遍，其主要是由蠟樣芽孢桿菌(Bacillus cereus)、副溶血性弧菌和沙門氏菌等微生物引起的食物中毒事件。
1.2 真菌性污染
真菌在發酵食品行業的應用非常廣泛，但許多真菌也會產生真菌毒素，從而引起食品污染。尤其是20世紀60年代發現具有強致癌性的黃麴黴素以來，真菌與真菌毒素對食品的污染日益引起各方重視。真菌毒素不僅具有較強的急性毒性和慢性毒性，還具有致癌、致畸、致突變性，如黃麴黴(Aspergillus flavus)、寄生麴黴(Aspergillus parasiticus)產生的黃麴黴素，麥角菌(Claviceps purpurea)產生的麥角鹼，以及雜色麴黴(Aspergillus versicolor)、構巢麴黴(Aspergillusnilans)產生的雜色麴黴素等。真菌毒素的毒性可以分為神經毒、肝臟毒、腎臟毒、細胞毒等，如黃麴黴素具有強烈的肝臟毒，可以引起肝癌。
常見的產毒真菌主要有麴黴(Aspergillus)、青黴(Penicillium)、鐮刀菌(Fusarium)、交鏈孢霉(Alternaria)等。由於真菌生長繁殖及產生毒素需要一定的溫度與濕度，因此真菌性食物中毒往往有較為明顯的季節性和地區性。在我國北方地區食品中黃麴黴素B1污染較輕，而長江沿岸和長江以南地區則較重。有調查發現，肝癌等癌症的發病率與當地的糧食霉變現象有一定關系。
1.3 病毒性污染
與細菌、真菌不同，病毒的繁殖離不開宿主，所以病毒往往先污染動物性食品，然後通過宿主、食物等媒介進一步傳播。帶有病毒的水產品、患病動物的乳/肉製品一般是病毒性食物中毒的起源。同細菌、真菌引起的病變相比，食源性病毒引發的疾病更加難以得到有效治療，且更容易爆發流行。
常見食源性病毒主要有甲型肝炎病毒(HepatitisA)、戊型肝炎病毒(Hepatitis E)、輪狀病毒(Rotavirus)、諾瓦克病毒(Norwalk)、朊病毒(Prion)、禽流感病毒(Avian influenza)等，這些病毒曾經或仍在肆虐，造成了許多重大的疾病群發事件。1988年初，上海市區居民因食用被甲型肝炎病毒污染的毛蚶(Scapharca subcrenata)而導致甲型肝炎爆發流行，發病人數達30萬;由朊病毒引起的瘋牛病於1986年首先在英國被確認，迄今為止，全球共有100餘人死於這一病症，據估計，西歐已有50萬人被瘋牛病病毒所感染;自H5N1型高致病性禽流感病毒引起的禽流感疫情爆發以來，全球各地不乏有死亡病例報道;美國目前每年約有2300萬例諾瓦克(諾如)病毒性胃腸炎。
針對以上的微生物污染，冠宇儀器對應自主生產的儀器有菌落總數檢測儀、真菌毒素檢測儀等，可以對常見污染指標進行檢測檢控。杜絕食品中微生物污染，為食品安全出一份力。
2. 分析造成產品微生物污染的原因有哪些如何採取有效的措施加以預防和控制
原因：1、環境中引入；操作過程帶入（包括分析儀器、玻璃器皿、使用的試劑、人的手衣服等等）;
措施：在潔凈室中分析，所有操作過程無菌。。
3. 分析造成產品微生物污染的原因有哪些
從最開始的開始說，比如植物上邊的微生物可以來自空氣和土壤，經過收割微生物可以來自收割的機器，進入到工廠的途中，微生物可以來自交通運輸工具和裝載工具比如盒子什麼的，加工的時候可以來自加工的工具和加工人員，加工完成後運輸至超市，微生物可能來自運輸工具，擺放到貨架上，微生物來自貨架，空氣，任何人接觸此產品（售貨員工，客人），客人買回家放在冰箱桌之上什麼的還是會有微生物的參與。。。總之微生物無處不在，，，
