1. 多個啟動子元件的比較應該用什麼軟體
②上游啟動子元件(upstreampromoterelements)包括通常位於-70bp附近的CAAT盒和GC盒、以及距轉錄起始點更遠的上游元件.這些元件與相應的蛋白因子結合能提高或改變轉錄效率.不同基因具有不同的上游啟動子元件組成,其位置也不相同,就使得不同的基因表達分別有不同的調控.
2. 如何分析某基因啟動子區域的結合蛋白用何軟體或者網站分析
雙熒光檢測~1、將基因的啟動子區域克隆至pGL系列質粒上
3. 有誰知道有沒有一個啟動子預測軟體，可以預測一個基因的啟動子序列上的轉錄因子結合位點
軟體不知道 網站倒是有 你去google搜tfscan或者tfsearch 就是去ncbi把一個基因的上游1，2K bp的序列輸進去 就會找出來的 不過都是預測的 而且不能確定是促進還是抑制
4. 對環境樣品中的微生物進行PCR克隆測序後，用什麼軟體比較序列劃分OTU
clastal，treeview等等
5. 識圖軟體有關微生物的
微生物包括：細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、顯微藻類等在內的一大類生物群體，它個體微小，與人類關系密切。涵蓋了有益跟有害的眾多種類，廣泛涉及食品、醫葯、工農業、環保等諸多領域。在中國大陸地區的教科書中，均將微生物劃分為以下8大類：細菌、病毒、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體。有些微生物是肉眼可以看見的，像屬於真菌的蘑菇、靈芝等。還有微生物是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的「非細胞生物」，但是它的生存必須依賴於活細胞。
6. 用手機下載哪個軟體看微生物
您可以下載一個應用寶，應用寶里有
一個北京生物工程平台的軟體，通過這
個軟體您是可以了解好多為生物的，類似
的軟體應用寶里還是有好多的，建議您
自己下載自己看一下，應用寶里的軟體
都是官方認證的，無毒，所以您用著
也可以放心些，望採納謝謝。
7. 什麼軟體或網站可以分析啟動子
可以下載GENSCAN、Promoter和Dragon Promoter Finder軟體，這些軟體專門用於預測啟動子區域，核心啟動子一般指TATA盒和起始子。
8. 如何進行基因序列分析，有什麼軟體嗎
你去ncbi吧，上面可以進行DNA序列的分析，我們一般分析啟動子上又什麼元件啊之類的都在上面，不過你可能需要讓他人教一下才會用的。
9. 基因組分析軟體
樓主的基因組序列是真核還是原核的？真核和原核的分析軟體不一樣：
glimmer 預測系統先用 build-icm 程序對該物種已知的基因序列生成一個馬爾可夫模型參數集合，glimmer2 再應用這個參數集對 DNA 序列進行基因預測。此軟體適合對原核生物進行預測；http://www.cbcb.umd.e/software/glimmer/glimmer302.tar.gz
GlimmerM 是 TIGR 開發的用於真核生物基因預測的軟體。該 軟 件 包 可 以 從 TIGR 的 網 站 上 免 費 下 載 ， 下 載 網 站 鏈 接 ：
ftp://ftp.tigr.org/pub/software/GlimmerM/
GenScan 是由美國麻省理工大學的 Burge 和 Karlin 於 1997 年開發的，基於廣義隱馬爾可夫模型的人類及脊椎動物基因預測軟體。它不依賴於已有的蛋白庫，是一種"從頭預測"的軟體。目前還開發了適用於果蠅、擬南芥和玉米的專用版本，對於其他物種可以先採用相近的物種版本來預測。 總體來說，對中間外顯子預測的准確性高於起始外顯子和末端外顯子，外顯子的准確性高於 polyA 或啟動子。該 軟 件 的 可 執 行 版 本 可 以 從 Burge 實 驗 室 的 網 站 上 免 費 下 載 ， 下 載 網 站 鏈 接 ：
http://genes.mit.e/GENSCAN.html
還有很多我就不一一列舉了，要熟練使用這些軟體，要需要多多訓練，祝好
10. 列舉常用的生物信息學資料庫及序列對比常用軟體及特點
一般來說所用的分析工具有在線跟下載的 下面簡要列舉一些常用在線軟體的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，輸出序列長度、載體序列的區域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開google 首頁，搜索VecScreen，進入VecScreen首頁，復制序列，運行，View report。
二、結果：
輸出序列長度918bp，
載體序列的區域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相應工具，分析下列未知序列的重復序列情況，輸出重復序列的區域、包含的所有重復序列的類型、重復序列的總長度及Masked Sequence。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的。
進入google首頁，搜索RepeatMasker，進入RepeatMasker主頁，進入RepeatMasking，復制序列，DNA source選擇human，運行！點擊超鏈接，在結果中選擇
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，輸出CpG島的長度、區域、GC數量、所佔的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進入google首頁，搜索CpGPlot，進入CpGPlot主頁，program中選擇cpgreport復制序列，運行！
二、結果：
CpG島的長度：385bp
區域：48——432；
GC數量：Sum C+G=297，百分數=77.14
Obs/Exp：1.01
