Ⅰ 如何利用生物信息學研究基因的進化
首先進行基因分類,比如說編碼性基因佔多大比例,非編碼性基因又佔多少比例；轉錄因子佔多少比例,蛋白激酶類基因又佔多少比例等等。
然後將該物種基因組與其它已測序基因組進行比較,包括大小、同源度等等。
生物信息學(Bioinformatics)是研究生物信息的採集、處理、存儲、傳播，分析和解釋等各方面的學科，也是隨著生命科學和計算機科學的迅猛發展，生命科學和計算機科學相結合形成的一門新學科。它通過綜合利用生物學，計算機科學和信息技術而揭示大量而復雜的生物數據所賦有的生物學奧秘。
Ⅱ 對於一個基因，生物信息學分析都要分析什麼
樓主的問題問的太寬泛了。請問你是具體問題出在哪裡呢？你可以利用Biomart這個工具（www.biomart.org），找到種間的orthlogue關系以及各種類型的注釋ID直接的對應關系。你也可以用ncbi裡面的homologene資料庫去找種間的同源序列.multiple alignment可以用clust W或者mega做。系統發育樹可以用mega做。PHYLIP好像也可以。基因結構上可以做做gc含量，外顯子大小，splicing，調控序列什麼的蛋白結構預測軟體很多，不過我沒做過。ncbi有一個conserved domain 的資料庫，你可以和他比較下，分析下結構域。表達情況。。。。你可以找找相關的EST（ncbi）或者array（。。這個不記得了，在ncbi上應該有別人的數據）的表達數據。
Ⅲ 如何運用生物信息學方法篩選mrna差異基因
1、使用寡核苷酸磁珠選擇帶有polyA尾的mRNA
2、構建cDNA 文庫，測序
3、將測序reads比對到參考基因組
4、轉錄組重建
5、轉錄本表達定量
6、差異表達分析：edgeR、DEseq
Ⅳ 用生物信息學怎麼分析一個基因的結構與功能
1,去NCBI上進行Blast，如果與已知的基因相同，可以直接點開它的基因簡介，一般都會有該基因的結構功能說明。
2，如果與已知的序列有差異，就可以上EXpasy進行在線預測
Ⅳ 單個基因的生物信息學分析(1)-基因結構與功能分析
該分析工具的網址如下 FGENESH - HMM-based gene structure prediction
進入該網址之後，輸入該基因的fasta序列，關於目標基因的fasta序列，fig.1即為所示，我們以小麥中的基因為例分析。
根據fig.2所示，將fasta序列輸入進去，選擇小麥（triticum aestivum），然後search。
圖3展示了分析結果，可以看到我們這個序列比對到了正義鏈，因為我們用的例子是該基因的轉錄本，所以只包括黃色的部分，即CDSo序列，這也和我們使用的轉錄本相吻合。下面的是該基因對應的mRNA序列，同樣也是1152bp，最下面的是將該mRNA翻譯為蛋白質的序列。
同樣選擇好序列和物種，搜索，等待結果。
圖5是分析結果，一共鑒定了10個基因，21個外顯子，由於篇幅所限，我們只展示了前幾個，但是統計的話，正好能對上數目。
圖6是緊接上圖的具體的序列分析，總共包含10個基因。
圖8可以看到該基因在擬南芥中的同源基因，具體的生物學注釋，就要看自己對這個基因的了解程度了。
Ⅵ 對一種疾病相關基因或其他感興趣的基因進行生物信息學分析
光從基因表達譜找有異常表達的基因也不全面。做出來的基因表達譜往往有很多基因存在差異，有的可能是一些下游的免疫生物學反應，有的可能是誤差或個體差異（尤其是做的數量少時），剩下的可能才有加以考慮的價值。
另外，有時疾病易感基因本身表達並無改變，而是通過調控其它基因發揮作用。所以，致病基因的尋找應從多種途徑著手。