4. 微生物污染是指什麼
微生物污染，是指由細菌與細菌毒素、真菌與真菌毒素和病毒造成的動物性食品的生物性污染。
常見形態為空氣的微生物污染和水的微生物污染。空氣雖然不是微生物產生和生長的自然環境，沒有細菌和其他形式的微生物生長所需要的足夠的水分和可利用的養料，但由於人們的生產和生活活動，使空氣中可存在某些微生物，包括一些病原微生物如結核桿菌、白喉桿菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等，可成為空氣傳播疾病的病原。
5. 反滲透給水預處理微生物污染有哪些原因
（1）預處理階段殺生處理不足。微生物污染發生在將殺生劑由二氧化氯更換為次氯酸鈉之後，反映出次氯酸鈉加葯量不足導致殺生不徹底。
（2）工藝流程缺陷。由於細砂過濾器和反滲透裝置是在活性炭過濾器+離子交換除鹽系統基礎上另地新增的，導致在反滲透前處理系統流程中活性炭過濾器在細砂過濾器之前。
（3）系統長時間停運助長了微生物污染。受除鹽水用量較少限制，反滲透及前處理系統經常停運24h以上，在前處理階段滅菌不徹底情況下，水流靜止狀態為水體中微生物聚集繁殖提供了更好的環境，微生物新陳代謝形成生物黏膜，生物黏膜有較強的黏性，幾乎不受水流剪切力影響，一旦形成，很難通過反洗、正洗等常規手段集中去除，長期積累形成生物黏泥。
6. 微生物實驗什麼叫微生物的污染
進行微生物實驗時，所用的微生物都是純培養的菌種。通常所說的「微生物污染」，是指在微生物實驗時，所培養的純菌種中混入了其他微生物。
微生物的種類極多。不管是進行哪一類微生物進行實驗，都可能混雜其他微生物。細菌、真菌和支原體等微生物，由於飄浮在空氣中，隨氣溶膠擴散和實驗人員操作不當等原因，極易導致微生物實驗中發生微生物污染，從而影響實驗結果的科學性、准確性。而且，高致病性的病原微生物還可能引起實驗室工作人員的感染，甚至造成社會人群的感染，嚴重危害環境安全和公眾健康。
通過嚴格控制實驗室提供的各項指標、嚴格消毒滅菌、培養過程中抑制雜菌生長、保持菌種優良，和建立完善的實驗室規章制度等措施，就能夠控制實驗室微生物污染，保障實驗室生物安全。
7. 葯品的微生物污染來源有哪些
葯品的微生物污染來源有哪些
原材料、輔料、生產過程式控制制、環境條件、操作人員、包裝材料等.艾滋病是一種危害性極大的傳染病，由感染艾滋病病毒（HIV病毒）引起。HIV是一種能攻擊人體免疫系統的病毒。它把人體免疫系統中最重要的T淋巴細胞作為主要攻擊目標，大量破壞該細胞，使人體喪失免疫功能。因此，人體易於感染各種疾病，並可發生惡性腫瘤，病死率較高。HIV在人體內的潛伏期平均為8～9年，患艾滋病以前，可以沒有任何症狀地生活和工作多年。
8. 微生物污染的來源是什麼
食品中微生物污染的途徑概括起來可分為兩大類：凡是動植物體在生活過程中，由於本身帶有的微生物而造成的食品污染，稱之內源性污染。食品原料在收獲．加工．運輸．貯藏．銷售過程中使食品發生污染稱為外源性污染。
（一）土壤
土壤中微生物的數量多達10000000一1000000000個/g．其中主要是細菌，其次是放線菌、毒菌．酵母．另外也可能有藻類和原生動物。土壤中的微生物一方面可污染水源．空氣及作為食品原料的動．植物表面或內部，同時土壤是一個開放的環境，也不斷地遭受污染．
(（二）空氣
