① 微生物到底是什麼意思
微生物釋義:
形體微小、構造簡單的生物的統稱。絕大多數個體用顯微鏡才能看到,廣泛分布在自然界中,如細菌、立克次體、支原體、衣原體、病毒、單細胞藻類、原生動物等
人體內有兩個基因組,一個是從父母那裡遺傳來的人基因組,編碼大約2.5萬個基因;另一個則是出生以後才進入人體、特別是腸道內的多達1000多種的共生微生物,其遺傳信息的總和叫「微生物組」,也可稱為「宏/元基因組」,它們所編碼的基因有100萬個以上。
兩個基因組相互協調、和諧一致,保證了人體的健康。因此,在研究基因與人體健康關系時,一定不能忽略共生微生物基因的研究。
(1)微生物提取是什麼意思擴展閱讀:
微生物對水的處理
(1)廢水中的脫氮除磷,廢水中氮、磷是造成水體富營養化的根源,利用生物脫氮除磷已進行了廣泛的研究。生物脫氮中,有反硝化能力的微生物有變形桿菌、微球菌屬、假單胞菌屬、芽胞桿菌屬等。
(2) 廢水中有機物的降解,有機物的生物降解中,白腐菌是值得一提的。白腐菌是一類提子真菌,在廢水治理中,其降解污染物的范圍十分廣泛。
(3)廢水中重金屬的去除,由於藻類對重金屬離子具有較強的富集能力,利用其生物吸附作用可從工業污水中去除有毒、放射性金屬和回收稀有、貴重金屬。除了人工合成的有機汞制劑外,細菌具有合成甲基汞的能力,即生物甲基化,它會使汞的生物毒性大大增強。
而另一些微生物又可使甲基汞降解、還原,降低其毒性。該法具有高效、經濟、簡便、選擇性好等優點,尤其適用於低濃度及一般方法不易去除的金屬。
土壤的微生物修復與治理
工業的迅速發展,大量的人造化學物質排放到環境中,對資源和環境構成越來越嚴重的破壞。化石燃料的開采和使用,工業三廢的排放,給我們賴以生存的環境造成難以估量的污染。
土壤中的微生物,包括細菌、真菌、放線菌和藻類等,在它們中有一些具有農葯降解功能的種類。我們可以利用其特點,使細菌由於其生化上的多種適應能力和容易誘發突變菌株。
從而在農葯降解中佔有主要地位,例如假單胞菌對敵敵畏;麴黴菌、鐮孢黴菌對敵百蟲;芽孢桿菌、麴黴、青黴、假單胞桿菌、瓶型酵母等對甲胺磷。
② 生物發酵工程微生物提取
直接發酵法生產賴氨酸的主要微生物有谷氨酸棒狀桿菌、黃色短桿菌、乳糖發酵短桿菌的突變株等 3種
亮氨酸是用谷氨酸棒桿菌發酵,但用蛋白質水解法生產L一亮氨酸較多.
細菌分泌物、代謝產物是對身體有益,能維持和增進健康,這些細菌就是有益菌(益生菌);細菌製造出腐敗物、毒素,企圖致病、致癌,那麼這些細菌就是有害菌;還有一些中間性菌,具有雙重性:既有好的生理作用,又有潛在的致病性,稱為雙向菌.