一孔之見，如有謬誤之處，請大家指教。 多謝verygood 兄，我的第一步可能只能做到表達譜的改變這一層次，如果有機會做下去的話，如你所言，應該從各種途徑全面考慮。我現在的想法是以表達譜基因晶元技術為核心方法，做出患者和正常人小梁細胞基因表達譜的差異的總體信息，如maxon和你所說，這樣可能找到新的致病相關基因，也可能不行，我想著起碼是一個方面吧（不知對不對）。 我目前所能考慮的是如何組織自己的思路，來吧這個工作做好。還有幾個問題請教：
1.基因文庫的建立方法中，比如有一篇文章中選了1118個基因進行研究，通過BLAST，分成了已知基因、已知序列、未知基因等幾類，我不明白他們是如何從基因文庫（提取細胞全mRNA逆轉錄來的)中選定的?(還是從別的地方查到的?)，我理解好像是直接測序，請問是如何從基因文庫中找出（分離）這些基因一一測序的？
2.如何使用BLAST？比如同一文章中所說的已經測定出的1118個小梁細胞的表達譜基因序列我如何能查到？能給我講解一下嗎？太感謝了
有沒有注意到一個問題,基因晶元只能檢測已知的基因或序列,對於那些未知的則無能為力,一孔之見. Andrew說得不錯，不過晶元中的基因數也在隨對基因研究的深入而在不斷增加。對普通的研究來說，主要的已知通路基本已能包括。 多謝指教。有能回答我上面幾個問題的嗎？我還是有些不明白，看了一天資料也沒有明白。
請問：如果我用一個正常群體的基因表達譜cDNA定做了一個晶元（含已知的1118個基因），在與患者cDNA樣品的雜交中發現有一個基因表達下調了或者不表達，其原因是什麼呢？是真的沒有表達還是別的？
多謝多謝 樣本是否一致？比如血細胞，其細胞亞群是否有可比性？
有對照嗎？ 樣本是隨機樣本，小梁細胞是均一的內皮細胞。至於對照，你指的是陰性對照、陽性對照還是轉錄的內對照？
小弟所知甚少，低級錯誤也可能犯，請多多指教。 除去實驗和DNA晶元誤差外，在與患者cDNA樣品的雜交中發現有一個基因表達下調了或者不表達，需要用RT-PCR進行驗證。其表達的下調或不表達，可能是受到其上游基因的調控，也可能是基因本身結構有改變，如無義突變可檢測到表達的下降。對這些經RT-PCR證實後，應該進行測序，察看這些基因是否有結構的異常。 在天天站長和各位戰友的幫助下，我對現在所申請的課題從無知到略懂，終於完成了自然科學基金申請書的寫作，在明天，我們的這份凝結著大家的汗水和智慧的申請書就要送出去之前，對各位這幾天來的幫助表示誠摯的感謝，盡管這是我第一次寫這樣的申請，盡管幾乎沒有中的可能，我還是覺得自己學到了很多東西，也結識了很多好朋友，真誠的感謝給了我這個機會！
我把這份申請的正文部分放在了附件里了，希望感興趣的朋友可以看一下，提一些寶貴意見，因為我認為這樣的一個課題還是很值得去做的，盡管我們可能沒有這個機會和能力去做。
再次感謝大家啦！
88411-.doc</A> (76.5k) 恭祝申請成功！！ 謝謝天天站長的指教，謝謝各位戰友。
近日科研基金開始申報，老闆急命申請課題。由於對基礎剛剛接觸，故請教站長以及各位戰友。
1目前收集到一少見的單基因病（癲癇方面），在國內未見臨床和基礎報道。臨床工作，包括留取血樣已經完成。
2本病自從98年以來，致病基因得到了定位和克隆，但存在遺傳異質性，相同的致病基因的突變位點也不相同。多篇文章發表在nature genetic等權威雜志上。最新的研究顯示，仍有其他未知的致病基因。
3合作實驗室，有曾經成功的定位和克隆了一例致病基因的經驗。
我們申請的目的是致病基因的定位和克隆，並有望發現新的致病基因。
想請教各位：
1在目前僅僅掌握臨床資料的情況下，能否提出申請？
2還需要做那一方面的工作？
2如果可以，可能申請失敗的原因是什麽?