空氣中的微生物主要來自土壤．水．人和動植物體表的脫落物和呼吸道．消化道的排泄物，空氣中的微生物主要為黴菌．放線菌的孢子和細菌的芽孢及酵母；不同環境空氣中微生物的數量和種類有很大差異；公共場所．街道、畜舍、屠宰場及通氣不良處的空氣中微生物數量較同：空氣中的塵埃越多，所含微生物的數量也就越多!室內污染嚴重的空氣微生物數量可達1000000個；海洋，高山等空氣清新的地方微生物的數量較少：一般食品廠不宜建立在鬧市區或遠離交通主幹線旁。
(三)水
海洋．江河和湖泊中的微生物習分為兩大類：一類是原本生活在水域中的微生物，如一些自養型微生物，另一類是腐生性微生物，它們是隨土壤和污水及腐敗的有機質進入水域的。微生物在水中的分布受水體類型、有機質含量．溫度．酸鹼度．含鹽量．溶解氧．深淺度等諸多因素的影響。當水體受到土壤和人畜排泄物的污染後．會便腸道菌和病原菌的數量增加、在海洋中生活的微生物主要是細菌，它們具有嗜鹽的特性，能夠引起晦產動植物的腐敗，有些菌種還可引起食物中毒。礦泉水、深井水含菌很少。
食品加工中，水不僅是微生物的污染源，也是微生物污染食品的主要途徑。如果使用了微生物污染嚴重的水作原輔料，則會埋下食品商敗變質的隱患。在原料清洗中，特別是在畜禽屠宰加工中，即使是應用潔凈自來水沖洗．如方法不當，自來水仍可能成為污染的媒介。 •
（四）人及動物攜帶
健康人體的皮膚．頭發．口腔．消化道．呼吸道均帶有許多微生物．由病原微生物引起疾病的患著體內會有大量的病原微生物，它們可通過呼吸頂和消化道向體外排出；人體接觸食品就可能造成微生物的污染．犬．貓：蟑螂、蠅等的體表及消化道也都帶有大量的微生物．接觸食品同樣會造成微生物的污染。
（五）加工機械設備
各種加工機械設備本身沒有微生物所需的營養物，當食品顆粒或汁液殘留在其表面．使微生物得以在其上生長繁殖。這種設備在使用中會通過與食品的接觸而污染食品。
（六）包裝材料
各種包裝材料，如果處理不當也會帶有微生物．一次性包裝材料比循環使用的微生物數量要少。塑料包裝材料，由於帶有電荷會吸附灰塵及微生物。
（七）原料及輔料
健康的動、植物原料表面及內部不可趲免地帶有一定數量的微生物，如果在加工過程中處理不當。容易使食品變質，有些來自動物原料的食品還有引起疫病傳播的可能。
輔料如各種佐料．澱粉．麵粉．糖等，通常僅占食品總量的一小部分，但往往帶有大量微生物。調料中含菌可高達10的8/g。佐料，澱粉．麵粉．糖中都含有耐熱菌；原輔料中的微生物一是來自於生活在原輔糾體表與體內的微生物，二是在原輔料的生長．收獲、運輸．貯藏．處理過程中的二次污染。
9. 微生物對食品的污染途徑有哪些
污染食品的微生物來源及其途徑
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一方面微生物在自然界中分布十分廣泛，不同的環境中存在的微生物類型和數量不盡相同，另一方麵食品從原料、生產、加工、貯藏、運輸、銷售到烹調等各個環節，常常與環境發生各種方式的接觸，進而導致微生物的污染。污染食品的微生物來源可分為土壤、空氣、水、操作人員、動植物、加工設備、包裝材料等方面。
1.1 污染食品的微生物來源
1.1.1 土壤
土壤中含有大量的可被微生物利用的碳源和氮源，還含有大量的硫、磷、鉀、鈣、鎂等無機元素及硼、鉬、鋅、錳等微量元素，加之土壤具有一定的保水性、通氣性及適宜的酸鹼度
（pH3.5~10.5），土壤溫度變化范圍通常在10～30℃之間，而且表面土壤的覆蓋有保護微生物免遭太陽紫外線的危害。
