微生物系統發育樹如何分析

① 微生物進化樹怎麼分析

很簡單：
越是位置靠下的在時間上出現的越早，越是靠上的出現的越晚；
在同一樹枝上分杈越早的親緣關系越遠，分杈越晚的親緣關系越近；
越是靠下的越低等，越是靠上的越高等。

② 如何建立微生物的進化樹網路分析

微生物的進化

原始地球環境(約10億年地球體形成還原性汽與氣)――化學進化歷程(三步曲為：無機小分子，有機大分子，有機多分子有機) ――生物進化階段(微生物進化四大步：厭氧異養菌，厭氧自養菌，光能自養產O2菌，好氧異養菌)

地球上開始出現生命，主要是些類似簡單桿狀細菌的原始生物。

厭氧異養原始原核菌類的誕生：化學進化的產物(團聚體與微球體等多分子體系－「原始湯」。

厭氧自養原始原核菌的誕生：繼厭氧異養原始原核菌的誕生後產生。

光合放氧菌的產生

好氧異養菌的誕生

在光能自養菌的基礎上好氧異養菌誕生。

厭氧生物產能效率低, 有氧則生物朝能效 高的有氧呼吸飛躍邁進。

原始的假單胞菌類及脫氮副球菌等好氧異養菌誕生。

衍生出多樣類型呼吸鏈的原核微生物類

進化的測量指征

一、進化指征的選擇

表型特徵、少量的化石資料

(1) 生物大分子作為進化標尺依據：蛋白質、RNA和DNA序列進化變化的顯著特點是進化

速率相對恆定，也就是說，分子序列進化的改變數(氨基酸或核苷酸替換數或替換百分率)與分子進化的時間成正比。

(2) 作為進化標尺的生物大分子的選擇原則：

1）在所需研究的種群范圍內，它必須是普遍存的。

2）在所有物種中該分子的功能是相同的。

3）為了鑒定大分子序列的同源位置或同源區，要求所選擇的分子序列必須能嚴格線性排列，以便進行進一步的分析比較。

4）分子上序列的改變（突變）頻率應與進化的測量尺度相適應。

大量的資料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要

的區域，比功能不重要的分子或分子區域進化變化速度低。

二、RNA作為進化的指征

16S rRNA被普遍公認為是一把好的譜系分析的「分子尺」：

1）rRNA具有重要且恆定的生理功能；

2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列區域，又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關系的研究；

3）16SrRNA分子量大小適中，便於序列分析；

4）rRNA在細胞中含量大(約占細胞中RNA的90%)，也易於提取；

5）16SrRNA普遍存在於真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA)。因此它可以作為測量各類生物進化的工具。

三、rRNA和系統發育樹

1. rRNA的順序和進化：培養微生物、提取並純化rRNA、rRNA序列測定、分析比較、微生物之間的系統發育關系

2. 特徵序列或序列印記

通過對r RNA全序列資料的分析比較（特別是採用計算機）發現的在不同種群水平上的特異特徵性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位點上出現的單鹼基印記。

特徵序列有助於迅速確定某種微生物的分類歸屬，或建立新的分類單位。

3. 系統發育樹

通過比較生物大分子序列差異的數值構建的系統樹稱為分子系統樹，其特點是用一種樹狀分枝的圖型來概括各種(類)生物之間的親緣關系。

圖型中，分枝的末端和分枝的連結點稱為結(node)，代表生物類群，分枝末端的結代表仍生存的種類。系統樹可能有時間比例，或者用兩個結之間的分枝長度變化來表示分子序列的差異數值。