謝謝各位，急切盼望指教！謝謝 如果是單基因疾病，那要看你收集的家系怎麼樣了。另一個問題主要是你的臨床診斷正確與否。我不是臨床的，這個臨床診斷事關重大，如果有些是診斷錯誤或分型有誤的，很有可能導致無法discover disease gene 單基因疾病這方面的技術策略已經很成熟，有很多文獻可以參考。國內也有多家研究機構在做。 我想研究下某個基因SNP與一種疾病的關聯。國外已有報道在2個位點上有聯系。那麼我是進行RFLP分析，還是用SNP分析？ 各位大俠，我最近在做一個X染色體連鎖遺傳家系的疾病相關基因的定位，現在已用兩個位點的MARKER(STR)做了基因組掃描，但是在連鎖分析時遇到了困難，我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想請教各位在進行連鎖分析時，性連鎖與常染色體連鎖遺傳參數設置有何不同？急盼各位予以賜教，不勝感激！ 答無事轉轉 我想研究下某個基因SNP與一種疾病的關聯。國外已有報道在2個位點上有聯系。那麼我是進行RFLP分析，還是用SNP分析？
RFLP是最早期的遺傳標記(第一代)，隨著遺傳學的發展和測序片段的不斷增多，已出現了第二代、第三代遺傳標記。RFLP通過酶切作用進行分析，操作簡單，花費不多，但特異性差，有被淘汰的趨勢；SNP定位明確，相對花費較大，對其分析可以通過測序、小測序(Snapshot)、熒光探針、SNP晶元等方法。
具體行RFLP分析，還是用SNP分析看你的研究目標和經濟實力。 請教verygood，能否介紹一下小測序（snapshot）？
我最近想檢測某基因與疾病的關系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點（9、11、13、17exon），但我要研究的病未見報道。請問我應對所有外顯子測序嗎？ coldant wrote:
請教verygood，能否介紹一下小測序（snapshot）？
我最近想檢測某基因與疾病的關系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點（9、11、13、17exon），但我要研究的病未見報道。請問我應對所有外顯子測序嗎？
Snapshot為小測序反應，其原理簡單地說是首先擴增包含SNP在內的一段DNA模板，再對PCR產物進行純化，加入帶有不同熒光的ddNTP和中間探針（所謂中間探針即SNP前20個bp左右寡核苷酸序列，探針與ddNTP按照模板序列結合，因為是ddNTP，其後不能再延伸，而結合的ddNTP反應的就是SNP情況），再純化一下進行電泳，根據不同的熒光可以判斷相應SNP基因型。
該方法適用於對已知SNP等位基因型進行確認，對探針要求不高；但操作步驟多，大規模應用較為困難（採用基於毛細管的測序方法，如ABI3100測序儀系列時，相對工作量小些）。
檢測某基因與疾病的關系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點（9、11、13、17exon），建議你先研究一下這些位點。當然如果基因序列很短，也可以直接測序，因為目前發現的SNP或mutation畢竟還只有預計值的2%左右。
Good luck 謝謝verygood：）
最近忙著論文答辯的事情。我對於這方面完全是菜鳥，但是老闆說要有新意，同學給出了個這樣的主意。
目前已經提取DNA，進行基因分型。但是我希望測序進行確定。上面提到的SNAPSHOT是小型測序，我已經確定了突變位點，片段在300bp左右，是否可以全部測序？
另外是全部的樣本測序還是就挑選幾個雜合子和純合子測就可以證明？這方面的資料在哪裡有介紹？我還是新手：（ 無事轉轉 wrote:
謝謝verygood：）
最近忙著論文答辯的事情。我對於這方面完全是菜鳥，但是老闆說要有新意，同學給出了個這樣的主意。
目前已經提取DNA，進行基因分型。但是我希望測序進行確定。上面提到的SNAPSHOT是小型測序，我已經確定了突變位點，片段在300bp左右，是否可以全部測序？
另外是全部的樣本測序還是就挑選幾個雜合子和純合子測就可以證明？這方面的資料在哪裡有介紹？我還是新手：（
如果只是300bp，且標本不多的話，還是直接測序好，因為不僅可以明確已知的SNP基因型，還可能順帶發現一些文獻未報道過的，這也就是說所有標本都要測序。
如果只想對已知的那些SNP進行基因分型，你可以採用SNAPSHOT方法，當然亦可以用RFLP，只是特異性差些，所得的條帶不一定與目標SNP不同等位基因有關，可能切到染色體其他區域。
這方面到沒有一定的資料，我們也是做過以後才逐漸理解的，具體採用何種技術還是因地制宜吧。 verygood wrote
檢測某基因與疾病的關系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點（9、11、13、17exon），建議你先研究一下這些位點。當然如果基因序列很短，也可以直接測序，因為目前發現的SNP或mutation畢竟還只有預計值的2%左右。