4、預測下面序列的啟動子，輸出可能的啟動子序列及相應的位置。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Neural Network Promoter Prediction，進入主頁，復制序列，選擇eukaryote，運行！
二、結果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、運用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分別輸出內含子－外顯子剪接位點給體和受體的區域及剪接處位置的鹼基。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Splice Site Prediction，進入主頁，復制序列。Organism選擇Human or other。其他默認，運行！
二、結果：
供體：
受體：
6、對下面序列進行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來源)哪個ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個部分)。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是Zea的
進入google首頁；搜索NCBI，進入主頁，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復制序列，默認，運行！
二、結果：ORF圖
三、步驟：進入google首頁，搜索GENESCAN，進入主頁，Organism:Maize， ，其他默認，運行！
四、結果：
G7、進入REBASE限制性內切酶資料庫，輸出AluI、MboI、EcoI三種內酶的Recognition Sequence和Type。
一、步驟：進入google首頁，google in English，搜索REBASE，進入主頁， 分別輸入AluI、MboI、EcoI，運行！
在MboI中選擇第一個，EcoI選擇第二個。
二、結果：
ENSCAN圖
8、使用引物設計工具，針對下列未知序列設計一對引物，要求引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃。請寫出選擇的一對引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應的GC含量、引物的位點、Tm值和產物長度。一、步驟：進入google首頁，搜索genefisher，進入主頁，復制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；設置一下引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃； 。
二、結果：
GC含量：
引物的位點：
Tm值：
產物長度：。
9、將下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用產生平末端及有四個酶切位點的酶進行酶切，並用抓圖提交膠圖（view gel），要求1.4% agarose和Marker為100bp DNA Ladder。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST，得知是linear。
進入google首頁，搜索NEBcutter 2.0，進入主頁，選擇linear，運行！選擇custom digest， ，把「1」改為「4」，選擇平末端，後digest。View gel。選擇1.4% agarose和Marker為100bp。
二、結果：
然後就是蛋白質的了一般都在expasy里swiss-prot 適用於檢索的 compute pi/mw 求理論分子量 分子量 protparam物理化學性質 protscale親水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化學試劑處理後的內切產物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank資料庫
資料庫相似性搜索——核酸序列與核酸資料庫比較（BLASTN）
蛋白質序列與資料庫中蛋白質序列比較（BLASTP）
兩序列比對（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析實驗序列外顯子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析實驗序列的可能酶切位點——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
註： Custom digest -- view gel
限制性內切酶資料庫——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
設計引物擴增實驗序列——Genefisher
Primer 3
蛋白質序列分析及結構預測：
1.預測蛋白質的分子量及等電點:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白質的基本物理化學性質：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質在各種蛋白酶和各種化學試劑處理後的內切產物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白質的信號肽：ExPASy（SignalP）
6.預測蛋白質的二級結構：ExPASy（Jpred 3）
多物種分子系統發育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂聯素蛋白質序列：NP_004788
人類胰島素生長因子IB前體：P05019