① 如何命名微生物:微生物命名的規則與實例解讀 2021-02-01
二、細菌和古菌的系統分類學:
1)細菌和古菌的分類學地位:
從高到低:(Domain)、門(Phylum)、綱(Class)、目(Order)、科(Family)、屬(Genus)、種(Species)。
備註:細菌和古菌的分類學中沒有界(kingdom)!
三、 如何命名?
生物學中物種(細菌,真菌,植物,動物,昆蟲等)的命名都是基於清岩頃拉丁語(或拉丁語與希臘語的組合)語法規則進行,而且已有成文的規范。對於原核生物物種命名來說,也已有專門的委員會公布了對應的命名規則,即:國際原核生物命名法(International Code of Nomenclature of Prokaryotes)。
2.1 種(species)的命名:
2.1.1 命名時,根據潛在新物種:①分離源(如:土壤,腸道,人或動物來源,分離地點等);②形態特徵(如:形狀(球狀,桿狀,弧狀,線裝);③細胞大小(如:兩端尖,或棒狀),鞭毛特徵);④菌落形態與質地(菌落大小,菌落顏色);⑥生長快慢;⑦是否產生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性來命名;⑨非特異性命名:如用某個人的或者動物的名字命名。
2.1.2 種(species)命名實例:
①根據分離源:Blautia hominis 人源布勞蒂亞菌(human 人);Blautia intestini 腸源布勞蒂亞菌(intestine腸道);②根據形態和顏色特徵等:Blautia recta 直桿布勞蒂亞菌(rectus直的);Blautia lenta 生長緩慢的布勞蒂亞菌(lentus緩慢的,懶惰的);Blautia rubra 紅色布勞蒂亞菌(ruber紅色的);③人名與地名: Blautia wangii 王氏勞蒂亞菌;Blautia beijingensis 北京布勞蒂亞菌;
2.1.3 完整的物種名稱(屬+種名)怎麼翻譯和理解:
2.1.3.1 翻譯:種名當形容詞而屬名當名詞進行翻譯和理解。比如:Roseburia(羅斯布里氏或羅氏) faecis(糞便的)=糞源羅氏菌;
2.2 屬(genus)的命名:
2.2.1 命名時,根據潛在新屬:①分離源(如:土壤,腸棗毀道,人或動物來源,分離地點等);②形態特徵(如:形狀(球狀,桿狀,弧狀,線裝);③細胞大小(如:兩端尖,或棒狀),鞭毛特徵);④菌落形態與質地(菌落大小,菌落顏色);⑥生長快慢;⑦是否產生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性來命名。
2.2.2 屬(genus)的命名實例:
①分離源( Humibacillus土壤桿菌屬:土壤(humus)桿(bacillus=rod)菌屬);Intestinibacter腸桿菌屬:腸(intestine)桿(bacter)菌屬;Indibacter:印度桿菌屬,indi=india印度, bacter=rod 桿狀);②形態和顏色特徵等(如:Rhodococcus:rhodon=the rose,玫瑰,coccus球狀的,rhodococcus紅球菌);③生長快慢與細胞特性組合:Lentibacillus 慢長桿狀菌屬:lentus(慢的),bacillus=rod(桿狀的)答陸);④人名與地名:人名(Zunongwangia 祖農菌屬);地名(Sinobacter,Sinae中國的,sina中國,bacter=rod桿狀,中華桿狀菌屬 );⑤其他理化特性:Butyratibacter產丁酸桿菌屬,butyratum=butyrate丁酸,bacter=rod桿狀的,丁酸桿菌屬;
2.2 科(Family)的命名:
對於已經界定好的潛在新科來說,命名是相對簡單的。比如:我們鑒定某個分離物(isolate)為一個潛在新屬(potential novel genus,假設:我們命名這個屬的名稱為:Xiaomingia, 小明菌屬),而且它與原先系統進化上臨近的科(neighbor families)中的各屬(genera)有明顯的不同,那麼界定它為新科,此時:就取這個新屬為該科的模式屬(type genus),並基於該模式屬的名稱(Xiaomingia)加上科標志後綴aceae,來生成新科的名稱:Xiaomingiaeae ( 小明菌科);
