微生物鑒定覆蓋率多少

A. 通過保守序列測序來鑒定微生物，可靠性有多少

二代測序在微生物研究中使用的頻率越來越高了，通過16S rDNA測序可以得到微生物基因組的序列信息，通過序列比對即可鑒定出微生物的種屬，從而進行後續的分析。今天我們就來聊一聊16S rDNA測序是如何鑒定微生物到種的！
1.什麼是 16S rDNA？
細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。16S rDNA因其序列在物種間的高度多樣性，成為細菌分類學研究的「分子鍾」，素有「細菌化石」之稱。16S rDNA基因全長1542 bp，由9個可變區和10個保守區組成。其中保守區反映了生物物種間的親緣關系，而可變區則表明物種間的差異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。

圖16S rDNA基因組成（灰色為保守區，綠色為可變區）
2.什麼是 16S rDNA測序？
在細菌基因組中，編碼 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的進化保守性，適宜分析的長度（約為1.5kb），以及與進化距離相匹配的良好變異性，所以成為細菌分子鑒定的標准標識序列。16S rDNA測序即是對16S rDNA特定可變區（可選擇單可變區或是多可變區）進行PCR擴增，再結合高通量測序和生物信息分析，幫助研究人員進行大規模鑒定群落組成，表達豐度，以及開展系統進化分析的方案。該方案因其無需分離培養細菌，實驗操作簡單，並可大規模鑒定特定生境中全部菌群而成為研究微生物群落多樣性的首選方案。
3.16S rDNA測序如何鑒定微生物到種？
聯川基於最新版Greengene和自建資料庫以及V3、V4雙可變區擴增測序，並配合自主開發的數據分析程序可以將菌群鑒定到分類學上「種」的級別（目前最多可鑒定4414個種，覆蓋2106個屬，可鑒定菌種持續更新中......）。

(圖片僅供參考)
4.微生物鑒定到種的意義？
在醫學研究中，將菌群鑒定到種的級別具有重要的臨床應用價值，因為這不僅可以鑒定出某種傳染病的關鍵致病菌種，還可以幫助臨床醫生選擇適合的抗生素，以及確定治療持續的時間和制定傳染控製程序。
在農業生產中，牲畜、農作物的生長既離不開與菌群的共生作用，也時常受到多種不同病菌的侵染而影響發育，減產，甚至造成死亡，如鑒定出引起某一病害的關鍵或是佔主導的菌種，縮小致病菌范圍，將顯著促進開發出更有針對性的控制策略。

B. 微生物鑒定的四個水平

1、細胞的形態和習性水平

觀察細胞的形態特徵、運動性、酶反應、營養要求和生長條件等。

2、細胞組分水平

細胞組成成分例如細胞壁成分，細胞氨基酸庫，脂類、醌類、光合色素等的分析。

3、蛋白質水平

氨基酸序列分析、凝膠電泳和各種免疫標記技術。

4、核酸水平

核酸分子雜交，G+C mol%值的測定，遺傳信息的轉化和轉導，16S或18S rRNA寡核苷酸序列分析，重要基因序列分析和全基因組測序等。

常見的幾種微生物分類概念

種：親緣關系較近的微生物有機體的集合，它們在進化發育階段上有一定的共同形態和生理特徵。現代分類學上規定種內菌株的DNA同源性>=70%

變種：從自然界分離到的微生物純種，如果與典型種之間存在某些特徵的差別，而這些特徵又是穩定遺傳的，則可將這一純種稱為典型種的變種。如枯草芽孢桿菌的黑色變種。

小種（亞種）:實驗室中獲得的微生物變異型稱為小種或亞種。

型：自然界存在的差異較小的同種微生物的不同類型，稱為型。如結核分枝桿菌以其寄主的不同可分為人型、牛型和禽型。

菌株（品系）：來源不同的同種微生物的純培養，均可稱為菌株。

群：有些微生物的特徵介於兩種微生物之間，我們把這兩種微生物及其中間類型統稱為一個群。

C. 表面微生物取樣回收率 多少合格

對於微生物取樣， 不適用進行回收率研究來確定表面百分回收率。原因之一是微生物檢測的計數問題−通常以「菌落形成單位」進行計數而不是單個微生物。第二個原因是在一個標準的取樣回收率研究中，當材質試樣晾乾時微生物會死亡或失去生存能力。第三個原因是不清楚選用哪種微生物進行回收率研究。第四個原因是通常生物負載限度已明顯低於可能影響產品質量或工藝性能（如在線滅菌）的水平。