可見，土壤為微生物的生長繁殖提供了有利的營養條件和環境條件。因此，土壤素有「微生物的天然培養基」和「微生物大本營」之稱。
土壤中的微生物數量可達107～109個/g。土壤中的微生物種類十分龐雜，其中細菌佔有比例最大，可達70%～80%，放線菌佔5%～30%，其次是真菌、藻類和原生動物。不同土壤中微生物的種類和數量有很大差異，在地面下3～25cm是微生物最活躍的場所，肥沃的土壤中微生物的數量和種類較多，果園土壤中酵母的數量較多。土壤中的微生物除了自身發展外，分布在空氣、水和人及動植物體的微生物也會不斷進入土壤中。許多病原微生物就是隨著動植物殘體以及人和動物的排泄物進入土壤的。因此，土壤中的微生物既有非病原的，也有病原的。通常無芽孢菌在土壤中生存的時間較短，而有芽孢菌在土壤中生存時間較長。例如沙門氏菌只能生存數天至數周，炭疽芽孢桿菌卻能生存數年或更長時間。同時土壤中還存在著能夠長期生活的土源性病原菌。黴菌及放線菌的孢子在土壤中也能生存較長時間。
1.1.2 空氣
空氣中不具備微生物生長繁殖所需的營養物質和充足的水分條件，加之室外經常接受來自日光的紫外線照射，所以空氣不是微生物生長繁殖的場所。然而空氣中也確實含有一定數量的微生物，這些微生物是隨風飄揚而懸浮在大氣中或附著在飛揚起來的塵埃或液滴上。這些微生物可來自土壤、水、人和動植物體表的脫落物和呼吸道、消化道的排泄物。
空氣中的微生物主要為黴菌、放線菌的孢子和細菌的芽孢及酵母。不同環境空氣中微生物的數量和種類有很大差異。公共場所、街道、畜舍、屠宰場及通氣不良處的空氣中微生物的數量較高。空氣中的塵埃越多，所含微生物的數量也就越多。室內污染嚴重的空氣微生物數量可達106個/m3，海洋、高山、鄉村、森林等空氣清新的地方微生物的數量較少。空氣中可能會出現一些病原微生物、它們直接來自人或動物呼吸道、皮膚乾燥脫落物及排泄物或間接來自土壤，如結核桿菌、金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、流感嗜血桿菌和病毒等。患病者口腔噴出的飛沫小滴含有1~2萬個細菌。
1.1.3 水
自然界中的江、河、湖、海等各種淡水與鹹水水域中都生存著相應的微生物。由於不同水域中的有機物和無機物種類和含量、溫度、酸鹼度、含鹽量、含氧量及不同深度光照度等的差異，因而各種水域中的微生物種類和數量呈明顯差異。通常水中微生物的數量主要取決於水中有機物質的含量，有機物質含量越多，其中微生物的數量也就越大。
淡水域中的微生物可分為兩大類型：一類是清水型水生微生物，這類微生物習慣於在潔凈的湖泊和水庫中生活，以自養型微生物為主，可被看作是水體環境中的土居微生物，如硫細菌、鐵細菌、衣細菌及含有光合色素的藍細菌、綠硫細菌和紫細菌等。也有部分腐生性細菌，如色桿菌屬（Chromobacterium），無色桿菌屬（Achromobacter）和微球菌屬（Micrococcus）的一些種就能在低含量營養物的清水中生長。黴菌中也有一些水生性種類，如水霉屬（Saprolegnia）和綿霉屬（Achlya）的一些種可以生長於腐爛的有機殘體上。此外還要單細胞和絲狀的藻類以及一些原生動物常在水中生長，通常它們的數量不大。另一類是腐敗型水生微生物，它們是隨腐敗的有機物質進入水域，獲得營養而大量繁殖的，是造成水體污染、傳播疾病的重要原因。