謝謝verygood老師。我研究的基因編碼區2930bp，mRNA5084bp，基因全長80kb。本打算直接測序，但病人組18例（石蠟），對照組20例（外周血DNA行嗎？），費用可能要6萬！！！，所以現在想改成PCR-SSCP加異常條帶測序，您看行嗎？ verygood wrote:
如果只是300bp，且標本不多的話，還是直接測序好，因為不僅可以明確已知的SNP基因型，還可能順帶發現一些文獻未報道過的，這也就是說所有標本都要測序。
如果只想對已知的那些SNP進行基因分型，你可以採用SNAPSHOT方法，當然亦可以用RFLP，只是特異性差些，所得的條帶不一定與目標SNP不同等位基因有關，可能切到染色體其他區域。
這方面到沒有一定的資料，我們也是做過以後才逐漸理解的，具體採用何種技術還是因地制宜吧。
測序以後的結果要分析突變有什麼軟體檢測呢？另外的統計學分析是不是有專門的生物統計學書有相關的介紹？還是就是普通的統計就可以了？ To coldant ：
對於初步研究，您的方法應該可行。
To 無事轉轉：
測序以後的結果分析突變主要通過序列比對初篩，可以利用Blast進行。不過確定是否確實為突變需要謹慎，應擴大樣本再進行分型研究。 作疾病相關研究，你的case 和control太少了。一般國內期刊好像也要200對200，國外一般性期刊需要400-500對500左右。一流的雜志一般都是至少1000對1000的。由於你經費不足，你不可能作測序，你還是直接選用已知的位點做。因為這個基因跟多種疾病相關，說明這個基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相關，就算沒有相關，通過與年齡、性別、該疾病的危險因素綜合分析（就是玩數字游戲），一般總能發文章的。
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過對比病人和正常人（無該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說的blast，實際上並不適用。
你可對目標SNP所在區域設計一對prime1，使得該SNP位於其中,PCR長度500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域內，再設計一對PRIMER2。PRIMER2其中一個引物的3『最後一個鹼基必需是與目標SNP所在位點的正常鹼基互補，如此，若病人在此位點突變，將導致PRIMER2一對引物不能擴增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2產物為200多BP。這樣，在一個PCR反應中同時放入這2對引物，就可以得到4個片段（在設計引物時，必須使得這4個片段的長度不同，以便電泳時區別），而含有目標SNP的個體，則只有3個片段，通過電泳，就可以確定是否該個體有突變。
這個方法具體的名稱我忘了。希望能對你有所幫組。 maxon wrote:
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過對比病人和正常人（無該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說的blast，實際上並不適用。
你可對目標SNP所在區域設計一對prime1，使得該SNP位於其中,PCR長度500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域內，再設計一對PRIMER2。PRIMER2其中一個引物的3『最後一個鹼基必需是與目標SNP所在位點的正常鹼基互補，如此，若病人在此位點突變，將導致PRIMER2一對引物不能擴增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2產物為200多BP。這樣，在一個PCR反應中同時放入這2對引物，就可以得到4個片段（在設計引物時，必須使得這4個片段的長度不同，以便電泳時區別），而含有目標SNP的個體，則只有3個片段，通過電泳，就可以確定是否該個體有突變。
這個方法具體的名稱我忘了。希望能對你有所幫組。
呵呵，我指的是借用blast來方便序列的比對，當然applied biosystems有更好的軟體，不過您如未購買相應儀器則很難獲得。
至於標本量的多少，確實是越多越好。對於相對危險度為2的致病位點來說，case-control各1000例檢測效能才能達到100%，病例數減少則檢測效能也隨之降低。但對於初步研究，還不清楚該位點是否有研究疾病有關就大規模投入，有可能顆粒無收。
供參考。 今天基康公司建議我直接測序，把樣本4個一組形成一個「pool？」來測，節省經費。他們本來的建議是正常和病人各用4例分別形成1個「pool」來找SNP，然後用公司的TAG MAN（一種新技術）大規模檢測SNP，但我沒有這么多病人標本。所以只好只是測序。
請大俠看看這樣好嗎？如果我總共25例病人分成6個「pool」測序再分析可以嗎？
先謝謝了。 maxon wrote:
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過對比病人和正常人（無該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說的blast，實際上並不適用。
你可對目標SNP所在區域設計一對prime1，使得該SNP位於其中,PCR長度500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域內，再設計一對PRIMER2。PRIMER2其中一個引物的3『最後一個鹼基必需是與目標SNP所在位點的正常鹼基互補，如此，若病人在此位點突變，將導致PRIMER2一對引物不能擴增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2產物為200多BP。這樣，在一個PCR反應中同時放入這2對引物，就可以得到4個片段（在設計引物時，必須使得這4個片段的長度不同，以便電泳時區別），而含有目標SNP的個體，則只有3個片段，通過電泳，就可以確定是否該個體有突變。
這個方法具體的名稱我忘了。希望能對你有所幫組。
呵呵，謝謝了。我在相關文獻上看到的是設計2個引物（突變和未突變的），另外反義引物相同。正常對照組設計的引物很象你所談到的PROMER2。我就納悶為什麼這樣做？ verygood wrote:
To 無事轉轉：
測序以後的結果分析突變主要通過序列比對初篩，可以利用Blast進行。不過確定是否確實為突變需要謹慎，應擴大樣本再進行分型研究。
確定是不可能做出結論，只是提出個展望。測序以後可以用SEQUENCEMAN軟體分析，但是後面我想加個RFLP，按照相關文獻報道來進行。這樣分析起來好象就有更多的數據支持。 coldant wrote:
今天基康公司建議我直接測序，把樣本4個一組形成一個「pool？」來測，節省經費。他們本來的建議是正常和病人各用4例分別形成1個「pool」來找SNP，然後用公司的TAG MAN（一種新技術）大規模檢測SNP，但我沒有這么多病人標本。所以只好只是測序。
請大俠看看這樣好嗎？如果我總共25例病人分成6個「pool」測序再分析可以嗎？
先謝謝了。
呵呵，你也是在基康做嗎？他們好象是用探針來檢測SNP啊。我聽說探針的准確性不如直接測序。不知道他們和你提出的是什麼樣的建議？：） maxon wrote:
作疾病相關研究，你的case 和control太少了。一般國內期刊好像也要200對200，國外一般性期刊需要400-500對500左右。一流的雜志一般都是至少1000對1000的。由於你經費不足，你不可能作測序，你還是直接選用已知的位點做。因為這個基因跟多種疾病相關，說明這個基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相關，就算沒有相關，通過與年齡、性別、該疾病的危險因素綜合分析（就是玩數字游戲），一般總能發文章的。
5555555，可是我收集不到這么多的病例呀，經費也有限。
您說的直接做已知位點是什麼方法啊？另外您有看過《生物學統計》這樣的書嗎？聽說參照它就可以進行相關的分析了。上海哪個圖書館或是書店有呀？ 具體什麼方法我忘了。統計學主要就是T檢驗和X2 多態性分析方法有兩大類：
其一，基於家系分析，主要採用連鎖不平衡方法。
其二，基於case-control，如maxon所言，主要就是T檢驗和X2 。但是應注意control是否能代表所抽樣的群體。因抽樣錯誤而導致的假陽性結果在早期文獻中比比皆是，這已逐漸引起大家的關注。 無事轉轉wrote：
呵呵，你也是在基康做嗎？他們好象是用探針來檢測SNP啊。我聽說探針的准確性不如直接測序。不知道他們和你提出的是什麼樣的建議？：）
看樣子無事轉轉做的工作與我的很相似，可以多多交流！
基康公司建議：病人與對照各25例（病人只收集到25例），4例一組形成一個「pool」，PCR擴增所以外顯子，直接測序。（節省費用）
申能公司建議：對每個病人進行擴增，直接測序，與genbank比較（不設對照組，費用18000元/10例）
北京鼎國公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例）
請verygood，maxon，無事轉轉等戰友們參謀參謀，哪個可行？
申請斑竹們幫助。 coldant wrote:
看樣子無事轉轉做的工作與我的很相似，可以多多交流！
基康公司建議：病人與對照各25例（病人只收集到25例），4例一組形成一個「pool」，PCR擴增所以外顯子，直接測序。（節省費用）
申能公司建議：對每個病人進行擴增，直接測序，與genbank比較（不設對照組，費用18000元/10例）
北京鼎國公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例）
請verygood，maxon，無事轉轉等戰友們參謀參謀，哪個可行？
申請斑竹們幫助。
我病例30，對照12。人家的建議是直接測序。我想測序以後再做個RFLP，因為是要寫論文，所以內容不可以少。