3.1 物種名稱的性別(Gender)(陽性Masculine,陰性 Feminine ,中性Neuter)
與眾多其他語言(如:西班牙語,義大利語,葡萄牙語,阿拉伯語等)類似,拉丁語也區分詞彙的性別,即:陽性,陰性,中性。具體區分來說:性別很明確的(跟女/雌性直接相關的)詞彙都可直接確定為陰性,如:amica(女朋友);而與男/雄性直接相關的詞彙可直接確定為為陽性,如:mustaceus(胡須);還有一些詞不分男女,即:中性詞,如Bacterium,細菌。
3.1.1 名詞與形容詞性別的統一性:
描述陽性詞的其他詞(如:形容詞,動詞),也都是有性別的,也就是說前後統一。
比如:美麗bellus(美麗的,陰性);bella(美麗的,陽性) ;bellum(美麗的,中性)
3.1.2 陽性與陰性的區分(此處僅論結尾規律性陰陽性詞,對固有性別直的直接略過):
1)陽性結尾:us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2)陰性結尾:as,a,ia,ea
3)中性結尾:um,im,ii
3.1.3 對於新物種(species)起名(注意:種名全小寫,斜體!):
3.1.3.1 用形容詞起種名:lentus慢的,(陽/陰/中:lentus/lenta/lentum)
1)Ruminococcus lentus:慢生瘤胃球菌(直譯:長得慢的瘤胃球菌)
2)Pasteuria lenta:慢生巴斯德菌(直譯:長得慢的巴斯德菌)
3)Halobacterium lentum:慢生嗜鹽菌(直譯:長得慢的嗜鹽菌)
3.1.3.2 用地名起種名: 如,在南京分離的
1)Ruminococcus nanjingensis:南京瘤胃球菌
2)Pasteuria nanjingensis:南京巴斯德菌
3)Halobacterium nanjingensis:南京嗜鹽菌
3.1.3.3 用顏色起種名: 如,白色的
1)Ruminococcus albus:白色瘤胃球菌
2)Pasteuria alba:白色巴斯德菌
3)Halobacterium album:白色嗜鹽菌
3.1.3.4 用人名起種名: 如,John的
1)Ruminococcus johnii:瓊氏瘤胃球菌
2)Pasteuria johnii:瓊氏巴斯德菌
3)Halobacterium johnii:瓊氏嗜鹽菌
備註:對於上述人名,地名來命名的規則的詳解可參閱International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的對應解釋。
3.1.4 對於新屬(genus)起名(注意:屬名首字母大寫,斜體!):
3.1.4.1 如常見的用人名來起名:Weng
1)Wengia lenta:慢生翁氏菌,具體詞性的變化(即:結尾的變化,可以參考上述變化規則)
3.1.4.2 用組合詞起名:Lentus(慢的)+coccus(球狀的)=lenticoccus,慢生球菌屬
1)lenticoccus albus:白色慢生球菌
3.2 物種命名常見的錯誤:
1)陰陽性不統一:比如,lenticoccus(陽性) alba(陰性)
2)重復命名:比如,某個詞已用作某個生物(微生物,動物,植物等)的科學屬名(genus name),此時不能重復用這個詞來命名一個新屬;另外,如果一個種名已被用,則也不能重用;但是:如果一個名字只是用來命名了一個物種(species),則可以用這個詞的屬名(genus)格式來命名一個新屬(novel genus),比如:Pasteuria johnii 瓊氏巴斯德菌,johnii作為物種(species)名了,然後我們造Johnia,用這個命名新的屬Johnia(瓊氏菌屬),然後命名一個新物種Johnia alba (白色瓊氏菌),雖然可以這么做,但是不推薦這么做,畢竟科學命名(scientific nomenclature)的初衷是為了去除混亂(less chaotic!)