其中數量最大的上G—細菌，如變形桿菌屬（Proteus）、大腸桿菌、產氣腸桿菌（Enterobacter aerogenes）和產鹼桿菌屬（Alcaligenes）等，還有芽孢桿菌屬、弧菌屬（Vibrio）和螺菌屬（Spirillum）中的一些種。當水體受到土壤和人畜排泄物的污染後，會使腸道菌的數量增加，如大腸桿菌、糞鏈球菌（Streptococcus faecalis）和魏氏梭菌（Clostridium welchii）、沙門氏菌、產氣莢膜芽孢桿菌（B.perfringens）、炭疽桿菌（B.anthracis）、破傷風芽孢桿菌（B.tetani）。污水中還會有纖毛蟲類、鞭毛蟲類和根足蟲類原生動物。進入水體的動植物致病菌，通常因水體環境條件不能完全滿足其生長繁殖的要求，故一般難以長期生存，但也有少數病原菌可以生存達數月之久。
海水中也含有大量的水生微生物，主要是細菌，它們均具有嗜鹽性。近海中常見的細菌有：假單胞菌、無色桿菌、黃桿菌、微球菌屬、芽孢桿菌屬和噬纖維菌屬（Cytophaga），它們能引起海產動植物的腐敗，有的是海產魚類的病原菌。海水中還存在有可引起人類食物中毒的病原菌，如副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）。
礦泉水及深井水中通常含有很少的微生物數量。
1.1.4 人及動物體
人體及各種動物，如犬、貓、鼠等的皮膚、毛發、口腔、消化道、呼吸道均帶有大量的微生物，如未經清洗的動物被毛、皮膚微生物數量可達105~106/cm2。當人或動物感染了病原微生物後，體內會存在有不同數量的病原微生物，其中有些菌種是人畜共患病原微生物，如沙門氏菌、結核桿菌、布氏桿菌（Bacterium burgeri）。這些微生物可以通過直接接觸或通過呼吸道和消化道向體外排出而污染食品。
蚊、蠅及蟑螂等各種昆蟲也都攜帶有大量的微生物，其中可能有多種病原微生物，它們接觸食品同樣會造成微生物的污染。
1.1.5 加工機械及設備
各種加工機械設備本身沒有微生物所需的營養物質，但在食品加工過程中，由於食品的汁液或顆粒粘附於內表面，食品生產結束時機械設備沒有得到徹底的滅菌，使原本少量的微生物得以在其上大量生長繁殖，成為微生物的污染源。這種機械設備在後來的使用中會通過與食品接觸而造成食品的微生物污染。
1.1.6 包裝材料
各種包裝材料如果處理不當也會帶有微生物。一次性包裝材料通常比循環使用的材料所帶有的微生物數量要少。塑料包裝材料由於帶有電荷會吸附灰塵及微生物。
1.1.7 原料及輔料
1.1.7.1 動物性原料
屠宰前健康的畜禽具有健全而完整的免疫系統，能有效地防禦和阻止微生物的侵入和在肌肉組織內擴散。所以正常機體組織內部（包括肌肉、脂肪、心、肝、腎等）一般是無菌的，而畜禽體表、被毛、消化道、上呼吸道等器官總是有微生物存在，如未經清洗的動物被毛、皮膚微生物數量可達105~106個/cm2。如果被毛和皮膚污染了糞便，微生物的數量會更多。剛排出的家畜糞便微生物數量可多達107個/g、瘤胃成分中微生物的數量可達109個/g。
患病的畜禽其器官及組織內部可能有微生物存在，如病牛體內可能帶有結核桿菌、口蹄疫病毒等。這些微生物能夠沖破機體的防禦系統，擴散至機體的其他部位，此多為致病菌。動物皮膚發生刺傷、咬傷或化膿感染時，淋巴結會有細菌存在。其中一部分細菌會被機體的防禦系統吞噬或消除掉，而另一部分細菌可能存留下來導致機體病變。畜禽感染病原菌後有的呈現臨床症狀，但也有相當一部分為無症狀帶菌者，這部分畜禽在運輸和圈養過程中，由於擁擠、疲勞、飢餓、驚恐等刺激，機體免疫力下降而呈現臨床症狀，並向外界擴散病原菌，造成畜禽相互感染。
