如何看16s微生物測序

『壹』 細菌鑒定中到底是16srDNA測序還是16srRNA測序

測的是16s rDNA序列，或者說是16s rRNA基因。即編碼16SrRNA的DNA序列，所以說其實是16S rDNA測序，而且RNA還特別容易降解。

基因測序是測出DNA上的鹼基是A,C,G,T中的哪一個；而基因檢測是通過雜交或測序等方法來確定DNA序列中是否含有特定的一段序列，來明確相關的基因某些功能，比如耳聾基因檢測就是用晶元來檢測一個正常人是否攜帶隱性先天性耳聾基因或者葯敏性耳聾基因。

測序只是得到DNA的序列,而檢測是最終要跟功能建立聯系。

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16S rDNA是細菌的系統分類研究中最有用的和最常用的分子鍾，其種類少，含量大（約占細菌DNA含量的80%），分子大小適中，存在於所有的生物中，其進化具有良好的時鍾性質，在結構與功能上具有高度的保守性，素有「細菌化石」之稱。

在大多數原核生物中rDNA都具有多個拷貝，5S、16S、23S rDNA的拷貝數相同。16S rDNA由於大小適中，約1.5Kb左右，既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，故被細菌學家和分類學家接受。

『貳』 什麼是16s核糖體rna基因測序

16SrDNA鑒定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定。包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。英文名稱是16S ribosomal DNA identification，應用有細菌種屬鑒定。
細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌染色體基因中。
16S rDNA是細菌的系統分類研究中最有用的和最常用的分子鍾，其種類少，含量大（約占細菌RNA含量的80%），分子大小適中，存在於所有的生物中，其進化具有良好的時鍾性質，在結構與功能上具有高度的保守性，素有「細菌化石」之稱。在大多數原核生物中rDNA都具有多個拷貝，5S、16S、23S rDNA的拷貝數相同。16S rDNA由於大小適中，約1.5Kb左右，既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，故被細菌學家和分類學家接受。

『叄』 通過保守序列測序來鑒定微生物，可靠性有多少

二代測序在微生物研究中使用的頻率越來越高了，通過16S rDNA測序可以得到微生物基因組的序列信息，通過序列比對即可鑒定出微生物的種屬，從而進行後續的分析。今天我們就來聊一聊16S rDNA測序是如何鑒定微生物到種的！
1.什麼是 16S rDNA？
細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。16S rDNA因其序列在物種間的高度多樣性，成為細菌分類學研究的「分子鍾」，素有「細菌化石」之稱。16S rDNA基因全長1542 bp，由9個可變區和10個保守區組成。其中保守區反映了生物物種間的親緣關系，而可變區則表明物種間的差異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。

圖16S rDNA基因組成（灰色為保守區，綠色為可變區）
2.什麼是 16S rDNA測序？
在細菌基因組中，編碼 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的進化保守性，適宜分析的長度（約為1.5kb），以及與進化距離相匹配的良好變異性，所以成為細菌分子鑒定的標准標識序列。16S rDNA測序即是對16S rDNA特定可變區（可選擇單可變區或是多可變區）進行PCR擴增，再結合高通量測序和生物信息分析，幫助研究人員進行大規模鑒定群落組成，表達豐度，以及開展系統進化分析的方案。該方案因其無需分離培養細菌，實驗操作簡單，並可大規模鑒定特定生境中全部菌群而成為研究微生物群落多樣性的首選方案。
3.16S rDNA測序如何鑒定微生物到種？
聯川基於最新版Greengene和自建資料庫以及V3、V4雙可變區擴增測序，並配合自主開發的數據分析程序可以將菌群鑒定到分類學上「種」的級別（目前最多可鑒定4414個種，覆蓋2106個屬，可鑒定菌種持續更新中......）。

(圖片僅供參考)
4.微生物鑒定到種的意義？
在醫學研究中，將菌群鑒定到種的級別具有重要的臨床應用價值，因為這不僅可以鑒定出某種傳染病的關鍵致病菌種，還可以幫助臨床醫生選擇適合的抗生素，以及確定治療持續的時間和制定傳染控製程序。
在農業生產中，牲畜、農作物的生長既離不開與菌群的共生作用，也時常受到多種不同病菌的侵染而影響發育，減產，甚至造成死亡，如鑒定出引起某一病害的關鍵或是佔主導的菌種，縮小致病菌范圍，將顯著促進開發出更有針對性的控制策略。

『肆』 高通量16s測序的結果怎麼分析

1、16S rRNA 普遍存在於原核生物中。rRNA 參與生物蛋白質的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長歷程中保持不變，可看作為生物演變的時間鍾。 2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列區域

『伍』 16s rrna的dgge和 16s rrna的高通量測序到底有什麼區別

16S rRNA: 16S RNA 即 16S ribosomal RNA，是原核核糖體30S小亞基的組成部分。16S中的"S"是一個沉降系數，亦即反映生物大分子在離心場中向下沉降速度的一個指標，值越高，說明分子越大。16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌的基因組中。16S rRNA具有高度的保守性和特異性以及該基因序列足夠長（包含約50個功能域）。

16S rRNA方法：沒有單獨的這個說法。16S rRNA相對分子量適中，又具有保守性和存在的普遍性等特點，序列變化與進化距離相適應，序列分析的重現性極高，再加上16S rRNA可直接從DNA中轉錄而直接測序，因此，現在一般普遍採用16S rRNA作為序列分析對象對微生物進行測序分析。