motif在生物中怎麼解釋

1. motif到底是什麼

https://mp.weixin.qq.com/s/bCkZ4L9IJTJTFUWKJMsuFw

來自聯川生物

有特徵的短序列，一般認為它是擁有 生物學功能 的 保守序列 ，

並不局限於 基因組DNA序列 還是 RNA序列 ，甚至 蛋白質序列 也可以提取出相應的motif

當某一個大類的序列中， 大量重復出現 相同的序列結構的時候，就可能存在探索它意義的價值

可能包含特異性的結合位點，或者是涉及某一個特定生物學過程的有共性的序列區段。

比如 蛋白質 的序列特異性結合位點，如 核酸酶 和 轉錄因子 。 轉錄因子 的結合位點，其motif往往意味著 某蛋白結構域 與 DNA鹼基序列 的相互作用。

基於motif序列的提取，我們可以 預測潛在的結合位點

Protein domain是一種結構實體，通常代表 蛋白質 結構中 獨立折疊和行使功能 的一部分

a．logo展示圖: 這樣的logo經常用於描述序列特徵，如DNA中的蛋白質結合位點等。motif logo由每個位置的一堆字母組成。字母的 相對大小 表示它們在正枝指序列中的 頻率 。每個字母的 高度 與該位置的相應鹼基的 出現頻率成正比 ，常以bits為單位。每個位置的字母按照 保守性 從大到小排列，可以方便的從 頂端的字母識別保守序列 。

b．一致性序列： 用一段序列來描述所有序列的鹼基組成，稱之為一致性序列。當一個位置涉及到多個鹼基出現的時候，這里就涉及到簡並鹼基的使用。

c．PFM矩陣 ：（position 舉配 frequency matrix），搭晌用於代表motif的 鹼基分布頻數

和FASTA文件類似，有一個「>」開頭的ID信息。下面的每一行分別代表4個鹼基，每一列分別代表一個位置。矩陣信息的即表示A, C, G, T 4種鹼基在每個位置的頻數分布。

2. 生物信息網路中什麼是motif

分子生物學概念

在生物學孫兄領域里，也經常會提到到motif這個詞。

模體（motif）是蛋白質分子渣陵中具有特定空間構象和特定功能的結構成分。

其中一類就是具有特殊功能的超二級結構。
一個模體總有其特徵性的氨基酸序列，並發揮特殊的功能。

一般而言，常見的motion有以下幾種形式如凱戚：
有規則地聚集在一起形成全由α-螺旋、全由β-片層或α-螺旋與β-片層混合、具體說，形成相對穩定的αα、βββ、βαβ、β2α和αTα等超二級結構，又稱模體(motif)或模序。

3. 在生物裡面domains motifs and families是什麼意思呢

domains：在蛋白質遲喚三級結構內的獨立折疊單元。結構域通常都是幾個超二級結構單元的組合。

motif：結構基元，功能域，例如鋅指結構基元（zinc finger motif） 每一個指結構具有以下的保守序列: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His。這段保守序列中的兩個半胱氨酸殘基和兩個組氨酸殘基碼乎凱與鋅離子形成配位鍵, 形成環, 因此稱為鋅頃差指, 上述具有Cys和His的指結構稱為Cys2/His2指。每個指結構有23個氨基酸殘基, 指結構之間的距離為7～8個氨基酸殘基。

families，是具有顯著相似性的一組基因，編碼相似的蛋白質產物
通常稱為蛋白或者基因家族
在真核細胞中許多相關的基因常按功能成套組合，被稱為基因家族（gene family）。同一家族中的成員有時緊密的排列在一起，成為一個基因簇；

4. 生物學里，motif 和 domain的區別是什麼

1、層級不同

Motif是位於二級和三級結構之間的層次，Motif的層次接近二級結構。

Domain是位於二級和三級結構之間的層次，Domain的層次接近三級結構。

2、獨立性不同：

domain是獨立穩定的。

motif不是獨立穩定的。

3、蛋白質結構不同岩枝：

Motif在生物學中是基於數據的數學統計模型，是特定的group的序列預測。對蛋白質來說，motifs可以被定義為蛋白質（蛋白質序列）屬於一個給定的蛋白質家族。

domains是一種結構實體，通常代表蛋白質結構中獨立折疊和行駛功能的一部分。因此蛋白質經常是這些結構域的不同的組合構建起來的。

4、組合形式不同神耐：

motif通常是螺旋-環-螺旋，貝塔折疊的組合、阿而法螺游棗春旋組合等。

domain通常是球狀壓縮區或纖維狀壓縮區。

5. 分子生物學中的motif指什麼motif analysis又是干什麼

你好！
基元（motif）
在蛋白質中，特別是球蛋白中，經常可以看到由若干相鄰的二級結構單元組合在一起，彼此相互作用，形此春枝成的有規則、在空間上能森好辨認的二級結構組合體。
又稱超二級結構森敏，motif也被翻作模序，模體
motif
analysis就是指對蛋白質結構進行motif的分析，可找出新發現的蛋白質可能具有的結構域，並由此推測其功能。
如有疑問，請追問。

