A. 細菌的分子生物學鑒定要怎麼做
是的,要做PCR。
首先你要提出細菌的DNA。
方法如下:
1、液體培養及保種:從斜面上挑取菌苔於液體培養基中放搖床上震盪(轉速160r/min)培養16小時。吸取菌液於1.5ml的經過滅菌的EP管中,再加甘油(30-40%)進行保種。(-80攝氏度保藏2年)
2、提取DNA(CTAB法):
(1)取1.5ml菌液於1.
5ml離心管中,12000r/min離心2min,棄上清。
(2)向沉澱物中加入350ul雙蒸水,重新懸浮沉澱。
(3)加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K(20mg/ml),溶菌酶3ul,混勻,於50℃溫育1h。
(4)加入50ul
5mol/L
NaCl溶液,充分混勻,再加入50ul
CTAB/NaCl溶液,混合後再65℃溫育30min。
(6)冷卻後加入等體積的酚(沉澱蛋白質):氯仿:異戊醇(增強酚的作用)(25:24:1),小心上下顛倒混勻,12000r/min離心5min,將上清液轉移到新的EP管,重復此步驟2-3次,直至分層界面無白色沉澱。
(7)加入等體積的氯仿:異戊醇(24:1),小心顛倒混勻,12000r/min離心5min將上清液轉移到新的EP管。(純化作用)
(8)加入0.6倍體積的異丙醇,輕輕混合直到DNA沉澱下來,12000r/min離心15min棄上清。
(9)向離心管中加入75%乙醇,12000r/min離心5min洗滌DNA沉澱,小心棄上清,重復洗滌1次,棄上清將離心管倒置於吸水紙上,晾乾。
(10)加入50ul(雙蒸水)/
TE
Buffer溶解DNA於4℃保存。
(11)電泳檢測
6、PCR擴增:(細菌的通用引物為27F和1492R)將提取得到的DNA進行PCR擴增,電泳檢測擴增得到的16S
rDNA(如果菌類分明,條帶清晰,PCR原液可直接送去測序,雙向測通,得到測序序列後到NCBI的BLAST頁面比對,得出鑒定結果)
7、酶切帶型分型確定操作單元:將擴增產物用HhaI和HaeIII兩種限制性內切酶進行酶切,電泳檢測酶切產物,酶切帶型相同的分為一個操作單元。
8、連接轉化:從每一個操基此作單元中選取一株菌的16S
rDNA進行連接實驗。將連接產物轉入感受態細胞中,將感受態細胞塗布於含有Amp的平板上,倒置培養12-16h。
9、克隆子挑選及PCR鑒定:從上一步的平板上挑取單菌落於含有Amp的液體培養基中震盪培養12h,以培養液為模板直接進行PCR擴增鑒定(1000-2000bp)。將含有目的片段的克隆子菌液低溫保存。
10、測序:將含有目的片段的克隆子菌液送去測序。
11、序列拼接:運用DNAMAN軟體對測序得到的序列進行拼接。
12、建樹:對拼接得到的序列用Blast進行比對,最後將比對得到的春沖所有扒鋒殲序列運用MEGA6建立系統發育樹。
B. 傳統鑒定方法如何將環境中的微生物鑒定到屬
簡單的分為3步
1)觀察菌落形態
2)菌體形態
3)生理生化反應
C. 如何鑒定DNA和RNA(生物)具體做法
高中粗鑒定:用吡羅紅(DNA)和甲基綠(RNA)鑒定.
DNA的鑒定
(1)配製二苯胺試劑:取0.1 mL B液;滴入到10 mL A液中,混勻.
(2)鑒定:取4 mL DNA提取液放入試管中,加入4 mL二苯胺試劑,混勻後觀察溶液顏色(不變藍).用沸水浴(100℃)加熱10 min.在加熱過程中,隨時注意試管中溶液顏色的變化(逐漸出現淺藍色).
附1:研磨液的配製方法
Tris:10.1 g(相對分子質量為121.4),先加50 mL蒸餾水溶解,用物質的量濃度為2 mol/L的鹽酸調至pH=8.0,再加下述葯品.
NaCl:8.76 g(相對分子質量58.44)
EDTA:37.2 g(相對分子質量372.24)
SDS:20 g(相對分子質量288.3)
待上述葯品全部溶解後,再用蒸餾水定溶至1000 mL.
若在室溫低於20℃時配製葯液,SDS呈沉澱析出,此時需要加溫,才能將SDS溶解.如果提前配製的研磨液出現了沉澱,則應加溫使沉澱溶解後再使用.
附2:研磨液中幾種葯品的作用
SDS(十二烷基磺酸鈉):可使蛋白質變性,與DNA分離.