D. 檢驗科的質量控制指標

檢驗科質量控制指標
1、 檢驗項目開展數量，開展率（與衛計委《醫療機構臨床檢驗項目目錄（2013年版）》比率）；
2、 各設備的開機率；
3、 設備正常運轉率；
4、 開展室間質評的項目數量，覆蓋率；
5、 開展室內質控的項目數，覆蓋率；
6、 室內質控個失控率（總的和分項目的）；
7、 室間質評的合格率（總的和分項目的）；
8、 微生物室間質評全年細菌鑒定正確率；
9、 急診檢驗報告時間：臨檢、生化；
10、 常診檢驗報告時間：臨檢、生化、免疫、微生物；
11、 報告單合格率；
12、 申請單合格率；
13、 標本合格率；
14、 不合格標本率；
15、 「危急值」發生率（總的和分項目的）；
16、 患者滿意率；
17、 臨床科室醫生滿意率。

E. 請問一下菌種鑒定的方法和實驗步驟

實驗步驟：菌種鑒定工作是各類微生物學實驗室都經常遇到的基礎性工作。不論鑒定對象屬哪一類，其工作步驟都離不開以下三步：①獲得該微生物的純種培養物；②測定一系例必要的鑒定指標；③查找權威性的鑒定手冊。 一、經典分類鑒定方法 群體：菌落形態，在半固體或液體培養基中的生長狀態等
* 形態 個體：細胞形態，染色反應，各種特殊構造等
* 營養要求：能源，碳源，氮源，生長因子等
* 生理、生化反應 酶；產酶種類和反應物性等
* 代謝產物：種類，產量，顯色反應等
* 經典指標 生態特性：生長溫度，對氧的需要，宿主種類等
* 生活史特點
* 血清學反應
* 噬菌體的敏感性
* 其它
經典分類法
經典分類法是一百多年來進行微生物分類的傳統方法。其特點是人為地選擇幾種形態生理生化特徵進行分類，並在分類中將表型特徵分為主、次。一般在科以上分類單位以形態特徵、科以下分類單位以形態結合生理生化特徵加以區分。 * A. 能在 60 o C 以上生長
* B. 細胞大，寬度 1.3~1.8mm ………………… 1. 熱微菌屬 ( Thermomicrobium )
* B. 細胞小，寬度 0.4~0.8mm
* C. 能以葡萄糖為碳源生長
* D. 能在 pH4.5 生長 …………………………… 2. 熱酸菌屬 ( Acidothermus )
* DD. 不能在 pH4.5 生長 …………………………………… 3. 棲熱菌屬 ( Thermus )
* CC. 不能以葡萄糖為唯一碳源 ……………… 4. 棲熱嗜油菌屬 ( 棲熱嗜獅菌屬 Thermoleophilum )
* AA. 不能在 60 o C 以上生長
二、現代分類鑒定方法
* 近年來，隨著分子生物學的發展和各項新技術的廣泛應用，促使微生物分類鑒定工作有了飛速發展。對微生物鑒定工作來說，已從經典的表型特徵的鑒定深入到現代的遺傳學特性的鑒定、細胞化學組分的精確分析以及利用電子計算機進行數值分類研究等新的層次上。
* （一）微生物遺傳型的鑒定
* DNA是除少數RNA病毒以外的一切微生物的遺傳信息載體。每一種微生物均有其自己特有的、穩定的DNA成分和結構，不同微生物間DNA成分和結構的差異程度代表著它們間新緣關系的遠近。因此，測定每種微生物DNA的若乾重要數據，是微生物鑒定中極其重要的指標：
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 每一個微生物種的 DNA 中 GC mol% 的數值是恆定的，不會隨著環境條件、培養條件等的變化而變化，而且在同一個屬不同種之間， DNA 中 GCmol% 的數值不會差異太大，可以某個數值為中心成簇分布，顯示同屬微生物種的 GC mol% 范圍。 DNA 中 GC mol% 分析主要用於區分細菌的屬和種，因為細菌 DNA 中 GC 含量的變化范圍一般在 25 ％～ 75 ％；而放線菌 DNA 中的 GC 比例范圍非常窄 (37 ％～ 51%) 。