生物進化樹上如何顯示同源性

❶ 急急急！請問測得了基因序列怎麼進行同源性比對和構建進化樹啊誰可以幫我...不勝感激！

你可以把需要比對的序列用fasta格式保存在記事本里，然後用clustalW/clustalX的多重比對選項，直接按它默認的演算法算算，生成的.dnd格式拿到MAGA裡面的phylogeny——display newick tree from file選項中打開。就成了進化樹了。可以在裡面調整成你想要的表示方法和順序，另存為就好了。
還有就是用DNAMAN , 多重比對（畫了多條線並橫著排列的標志multiple alignment），點了之後，將fasta格式保存的文件打開，選擇是DNA還是蛋白質，然後以默認程序運算，出現的界面中選output——tree——最後一個，就有樹了。你可以以不同的方式調整，然後輸出。
如果還不行，你可以去網上搜搜相關說明書，那裡會有比較詳細的步驟。
希望能幫到你哈！

❷ 真核生物在進化樹上更接近於古細菌，但古細菌的細胞膜是由醚鍵構成，而真核生物的是酯鍵，這是為什麼

這位同學的這個問題...額...問得...很有技術含量...==
你的問題中也說了，從遺傳學上來說真核生物與古細菌是更為接近的。所以說，並不是說因為它們兩個接近所以它們兩個就必須在細胞膜上的構造一模一樣。酯鍵和醚鍵只能說明它們在細胞膜上的構造不同。雖然真核生物在細胞膜上和真細菌是一樣的，都是由酯鍵構成，但是這也只能說明它們只有細胞膜是相似的，它們在細胞整體和內部構造存在很大差別。那麼古生菌和真核生物的核糖體還都是70sRNA構成的呢，難道又靠這一點又能說明真核生物和古生菌在進化樹上更接近么？進化樹的種族判定並不只是依靠細胞膜的相似程度或是RNA的類型來片面判斷的，而是從整體的比較，細胞壁，細胞膜，細胞器甚至深入基因中去判斷的。
至於為什麼最終醚鍵沒有變成真核生物的細胞膜構成成分，我想，也許是酯鍵更適應於真核生物的生存環境吧，所謂適者生存嘛~這樣解釋是否為你答疑解惑了？可以追問哦~一定知無不答，言無不盡~
PS.生物的細胞膜並不是靠酯鍵或是醚鍵構成的，細胞膜都是由磷脂雙分子層構成的，這也顯示出了生物在進化中的統一性和同源性.........吧...==磷脂雙分子層的基本單位是甘油磷脂，也就是細胞雙層膜中一層膜中的一個分子，所謂酯鍵和醚鍵，就是在構成甘油磷脂分子時，好像是在二號碳原子上化學鍵連接的區別吧，如果上面連接的是飽和烴，則是直鏈的，如果是不飽和烴，那麼就會有一個拐角，高中生物書上應該有畫過甘油磷脂的結構，其中一個是直鏈的，一個是彎的，就是因為酯鍵（或醚鍵，高中應該沒有牽扯到這么深層次的）是不飽和烴基（有些題外話了，當做科普知識補充吧...不好意思...）主要想說的就是，樓主這個問題的表述不夠嚴密（雖然我看懂了而且也沿用了這種說法...==）
其實在細胞膜的構成上，古生菌和其他生物都存在著非常大的不同呢，古生菌的細胞膜存在著獨特的單分子層膜或單、雙分子層混合膜，這也許也與它的細胞膜的化學成分組成有關吧~
生物真是神奇而又精密的東西啊，我們的分類標准也許還有很多不完美的地方存在，但要知道，世界萬物都是統一而又獨立的存在啊，我們也只有如此管窺蠡豹地來了解了...

❸ 生物進化樹分析中的數字代表了什麼含義

分支上的數字：表示這一分支的可靠程度,就是說越大,說明越靠譜,總之越大越好.一般就是幾十到100,有個地方可以設置顯示的最小值. 長度就是進化距離,如果兩個序列/物種 間的頭部幾乎在一個豎線上,就是同源性越高,如果很長,就說明很遠.
進化樹分支上的數字表示產生新的基因復制或享有共同祖先的生物體的歧異點。

樹枝的長度反映當這些事件發生時就存在的蛋白質與蛋白質之間的進化距離。

根據進化樹不僅可以研究從單細胞有機體到多細胞有機體的生物進化過程，而且可以粗略估計現存的各類種屬生物的分歧時間。通過蛋白質的分子進化樹分析，為從分子水平研究物種進化提供了新的手段，可以比較精確的確定某物種的進化地位。對於物種分類問題，蛋白質的分子進化樹亦可作為一個重要的依據。

❹ 進化樹分支上的數字表示什麼進化樹的長度呢/。

進化樹分支上的數字表示產生新的基因復制或享有共同祖先的生物體的歧異點。

樹枝的長度反映當這些事件發生時就存在的蛋白質與蛋白質之間的進化距離。

根據進化樹不僅可以研究從單細胞有機體到多細胞有機體的生物進化過程，而且可以粗略估計現存的各類種屬生物的分歧時間。通過蛋白質的分子進化樹分析，為從分子水平研究物種進化提供了新的手段，可以比較精確的確定某物種的進化地位。對於物種分類問題，蛋白質的分子進化樹亦可作為一個重要的依據。

(4)生物進化樹上如何顯示同源性擴展閱讀：

生物界各個物種和類群的進化，是通過不同方式進行的。物種形成（小進化）主要有兩種方式：一種是漸進式形成，即由一個種逐漸演變為另一個或多個新種；另一種是爆發式形成，如多倍化種形成，這種方式在有性生殖的動物中很少發生，但在植物的進化中卻相當普遍。

世界上約有一半左右的植物種是通過染色體數目的突然改變而產生的多倍體。物類形成（大進化）常常表現為爆發式的進化過程（如寒武紀大爆發），從而使舊的類型和類群被迅速發展起來的新生的類型和類群所替代。

❺ 如何通過生物信息分析物種間親緣關系

生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關系的遠近。在進化樹上每個葉子結點代表一個物種：生物進化有一個規律，從低等到高等。有相關圖書一冊，把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上，簡明地表示生物的進化歷程和親緣關系，怎麼使用phytozome
進化樹在生物學中，都是從水生到陸生，那麼兩個葉子結點之間的最短距離就可以表示相應的兩個物種之間的差異程度。從進化樹中還可看出，用來表示物種之間的進化關系生物信息學，如果每一條邊都被賦予一個適當的權值，從簡單到復雜

❻ 如何進行序列同源性分析及BLAST同源性步驟

將我們在序列拼接一文中得到的病毒全基因組，進行同源性分析，分析拼接得到的序列與其他序列的相似性，從而為進一步的進化樹分析打好基礎。