『壹』 16sRNA怎樣鑒定細菌
16s rRNA長度為1.5k多，作為菌種鑒定一般選擇相似度97%的標准，相似度超過97%一般定義為同一種菌。
如果是sanger測序獲得16s全長的都可以鑒定到種，甚至能區分亞種。有些細菌並不只有1個16s序列，會包含有1-15拷貝的16s序列，所以單一的16s序列鑒定可能會出現偏差。
利用高通量如454或miseq測序一般由於讀長的緣故，通常只有300-500多個鹼基被測序，所以在物種鑒定上一般比較可靠的是能分類到屬，部分能分類到種。
根據我們的經驗，不同的樣品會有大約10-50的菌能分類到種。利用新的分析方法，我們現在也可以利用16s rRNA的群落多樣性高通測序數據進行亞種級別的分析。主要是利用16s中共同變化的SNP位點進行分型。這樣可以大大提高菌種的分類精度，尤其是在有些菌株之間表型差異巨大的時候。
『貳』 16s能測死菌嗎
能。
16s需要提取到DNA後進行聚合酶鏈式反應擴增16秒之後進行測序，即使是死菌也可以只要是純度足夠，便可以進行檢測。
『叄』 微生物測序該怎麼選，16S or 宏基因組
一、16SrRNA
16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是細菌染色體上編碼 rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌染色體基因中。該序列包含9個高變區和10個保守區，通過對某一段高變區序列（V4區或V3-V4區）進行PCR擴增後進行測序，得到1500bp左右的序列。對於16S測序而言，任何一個高變區或幾個高變區，盡管變異性再高，對於某些物種來說，這些高變區也可能十分相近，而能夠區分它們的特異性序列片段有可能不在我們的擴增區域內。換言之，非全長的可變區序列覆蓋范圍不夠導至無法鑒定到種。
目前來說，16S比較可靠的是用來做菌群的群落分析，物種的組成，多樣性分析等，但是由於16S測序本身的性質，想要注釋到種水平目前准確性還有待商榷。由於16s是以菌為主體進行研究，想要研究具體的功能目前來說還比較困難。
2、宏基因組
宏基因組研究以環境中所有微生物基因組為研究對象，通過對環境樣品中的全基因組DNA進行高通量測序，獲得單個樣品的飽和數據量，基於denovo組裝進行微生物群落結構多樣性，微生物群體基因組成及功能，特定環境相關的代謝通路等分析，從而進一步發掘和研究具有應用價值的基因及環境中微生物群落內部、微生物與環境間的相互關系。構建的環境微生物基因集，可為環境中微生物的研究、開發和利用提供基因資源庫。
宏基因組測序又能做什麼分析呢，首先16s能做的宏基因組都能做，有些還能做的更好，比如宏基因組就可以准確的在種水平上進行相應的注釋。除此之外，由於宏基因組可以組裝到比對到基因上，那麼就可以基於基因水平進行更多的分析，如GO，KEGG功能分析，代謝相關關聯分析，疾病關聯分析等。對於菌群在疾病的發生發展的解釋會更加的細致具體。
如果你有一些臨床樣本（口腔，鼻腔或糞便等），想了解研究菌群與疾病的關聯，那麼我們該選16S測序還是宏基因組測序呢？ 首先就是研究經費得夠，目前來說16S一個只要幾百塊錢，但是宏基因組測序一個樣本需要3、4千，如果經費不夠那就選擇16S啦。其次和我們的研究目標是密切相關的，假設我們研究的是疾病與對照組間菌群直接的差異，那麼16S測序完全夠用，而且目前來說除了種水平外，其它的多個水平同樣的樣本16s注釋的物種會更加豐富。當然如果需要研究關鍵的功能和基因，那麼直接選擇宏基因組測序即可。
『肆』 為什麼16S可以鑒定細菌的原理
一般我們pCR 16S 送去測序，根據16S DNA序列鑒定細菌的屬。
為什麼16S可以鑒定細菌的種。
01 逐級了解定義
RNA分為：mRNA 、核糖體RNA（rRNA）、轉運RNA（tRNA）、其他類型RNA。
核糖體：是細胞器的一種，是翻譯進行的場所。為直徑25-30nm不規則顆粒狀，有大小亞基。
由核糖體RNA和具有各種功能的大量蛋白質組成。
核糖體很大很難估計他們的分子質量，所以通常用S（沉降系數）值來衡量大小。
什麼是S（沉降系數），怎麼理解它的數值？
真核和原核核糖體rRNA
為什麼核糖體的沉降系數不等於大亞基和小亞基之和
02 16S rDNA 鑒定
16S rDNA 是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列。存在於所有細菌染色體基因中。
16S rDNA 鑒定是指利用細菌16S rDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定。
rRNA是 rDNA 的轉錄產物，是構成核糖體的重要組成部分。16S rRNA是其中一個組件。
一般所分析對象都是16S rDNA ，因為DNA提取容易，也比較穩定。
03 選16S rDNA鑒定原因
未完待續。。。。
『伍』 微生物16S測序數據分析思路解讀
文章摘錄： https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control&dist_request_id=1328680.10001.16161359172342727&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control
16S rRNA基因測序（也稱16S rDNA測序）是最常用的菌群多樣性分析的手段。對於新手，如果收到一份不講「人話」的16S測序分析報告，很快就會被各種生態學術語、各種指數、各種分析方法弄暈。
7個問題串起16S測序的核心結果
怎麼辦？用你的研究邏輯來梳理16S測序數據（圖1）。
簡單地說，做16S測序是為了鑒定樣本中的微生物（細菌）群組成，找微生物群與疾病或表型的相關性。
詳細地說，
1）首先想了解在不同組樣本中各有哪些微生物存在和豐富度（對應於菌群鑒定和α多樣性分析）；
2）接著想看不同樣本組間微生物群組成是否存在差異（對應於β多樣性分析）；
3）如果是，那麼就有必要找出引起不同組樣本微生物群差異的關鍵菌。如果不是，那說明微生物群比如腸道菌群與疾病或表型可能並不相關（基於已有的研究，這種可能性比較小）；
4）找到了關鍵菌，在臨床上，很自然會想到，這些（個）關鍵菌是否可以作為Biomarker（對應於疾病診斷模型構建），比如用於區分糖尿病前期患者與健康組的標志物；
5）以及這些（個）菌是否與臨床指標具有相關性（對應於菌群與臨床指標的相關性分析）；也會進一步想到，既然不同組的微生物群落存在差異，又與疾病具有相關性，
6）那麼這些菌群是如何影響宿主的，可能參與了哪些代謝途徑（對應於菌群基因功能預測）；
7）這些預測到的菌群功能是否與疾病有關，通常是肯定的。最後把這些結果整合起來分析，可以初步得出菌群組成的變化是如何與疾病或表型相關的。
順著上述7個生物學問題來看16S測序結果，你會輕松撥開迷霧，直達核心結果。
『陸』 微生物鑒定的16種生理生化實驗有哪些
微生物鑒定沒有16種生理生化實驗這種說法吧
我猜測你可能是把16S rRNA序列 和26項生化性狀這兩個項目記混了
rRNA序列的話，通常鑒定細菌用16s，鑒定真菌等真核生物用的是18s