一般認為任何兩種微生物在 GC 含量上的差別超過了 10 ％，這兩種微生物就肯定不是同一個種。因此可利用 G+C mol ％來鑒別各種微生物種屬間的親緣關系及其遠近程度。值得注意的是，親緣關系相近的菌，其 G+C mol ％含量相同或者近似，但 G+C mol ％相同或近似的細菌，其親緣關系並不一定相似，這是因為這一數據還不能反映出鹼基對的排列序列，而且如放線菌的 DNA 的 GC mol% 在 37 ～ 51 之間，企圖在這么小的范圍內區分放線菌的幾十個屬顯然是不現實的。要比較兩種細菌的 DNA 鹼基對排列序列是否相同，以及相同的程度如何，就需做核酸雜交試驗。
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 1）每個生物種都有特定的GC%范圍，因此後者可以作為分類鑒定的指標。細菌的GC%范圍為25--75%，變化范圍最大，因此更適合於細菌的分類鑒定。
* 2）GC%測定主要用於對表型特徵難區分的細菌作出鑒定，並可檢驗表型特徵分類的合理性，從分子水平上判斷物種的親緣關系。
* 3）使用原則：
* G+C含量的比較主要用於分類鑒定中的否定每一種生物都有一定的鹼基組成，親緣關系近的生物，它們應該具有相似的G+C含量，若不同生物之間G+C含量差別大表明它們關系遠。但具有相似G+C含量的生物並不一定表明它們之間具有近的親緣關系。
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 同一個種內的不同菌株G+C含量差別應在4～5%以下；同屬不同種的差別應低於10～15%。所以G+C含量已經作為建立新的微生物分類單元的一項基本特徵，它對於種、屬甚至科的分類鑒定有重要意義。
* 若二個在形態及生理生化特性方面及其相似的菌株，如果其G+C含量的差別大於5%，則肯定不是同一個種，大於15%則肯定不是同一個屬。
* 在疑難菌株鑒定、新種命名、建立一個新的分類單位時，G+C含量是一項重要的，必不可少的鑒定指標。其分類學意義主要是作為建立新分類單元的一項基本特徵和把那些G+C含量差別大的種類排除出某一分類單元。
2.核酸的鹼基組成和分子雜交：* 與形態及生理生化特性的比較不同，對DNA的鹼基組成的比較和進行核酸分子雜交是直接比較不同微生物之間基因組的差異，因此結果更加可信。
DNA-DNA 雜交
* DNA 雜交法的基本原理是用 DNA 解鏈的可逆性和鹼基配對的專一性，將不同來源的 DNA 在體外加熱解鏈，並在合適的條件下，使互補的鹼基重新配對結合成雙鏈 DNA ，然後根據能生成雙鏈的情況，檢測雜合百分數。如果兩條單鏈 DNA 的鹼基順序全部相同，則它們能生成完整的雙鏈，即雜合率為 100% 。如果兩條單鏈 DNA 的鹼基序列只有部分相同，則它們能生成的「雙鏈」僅含有局部單鏈，其雜合率小於 100% 。由此；雜合率越高，表示兩個 DNA 之間鹼基序列的相似性越高，它們之間的親緣關系也就越近。如兩株大腸埃希氏菌的 DNA 雜合率可高達 100 ％，而大腸埃希氏菌與沙門氏菌的 DNA 雜合率較低，約有 70 ％。 G+Cmol ％的測定和 DNA 雜交實驗為細菌種和屬的分類研究開辟了新的途徑，解決了以表觀特徵為依據所無法解決的一些疑難問題，但對於許多屬以上分類單元間的親緣關系及細菌的進化問題仍不能解決。
DNA — rRNA 雜交