四、一些相關學習資源:
② 微生物的名稱
一般地,在中國大陸地區的教科書中,均將微生物劃分為以下8大類:
細菌、病毒、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體。
舉例的話。
肺炎鏈球菌
腦膜炎奈瑟氏菌
淋病奈瑟氏菌
卡他奈瑟氏菌
大腸埃希氏菌
肺炎桿菌
肺炎克雷白氏菌
傷寒沙門氏菌
綠膿假單胞菌
結核分枝桿菌
白喉棒狀桿菌
鼠疫耶爾森氏菌
志賀氏菌
穿透芽胞梭菌
破傷風芽胞梭菌
③ 微生物學的命名
微生物的分類單位:界、門、綱、目、科、屬、種
種是最基本的分類單位,每一分類單位之後可有亞門、亞綱、亞目、亞科... 以啤酒酵母為例,它在分類學上的地位是:界(Kindom):真菌界
門(Phyllum):真菌門
綱(Class):子囊菌綱
目(Order):內孢霉目
科(Family):內孢霉科
屬(Genus):酵母屬
種(Species):啤酒酵母
種(species):是一個基本分類單位;是一大群表型特徵高度相似、親緣關系極其接近,與同屬內其他種有明顯差別的菌株的總稱。①菌株(strain)表示任何由一個獨立分離的單細胞繁殖而成的純種群體及其一切後代(起源於共同祖先並保持祖先特性的一組純種後代菌群)。因此,一種微生物的不同來源的純培養物均可稱為該菌種的一個菌株。菌株強調的是遺傳型純的譜系。例如:大腸埃希氏桿菌的兩個菌株:EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法:如果說種是分類學上的基本單位,那末菌株實際上是應用的基本單位,因為同一菌種的不同菌株在產酶上種類或代謝物產量上會有很大的不同和差別! ②亞種(subspecies)或變種(variety):為種內的再分類。
當某一個種內的不同菌株存在少數明顯而穩定的變異特徵或遺傳性狀,而又不足以區分成新種時,可以將這些菌株細分成兩個或更多的小的分類單元——亞種。
變種是亞種的同義詞,因「變種」一詞易引起詞義上的混淆,從1976年後,不在使用變種一詞。通常把實驗室中所獲得的變異型菌株,稱之為亞種。
例如:E.colik12(野生型)是不需要特殊aa的,而實驗室變異後,可從k12獲得某aa的缺陷型,此即稱為E.colik12的亞種。③型(form):常指亞種以下的細分。當同種或同亞種內不同菌株之間的性狀差異不足以分為新的亞種時,可以細分為不同的型。例如:按抗原特徵的差異分為不同的血清型
微生物的命名:微生物的名字有俗名和學名兩種。如:紅色麵包霉——粗糙脈孢霉;綠膿桿菌——銅綠假單胞菌。學名—是微生物的科學名稱,它是按照有關微生物分類國際委員會擬定的法則命名的。學名由拉丁詞、或拉丁化的外來片語成。學名的命名有雙名法和三名法兩種。①雙名法:學名=屬名+種名+(首次定名人)+現定名人+定名年份 屬名:拉丁文的名詞或用作名詞的形容詞,單數,首字母大寫,表示微生物的主要特徵,由微生物構造,形狀或由科學家命名。種名:拉丁文形容詞,字首小寫,為微生物次要特徵,如微生物色素、形狀、來源或科學家姓名等。例:大腸埃希氏桿菌Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers1919
金黃色葡萄球菌 當泛指某一屬微生物,而不特指該屬中某一種(或未定種名)時,可在屬名後加sp.或ssp.(分別代表species縮寫的單數和復數形式)。
例如:Saccharomycessp.表示酵母菌屬中的一個種。菌株名稱:在種名後面自行加上數字、地名或符號等 例如:BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北紡
丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection美國模式菌種保藏中心
當文章中前面已出現過某學名時,後面的可將其屬名縮寫成1~3個字母。
例如:Escherichiacoli可縮寫成E.coli
Staphylococcusaureus可縮寫成S.aureus ②三名法:用於對亞種的命名,這時在屬和種名後加寫一個subsp.,然後再附上亞種名稱(斜排體)。例如:Bacillusthuringiensissubsp.galleria蘇雲金芽孢桿菌臘螟亞種
④ 微生物是什麼
微生物的定義
現代定義:微生物是一切肉眼看不見或看不清的微小生物的總稱。 形體微小,結構簡單,通常要用光學顯微鏡和電子顯微鏡才能看清楚的生物,統稱為微生物。 (但有些微生物是可以看見的,像屬於真菌的蘑菇、靈芝等。)
特點
個體微小,一般<0.1mm。 構造簡單,有單細胞的,簡單多細胞的,非細胞的。進化地位低,大多依靠有機物維持生命。
分類
原核類: 三菌,三體。 三菌:細菌、藍細菌、放線菌 三體:支原體、衣原體、立克次氏體 真核類: 真菌,原生動物,顯微藻類。 非細胞類: 病毒,亞病毒 ( 類病毒,擬病毒,朊病毒)。
五大共性:
體積小,面積大; 吸收多,轉化快 微生物
