如何對微生物進行命名

A. 雙名命名制的微生物的雙命名法

由一個屬名和一個種名組成，屬名和種名都用斜體字表達，屬名在前，用拉丁文名詞表示，第一個字母大寫。種名在後，用拉丁文的形容詞表示，第一個字母小寫，若用名詞，第二個字要用所有格。如大腸埃希氏桿菌的名稱是Escherichia coli。為了避免同物異名或同名異物，在生物名稱後綴有命名人的姓，如：大腸埃希氏桿菌的名稱是Escherichia coli Castellani and Chalmers，浮游球衣菌的名稱是Sphaerotilus natans Kützing等。如果只講生物鑒定到屬，沒鑒定到種，則該生物的名稱只有屬名，沒有種名。如：芽孢桿菌屬的名稱是Bacillus。也可在屬名後面加sp.(單數)或spp.(復數)，sp和spp是種（species）的縮寫，如Bacillus sp.(spp.) 。
犬類的「雙名命名制」和「三名命名制」
給眼前的每一種生物一個名字，是最起碼的需要。至於人類自己，則每一個個體都需要一個清楚的名字。早在古希臘時期，著名生物學家德奧弗拉特首創雙名制命名法，即用屬名和種名同時給物種命名。16世紀末，植物分類學得到了初步的發展，瑞士植物學家鮑興在1623年出版的植物分類學著作中，用德奧弗拉斯特的雙名法為六千餘種植物命名。由於生物種類繁多，而命名又極不統一，就給生物進行統一分類帶來了極大的困難，一直到17世紀初期，雙名法也未能成為統一的命名法。
在理論和方法上，林奈吸收了自然分類法的許多成果，如瑞士植物學家鮑興雙名制命名法，英國生物學雷伊在植物分類與動物分類中的成就。在進行生物分類學研究之初，林奈改進了鮑興的雙名制命名法中的不足之處，建立了以人為分類法為基礎的屬名與種名相符合的新的雙名制命名法。
林奈的雙名法的基本原則與鮑興的基本相同：即用兩個詞來給物種命名。但在本質上與鮑興的雙名法有所區別：鮑興的雙名法中兩個詞不完全是屬種結合的分類學概念。所謂屬種結合，即屬名在前，是一個名詞；種名在後，為一個形容詞。林奈的新雙名法在生物分類及語義的表達兩方面上，分別做到了屬種結合及名詞與形容詞的結合，因此這一命名法簡單明了。林奈運用這種新雙名制命名法，給他所知曉七百種植物和四千四百種動物做了統一的命名。例如，按照林奈的雙名制命名法，食肉獸獅、虎、豹的學名分別是這樣表達的（前面的名詞說明它們是同一個屬，後面的形容詞用來表明它們是不同的種）：
獅： Felis leo
虎： Felis tigns
豹： Felis Pars
在林奈建立雙名制命名法之後的兩百多年中，人們又相繼規定了一些命名法，如規定屬和亞屬以上的名稱採用單名制；物種的名稱採用雙名制；亞種的名稱採用三名制；用亞種來表示動植物物種的地理分布，而物種本身的名稱仍採用雙名制。
虎： Felis tigns Asia
盡管生物命名法及生物分類學得到了新的發展，但歸根結底林奈的雙名制命法仍是其基本的原則。

B. 微生物是如何命名的舉例說明

命名按照《國際細菌命名法規》,採用林奈氏雙名法.
屬名 + 種名 +命名人
如大腸桿菌:Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers 1919
屬名:名詞,大寫首字母,一般描繪主要形態或生理特徵.
種名:形容詞,小寫,代表一個種次要特徵.
未確定種名或不指特定的種時,可在屬名後加sp.表示.

C. 如何對一株微生物進行分類鑒定和命名

如何對一株微生物進行分類鑒定和命名
（1）常規鑒定
常規鑒定內容有形態特徵和理化特性。形態特徵包括顯微形態和培養特徵；理化特性包括營養類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應、酶反應和血清學反應等。（2）BIOLOG碳源自動分析鑒定
BIOLOG鑒定系統以微生物對不同碳源的利用情況為基礎，檢測微生物的特徵指紋圖譜，建立與微生物種類相對應的資料庫。通過軟體將待測微生物與資料庫參比，得出鑒定結果。（3）分子生物學鑒定
提取細菌基因組DNA，然後PCR擴增16srDNA片段並測序，將結果與GeneBank或者Eztaxon對比分析，一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌，該方法也是目前微生物分類學研究普遍採用的鑒定方法。——源自網路