自然界的細菌都是混雜在一起的
可以用培養基分離
主要方法是平板法
③ 植物、動物、微生物DNA提取有什麼不同
主要在細胞破壁那兒有區別,然後在純化的時候不同材料的去除雜質的側重不同
④ 生物提取法和微生物發酵法的區別
這區別挺大的。
生物提取法是用物理或/和化學的方法,把生物組織中原先就有的某個或某些成分提取出來。
微生物發酵法是利用微生物中多種酶的作用,把原料中的某些成分轉化為另外的成分,然後再提取出來。
就是說,生物提取法中沒有化學變化,而微生物發酵法存在化學變化,
⑤ 微生物DNA提取的原理和方法是什麼
細菌染色體DNA的抽提
一、 目的
熟練掌握抽提細菌DNA的一般方法
二、原理
要進行重組DNA 實驗,就離不開外源基因的純化,而外源基因主要來源之一就要直接從生物的染色體DNA上制備,所以制備高質量的染色體DNA樣品經常為基因工程實驗所需要,抽提細菌染色體DNA的方法目前已有許多種,這里所介紹的兩種方法:一適用於枯桿菌染色體的抽提;另一種方法則適用於大腸桿菌染色體的制備。
基因工程實驗所需要的基因組DNA 通常要求分子量盡可能大,以此增加外源基因獲得率,但要獲得大片段的DNA 非易事,細菌基因組DNA通常是個很大的環狀態DNA,而在抽提過程中,不可避免的機械剪切力必將切斷DNA,如果要抽提到大的DNA 分子,就要盡可能地溫和操作,減少剪切力,減少切斷DNA 分子的可能性;分子熱運動也會減少所抽提到的DNA分子量,所以提取過程也要盡可能在低溫下進行。另外細胞內及抽提器皿中污染的核酸酶也會降解制備過程中的DNA,所以制備過程要抑制其核酸酶的活性。
另外製備的細菌染色體DNA 必須是高純度的,以滿足基因工程中各種酶反應的需要,制備的樣品必須沒有蛋白污染,沒有RNA,各種離子濃度應符合要求,這些在染色體制備時都應考慮到。
大腸桿菌染色體DNA 抽提首先收集對數生長期的細胞,然後用離子型表面活性劑十二烷基磺酸鈉(SDS)破裂細胞,SDS 具有的主要功能是:(1)溶解細胞膜上的脂類和蛋白質,因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜;(2)解聚細胞膜上的脂類和蛋白質,有助於消除染色體DNA上的蛋白質;(3)SDS 能與蛋白質結合成為R1—0—SO3R2—蛋白質的復合物,使蛋白質變性而沉澱下來。但是SDS 能抑制核糖核酸酶的作用,所以在以後的提取過程中,必須把它除干凈。以免影響下一步RNase的作用。破細胞後RNA經RNase消化除去,蛋白質經苯酚、氯仿:異戊醇抽提除去經灑精沉澱回收DNA。枯草桿菌染色體制備與上類似,但略加修改的方法要適合教學要求。枯草桿菌是格蘭氏陽性菌,所以在SDS 處理前需要使用溶菌酶裂解細胞壁。溶菌酶是一種糖苷水解酶,它能水解菌體細胞壁的主要化學成份肽聚糖中的β—1,4 糖苷鍵,有助於細胞壁破裂,破裂的細胞壁在SDS 的作用下溶菌,同時用蛋白酶K 消化蛋白質,能解離纏繞在染色體DNA上的蛋白質,然後加入一定量的醋酸鉀,使蛋白質變性,通常離心除去,在這期間可加入核糖酸酶消化RNA,最後用乙醇回收DNA。
此二種方法抽提的細菌染色體DNA,無RNA和蛋白質污染,可用於限制性內切酶消化,分子再克隆等。但在下一步實驗前,要測定其DNA的濃度,常用測定DNA 濃度的方法,是溴化乙錠電泳法;當DNA 樣品在瓊脂糖凝膠中電泳時,加入的EB 會增強發射的熒光。而熒光的強度正比於DNA 的含量,如將已知濃度的標准樣品作電泳對照,就可估計出待樣品的濃度。
三、材料
(一)菌株
大腸桿菌C600、枯草桿菌BR151。
(二)儀器
電泳設備、恆溫水浴鍋、低速離心機、恆溫振盪器、紫外檢測儀。
(三)器皿
玻璃離心管(10 毫升)、移液管(10毫升、5毫升)、微量取樣器、燒杯、玻璃棒、試管、三角瓶
(四)試劑
(1)LB 完全肉湯培養液:1%蛋白腖 0.5%酵母粉 0.5%NaCl pH7.5。
(2)BY 培養液:1%蛋白腖 0.5%牛肉膏 0.5%酵母粉 0.5%葡萄糖 0.5%NaClpH7.5
(3)SET 溶液:20%蔗糖;50mmol/L Tris—HCl(pH7.6) 50mmol/L EDTA。
(4)20%SDS
(5)飽和酚
(6)氯仿:異戊醇(24:1 V:V)
(7)預冷無水酒精
(8)TE 溶液
(9)RNase溶液
(10)5mol/L 醋酸鉀
(11)蛋白酶K 20mg/ml
四、實驗步驟