6. 模體（motif）英文解釋是什麼

模體(motif)表示具有特定功能的或作為一個獨立結構域一部分的相鄰的二級結構的聚合體,它一般被稱為功能模體（functional motif）或結構模體（structural motif）,相當於超二級結構（super-secondary structure）.模體和結構域一起組成了蛋白李頌質的三級結構.
結構模體作為結構域的組分,介於蛋白質二級結構和三級結構之間,由相鄰的二級結構單元彼此相互作用,組合在一起,排列成規則的,在空間結構能夠辨認的二級結構組合體,並充當三級結構的構件,其基本形式有aa、bab和bbb等.多數情況下,只有非極性殘基側鏈參與這些相互作用,而親水側鏈多在分子的外表面.
常見模體：
（1）左手超螺旋——3根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋；
（2）右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋,如膠原蛋白；
（3）捲曲螺旋——相鄰的2根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋；
（4）螺旋束——多個a-螺旋的聚合體；
（5）b-折疊-a-螺旋-b-折疊,即bab；
（6）b-發夾環——兩個反平行b-股由一個環相連；
（7）a-螺旋-b-轉角-a-螺旋,即aba；
（8）a-螺旋-環-a-螺旋(EF手相）；
（9）Rossmann捲曲——也稱Rossmann折疊,它由兩個bab連在一起,形成babab結構,通常能結合輔酶I；
（10）希臘鑰匙模體——是一種全b折疊聚合體,存在於許多不同類型的蛋白質中,因在拓撲學上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名,清蛋白原就含有這種模體.
模體是刻畫蛋白質家族組成結構和執行功能的重要部分,但是對於通過各種生物信息學方法識別出的模體,目前沒有很好的辦法辨別真假和優劣.文中提出一種新的模體評價策略,從分類器的觀點出發,對不同方法在同一個蛋白質家族上建立的不同模體進行比較,從而推斷出最具有生物意義的模體.本文在PROSITE資料庫中選取7個細胞因子家族,採用MEME和HMMER兩種模體識別方法分別識別每個家族的模體,將每個模體看作一個分類器,通過計算同一家族的每個模體的敏感性和特異性並比較它們頌沒對應的接收機操作特性曲線,進而比較不同模體,確定真的模體和排除假的模體,從而獲得每個蛋白質家族的最佳模體的模型.這種策略可以應用於對任意蛋白質家族模體識別結野擾納果的評價.此外,還可以利用最佳模體搜索資料庫的結果預測每個家族的新成員.

7. 生物學中motif和domain有什麼區別

motif一般指DNA序列中有特殊功能的一段，domain指蛋白結構域

8. 結構域與模體在蛋白質的結構和功能中具有什麼作用

結構域（domain）是蛋白中具有特異空間結構和獨立功能的區域，就是屬於超二級結構的，介扮譽於二級和三級結構之間，這里著重理解結構域是蛋白質發揮生物學效用的關鍵功能單位，並且具有特定的空間構型。——以上可以解釋超二級結構和結構域。
而模體廳歲段（motif）則是蛋白質分子中具有特定空間構象和特定功能的結構成分，一個模體總有其特徵性的氨基酸序列，並發揮特殊的功能。motif一般也是超二級結構。
雀春而motif和domain的區別可以這樣理解：motif是蛋白中較小的保守序列片斷，比domain小，若干motif可形成一個domain，因此motif可以理解為domain的一個亞單位。

9. Motif和domain的區別

結構域 domain 的概念由Wetlaufer於1973年首次提出，他定義結構域為可以自動折疊的穩定的蛋白質結構單位。過去，結構域被描述為，折疊單位，緻密結構單位，功能和進化單位。每個定義都是有效的並且經常重疊。緊密結構單位結構域在很多不同的蛋白質中被發現，它在結構環境內容易獨立折疊。自然界經常把幾個domains結合在一起形成多結構域和多功能蛋白質。在一個多結構域蛋白質中，每一個結構域可以獨立行使它自己的功能，或者和它的臨近蛋白協調一致的方式行駛。Domains既可以作為模塊構建大的復合體像病毒顆粒或肌纖維，也可以提供特定的催化或結合位點，這些都在酶或調節蛋白中被發現。

完全不同的兩個概念，但有時還有聯系。

Motif ：在生物學中是一個基於數據的數學統計模型，典型的是一段sequence也可以是一個結構，是特定的group的序列預測，例如皮局一個DNA sequence可以定義為轉錄因子結合位點，也就是序列傾向於被這種factor結合。對蛋白質來說，sequence motifs可以被定義為蛋白質（蛋白質序列）屬於一個給定的蛋白質家族。一個簡單的motif可以是，例如，一個模式pattern，而這個模式被這燃棚讓個group中的所有成員共享。例如WTRXEKXXY（這里，X代表任何氨基酸）。當然也有更復雜的motif模型。Motif有時和特定的功能聯系一起。

Protein domains ：是一種結構實體，通常代表蛋白質結構中獨立折疊和行駛功能的一部分。因此，蛋白質經常是這些結構域的不同的組合構建起來的。

那，motif和domains之間有什麼聯系？當你考慮蛋白質家族的時候，不僅要看整個序列，還有關注單獨結構域。因為，它們是一個基本的功能結構單位，因此找到單個結構域domain的序列motif是很有意義的。因此，你經常會發現一個蛋白質包含多個結構域，每個結構和李域都有一個與它所屬的家族motif匹配的序列。

最主要的區別是，domain是獨立的穩定的，motif不是。

參考：2008.2：Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks

10. 分子生物學中的motif指什麼motif analysis又是干什麼

基元（motif）
在蛋白質中，特別仔返是球蛋白中，經常可以看到由跡謹若干相鄰的二級結構單元組合在一起，彼此相互作用，形成的有規則、在空間上能辨認的二級結構組合體。
又稱超二級結構，motif也被翻作模序，模體
motif analysis就是指對蛋白質結構進行motif的分析，可找出新發現的蛋白質可能具姿戚基有的結構域，並由此推測其功能。