D. 對微生物命名常採用林奈創立國際命名法則:雙名法,即屬名+種名,排正體,屬名的

雙名法又稱二名法，是林奈提出的，以拉丁文表示，通常以斜體字或下劃雙線以示區別．第一個是屬名，是主格單數的名詞，第一個字母大寫；後一個是種名，常為形容詞，須在詞性上與屬名相符．
故選：D

E. 食品微生物的命名

世界各國都採用雙名制的國際植物命名法命名微生物。命名後的名稱為學名。它由兩個拉丁文組成，前一個是屬名，詞首字母大寫；後一個是種名，字母則一律小寫。如Staphylococcus aureus,前一個詞是葡萄球菌屬，後一個詞是金黃色的意思，中譯名叫金黃色葡萄球菌。有的還在學名後附上命名人和發表年份。當分離到未知菌名時，即根據其形態、生理生化生態以及免疫血清反應等特性，對照各分類系統進行鑒定確認為某一菌種名。

F. 微生物學的命名

微生物的分類單位：界、門、綱、目、科、屬、種
種是最基本的分類單位，每一分類單位之後可有亞門、亞綱、亞目、亞科... 以啤酒酵母為例，它在分類學上的地位是：界（Kindom）：真菌界
門（Phyllum）：真菌門
綱（Class）：子囊菌綱
目（Order）：內孢霉目
科（Family）：內孢霉科
屬（Genus）：酵母屬
種（Species）：啤酒酵母
種（species）：是一個基本分類單位；是一大群表型特徵高度相似、親緣關系極其接近，與同屬內其他種有明顯差別的菌株的總稱。①菌株（strain）表示任何由一個獨立分離的單細胞繁殖而成的純種群體及其一切後代（起源於共同祖先並保持祖先特性的一組純種後代菌群）。因此，一種微生物的不同來源的純培養物均可稱為該菌種的一個菌株。菌株強調的是遺傳型純的譜系。例如：大腸埃希氏桿菌的兩個菌株：EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法：如果說種是分類學上的基本單位，那末菌株實際上是應用的基本單位，因為同一菌種的不同菌株在產酶上種類或代謝物產量上會有很大的不同和差別！ ②亞種（subspecies）或變種（variety）：為種內的再分類。
當某一個種內的不同菌株存在少數明顯而穩定的變異特徵或遺傳性狀，而又不足以區分成新種時，可以將這些菌株細分成兩個或更多的小的分類單元——亞種。
變種是亞種的同義詞，因「變種」一詞易引起詞義上的混淆，從1976年後，不在使用變種一詞。通常把實驗室中所獲得的變異型菌株，稱之為亞種。
例如：E.colik12（野生型）是不需要特殊aa的，而實驗室變異後，可從k12獲得某aa的缺陷型，此即稱為E.colik12的亞種。③型（form）：常指亞種以下的細分。當同種或同亞種內不同菌株之間的性狀差異不足以分為新的亞種時，可以細分為不同的型。例如：按抗原特徵的差異分為不同的血清型
微生物的命名：微生物的名字有俗名和學名兩種。如：紅色麵包霉——粗糙脈孢霉；綠膿桿菌——銅綠假單胞菌。學名—是微生物的科學名稱，它是按照有關微生物分類國際委員會擬定的法則命名的。學名由拉丁詞、或拉丁化的外來片語成。學名的命名有雙名法和三名法兩種。①雙名法：學名=屬名+種名+（首次定名人）+現定名人+定名年份 屬名：拉丁文的名詞或用作名詞的形容詞，單數，首字母大寫，表示微生物的主要特徵，由微生物構造，形狀或由科學家命名。種名：拉丁文形容詞，字首小寫，為微生物次要特徵，如微生物色素、形狀、來源或科學家姓名等。例：大腸埃希氏桿菌Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919
金黃色葡萄球菌 當泛指某一屬微生物，而不特指該屬中某一種（或未定種名）時，可在屬名後加sp.或ssp.（分別代表species縮寫的單數和復數形式）。
例如：Saccharomycessp.表示酵母菌屬中的一個種。菌株名稱：在種名後面自行加上數字、地名或符號等 例如：BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北紡
丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection美國模式菌種保藏中心
當文章中前面已出現過某學名時，後面的可將其屬名縮寫成1~3個字母。
例如：Escherichiacoli可縮寫成E.coli
Staphylococcusaureus可縮寫成S.aureus ②三名法：用於對亞種的命名，這時在屬和種名後加寫一個subsp.，然後再附上亞種名稱（斜排體）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria蘇雲金芽孢桿菌臘螟亞種