1、取大腸桿菌C600單菌落於5 毫升LB培養液中,37℃振盪培養過液。
2、將上述菌液1%接種量接種於20 毫升LB 培養液中,37℃搖床振盪培養過夜。
3、已培養好的菌液,收集於10毫升的離心管中,在低速離心機上4000r/min離心10分鍾,去上清,留沉澱菌體。
4、用5 毫升的SET 溶液懸浮細胞,加入20% SDS 1毫升,37℃下輕搖過夜,使細胞裂解。
5、加入等體積的飽和酚,上下輕輕搖勻,放置5 分鍾後,在低速離心機上3500r/min離心10 分鍾。
6、取上相,加入1/2 體積的飽和酚,1/2體積的氯仿異:戊醇,上下翻轉均勻,3500r/min離心10 分鍾。
7、取上相,加入等體積的氯仿:異戊醇,如第6步,離心。
8、取上相於一干凈離心管中,另在一個50 毫升的燒杯中加入15毫升預冷無水酒精,把上述的上相液沿著玻棒慢慢倒入酒精中,並溫和地攪拌以使DNA 附著於玻棒上。
9、挑起DNA,再放於干凈的酒精中洗滌,然後把DNA溶於50 毫升TE 中,待測濃度。
(二)枯草桿菌染色體DNA 的抽提
1、在BY 斜面上劃線活化枯草桿菌BR151。
2、挑一環已活化的BR151 菌株於20 毫升的BY培養液中,37℃搖床振盪培養過液。
3、過夜培養物,收集10 毫升於離心管內,在低速離心機上3500r/min離心10 分鍾。
4、沉澱菌體加入0.75 毫升溶菌酶液(8 毫克溶菌酶/1毫升SET),振盪器上懸浮細胞,懸浮液移入1.5 毫升離心管,室溫30 分鍾。
5、在反應液中加入0.15毫升SDS溶液,蛋白酶K 溶液5 微升,37℃水浴10 分鍾後轉入75℃水浴5 分鍾。
6、加入5mol/L 醋酸鉀0.3 毫升,上下翻轉均勻,置於冰上30 分鍾,期間不時搖動。
於台式高速離心機離10000r/min10 分鍾。
7、上清液移入另一離心管,棄沉澱。重復第六步。
8、上清液移入5 毫升的離心管內,緩慢加入2倍體積的無水酒精,DNA呈絮狀沉澱。用一滅菌牙簽,挑起DNA 沉澱,溶於50微升TE中。待檢查濃度。
9、若無絮狀沉,則把其置-20℃冷凍3 小時(或-70℃冷凍30 分鍾),取出離心10 分鍾(10000rPm),去上清,晾乾,加入50ul TE溶解(取20ul 點樣測定)。
(三)染色體DNA 制備樣品濃度測定
1、按實驗一方法制備瓊脂糖凝膠(0.6%)
2、分別取標准濃度的λDNA 0.05ug、0.1ug、0.15ug、0.2ug,加相應的加樣緩沖液混合好,點樣。
3、取2 微升染色體DNA 樣品點樣(冷凍離心獲取的DNA樣品取50 微升點樣),打開電泳儀電泳,待溴酚蘭進入凝膠2 厘米後,停止電泳,紫外燈下觀察,估計樣品DNA濃度。
五、結果討論與問題
紫外光下觀察DNA 樣品純度,計算出制備的DNA總量和濃度。
1、SDS 在抽提DNA 過程有哪幾個作用?
2、在本實驗中未加入RNase,那麼樣品中應出現什麼情況?
⑥ 瘤胃微生物的提取方法簡介和預處理
瘤胃微生物一般提取是平板劃線法分離,然後挑取菌落純化。
預處理你可以離心瘤胃液或者紗布過濾。我就做這方面的,有問題可以再問。
⑦ 微生物代謝產物的提取濃縮和鑒定
提取?有什麼現有設備嗎?比如說FAST之類的…大概過程就是提取,然後旋轉蒸發儀濃縮,最後定容下,最後HPLC就行了…我覺得GC不好用,如果不易氣化根本不可性…
⑧ 微生物DNA提取的方法有哪些
一、試劑准備
1.溶液Ⅰ:50mM葡萄糖,25mM Tris-HCl(pH 8.0),10mM EDTA(pH 8.0).1M Tris-HCl(pH 8.0)12.5ml,0.5M EDTA(pH 8.0)10ml,葡萄糖4.730g,加ddH2O至500ml.在10 lbf/in2高壓滅菌15min ,貯存於4℃.
2.溶液Ⅱ:0.2N NaOH,1% SDS.2N NaOH 1ml,10%SDS 1ml,加ddH2O至10ml.使用前臨時配置.
3.溶液Ⅲ:醋酸鉀(KAc)緩沖液,pH 4.8.5M KAc 300ml,冰醋酸 57.5ml,加ddH2O至500ml.4℃保存備用.
4.TE:10mM Tris-HCl(pH 8.0),1mM EDTA(pH 8.0).1M Tris-HCl(pH 8.0)1ml,0.5M EDTA(pH 8.0)0.2ml,加ddH2O至100ml.15 lbf/in2高壓濕熱滅菌20min,4℃保存備用.