屠宰後的畜禽即喪失了先天的防禦機能，微生物侵入組織後迅速繁殖。屠宰過程衛生管理不當將造成微生物廣泛污染的機會。最初污染微生物是在使用非滅菌的刀具放血時，將微生物引入血液中的，隨著血液短暫的微弱循環而擴散至胴體的各部位。在屠宰、分割、加工、貯存和肉的配銷過程中的每一個環節，微生物的污染都可能發生。
屠宰前畜禽的狀態也很重要。屠宰前給予充分休息和良好的飼養，使其處於安靜舒適的條件，此種狀態下進行屠宰其肌肉中的糖元將轉變為乳酸。在屠宰後6～7h內由於乳酸的增加使胴體的pH降低到5.6～5.7，24h內pH降低至5.3～5.7。在此pH條件下，污染的細菌不易繁殖。如果宰前家畜處於應激和興奮狀態，則將動用貯備糖元，宰後動物組織的pH接近於7，在這樣的條件下腐敗細菌的侵染會更加迅速。
健康禽類所產生的鮮蛋內部本應是無菌的，但是鮮蛋中經常可發現微生物存在，即使是剛產出的鮮蛋也是如此。微生物污染的來源：1）卵巢內。病原菌通過血液循環進入卵巢，在蛋黃形成時進入蛋中。常見的感染菌有雛沙門氏菌（S.pullora）、雞沙門氏菌（S.gallinarum）等。2）排泄腔（生殖道）。禽類的排泄腔內含有一定數量的微生物，當蛋從排泄腔排出體外時，由於蛋內遇冷收縮，附在蛋殼上的微生物可穿過蛋殼進入蛋內。3）環境。鮮蛋蛋殼的屏障作用有限，蛋殼上有許多大小為4～6μm的氣孔，外界的各種微生物都有可能進入，特別是貯存期長或經過洗滌的蛋，在高溫、潮濕的條件下，環境中的微生物更容易借水的滲透作用侵入蛋內。
剛生產出來的鮮乳總是會含有一定數量的微生物，這是由於既使是健康乳畜的乳房內，也可能生存有一些細菌，特別是乳頭管及其分枝，常生存著特定的乳房菌群。主要有微球菌屬、鏈球菌屬、乳桿菌屬。當乳畜患乳房炎時，乳房內還會含有引起乳房炎的病原菌，如無乳鏈球菌（Str.agalactia）、化膿棒狀桿菌（Cor.pyogenes）、乳房鏈球菌和金黃色葡萄球菌等。患有結核或布氏桿菌病時，乳中可能有相應的病原菌存在。
魚類生活在水域中，由於水域中含有多種微生物，所以魚的體表、鰓、消化道內都有一定數量的微生物。活魚體表每平方厘米附著的細菌有102~107個，每毫升魚的腸液中含細菌數為105~108個。因此，剛捕撈的魚體所帶有的細菌主要是水生環境中的細菌。主要有假單胞菌屬、黃色桿菌屬、無色桿菌屬等，淡水中的魚還有產鹼桿菌屬、氣單胞菌屬和短桿菌屬（Brevibacterium）等。
近海和內陸水域中的魚可能受到人或動物的排泄物污染，而帶有病原菌如副溶血性弧菌。它們在魚體上存在的數量不多，不會直接危害人類健康，但如貯藏不當，病原菌大量繁殖後可引起食物中毒。在魚上發現的病原菌還可能有沙門氏菌、志賀氏菌和霍亂弧菌、紅斑丹毒絲菌、產氣莢膜梭菌，它們也是由環境污染的。捕撈後的魚類在運輸、貯存、加工、銷售等環節中，還可能進一步被陸地上的各種微生物污染。這些微生物主要有微球菌屬和芽孢桿菌屬，其次還有變形桿菌、大腸桿菌、賽氏桿菌、八疊球菌及梭狀芽孢桿菌。
1.1.7.2 植物性原料
