A. 微生物16S測序數據分析思路解讀
文章摘錄： https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control&dist_request_id=1328680.10001.16161359172342727&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control
16S rRNA基因測序（也稱16S rDNA測序）是最常用的菌群多樣性分析的手段。對於新手，如果收到一份不講「人話」的16S測序分析報告，很快就會被各種生態學術語、各種指數、各種分析方法弄暈。
7個問題串起16S測序的核心結果
怎麼辦？用你的研究邏輯來梳理16S測序數據（圖1）。
簡單地說，做16S測序是為了鑒定樣本中的微生物（細菌）群組成，找微生物群與疾病或表型的相關性。
詳細地說，
1）首先想了解在不同組樣本中各有哪些微生物存在和豐富度（對應於菌群鑒定和α多樣性分析）；
2）接著想看不同樣本組間微生物群組成是否存在差異（對應於β多樣性分析）；
3）如果是，那麼就有必要找出引起不同組樣本微生物群差異的關鍵菌。如果不是，那說明微生物群比如腸道菌群與疾病或表型可能並不相關（基於已有的研究，這種可能性比較小）；
4）找到了關鍵菌，在臨床上，很自然會想到，這些（個）關鍵菌是否可以作為Biomarker（對應於疾病診斷模型構建），比如用於區分糖尿病前期患者與健康組的標志物；
5）以及這些（個）菌是否與臨床指標具有相關性（對應於菌群與臨床指標的相關性分析）；也會進一步想到，既然不同組的微生物群落存在差異，又與疾病具有相關性，
6）那麼這些菌群是如何影響宿主的，可能參與了哪些代謝途徑（對應於菌群基因功能預測）；
7）這些預測到的菌群功能是否與疾病有關，通常是肯定的。最後把這些結果整合起來分析，可以初步得出菌群組成的變化是如何與疾病或表型相關的。
順著上述7個生物學問題來看16S測序結果，你會輕松撥開迷霧，直達核心結果。