* 目前研究 RNA 鹼基序列的方法有兩種。一是 DNA 與 rRNA 雜交，二是 16S rRNA 寡核苷酸的序列分析。 DNA 與 rRNA 雜交的基本原理、實驗方法同 DNA 雜交一樣，不同的是① 是 DNA 雜交中同位素標記的部分是 DNA ，而 DNA 與 rRNA 雜交中同位素標記的部分是 rRNA 。② DNA 雜交結果用同源性百分數表示，而 DNA 與 rRNA 雜交結果用 Tm(e) 和 RNA 結合數表示。 Tm(e) 值是 DNA 與 rRNA 雜交物解鏈一半時所需要的溫度。 RNA 結合數是 100 m gDNA 所結合的 rRNA 的 m g 數。根據這個參數可以作出 RNA 相似性圖。在 rRNA 相似性圖上，關系較近的菌就集中到一起。關系較遠的菌在圖上占據不同的位置。用 rRNA 同性試驗和 16SrRNA 寡核苷酸編目的相似性比較 rRNA 順反子的實驗數據可得到屬以上細菌分類單元的較一致的系統發育概念，並導致了古細菌的建立。
3.建立16 S r RNA系統發育樹
* a）使生物進化的研究范圍真正覆蓋所有生物類群；
* 傳統的生物進化研究，主要基於復雜的形態學和化石記載，因此多限於研究後生生物（metazoa），而後者僅占整個生物進化歷程的1/5
* b）提出了一種全新的正確衡量生物間系統發育關系的方法；
* c）對探索生命起源及原始生命的發育進程提供了線索和理論依據；
* d）突破了細菌分類僅靠形態學和生理生化特性的限制，建立了全新的微生物分類、鑒定理論；
* e）為微生物生物多樣性和微生物生態學研究建立了全新的研究理論和研究方法，特別是不經培養直接對生態環境中的微生物進行研究。
3、 16S rRNA(16S rDNA) 寡核苷酸的序列分析
* 首先， 16S rRNA 普遍存在於原核生物（真核生物中其同源分子是 18S rRNA ）中。 rRNA 參與生物蛋白質的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長歷程中保持不變，可看作為生物演變的時間鍾。其次，在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列區域，又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關系的研究。第三， 16S rRNA 的相對分子量大小適中，約 1 540 個核苷酸，便於序列分析。因此，它可以作為測量各類生物進化和親緣關系的良好工具。
分離菌株 16S rRNA 基因
* 。從平板中直接挑取一環分離菌株細胞 , 加入 100μL 無菌重蒸 H 2 O 中 , 旋渦混勻後 , 沸水浴 2min, 12 000r min -1 離心 5min, 上清液中即含 16S rRNA 基因，可直接用於 PCR 擴增。分離菌株 16S rRNA 基因的 PCR 擴增和序列測定的一般步驟為： 16S rRNA 基因的 PCR 引物： 5'-AGAGT TTGAT CCTGG CTCAG-3' ； 5'-AAGGA GGTGA TCCAG CCGCA-3' 。擴增反應體積 50 m L ，反應條件為 95 ℃預變性 5min ， 94 ℃變性 1min ， 55 ℃退火 1min ， 72 ℃延伸 2min ，共進行 29 個循環， PCR 反應在 PTC-200 型熱循環儀上進行。取 5 m L 反應液在 10g L -1 的瓊脂糖凝膠上進行電泳檢測。 PCR 產物測序可由專門技術公司完成。
比對分析
* 測序得到 分離菌株 16S rDNA 部分序列，此序列一般以 *.f.seq 形式保存，可以用寫字板或 Editsequence 軟體打開，將所得序列通過 Blast 程序與 GenBank 中核酸數據進行比對分析 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ) ，具體步驟如下：點擊網站中 Nucleotide BLAST 下 Nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] 選項，將測序所得序列粘貼在「 search 」網頁空白處，或輸入測序結果所在文件夾目錄，點擊核酸比對選項，即「 blast 」，然後點擊「 format 」，計算機自動開始搜索核苷酸資料庫中序列並進行序列比較，根據同源性高低列出相近序列及其所屬種或屬，以及菌株相關信息，從而初步判斷 16S rDNA 鑒定結果。