建立16 S r RNA系統發育樹的意義

a）使生物進化的研究范圍真正覆蓋所有生物類群；

b）提出了一種新的正確衡量生物間系統發育關系的方法；

c）對探索生命起源及原始生命的發育進程提供了線索和理論依據；

d）突破了細菌分類僅靠形態學和生理生化特性的限制，建立了全新的分類理論；

e）為微生物生物多樣性和微生物生態學研究建立了全新的研究理論和研究方法，特別是不經培養直接對生態環境中的微生物進行研究。

③ 系統發育樹怎麼分析

進化樹由結點（node）和進化分支（branch）組成，每一結點表示一個分類學單元（屬、種群、個體等），進化分支定義了分類單元（祖先與後代）之間的關系，一個分支只能連接兩個相鄰的結點。進化樹分支的圖像稱為進化的拓撲結構，其中分支長度表示該分枝進化過程中變化的程度，標有分枝長度的進化分支叫標度枝（scaled branch）。校正後的標度樹（scaled tree）常常用年代表示，這樣的樹通常根據某一或部分基因的理論分析而得出。進化分支可以沒有分支長度的標注（unscaled），沒有被標注的分支其長度不表示變化的程度，雖然分支的有些地方用數點進行了注釋。進化樹可以是有根的(rooted)，也可以是無根的（unrooted），分為「有根樹」和「無根樹」兩類。在有根樹中，有一個叫根（root）的特殊結點，用來表示共同的祖先，由該點通過唯一途徑可產生其他結點；有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，沒有確認共同祖先或進化途徑。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作為「外群」（英文outgroup），這個外群要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以致不能和樹中的種類相混。把有根樹去掉根即成為無根樹枝罩。一棵無根樹在沒有其他信息歲顫（外群）或假設（如假設最大枝長為根）時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的，其中線段的兩猛雀鬧個演化方向都有可能。

④ 如何分析系統發育樹是否支持進化論

從分叉處可以看到物種間的起源和分化。
構建系統發育樹需要注意的幾個問題 1 相似與同源的區別：只有當序列是從一個祖先進化分歧而來時，它們才是同源的。 2 序列和片段可能會彼此相似，但是有些相似卻不是因為進化關系或者生物學功喚坦能相近的緣故，序列組成特異或者含有片段重復也許是最明顯的例子；再就是非特異性序列相似。 3 系統發育樹法：物種間的相似性和差異性可以被用來推斷進化關系。 4 自然界中的分類系統是武斷的，也就啟喊是說，沒有一個標準的差異衡量方法來定義種、屬、科或者目。 5 枝長可以用來表示類間的真實進化距離。 6 重要的是理解系統發育分析中的計算能力的限制。任何構樹的實驗目的基本上就是從許多不正確的樹中挑選正確的樹。 7 沒有一種方法能夠保證一顆系統發育樹一定代表了真實進化途徑。然而，有些方法可以檢測系統發育樹檢測的可靠性。第一，如果用不同方法構建樹能得到同樣的結果，這可以很好的證明該樹是和旁桐可信的；第二，數據可以被重新取樣，來檢測他們統計上的重要性。
做了一個系統進化樹,請問怎麼分析 —— 首先你需要一個能夠對序列進行編輯的軟體(比如Mac系統的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等)對整個資料庫排序(Alignment)，就是把相似...
畫了系統進化樹,但不確定怎麼分析 —— 如果是生物進化的進化樹，那就從根部開始畫，向上不斷分支，注意不需太細致，基本上以門或綱來分就可以了，如果想突出一部分就在向下細化。如果是那種系統進化樹...
用mega做出來了系統發育樹,該怎樣分析 —— 做出來的樹就很直觀了，上面就已經清楚滴標示出你的目的基因屬於哪個種屬，一般不需要大量的分析
系統發育樹的詳細描述 —— 進化樹可以是有根的(rooted)，也可以是無根的(unrooted)，分為「有根樹」和「無根樹」兩類 。在有根樹中，有一個叫根(root)的特殊結點，用來表示共同的祖先，由該點通過唯一途徑可產生其他...
同屬植物系統進化分析用什麼方法比較好 —— 一個屬裡面有很多不同的物種，也可能只有一種，比如銀杏屬就只有一個物種，就是銀杏，但是你又會看到很多不同的銀杏，比如垂枝銀杏，斑葉銀杏，塔狀銀杏啦，那是...
如何構建系統發育樹 —— 構建系統發育樹需要注意的幾個問題 1 相似與同源的區別:只有當序列是從一個祖先進化分歧而來時，它們才是同源的。 2 序列和片段可能會彼此相似，但是有些相似卻不...
TRIZ培訓方法理論中進化樹是講什麼? —— 1. 進化樹是對經典TRIZ培訓方法理論中的繼承和發展，是在經典TRIZ的進化法則基礎上進一步發展形成的產物。運用進化樹能幫助我們很好地分析技術系統的過去和現在、...
進化樹的結構進化樹 —— 隨著X-ray、NMR等實驗技術的的進步，蛋白質結構數據的數量日益增多，結構精度... 可以進行結構疊合比較、分析它們之間的進化關系，這表明結構比較可以比序列比較...
如何建立微生物的進化樹網路分析 —— 微生物的進化 原始地球環境(約10億年地球體形成還原性汽與氣)――化學進化歷... 1. rRNA的順序和進化:培養微生物、提取並純化rRNA、rRNA序列測定、分析比較、...