EDTA(乙二胺四乙酸二鈉):為DNA酶的抑制劑,可以防止細胞破碎後DNA酶降解DNA.
物質的量濃度為0.15 mol/L的氯化鈉溶液:能很好地溶解DNA.
Tris/HCl:提供緩沖體系,DNA在這個緩沖體系中呈穩定狀態.(Tris為三羥甲基氨基甲烷)
RNA的鑒定
取RNA沉澱約O.2 g,加2 ml 10%H2SO4→沸水浴中加熱2 min→加1.5 ml地衣酚試劑→沸水浴中加熱→觀察顏色變化。
D. 植物的生物鑒定技術是什麼
根據病毒的生物學特性,特別是不同病毒對不同植物的侵染性及其所產生的症狀進行區分,是植物病毒鑒定的傳統技術,用來區分鑒定的寄主植物稱為鑒別寄主(differential host)。有些果樹病毒不能侵染草本植物,可將病株的接穗或芽嫁接在木本的感染性品種或植物上,觀察其發病情況及症狀,這類植物和品種一般稱為指示植物(indicator plant)。還有些植物如莧色藜、心葉煙可受多種病毒侵染,莧色藜可感染51種病毒,心葉煙可感染78種病毒,但一般只產生局部枯斑而無系統症狀,稱為枯斑寄主(local lesion host),因可受多種病毒侵染,用它來區分不同病毒的作用不大,但可用來判斷是否發生了病毒病,起到指示植物的作用。如果所產生的枯斑數目與病毒濃度呈正相關,還可用作病毒的定量寄主。有時還可用做單斑分離的試驗植物。
一般進行生物鑒定時,要使用多種植物通過人工接種對其反應進行觀察比較,因各種病毒所用的鑒別寄主各有不同,如對侵染某一植物的不同病毒的鑒別寄主全部進行接種,工作量非常繁重。但是,植物檢疫的對象主要是可以人為傳播的病毒,所檢驗的標樣,大都是采自種子實生苗的病株及無性繁殖材料,因此,在檢驗上對那些不能種子傳的病毒可不予考慮,另外,有些種傳寄主雖可感染多種種傳病毒,但並不都是該病毒的自然寄主,有些是只有人工接種才能侵染,對此也無需考慮。另外,在自然傳播的種傳病毒中,不一定都屬於同一病毒組,病毒血清學反應和粒子形狀可能不盡相同,在同一種傳寄主上,粒子和血清學反應都相同的病毒就更少了。因此,可以先根據患病植物的種類、症狀、傳播方法、血清學反應等情況,結合有關資料,做一初步評估,盡量縮小范圍,然後再用鑒別寄主進行鑒定,就可收到事半功倍之效。除鑒別寄主外,病毒的體外穩定性,特別是鈍化溫度和稀釋終點,也都是常用的鑒定方法。
E. 介紹一下這幾種生物學鑒定方法
DNA印跡技術由Southern於1975年創建,稱為Southern印跡技術,RNA印跡技術正好與DNA相對應,故被稱為Northern印跡雜交,與此原理相似的蛋白質印跡技術則被稱為Western blot。 Southern印跡雜交是進行基因組DNA特定序列定位的通用方法。一般利用瓊脂糖凝膠電泳分離經限制性內切酶消化的DNA片段,將膠上的DNA變性並在原位將單鏈DNA片段轉移至尼龍膜或其他固相支持物上,經干烤或者紫外線照射固定,再與相對應結構的標記探針進行雜交,用放射自顯影或酶反應顯色,從而檢測特定DNA分子的含量。 Northern印跡雜交(Northern blot),是一種將RNA從瓊脂糖凝膠中轉印到硝酸纖維素膜上的方法。Northern 印跡雜交的RNA吸印與Southern印跡雜交的DNA吸印方法類似,只是在進樣前用甲基氫氧化銀、乙二醛或甲醛使RNA變性,而不用NaOH,因為它會水解RNA的2'-羥基基團。RNA變性後有利於在轉印過程中與硝酸纖維素膜結合,它同樣可在高鹽中進行轉印,但在烘烤前與膜結合得並不牢固,所以在轉印後用低鹽緩沖液洗脫,否則RNA會被洗脫。 Western Blot中文一般稱為蛋白質印跡。它是分子生物學、生物化學和免疫遺傳學中常用的一種實驗方法。其基本原理是通過特異性抗體對凝膠電泳處理過的細胞或生物組織樣品進行著色。通過分析著色的位置和著色深度獲得特定蛋白質在所分析的細胞或組織中的表達情況的信息。 離子交換層析(Ion Exchange Chromatography簡稱為IEC)是以離子交換劑為固定相,依據流動相中的組分離子與交換劑上的平衡離子進行可逆交換時的結合力大小的差別而進行分離的一種層析方法。 (不知道這個是不是你所提到的親和鑒定?)將具有特殊結構的親和分子製成固相吸附劑放置在層析柱中,當要被分離的蛋白混合液通過層析柱時,與吸附劑具有親和能力的蛋白質就會被吸附而滯留在層析柱中。那些沒有親和力的蛋白質由於不被吸附,直接流出,從而與被分離的蛋白質分開,然後選用適當的洗脫液, 改變結合條件將被結合的蛋白質洗脫下來,這種分離純化蛋白質的方法稱為親和層析。 