如何查詢微生物基因組

A. 怎麼找基因序列

據基因的構成原理尋找基因序列，如下：

A、C、G和T分別代表組成DNA的四種核苷酸——腺嘌呤，胞嘧啶，鳥嘌呤，胸腺嘧啶。每個字母代表一種鹼基，兩個鹼基形成一個鹼基對，鹼基對的配對規律是固定的，即是：A-T,C-G。典型的他們無間隔的排列在一起，例如序列AAAGTCTGAC。

任意長度大於4的一串核苷酸被稱作一個序列。關於它的生物功能，則依賴於上下文的序列，一個序列可能被正讀，反讀；包含編碼或者無編碼。DNA序列也可能包含「junk DNA」。

註：帶有遺傳訊息的DNA片段稱為基因，其他的DNA序列，有些直接以自身構造發揮作用，有些則參與調控遺傳訊息的表現。組成簡單生命最少要265到350個基因。

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基因診斷

當環境中的有害物質進入受精卵或母體，當父母有一定的共同血緣或有一定相同數目的遺傳基因關系，在這些情況下，後代的基因組里的基因會發生缺陷，產生疾病。通過使用基因晶元等技術分析人類基因組，可找出致病的遺傳缺陷基因區域。

癌症、糖尿病等，都是遺傳基因缺陷引起的疾病。醫學和生物學研究人員將能在數秒鍾內鑒定出最終會導致癌症等的突變基因。藉助一小滴測試液，醫生們能預測葯物對病人的功效，可診斷出葯物在治療過程中的不良反應，還能當場鑒別出病人受到了何種細菌、病毒或其他微生物的感染。利用基因晶元分析遺傳基因，將使10年後對糖尿病的確診率達到50%以上。

未來人們在體檢時，由搭載基因晶元的診斷機器人對受檢者取血，轉瞬間體檢結果便可以顯示在計算機屏幕上。利用基因診斷，醫療將從千篇一律的「大眾醫療」的時代，進一步精確到依據個人遺傳基因而異的「定製醫療」的時代，也可以抽羊水進行產前基因診斷。

B. 在NCBI中怎麼用已知的引物找目的基因（微生物）

在NCBI中需要選核算那個選項，然後寫出微生物英文縮寫名稱，另外最好寫上該基因片段名稱。點擊搜索即可。會搜到很多基因，找幾個典型的基因，然後復制到txt文檔里，用DNAStar的editseq來查詢已知引物所在位置。不懂繼續問。還望採納哈~

C. 如何判斷一段基因序列是否為質粒基因組

DNA序列或基因序列是使用一串字母表示的真實的或者假設的攜帶基因信息的DNA分子的一級結構。部分DNA序列或基因序列使用一串字母表示的真實的或者假設的攜帶基因信息的DNA分子的一級結構。DNA序列可能的字母只有A，C，G和T，分別代表組成DNA的四種核苷酸——腺嘌呤，胞嘧啶，鳥嘌呤，胸腺嘧啶。每個字母代表一種鹼基，兩個鹼基形成一個鹼基對，鹼基對的配對規律是固定的，即是：A-T,C-G。典型的他們無間隔的排列在一起，例如序列AAAGTCTGAC。任意長度大於4的一串核苷酸被稱做一個序列。關於它的生物功能，則依賴於上下文的序列，一個序列可能被正讀，反讀；包含編碼或者無編碼。DNA序列也可能包含"junk DNA"。質粒（plasmid）是細菌染色體外的遺傳物質，存在於細胞質中，具有自主復制能力，使其在子代細胞中也能保持恆定的拷貝數，並表達所攜帶的遺傳信息，是閉合環狀的雙鏈DNA分子。質粒不是細菌生長繁殖所必需的物質，可自行丟失或人工處理而消除，如高溫、紫外線等。質粒攜帶的遺傳信息能賦予宿主菌某些生物學形狀，有利於細菌在特定的環境條件下生存。根據質粒能否通過細菌的接合作用，可分為接合性質粒和非接合性質粒。接合性質粒帶有與接合傳遞有關的基因。非接合質粒在一定條件下通過與其共存的接合質粒的誘動或轉導而傳遞。

D. 如何查微生物的基因組大小 cbs

NCBI里有現成的，可以輸入菌種名或代號直接進去查

E. 哪個網站可以查到已經全測序的微生物基因組有多少種了

基因測序是一種新型基因檢測技術，能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性，個體的行為特徵及行為合理，如癌症或白血病，運動天賦，酒量等。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用，可以說基因測序技術，是下一個改變世界的技術。
基因組大小（size of genome）是指單倍體細胞核中的所含的DNA的總量.在可以進行基因組測序之前,生物學家是用質量來衡量不同生物之間基因組的大小.通常使用的單位為pg（10e-12）,這個值簡稱為C-value.通過簡單的換算就可以知道大概的鹼基的數量.不過,對於已經測序的基因組,直接數數就可以了,如 vihole所述.不過對於目前測序的基因組還是很少,估計在1千左右,而現存物種按照最保守的估計也有200萬種（Ref 1）,因此C-value在估計基因含量和生物復雜度方面還是有非常大的應用潛力.