健康的植物在生長期與自然界廣泛接觸，其體表存在有大量的微生物，所以收獲後的糧食一般都含有其原來生活環境中的微生物。椐測定，每克糧食含有幾千個以上的細菌。這些細菌多屬於假單胞菌屬、微球菌屬、乳桿菌屬和芽孢桿菌屬等。此外，糧食中還含有相當數量的黴菌孢子，主要是麴黴屬、青黴屬、交鏈孢霉屬、鐮刀霉屬等，還有酵母菌。植物體表還會附著有植物病原菌及來自人畜糞便的腸道微生物及病原菌。健康的植物組織內部應該是無菌或僅有極少數菌，如有時外觀看上去是正常的水果或蔬菜，其內部組織中也可能有某些微生物的存在。有人從蘋果、櫻桃等組織內部分離出酵母菌，從番茄組織中分離出酵母菌和假單孢菌屬的細菌。這些微生物是果蔬開花期侵入並生存於果實內部的。
感染病後的植物組織內部會存在大量的病原微生物，這些病原微生物是在植物的生長過程中通過根、莖、葉、花、果實等不同途徑侵入組織內部的。
果蔬汁是以新鮮水果為原料，經加工製成的。由於果蔬原料本身帶有微生物，而且在加工過程中還會再次感染，所以製成的果蔬汁中必然存在大量微生物。果汁的pH值一般在2.4～4.2之間，糖度較高，可達60～70°Brix，因而在果汁中生存的微生物主要是酵母菌，其次是黴菌和極少數的細菌。
糧食在加工過程中，經過洗滌和清潔處理，可除去籽粒表面上的部分微生物，但某些工序可使其受環境、機具及操作人員攜帶的微生物再次污染。多數市售麵粉的細菌含量為每克幾千個，同時還含有50～100個左右的黴菌孢子。
1.2 微生物污染食品的途徑
食品在生產加工、運輸、貯藏、銷售以及食用過程中都可能遭受到微生物的污染，其污染的途徑可分為兩大類。
1.2.1 內源性污染
凡是作為食品原料的動植物體在生活過程中，由於本身帶有的微生物而造成食品的污染稱為內源性污染，也稱第一次污染。如畜禽在生活期間，其消化道、上呼吸道和體表總是存在一定類群和數量的微生物。當受到沙門氏菌、布氏桿菌、炭疽桿菌等病原微生物感染時，畜禽的某些器官和組織內就會有病原微生物的存在。當家禽感染了雞白痢、雞傷寒等傳染病，病原微生物可通過血液循環侵入卵巢，在蛋黃形成時被病原菌污染，使所產卵中也含有相應的病原菌。
1.2.2外源性污染
食品在生產加工、運輸、貯藏、銷售、食用過程中，通過水、空氣、人、動物、機械設備及用具等而使食品發生微生物污染稱外源性污染，也稱第二次污染。
1.2.2.1 通過水污染
在食品的生產加工過程中，水既是許多食品的原料或配料成分，也是清洗、冷卻、冰凍不可缺少的物質，設備、地面及用具的清洗也需要大量用水。各種天然水源包括地表水和地下水，不僅是微生物的污染源，也是微生物污染食品的主要途徑。自來水是天然水凈化消毒後而供飲用的，在正常情況下含菌較少，但如果自來水管出現漏洞、管道中壓力不足以及暫時變成負壓時，則會引起管道周圍環境中的微生物滲漏進入管道，使自來水中的微生物數量增加。在生產中，既使使用符合衛生標準的水源，由於方法不當也會導致微生物的污染范圍擴大。如在屠宰加工場中的宰殺、除毛、開膛取內臟的工序中，皮毛或腸道內的微生物可通過用水的散布而造成畜體之間的相互感染。生產中所使用的水如果被生活污水、醫院污水或廁所糞便污染，就會使水中微生物數量驟增，水中不僅會含有細菌、病毒、真菌、鉤端螺旋體，還可能會含有寄生蟲。用這種水進行食品生產會造成嚴重的微生物污染，同時還可能造成其他有毒物質對食品的污染，所以水的衛生質量與食品的衛生質量有密切關系。食品生產用水必須符合飲用水標准，採用自來水或深井水。循環使用的冷卻水要防止被畜禽糞便及下腳料污染。
1.2.2.2 通過空氣污染
空氣中的微生物可能來自土壤、水、人及動植物的脫落物和呼吸道、消化道的排泄物，它們可隨著灰塵、水滴的飛揚或沉降而污染食品。人體的痰沫、鼻涕與唾液的小水滴中所含有的微生物包括病原微生物，當有人講話、咳嗽或打噴嚏時均可直接或間接污染食品。人在講話或打噴嚏時，距人體1.5m內的范圍是直接污染區，大的水滴可懸浮在空氣中達30min之久；小的水滴可在空氣中懸浮4～6h，因此食品暴露在空氣中被微生物污染是不可避免的。
