如何製作生物進化樹

A. 如何用phytozome構建進化樹

進化樹在生物學中，用來表示物種之間的進化關系。生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關系的遠近，把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上，簡明地表示生物的進化歷程和親緣關系。在進化樹上每個葉子結點代表一個物種，如果每一條邊都被賦予一個適當的權值，那麼兩個葉子結點之間的最短距離就可以表示相應的兩個物種之間的差異程度。從進化樹中還可看出：生物進化有一個規律，都是從水生到陸生，從低等到高等，從簡單到復雜。有相關圖書一冊。

B. 生物信息學clustal2.1怎麼生產tree view 可以用的文件做出系統進化樹

用蛋白互或者基因的序列做進化樹，大概分為兩個步驟，一個是比對，一個是構建進化樹，clustalX主要是用來進行比對的，構建的進化樹只是前導樹，不夠准確。如果需要構建進化樹還是選擇下其他專業的軟體靠譜些，強烈推薦下新手使用MEGA5，比較容易上手，而且已經嵌入了Clustalw和muscle的比對，不需要另行裝比對軟體。而且可以直接生成樹狀圖，避免使用tree view。官方網址：http://www.megasoftware.net/

C. megalign怎麼構建進化樹

序列比對建議用ClustalX
建NJ或MP樹，用MEGA就可以了，非常方便
若要建ML樹推薦用phyML
建Bayes樹推薦用Parallel MrBayes @ BioHPC

如果不是專業建樹的話，MEGA足夠用了，建議參考下面這篇文章：

一、引言
開始動筆寫這篇短文之前，我問自己，為什麼要寫這樣的文章？寫這樣的文章有實際的意義嗎？我希望能夠解決什麼樣的問題？帶著這樣的疑惑，我隨手在丁香園（DXY）上以關鍵字「進化 分析 求助」進行了搜索，居然有289篇相關的帖子（2006年9月12日）。而以關鍵字「進化分析」和「進化」為關鍵字搜索，分別找到2,733和7,724篇相關的帖子。考慮到有些帖子的內容與分子進化無關，這里我保守的估計，大約有 3,000~4,000篇帖子的內容，是關於分子進化的。粗略地歸納一下，我大致將提出的問題分為下述的幾類：

1．涉及基本概念
例如，「分子進化與生物進化是不是一個概念」，「關於微衛星進化模型有沒有什麼新的進展」以及「關於Kruglyak的模型有沒有改進的出現」，等等。

2．關於構建進化樹的方法的選擇
例如，「用boostrap NJ得到XX圖，請問該怎樣理解？能否應用於文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX樹，請問與上個樹比，哪個更好」，等等。

3．關於軟體的選擇
例如，「想做一個進化樹，不知道什麼軟體能更好的使用且可以說明問題，並且有沒有說明如何做」，「拿到了16sr RNA數據，打算做一個系統進化樹分析，可是原來沒有做過這方面的工作啊，都要什麼軟體」，「請問各位高手用ClustalX做出來的進化樹與 phylip做的有什麼區別」，「請問有做過進化樹分析的朋友，能不能提供一下，做樹的時候參數的設置，以及代表的意思。還有各個分支等數值的意思，說明的問題等」，等等。

4．蛋白家族的分類問題
例如，「搜集所有的關於一個特定domain的序列，共141條，做的進化樹不知具體怎麼分析」，等等。

5．新基因功能的推斷
例如，「根據一個新基因A氨基酸序列構建的系統發生樹，這個進化樹能否說明這個新基因A和B同源，屬於同一基因家族」，等等。

6．計算基因分化的年代
例如，「想在基因組水平比較兩個或三個比較接近物種之間的進化年代的遠近，具體推算出他們之間的分歧時間」，「如何估計病毒進化中變異所需時間」，等等。

7．進化樹的編輯
例如生成的進化樹圖片，如何進行後續的編輯，比如希望在圖片上標注某些特定的內容，等等。

由於相關的帖子太多，作者在這里對無法閱讀全部的相關內容而致以歉意。同時，作者歸納的這七個問題也並不完全代表所有的提問。對於問題1所涉及到的基本的概念，作者推薦讀者可參考由Masatoshi Nei與Sudhir Kumar所撰寫的《分子進化與系統發育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一書，以及相關的分子進化方面的最新文獻。對於問題7，作者之一lylover一般使用Powerpoint進行編輯，而 Photoshop、Illustrator及Windows自帶的畫圖工具等都可以使用。