比對分析
* 遺傳距離矩陣與系統發育樹構建，可採用 DNAStar 軟體包中的 MegAlign 程序計算樣本間的遺傳距離。由 GenBank 中得到相關菌株的序列，與本研究分離菌株所測得序列一起輸入 Clustalx1.8 程序進行 DNA 同源序列排列，並經人工仔細核查。在此基礎上，序列輸入 Phylip3.6 軟體包，以簡約法構建系統發育樹。使用 Kimura 2-parameter 法，系統樹各分枝的置信度經重抽樣法（ Bootstrap ） 500 次重復檢測， DNA 序列變異中的轉換和顛換賦於相同的加權值。
（二）細胞化學成分的鑒定* 除上述核酸成分外的其它化學成分的測定，是微生物化學分類法的重要內容，主要包括：1.細胞壁的化學成分。2.全細胞水解液的糖型。3.磷酸類脂成分的分析。4.枝菌酸的分析。5. 醌類的分析。6.氣相色譜技術的應用。
（二）細胞化學成分的鑒定
* 微生物分類中，根據微生物細胞的特徵性化學組分對微生物進行分類的方法稱化學分類法 (chemotaxonomy) 。在近二十多年中，採用化學和物理技術采研究細菌細胞的化學組成，已獲得很有價值的分類和鑒定資料，各種化學組分在原核微生物分類中的意義見表
細菌的化學組分分析及其在分類水平上的應用
細胞化學成分鑒定的意義
* 隨著分子生物學的發展，細胞化學組分分析用於微生物分類日趨顯示出重要性。細胞壁的氨基酸種類和數量現己被接受為細菌屬的水平的重要分類學標准。在放線菌分類中，細胞壁成分和細胞特徵性糖的分析作為分屬的依據，已被廣泛應用。脂質是區別細菌還是古菌的標准之一，細菌具有醯基脂 ( 脂鍵 ) ，而古菌具有醚鍵脂，因此醚鍵脂的存在可用以區分古菌。黴菌酸的分析測定己成為諾卡氏菌形放線菌分類鑒定中的常規方法之一。鞘氨醇單胞菌和鞘氨醇桿菌等細胞膜都含有鞘氨醇，因此鞘氨醇的有無可作為此類細菌的一個重要標志。此外某些細菌原生質膜中的異戊間二烯醌，細胞色素，以及紅外光譜等分析對於細菌、放線菌中某些科、屬、種的鑒定也都十分有價值。
（三）數值分類法
* 數值分類法亦稱統計分類法，是在約200年前與林奈同代人M.Adanson (1727 ~1806，法國植物學家)發展的分類原理基礎上藉助於現代的電子計算機技術而發展起來的。數值分類的基本步驟為：（1）計算兩菌株間的相似系數；（2）列出相似度矩陣；（3）將矩陣圖轉換成樹狀譜。
數值分類的基本步驟
數值分類法
* 又稱阿德遜氏分類法 。它的特點是根據較多的特徵進行分類，一般為 50 ～ 60 個，多者可達 100 個以上，在分類上，每一個特性的地位都是均等重要。通常是以形態、生理生化特徵，對環境的反應和忍受性以及生態特性為依據。最後，將所測菌株兩兩進行比較，並借用電子計算機計算出菌株間的總相似值，列出相似值矩陣 ( 圖 14-5) 。為便於觀察，應將矩陣重新安排，使相似度高的菌株列在一起，然後將矩陣圖轉換成樹狀譜 (dendrogram) ，再結合主觀上的判斷 ( 如劃分類似程度大於 85 ％者為同種，大於 65 ％者為同屬等 ) ，排列出—個個分類群。
數值分類法的優越性
* 數值分類法的優越性在於它是以分析大量分類特徵為基礎，對於類群的劃分比較客觀和穩定；而且促進對細菌類群的全面考查和觀察，為細菌的分類鑒定積累大量資料。但在使用數值分類法對細菌菌株分群歸類定種或定屬時，還應做有關菌株的 DNA 鹼基的 G + Cmol% 和 DNA 雜交，以進一步加以確證。