雙脫氧末端終止測序法:核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下復制或轉錄時,如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基,只要雙脫氧鹼基摻入鏈端,該鏈就停止延長,鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。如此每管反應體系中便合成以共同引物為5』端,以雙脫氧鹼基為3』端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後,分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段(長度相鄰者僅差一個鹼基),根據片段3』端的雙脫氧鹼基,便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。
記得採納啊
F. 目前生物學上常用什麼來鑒定生物的種類
生物學上常用顯微鏡來鑒定生物的種類,目前常用的是光學顯微鏡。
顯微鏡是用來鑒定生物種類的,先用顯微鏡鑒定生物是什麼種類,然後再用檢索表來明確這種生物的分類地位。
不同的生物具有不同的特徵,一般鑒定生物種類首先看生物外貌,其次看生理生化特徵,然後看生活環境,通過檢索表最終確定。現在科技發達,有些種類長得十分相似,只能藉助於基因來鑒定分類。
生物分類是研究生物的一種基本方法。生物分類主要是根據生物的相似程度(包括形態結構和生理功能等),把生物劃分為種和屬等不同的等級,並對每一類群的形態結構和生理功能等特徵進行科學的描述,以弄清不同類群之間的親緣關系和進化關系。分類的依據是生物在形態結構和生理功能等方面的特徵。分類的基本單位是種。分類等級越高,所包含的生物共同點越少;分類等級越低,所包含的生物共同點越多。了解生物的多樣性,保護生物的多樣性,都需要對生物進行分類。
人為分類法主要是憑借對生物的某些形態結構、功能、習性、生態或經濟用途的認識將生物進行分類,而不考慮生物親緣關系的遠近和演化發展的本質聯系,因此所建立的分類體系大都屬於人為分類體系。例如,將生物分為陸生生物、水生生物;草本植物、木本植物;糧食作物、油料作物等。另外,18世紀瑞典植物學家林奈(1707—1778)以生物能否運動為標准,將生物劃分為動物界和植物界的兩界系統。他還根據雄蕊的有無、數目,把植物界分為一雄蕊綱、二雄蕊綱等24個綱。16世紀我國李時珍(1518—1593)在他的《本草綱目》一書中將植物分為五部,即草部、谷部、菜部、果部和木部;將動物也分為五部,即蟲部、鱗部、介部、禽部和獸部;人另屬一部,即人部。又如,亞里士多德根據血液的有無,把動物區分為有血液的動物和無血液的動物兩大類,等等。
G. 如何對一株微生物進行分類鑒定和命名
如何對一株微生物進行分類鑒定和命名
(1)常規鑒定
常規鑒定內容有形態特徵和理化特性。形態特徵包括顯微形態和培養特徵;理化特性包括營養類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應、酶反應和血清學反應等。(2)BIOLOG碳源自動分析鑒定
BIOLOG鑒定系統以微生物對不同碳源的利用情況為基礎,檢測微生物的特徵指紋圖譜,建立與微生物種類相對應的資料庫。通過軟體將待測微生物與資料庫參比,得出鑒定結果。(3)分子生物學鑒定
提取細菌基因組DNA,然後PCR擴增16srDNA片段並測序,將結果與GeneBank或者Eztaxon對比分析,一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌,該方法也是目前微生物分類學研究普遍採用的鑒定方法。——源自網路
H. 如何對一株細菌進行種屬鑒定
一般來說,對一株從自然界或其他樣品中分離純化的未知菌種的鑒定要做以下幾個方面工作。①個體形態觀察,進行革蘭氏染色,分辨是G(+)菌還是G(-)菌。並觀察其形狀、大小、有無芽孢及其位置等;②菌種形態觀察,主要觀察其形態、大小、邊緣情況、隆起度、透明度、色澤、氣味等特徵;③做動力試驗,看他能否運動及其鞭毛著生類型(端生、周生);④做生理生化反應及做血清學反應實驗。最後根據以上實驗項目的結果,通過查閱微生物分類檢索表,給未知菌進行命名。