G. 微生物的學名是由什麼組成

學名由拉丁詞、或拉丁化的外來片語成。學名的命名有雙名法和三名法兩種。
①雙名法：學名=屬名+種名+（首次定名人）+現定名人+定名年份 屬名：拉丁文的名詞或用作名詞的形容詞，單數，首字母大寫，表示微生物的主要特徵，由微生物構造，形狀或由科學家命名。種名：拉丁文形容詞，字首小寫，為微生物次要特徵，如微生物色素、形狀、來源或科學家姓名等
②三名法：用於對亞種的命名，這時在屬和種名後加寫一個subsp.，然後再附上亞種名稱（斜排體）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria蘇雲金芽孢桿菌臘螟亞種

H. 微生物的學名採用什麼原則命名

有部分使用形態命名的，也有是它的特點，即與眾不同的地方。

I. 如何命名微生物：微生物命名的規則與實例解讀 2021-02-01

二、細菌和古菌的系統分類學：
1）細菌和古菌的分類學地位：
從高到低：（Domain）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）、種（Species）。
備註：細菌和古菌的分類學中沒有界（kingdom）！

三、 如何命名？
生物學中物種（細菌，真菌，植物，動物，昆蟲等）的命名都是基於清岩頃拉丁語（或拉丁語與希臘語的組合）語法規則進行，而且已有成文的規范。對於原核生物物種命名來說，也已有專門的委員會公布了對應的命名規則，即：國際原核生物命名法（International Code of Nomenclature of Prokaryotes）。

2.1 種（species）的命名：
2.1.1 命名時，根據潛在新物種：①分離源（如：土壤，腸道，人或動物來源，分離地點等）；②形態特徵（如：形狀（球狀，桿狀，弧狀，線裝）；③細胞大小（如：兩端尖，或棒狀），鞭毛特徵）；④菌落形態與質地（菌落大小，菌落顏色）；⑥生長快慢；⑦是否產生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性來命名；⑨非特異性命名：如用某個人的或者動物的名字命名。

2.1.2 種（species）命名實例：

①根據分離源：Blautia hominis 人源布勞蒂亞菌（human 人）；Blautia intestini 腸源布勞蒂亞菌（intestine腸道）；②根據形態和顏色特徵等：Blautia recta 直桿布勞蒂亞菌（rectus直的）；Blautia lenta 生長緩慢的布勞蒂亞菌（lentus緩慢的，懶惰的）；Blautia rubra 紅色布勞蒂亞菌（ruber紅色的）；③人名與地名： Blautia wangii 王氏勞蒂亞菌；Blautia beijingensis 北京布勞蒂亞菌；

2.1.3 完整的物種名稱（屬+種名）怎麼翻譯和理解：
2.1.3.1 翻譯：種名當形容詞而屬名當名詞進行翻譯和理解。比如：Roseburia（羅斯布里氏或羅氏） faecis（糞便的）=糞源羅氏菌；

2.2 屬（genus）的命名：

2.2.1 命名時，根據潛在新屬：①分離源（如：土壤，腸棗毀道，人或動物來源，分離地點等）；②形態特徵（如：形狀（球狀，桿狀，弧狀，線裝）；③細胞大小（如：兩端尖，或棒狀），鞭毛特徵）；④菌落形態與質地（菌落大小，菌落顏色）；⑥生長快慢；⑦是否產生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性來命名。

2.2.2 屬（genus）的命名實例:

①分離源（ Humibacillus土壤桿菌屬：土壤（humus）桿（bacillus=rod）菌屬）；Intestinibacter腸桿菌屬：腸（intestine）桿（bacter）菌屬；Indibacter：印度桿菌屬，indi=india印度, bacter=rod 桿狀）；②形態和顏色特徵等（如：Rhodococcus：rhodon=the rose，玫瑰，coccus球狀的，rhodococcus紅球菌）；③生長快慢與細胞特性組合：Lentibacillus 慢長桿狀菌屬：lentus（慢的），bacillus=rod（桿狀的）答陸）；④人名與地名：人名（Zunongwangia 祖農菌屬）；地名（Sinobacter，Sinae中國的，sina中國，bacter=rod桿狀，中華桿狀菌屬 ）；⑤其他理化特性：Butyratibacter產丁酸桿菌屬，butyratum=butyrate丁酸，bacter=rod桿狀的，丁酸桿菌屬；

2.2 科（Family）的命名：

對於已經界定好的潛在新科來說，命名是相對簡單的。比如：我們鑒定某個分離物（isolate）為一個潛在新屬（potential novel genus,假設：我們命名這個屬的名稱為：Xiaomingia, 小明菌屬），而且它與原先系統進化上臨近的科（neighbor families）中的各屬（genera）有明顯的不同，那麼界定它為新科，此時：就取這個新屬為該科的模式屬（type genus）,並基於該模式屬的名稱（Xiaomingia）加上科標志後綴aceae，來生成新科的名稱：Xiaomingiaeae （ 小明菌科）；