F. 如何在NCBI上找到某個生物的完整基因組

SARS coronavirus, complete genome
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=NC_004718

Length: 29,751 nt
Genes: 13
Protein coding: 14
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genome&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=17014

G. 如何讀懂微生物測序數據質量

如何讀懂微生物測序數據質量
宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

H. 微生物的基因組分析後會得到哪些重要信息

微生物全基因組測序中完成Gap closure的意義與方法
微生物是地球上種類最多、數量最大、分布最廣的生物群，與人類、動植物和環境有著密切的相互作用，同時也是工業生物技術的核心及重要的國際競爭戰略資源。隨著測序技術的不斷進步以及測序成本的不斷降低，越來越多的微生物基因組序列得到測定，其中包括一些重要的病原微生物、工業微生物、極端微生物以及生物學研究中有重要意義的一些模式微生物。
隨著新一代測序技術的商業化應用，使得測序成本不斷降低，測序通量不斷提高，越來越多的微生物基因組得到測定，極大地促進了微生物基因組學的發展。然而，由於測序讀長短、數據量大、基因組結構復雜以及測序過程中的偏向性等原因，使得已完成測序的一些物種的基因組中含有數目不等的空缺區域。據統計，自2008年以來GenBank釋放的5276個微生物基因組序列中僅有32% (1692)是完整序列。基因組空缺區域中可能存在重要的生物學信息，如果不能補齊所有的Gap，不僅無法獲得完整的基因組圖譜，還會給後續的基因組信息解讀(操縱子結構、基因調控、SNP分析以及比較基因組等)造成困難。因此，完整微生物基因組序列的獲得需要在完成測序之後對空缺區域進行填充，即將測序拼裝後生成的疊聯群(Contig)之間的Gap進行填充，然後按照一定的次序和方向拼裝生成一條完整的基因組序列(完成圖)，這個過程稱之為基因組的Gap closure(或補洞)。
Gap closure的關鍵在於准確定位不同Contig之間的相對位置關系(Linkage關系)，一旦位置關系確定，即可通過PCR擴增Gap區域序列或是文庫克隆步移測序的方式補齊Gap區域。然而，由於一些微生物基因組GC含量高、重復序列數目多且長度大(插入序列、rDNA操縱子、大片段重復等)以及NGS測序讀長較短等原因造成測序偏向性高、拼接後生成過多的Contig，從而增加了Gap closure的難度。此外，缺少基因組參考序列或是與參考序列比對同源性低等因素，使得生成的Contig無法有效定位，也會導致Gap closure難度增加，因此Contig定位被認為是微生物基因組Gap closure過程中最困難和最耗時的階段。一些生物信息學軟體被開發用於微生物基因組的Gap closure，並取得了一定的效果；但對於基因組中的高度重復區域和低覆蓋率區域的干擾仍無法有效解決，必需藉助實驗手段獲得額外的序列信息才能最終完成基因組的Gap closure，因而應用的范圍和准確性受到一定限制。
提高測序覆蓋率在一定程度上可以有效減少基因組中的Gap，但成本相對較高，並且對於一些復雜的微生物基因組效果有限，如454二代測序覆蓋率為10×時，喜溫硫桿菌SM-1測序後生成的Gap數目為400個；測序覆蓋率提高至25×時，Gap數目減少至280個；但當測序覆蓋率繼續提高至38×時，Gap數目進入平台期(276個)，相比25×測序覆蓋率時僅減少了4個，已經不能再單純通過提高覆蓋率來減少Gap數目。因此，對於復雜的微生物基因組，需要將基因組的Gap closure分為幾個階段，針對不同階段採用相應的策略進行：如果Gap數目大於200個，可以通過構建基因組文庫、Paired-End測序或者採用基因組光學圖譜技術的策略確定Contig之間的相對位置和順序，然後再依次關閉Contig之間的Gap區域；當Ga數目小於100個時，可以採用多引物PCR的策略尋找Linkage信息，關閉所有能夠關閉的Gap；如果最後還剩餘幾個Gap無法關閉，則可以採用基因組步移或文庫篩選的策略，如在對喜溫硫桿菌SM-1基因組Gap closure時，通過結合構建基因組文庫、Paired-End測序、多引物PCR以及Fosimid文庫篩選等多種策略最終完成了SM-1基因組的Gap closure。

I. 中國微生物菌種查詢網上怎麼查詢菌種編號怎麼購買

他們網站右上角有一個查詢的框，不管是菌種中文名稱還是拉丁名，輸進去點擊查詢就出來了，很簡單的。