; 生長旺,繁殖快; 適應強,易變異; 分布廣,種類多。
編輯本段類群
種類 原核:細菌、放線菌、螺旋體、支原體、立克次氏體、衣原體。 真核:真菌
、藻類、原生動物。 非細胞類:病毒和亞病毒。 一般地,在中國大陸地區的教科書中,均將微生物劃分為以下8大類: 細菌、病毒、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體。
微生物的化學組成
C,H,O,N,P,S以及其他元素
微生物的營養物質
1 水和無機鹽 2 碳源:凡能為微生物提供生長繁殖所需碳元素的營養物質 來源 作用 3氮源:凡能為微生物提供所必需氮元素的營養物質 來源 作用:主要用於合成蛋白質,核酸以及含氮的代謝產物 4 能源:能為微生物生命活動提供最初能源來源的營養物質或輻射能
根據碳源和能源分類
5生長因子:微生物生長不可缺少的微量有機物
能引起人和動物致病的微生物叫病源微生物,有八大類: 1.真菌:引起皮膚病。深部組織上感染。 2放線菌:皮膚,傷口感染。 3螺旋體:皮膚病,血液感染 如梅毒,鉤端螺旋體病。 4細菌:皮膚病化膿,上呼吸道感染 ,泌尿道感染,食物中毒,敗血壓症,急性傳染病等。 5立克次氏體:斑疹傷寒等。 6衣原體:沙眼,泌尿生殖道感染。 7病毒:肝炎,乙型腦炎,麻疹,艾滋病等。 8支原體:肺炎,尿路感染。 生物界的微生物達幾萬種,大多數對人類有益,只有一少部份能致病。有些微生物通常不致病,在特定環境下能引起感染稱條件致病菌。 能引起食品變質,腐敗,正因為它們分解自然界的物體,才能完成大自然的物質循環。
微生物的作用
微生物對人類最重要的影響之一是導致傳染病的流行。在人類疾病中有50%是由病毒引起。世界衛生組織公布資料顯示:傳染病的發病率和病死率在所有疾病中占據第一位。微生物導致人類疾病的歷史,也就是人類與之不斷斗爭的歷史。在疾病的預防和治療方面,人類取得了長足的進展,但是新現和再現的微生物感染還是不斷發生,像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治療葯物。一些疾病的致病機制並不清楚。大量的廣譜抗生素的濫用造成了強大的選擇壓力,使許多菌株發生變異,導致耐葯性的產生,人類健康受到新的威脅。一些分節段的病毒之間可以通過重組或重配發生變異,最典型的例子就是流行性感冒病毒。每次流感大流行流感病毒都與前次導致感染的株型發生了變異,這種快速的變異給疫苗的設計和治療造成了很大的障礙。而耐葯性結核桿菌的出現使原本已近控制住的結核感染又在世界范圍內猖獗起來。 微生物千姿百態,有些是腐敗性的,即引起食品氣味和組織結構發生不良變化。當然有些微生物是有益的,它們可用來生產如乳酪,麵包,泡菜,啤酒和葡萄酒。微生物非常小,必須通過顯微鏡放大約1000 倍才能看到。比如中等大小的細菌,1000個疊加在一起只有句號那麼大。想像一下一滴牛奶,每毫升腐敗的牛奶中約有5千萬個細菌,或者講每誇脫牛奶中細菌總數約為50億。也就是一滴牛奶中可能含有50 億個細菌。 微生物能夠致病,能夠造成食品、布匹、皮革等發霉腐爛,但微生物也有有益的一面。最早是弗萊明從青黴菌抑制其它細菌的生長中發現了青黴素,這對醫葯界來講是一個劃時代的發現。後來大量的抗生素從放線菌等的代謝產物中篩選出來。抗生素的使用在第二次世界大戰中挽救了無數人的生命。一些微生物被廣泛應用於工業發酵,生產乙醇、食品及各種酶制劑等;一部分微生物能夠降解塑料、處理廢水廢氣等等,並且可再生資源的潛力極大,稱為環保微生物;還有一些能在極端環境中生存的微生物,例如:高溫、低溫、高鹽、高鹼以及高輻射等普通生命體不能生存的環境,依然存在著一部分微生物等等。看上去,我們發現的微生物已經很多,但實際上由於培養方式等技術手段的限制,人類現今發現的微生物還只佔自然界中存在的微生物的很少一部分。 微生物間的相互作用機制也相當奧秘。例如健康人腸道中即有大量細菌存在,稱正常菌群,其中包含的細菌種類高達上百種。在腸道環境中這些細菌相互依存,互惠共生。食物、有毒物質甚至葯物的分解與吸收,菌群在這些過程中發揮的作用,以及細菌之間的相互作用機制還不明了。一旦菌群失調,就會引起腹瀉。 隨著醫學研究進入分子水平,人們對基因、遺傳物質等專業術語也日漸熟悉。人們認識到,是遺傳信息決定了生物體具有的生命特徵,包括外部形態以及從事的生命活動等等,而生物體的基因組正是這些遺傳信息的攜帶者。因此闡明生物體基因組攜帶的遺傳信息,將大大有助於揭示生命的起源和奧秘。在分子水平上研究微生物病原體的變異規律、毒力和致病性,對於傳統微生物學來說是一場革命。 以人類基因組計劃為代表的生物體基因組研究成為整個生命科學研究的前沿,而微生物基因組研究又是其中的重要分支。世界權威性雜志《科學》曾將微生物基因組研究評為世界重大科學進展之一。通過基因組研究揭示微生物的遺傳機制,發現重要的功能基因並在此基礎上發展疫苗,開發新型抗病毒、抗細菌、真菌葯物,將對有效地控制新老傳染病的流行,促進醫療健康事業的迅速發展和壯大!