3.1 物種名稱的性別（Gender）（陽性Masculine，陰性 Feminine ，中性Neuter）
與眾多其他語言（如：西班牙語，義大利語，葡萄牙語，阿拉伯語等）類似，拉丁語也區分詞彙的性別，即：陽性，陰性，中性。具體區分來說：性別很明確的（跟女/雌性直接相關的）詞彙都可直接確定為陰性，如：amica（女朋友）；而與男/雄性直接相關的詞彙可直接確定為為陽性，如：mustaceus（胡須）；還有一些詞不分男女，即：中性詞，如Bacterium，細菌。

3.1.1 名詞與形容詞性別的統一性：
描述陽性詞的其他詞（如：形容詞，動詞），也都是有性別的，也就是說前後統一。
比如：美麗bellus（美麗的，陰性）；bella（美麗的，陽性） ；bellum（美麗的，中性）

3.1.2 陽性與陰性的區分（此處僅論結尾規律性陰陽性詞，對固有性別直的直接略過）：
1）陽性結尾：us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2）陰性結尾：as,a,ia,ea
3）中性結尾：um,im,ii

3.1.3 對於新物種（species）起名（注意：種名全小寫，斜體！）：

3.1.3.1 用形容詞起種名：lentus慢的，（陽/陰/中：lentus/lenta/lentum）
1）Ruminococcus lentus：慢生瘤胃球菌（直譯：長得慢的瘤胃球菌）
2）Pasteuria lenta：慢生巴斯德菌（直譯：長得慢的巴斯德菌）
3）Halobacterium lentum：慢生嗜鹽菌（直譯：長得慢的嗜鹽菌）

3.1.3.2 用地名起種名： 如，在南京分離的
1）Ruminococcus nanjingensis：南京瘤胃球菌
2）Pasteuria nanjingensis：南京巴斯德菌
3）Halobacterium nanjingensis：南京嗜鹽菌

3.1.3.3 用顏色起種名： 如，白色的
1）Ruminococcus albus：白色瘤胃球菌
2）Pasteuria alba：白色巴斯德菌
3）Halobacterium album：白色嗜鹽菌

3.1.3.4 用人名起種名： 如，John的
1）Ruminococcus johnii：瓊氏瘤胃球菌
2）Pasteuria johnii：瓊氏巴斯德菌
3）Halobacterium johnii：瓊氏嗜鹽菌
備註：對於上述人名，地名來命名的規則的詳解可參閱International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的對應解釋。
3.1.4 對於新屬（genus）起名（注意：屬名首字母大寫，斜體！）：

3.1.4.1 如常見的用人名來起名：Weng
1）Wengia lenta：慢生翁氏菌，具體詞性的變化（即：結尾的變化，可以參考上述變化規則）

3.1.4.2 用組合詞起名：Lentus（慢的）+coccus（球狀的）=lenticoccus，慢生球菌屬
1）lenticoccus albus：白色慢生球菌

3.2 物種命名常見的錯誤：
1）陰陽性不統一：比如，lenticoccus(陽性） alba（陰性）
2）重復命名：比如，某個詞已用作某個生物（微生物，動物，植物等）的科學屬名（genus name），此時不能重復用這個詞來命名一個新屬；另外，如果一個種名已被用，則也不能重用；但是：如果一個名字只是用來命名了一個物種（species）,則可以用這個詞的屬名（genus）格式來命名一個新屬（novel genus）,比如：Pasteuria johnii 瓊氏巴斯德菌，johnii作為物種（species）名了，然後我們造Johnia，用這個命名新的屬Johnia（瓊氏菌屬），然後命名一個新物種Johnia alba （白色瓊氏菌），雖然可以這么做，但是不推薦這么做，畢竟科學命名（scientific nomenclature）的初衷是為了去除混亂（less chaotic！）

四、一些相關學習資源：

J. 如何對一株微生物進行分類鑒定和命名

傳統的方法是先通過菌落形態和菌體形態的觀察初步確定，然後做生理生化實驗，比如澱粉水解實驗、產氣實驗等一共八項，根據試驗結果，對照博傑氏手冊查找其分類信息；現在的方法主要是對其保守序列測序鑒定，比如16或18SrDNA序列測定，然後在一些網站上進行BLAST，我一般是在NCBI上比對，從而可以得到其分類和命名信息。