F. 葯品領域的微生物檢測及標准

中國葯典微生物限度檢查法，為《中國葯典》附錄收載的關於葯品微生物檢查的法定方法。葯品的不同劑型的微生物檢測標准不同，具體如下：

1、制劑通則品種

制劑通則、品種項下要求無菌的制劑及標示無菌的制劑應符合無菌檢查法規定。

2、口服給葯制劑

細菌數每1g不得過l000cfu。每lml不得過100cfu。

黴菌和酵母菌數每lg或lml不得過100cfu。

大腸埃希菌每1g或lml不得檢出。

3、耳、鼻及呼吸道吸入給葯制劑

細菌數每1g、lml或l0cm²，不得過100cfu。

黴菌和酵母菌數每1g、lml或l0cm²，不得過10cfu。

金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌每1g、lml或l0cm²不得檢出。

大腸埃希菌鼻及呼吸道給葯的制劑，每1g、lml或l0cm²，不得檢出。

4、陰道、尿道給葯制劑

細菌數每1g、lml或l0cm²，不得過100cfu。

黴菌數和酵母菌數每1g、lml或l0cm²應小於10cfu。

金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、白色念珠菌每1g、lml或l0cm²，不得檢出。

5、直腸給葯制劑

細菌數每1g不得過l000cfu。每lml不得過100cfu。

黴菌和酵母菌數每1g或lml不得過100cfu。

金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌每lg或lml不得檢出。

6、其他局部給葯制劑

細菌數每1g、lml或l0cm²不得過100cfu。

黴菌和酵母菌數每1g、lml或l0cm²不得過100cfu。

金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌每1g、lml或l0cm²不得檢出。

7、含動物組織

含動物組織（包括提取物）的口服給葯制劑每10g或10ml還不得檢出沙門菌。

8、兼用途徑制劑

應符合各給葯途徑的標准。

(6)微生物鑒定覆蓋率多少擴展閱讀

微生物限度檢查法的注意事項：

1、當建立產品的微生物限度檢查法時，應進行控制菌檢查方法的驗證，以確認所採用的方法適合於該產品的控制菌檢查。若產品的組分或原檢驗條件發生改變可能影響檢驗結果時，檢查方法應重新驗證。

2、檢查項目應當包括細菌數、黴菌數、酵母菌數及控制菌檢查。

3、微生物限度檢查應在環境潔凈度10000 級下的局部潔凈度100 級的單向流空氣區域內進行。

4、檢驗全過程必須嚴格遵守無菌操作，防止再污染。單向流空氣區域、工作檯面及環境應定期按《醫葯工業潔凈室（區）懸浮粒子、浮游菌和沉降菌的測試方法》的現行國家標准進行潔凈度驗證。

5、除另有規定外，本檢查法中細菌及控制菌培養溫度為30℃～35℃；黴菌、酵母菌培養溫度為23℃～28℃。

6、檢驗結果以1g、1ml、10g、10ml、10c㎡ 為單位報告，特殊品種可以最小包裝單位報告。

G. 微生物送檢率怎麼計算

（二）接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢率指標名稱：接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢率（%）。
對象選擇：接受抗菌葯物治療住院患者
指標類型：過程指標。
指標改善：
1.接受限制使用級抗菌葯物治療的住院患者抗菌葯物使用前微生物檢驗樣本送檢率不低於50%。
2.接受特殊使用級抗菌葯物治療的住院患者抗菌葯物使用前微生物檢驗樣本送檢率不低於80%。
分子：接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢例數。
分母：同期接受抗菌葯物治療住院患者總例數。
計算公式：
微生物檢驗樣本送檢率（%）=接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢例數/同期接受抗菌葯物治療住院患者總例數×100

H. 微生物送檢率怎麼計算

計算公式： 微生物檢驗樣本送檢率（%）=接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢例數/同期接受抗菌葯物治療住院患者總例數×100

對象選擇：接受抗菌葯物治療住院患者 指標類型：過程指標。

指標改善：

1.接受限制使用級抗菌葯物治療的住院患者抗菌葯物使用前微生物檢驗樣本送檢率不低於50%。

2.接受特殊使用級抗菌葯物治療的住院患者抗菌葯物使用前微生物檢驗樣本送檢率不低於80%。

分子：接受抗菌葯物治療住院患者微生物檢驗樣本送檢例數。 分母：同期接受抗菌葯物治療住院患者總例數。

(8)微生物鑒定覆蓋率多少擴展閱讀

按照感染性疾病病原診斷與管理要求，以下各項檢查可以作為計算微生物檢查送檢率的項目。

1、無菌體液（離心後）細菌塗片染色細菌檢查。

2、合格標本細菌培養。

3、肺炎鏈球菌尿抗原。

4、軍團菌抗原/抗體檢查。

5、真菌塗片及培養。

6、血清真菌G實驗或GM實驗。

7、降鈣素原檢測（PCT).特殊病原體（如支原體、衣原體、立克次體、螺旋體、病毒等）抗原抗體檢查，主要用於相關特殊感染診斷，一般需要在檢查獲得有陽性結果對臨床用葯才具有參考價值，不計入應用抗菌葯物前采樣送檢率。