⑤ 微生物的學名是由什麼組成
學名由拉丁詞、或拉丁化的外來片語成。學名的命名有雙名法和三名法兩種。
①雙名法:學名=屬名+種名+(首次定名人)+現定名人+定名年份 屬名:拉丁文的名詞或用作名詞的形容詞,單數,首字母大寫,表示微生物的主要特徵,由微生物構造,形狀或由科學家命名。種名:拉丁文形容詞,字首小寫,為微生物次要特徵,如微生物色素、形狀、來源或科學家姓名等
②三名法:用於對亞種的命名,這時在屬和種名後加寫一個subsp.,然後再附上亞種名稱(斜排體)。例如:Bacillusthuringiensissubsp.galleria蘇雲金芽孢桿菌臘螟亞種
⑥ 微生物學名詞解釋是什麼
微生物學名詞解釋是是生物學的分支學科之一。它是在分子、細胞或群體水平上研究各類微小生物。
微生物學是應用學科,也是基礎學科,是生物學的重要組成部分。在探討生命的本質、生命活動規律、生物的起源與進化等方面,與分子生物學有著密切聯系。由於微生物結構簡單、生長繁殖迅速、易於培養以及突變體應用方便,使它們成為研究生物學中許多基本問題的良好材料。
分類如下:
一類:能夠引起人類或者動物非常嚴重疾病的微生物,以及我國尚未發現或者已經宣布消滅的微生物。具有高個體危害和高群體危害,引起的疾病一般不能治癒,如天花病毒、埃博拉病毒等。
二類:能夠引起人類或者動物嚴重疾病,比較容易直接或者間接在人與人、動物與人、動物與動物間傳播的微生物。具有高個體危害和低群體危害特徵,如高致病性禽流感病毒、布魯桿菌等。
三類:能夠引起人類或者動物疾病,但一般情況下對人、動物或者環境不構成嚴重危害,傳播風險有限,具備有效治療和預防措施的微生物。具有中等個體危害和有限群體危害特徵,如甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒等。
四類:在通常情況下不會引起人類或者動物疾病的微生物。具有低個體危害和低群體危害。
⑦ 如何記憶微生物的拉丁文名稱
拉丁名取名是作者根據自己愛好定的,又不是統一編號,如果你學過拉丁文,那麼還好,不過完全沒有必要。
考研大不了讓你記幾個常見微生物的拉丁名,死記硬背下來就行了啊,又沒多少。
微生物專業的教授也一樣不認識生僻微生物的拉丁名啊。
⑧ 微生物是如何命名的舉例說明
命名按照《國際細菌命名法規》,採用林奈氏雙名法.
屬名 + 種名 +命名人
如大腸桿菌:Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers 1919
屬名:名詞,大寫首字母,一般描繪主要形態或生理特徵.
種名:形容詞,小寫,代表一個種次要特徵.
未確定種名或不指特定的種時,可在屬名後加sp.表示.
⑨ 微生物的命名原則和方法
所有正式分類單元(包或亞種和亞種以上等級的分類單元)的學名,必須用拉丁詞或者其他詞源經拉丁化的詞命名.
(1)屬名
屬名用一個單數主格名詞或當做名詞用的形容詞來表示,可以是陽性、陰性或中性,首字母要大寫.Bacillus( 屬名,首字母亞斜寫).亞屬分類單元的命名和屬名相同.其中的陰陽或者中性指的是原本的拉丁詞的性質.
(2)種名
細菌的命名也和其他的生物一樣用雙名法命名,即種的學名=屬名+種名.第一個詞為屬名,首字母要大寫;第二個詞為種名加詞,常用形容詞(要與屬名性別一致),也可以用人名、地名、病名、或者其他名詞(名詞用主格或者所有格形式),種名加詞首字母不大寫.
例如Pseudomonas aeruginosa(銅綠假單胞菌)其中Pseudomonas是屬名(假單胞菌屬)(陰性),aeruginosa是種名加詞,是拉丁形容詞(陰性),原意為「銅綠色的」.
還有亞種名和屬級以上的分類單元的命名我就不寫了,我打字很慢.
PS:如果需要了解的話可以看高等教育出版社出版的(主編為沈萍、陳向東等)《微生物生物學》教材.