5.苯酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)
6.乙醇(無水乙醇、70%乙醇)
7.5×TBE:Tris 鹼54g,硼酸27.5g,EDTA-Na2·2H2O 4.65g,加ddH2O 至1000ml.15 lbf/in2高壓濕熱滅菌20min,4℃保存備用.
8.溴化乙錠(EB):10mg/ml
9.RNase A(RNA酶A):不含DNA酶(DNase-free) RNase A的10mg/ml,TE配製,沸水加熱15min,分裝後貯存於-20℃.
10.6×loading buffer(上樣緩沖液):0.25%溴酚藍,0.25%二甲苯青FF,40%(W/V)蔗糖水溶液.
11.1% 瓊脂糖凝膠:稱取1g瓊脂糖於三角燒瓶中,加100ml 0.5×TBE,微波爐加熱至完全溶化,冷卻至60℃左右,加EB母液(10mg/ml)至終濃度0.5μg/ml(注意:EB為強誘變劑,操作時帶手套),輕輕搖勻.緩緩倒入架有梳子的電泳膠板中,勿使有氣泡,靜置冷卻30min以上,輕輕拔出梳子,放入電泳槽中(電泳緩沖液0.5×TBE),即可上樣.
⑨ 植物,動物,微生物DNA提取有什麼不同
從提取的角度來說
1、樣本狀態不同,植物一般是葉片、種子;動物一般是組織、血液;微生物就各種各樣的都有
2、提取所用的試劑不同,不同樣本要用不同的試劑配方
3、提取步驟不同
可以考慮用DNA提取試劑盒,我們實驗室主要用吉恩特系列的,效果挺穩定
⑩ 提取DNA的方法在不同微生物間有何區別請具體舉例說明
DNA提取的幾種方法
(1).濃鹽法
利用RNP和DNP在電解溶液中溶解度不同,將二者分離,常用的方法是用1M 氯 納提取化鈉抽提,得到的DNP粘液與含有少量辛醇的 氯仿一起搖盪,使乳化,再離心除去蛋白質,此時蛋白質凝膠停留在水相及氯仿相中間,而DNA位於上層水相中,用2倍體積95%乙醇可將DNA 鈉鹽沉澱出來.
也可用0.15 MNaCL液反復洗滌細胞破碎液除去RNP,再以1MNaCL提取脫氧核糖蛋白,再按氯仿---異醇法除去蛋白.
兩種方法比較,後種方法使核酸降解可能少一些.
以稀鹽酸溶液提取DNA 時,加入適量去污劑,如SDS可有助於蛋白質與DNA 的分離.在提取過程中為抑制組織中的DNase對DNA 的降解作用,在氯化鈉溶液中加入檸檬酸鈉作為金屬離子的烙合劑.通常用.15MNaCL,0.015M檸檬鈉,並稱SSC溶液,提取DNA.
(2).陰離子去污劑法:
用SDS或二甲苯酸鈉等去污劑使蛋白質變性,可以直接從生物材料中提取DNA .由於細胞中DNA與蛋白質之間常借靜電引力或配位鍵結合,因為陰離子去污劑能夠破壞這種價鍵,所以常用陰離子去污劑提取DNA.
(3).苯酚抽提法:
苯酚作為蛋白變性劑,同時抑制了DNase的降解作用.用苯酚處理勻漿液時,由於蛋白與DNA 聯結鍵已斷,蛋白分子表面又含有很多極性基團與苯酚相似相溶.蛋白分子溶於酚相,而DNA溶於水相.離心分層後取出水層,多次重復操作,再合並含DNA 的水相,利用核酸不溶於醇的性質,用乙醇沉澱DNA .此時DNA是十分粘稠的物質,可用玻璃漫漫繞成一團,取出.此法的特點是使提取的DNA保持天然狀態 .
( 4).水抽提法:
利用核酸溶解於水的性質,將組織細胞破碎後,用低鹽溶液除去RNA,然後將沉澱溶於水中,使DNA充分溶解於水中,離心後收集上清液.在上清中加入固體氯化鈉調節至2.6M.加入2倍體積95%乙醇,立即用攪拌法攪出.然後分別用66% ٠80%和95%乙醇以及丙銅洗滌,最後在空氣中乾燥,既得DNA樣品.此法提取的DNA中蛋白質含量較高,故一般不用.為除蛋白可將此法加以改良,在提取過程中加入SDS.