這里，作者在這里對問題2-6進行簡要地解釋和討論，並希望能夠初步地解答初學者的一些疑問。

D. 如何手工簡單畫進化樹(生物信息學)

什麼叫做手工繪制？你的意思是用某些系統發生程序做simulation，自動生成一堆樹形嗎？還是說你要自己用某種畫圖軟體手繪進化樹？

E. 如何建立微生物的進化樹網路分析

微生物的進化

原始地球環境(約10億年地球體形成還原性汽與氣)――化學進化歷程(三步曲為：無機小分子，有機大分子，有機多分子有機) ――生物進化階段(微生物進化四大步：厭氧異養菌，厭氧自養菌，光能自養產O2菌，好氧異養菌)

地球上開始出現生命，主要是些類似簡單桿狀細菌的原始生物。

厭氧異養原始原核菌類的誕生：化學進化的產物(團聚體與微球體等多分子體系－「原始湯」。

厭氧自養原始原核菌的誕生：繼厭氧異養原始原核菌的誕生後產生。

光合放氧菌的產生

好氧異養菌的誕生

在光能自養菌的基礎上好氧異養菌誕生。

厭氧生物產能效率低, 有氧則生物朝能效 高的有氧呼吸飛躍邁進。

原始的假單胞菌類及脫氮副球菌等好氧異養菌誕生。

衍生出多樣類型呼吸鏈的原核微生物類

進化的測量指征

一、進化指征的選擇

表型特徵、少量的化石資料

(1) 生物大分子作為進化標尺依據：蛋白質、RNA和DNA序列進化變化的顯著特點是進化

速率相對恆定，也就是說，分子序列進化的改變數(氨基酸或核苷酸替換數或替換百分率)與分子進化的時間成正比。

(2) 作為進化標尺的生物大分子的選擇原則：

1）在所需研究的種群范圍內，它必須是普遍存的。

2）在所有物種中該分子的功能是相同的。

3）為了鑒定大分子序列的同源位置或同源區，要求所選擇的分子序列必須能嚴格線性排列，以便進行進一步的分析比較。

4）分子上序列的改變（突變）頻率應與進化的測量尺度相適應。

大量的資料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要

的區域，比功能不重要的分子或分子區域進化變化速度低。

二、RNA作為進化的指征

16S rRNA被普遍公認為是一把好的譜系分析的「分子尺」：

1）rRNA具有重要且恆定的生理功能；

2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列區域，又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關系的研究；

3）16SrRNA分子量大小適中，便於序列分析；

4）rRNA在細胞中含量大(約占細胞中RNA的90%)，也易於提取；

5）16SrRNA普遍存在於真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA)。因此它可以作為測量各類生物進化的工具。

三、rRNA和系統發育樹

1. rRNA的順序和進化：培養微生物、提取並純化rRNA、rRNA序列測定、分析比較、微生物之間的系統發育關系

2. 特徵序列或序列印記

通過對r RNA全序列資料的分析比較（特別是採用計算機）發現的在不同種群水平上的特異特徵性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位點上出現的單鹼基印記。

特徵序列有助於迅速確定某種微生物的分類歸屬，或建立新的分類單位。

3. 系統發育樹

通過比較生物大分子序列差異的數值構建的系統樹稱為分子系統樹，其特點是用一種樹狀分枝的圖型來概括各種(類)生物之間的親緣關系。

圖型中，分枝的末端和分枝的連結點稱為結(node)，代表生物類群，分枝末端的結代表仍生存的種類。系統樹可能有時間比例，或者用兩個結之間的分枝長度變化來表示分子序列的差異數值。

建立16 S r RNA系統發育樹的意義

a）使生物進化的研究范圍真正覆蓋所有生物類群；

b）提出了一種新的正確衡量生物間系統發育關系的方法；

c）對探索生命起源及原始生命的發育進程提供了線索和理論依據；

d）突破了細菌分類僅靠形態學和生理生化特性的限制，建立了全新的分類理論；

e）為微生物生物多樣性和微生物生態學研究建立了全新的研究理論和研究方法，特別是不經培養直接對生態環境中的微生物進行研究。

F. 生物進化樹示意圖解說

如圖生物進化樹

G. 怎麼得到生物進化樹

首先要有數據，包括分子數據或者數量性狀數據
然後利用一些軟體，譬如paup計算做圖

H. 生物進化樹

原始生命，原始海洋中。結構，種。形成了種子

I. 生物進化樹怎麼做

建進化樹的話，有興趣可以用mega軟體建樹。網上教程很多，你自己看看。