⑤ 親，我最近在做系統發育分析 ，我把樹已經建好了，可是不會分析，麻煩親給講一下好嗎都需要分析什麼，怎

親，你好~
關於系統凈化樹，我以前在就讀生物信息學的時候做個簡易的系統發育樹，使用的是clustal X和MEGA軟體。構建的發育樹也就是系統進化樹、物種樹(speciestree)、基因樹等等一些相同或含義略有差異的名稱。你可以在丁香園和小木蟲裡面發個求助貼，裡面高手多。
系統發育樹分有根(rooted)和無根(unrooted)樹。有根樹反映了樹上物種或基因的時間順序，而無根樹只反映分類單元之間的距離而不涉及誰是誰的祖先問題。這個需要看你的構建的發育樹具體參數怎麼設置的。
用於構建系統發育樹的數據有二種類型：一種是特徵數據(characterdata)，它提供了基因、個體、群體或物種的信息；二是距離數據(distancedata)或相似性數據(similaritydata)，它涉及的則是成對基因、個體、群體或物種的信息。距離數據可由特徵數據計算獲得，但反過來則不行。這些數據可以矩陣的形式表達。距離矩陣(distancematrix)是在計算得到的距離數據基礎上獲得的，距離的計算總體上是要依據一定的遺傳模型，並能夠表示出兩個分類單位間的變化量。系統發育樹的構建質量依賴於距離估算的准確性。
我用MEGA做出來N——J法的發育樹，做出來的樹就很直觀了，上面就已經清楚滴標示出你的目的基因屬於哪個種屬，一般不需要大量的分析。具體情況如下：

1.首先要確定代表株:為啥選那些作為代表，一般是升碧薯選擇經典的，有文獻參考的或者地域或年份等特定特徵
2.找出整個樹的root
3.由根溯源，你的研究株在樹中處於什麼地位，與哪些株進化距離最近
4.統籌分析整個樹，你選慧宏擇哪部分片段構建的樹，為什麼這樣選擇，作出這樣的樹能揭示怎樣的進化規律
5. 有沒有相關文獻資料以及實驗結論對你的分析結果作吵者支撐
這個是我以前參照的方法。詳細情況你可以查查 生物信息學 這本書籍，裡面有關於這個的詳細介紹。

⑥ 微生物菌株鑒定構建發育樹的問題

一般來說，按照相似性高地排列下來，選擇靠前的幾個屬的菌。比如說你的比對結果為最相似的菌前10個都是A這個屬的，那麼你的菌一般來說跑不出這個屬；再往下的第二個屬可以作為外屬，就是說系統發育樹不僅要有你的菌所在的屬，還得有一個和它最相近的另一個屬。確定屬之後，找到這個屬的所有的菌，將他們的序列都用上來建樹。最理想的樹建出來的結果是16S最相近的菌和你的菌在一支上，並且進化距離也最短。

⑦ 如何做細菌的系統進化樹及相關分析

看你用什麼軟體來分析了 一般使用mega、paup等來構建進化樹，簡單說，就是將你研究的類群以及相關類群的16s rDNA序列進行比對，然後採用某個模型(軟體中都有選項)來構建