1.2.2.3 通過人及動物接觸污染
從事食品生產的人員，如果他們的身體、衣帽不經常清洗，不保持清潔，就會有大量的微生物附著其上，通過皮膚、毛發、衣帽與食品接觸而造成污染。在食品的加工、運輸、貯藏及銷售過程中，如果被鼠、蠅、蟑螂等直接或間接接觸，同樣會造成食品的微生物污染。試驗證明，每隻蒼蠅帶有數百萬個細菌，80%的蒼蠅腸道中帶有痢疾桿菌，鼠類糞便中帶有沙門氏菌、鉤端螺旋體等病原微生物。
1.2.2.4 通過加工設備及包裝材料污染
在食品的生產加工、運輸、貯藏過程中所使用的各種機械設備及包裝材料，在未經消毒或滅菌前，總是會帶有不同數量的微生物而成為微生物污染食品的途徑。在食品生產過程中，通過不經消毒滅菌的設備越多，造成微生物污染的機會也越多。已經過消毒滅菌的食品，如果使用的包裝材料未經過無菌處理，則會造成食品的重新污染。
1.3 食品中微生物的消長
食品受到微生物的污染後，其中的微生物種類和數量會隨著食品所處環境和食品性質的變化而不斷地變化。這種變化所表現的主要特徵就是食品中微生物出現的數量增多或減少，即稱為食品微生物的消長。食品中微生物的消長通常有以下規律及特點。
1.3.1 加工前
食品加工前，無論是動物性原料還是植物性原料都已經不同程度地被微生物污染，加之運輸、貯藏等環節，微生物污染食品的機會進一步增加，因而使食品原料中的微生物數量不斷增多。雖然有些種類的微生物污染食品後因環境不適而死亡，但是從存活的微生物總數看，一般不表現減少而只有增加。這一微生物消長特點在新鮮魚肉類和果蔬類食品原料中表現明顯，即使食品原料在加工前的運輸和貯藏等環節中曾採取了較嚴格的衛生措施，但早在原料產地已污染而存在的微生物，如果不經過一定的滅菌處理它們仍會存在。
1.3.2 加工過程中
在食品加工的整個過程中，有些處理工藝如清洗、加熱消毒或滅菌對微生物的生存是不利的。這些處理措施可使食品中的微生物數量明顯下降，甚至可使微生物幾乎完全消除。但如果原料中微生物污染嚴重，則會降低加工過程中微生物的下降率。在食品加工過程中的許多環節也可能發生微生物的二次污染。在生產條件良好和生產工藝合理的情況下，污染較少，故食品中所含有的微生物總數不會明顯增多；如果殘留在食品中的微生物在加工過程中有繁殖的機會，則食品中的微生物數量就會出現驟然上升的現象。
1.3.3 加工後
經過加工製成的食品，由於其中還殘存有微生物或再次被微生物污染，在貯藏過程中如果條件適宜，微生物就會生長繁殖而使食品變質。在這一過程中，微生物的數量會迅速上升，當數量上升到一定程度時不再繼續上升，相反活菌數會逐漸下降。這是由於微生物所需營養物質的大量消耗，使變質後的食品不利於該微生物繼續生長，而逐漸死亡，此時食品不能食用。如果已變質的食品中還有其他種類的微生物存在，並能適應變質食品的基質條件而得到生長繁殖的機會，這時就會出現微生物數量再度升高的現象。加工製成的食品如果不再受污染，同時殘存的微生物又處於不適宜生長繁殖的條件，那麼隨著貯藏日期的延長，微生物數量就會日趨減少。
由於食品的種類繁多，加工工藝及方法和貯藏條件不盡相同，致使微生物在不同食品中呈現的消長情況也不可能完全相同。充分掌握各種食品中微生物消長規律的特點，對於指導食品的生產具有重要的意義。