⑴ 轉錄測序中的nr，nt，swissprot，cog，kegg，go分別是什麼意思
NR庫屬於非冗餘蛋白序列資料庫，是NCBI官方的蛋白序列資料庫，數據來源於GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq，是默認的蛋白比對資料庫。
NT資料庫是美國國家生物技術信息中心NCBI官方的核酸序列資料庫，NT庫屬於非冗餘核酸序列資料庫,數據來源於GenBank、EMBL 以及 DDBJ，是NCBI默認的核酸blast比對資料庫。
SwissProt資料庫是檢查過的、手工注釋的蛋白資料庫，我們將Unigene注釋到SwissProt資料庫，以得到更加高質量的注釋結果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和單細胞真核生物的直系同源物，KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)資料庫包含了7個完整基因組的真核生物的直系同源家族蛋白, 構成每個 KOG 的蛋白集是被假定為來自於一個祖先蛋白，根據系統發生進行分類，一般COG指原核生物，KOG指真核生物，KOG與COG提供了相似的基因同源物的分類信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是處理基因組、生物通路、疾病、葯物和化學物質之間聯系的集成資料庫。 KEGG用於生物信息研究等，包括基因組，代謝組學等其他組學的數據分析，涵蓋了Drug Development(葯物開發)、 Cellular Processes(細胞過程)、 Environmental Information Processing(環境信息處理)、Genetic Information Processing(遺傳信息處理)、 Human Diseases(人類疾病), Metabolism(代謝)、 Organismal Systems(有機系統)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本體。生物技術的發展迅速，數據越來越多，不同資料庫命名標准不統一，為了解決不同的生物學資料庫可能會使用不同的術語的問題，從而基因本體聯合會(Gene Onotology Consortium)開發GO來描述基因在分子、細胞和組織水平的功能體現。GO的基本描述單元是GO terms。GO主要包括三個分支: 生物過程(biological processes)、分子功能(molecular function)和細胞組成(cellular components)，用於描述基因產物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三種互作關系。
⑵ 如何從眾多go生物學分析中選取出需要的生物過程
1
如果肯下功夫，可以通過R語言獲得基因本體論以及通路富集數據並將其可視化，所用的R包可以是GOSim（GO分析），或者clusterprofiler(GO&KEGG)
2
cytoscape
的插件cluego可以傻瓜式實現通路的圖片展示，可以用來直接發文章（低分的至少可以）
3
關於GO和KEGG數據的獲得，上DAVID就好
⑶ GO富集生物過程中模式規范過程什麼意思
意思是個低一級範式的關系模式，通過模式分解可以轉換為若干個高一級範式的關系模式
⑷ 什麼是GO富集分析，常說的GO功能分析、功能分析、Pathway分析是什麼意思
Gene Ontology可分為分子功能（Molecular Function），生物過程（biological process）和細胞組成（cellular component）三個部分。蛋白質或者基因可以通過ID對應或者序列注釋的方法找到與之對應的GO號，而GO號可對於到Term，即功能類別或者細胞定位。
功能富集分析: 功能富集需要有一個參考數據集，通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的GO Term。該功能或者定位有可能與研究的目前有關。
GO功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成，往往是在GO的第二層次。此外也有研究都挑選一些Term，而後統計直接對應到該Term的基因或蛋白數。結果一般以柱狀圖或者餅圖表示。
1.GO分析
根據挑選出的差異基因，計算這些差異基因同GO 分類中某（幾）個特定的分支的超幾何分布關系，GO 分析會對每個有差異基因存在的GO 返回一個p-value，小的p 值表示差異基因在該GO 中出現了富集。
GO 分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的GO 分析，可以找到富集差異基因的GO分類條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
2.Pathway分析
根據挑選出的差異基因，計算這些差異基因同Pathway 的超幾何分布關系，Pathway 分析會對每個有差異基因存在的pathway 返回一個p-value，小的p 值表示差異基因在該pathway 中出現了富集。
Pathway 分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的Pathway 分析，可以找到富集差異基因的Pathway 條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關。與GO 分析不同，pathway 分析的結果更顯得間接，這是因為，pathway 是蛋白質之間的相互作用，pathway 的變化可以由參與這條pathway 途徑的蛋白的表達量或者蛋白的活性改變而引起。而通過晶元結果得到的是編碼這些蛋白質的mRNA 表達量的變化。從mRNA 到蛋白表達還要經過microRNA 調控，翻譯調控，翻譯後修飾（如糖基化，磷酸化），蛋白運輸等一系列的調控過程，mRNA 表達量和蛋白表達量之間往往不具有線性關系，因此mRNA 的改變不一定意味著蛋白表達量的改變。同時也應注意到，在某些pathway 中，如EGF/EGFR 通路，細胞可以在維持蛋白量不變的情況下，通過蛋白磷酸化程度的改變（調節蛋白的活性）來調節這條通路。所以晶元數據pathway 分析的結果需要有後期蛋白質功能實驗的支持，如Western blot/ELISA，IHC（免疫組化），over expression（過表達），RNAi（RNA 干擾），knockout（基因敲除），trans gene（轉基因）等。
3.基因網路分析
目的：根據文獻，資料庫和已知的pathway 尋找基因編碼的蛋白之間的相互關系(不超過1000 個基因)。
⑸ 轉錄組分析中go分析中的f，p，c什麼意思
一、func Open(name string) (file *File, err error)
再簡單不過了，給一個路徑給它，返迴文件描述符，如果出現錯誤就會返回一個 *PathError。
這是一個只讀打開模式，實際上就是 os.OpenFile() 的快捷操作，它的原型如下：
復制代碼代碼如下:
func Open(name string) (file *File, err error) {
return OpenFile(name, O_RDONLY, 0)
}
二、func OpenFile(name string, flag int, perm FileMode) (file *File, err error)
這個復雜點，需要提供文件路徑、打開模式、文件許可權。
打開標記：
O_RDONLY：只讀模式(read-only)
O_WRONLY：只寫模式(write-only)
O_RDWR：讀寫模式(read-write)
O_APPEND：追加模式(append)
O_CREATE：文件不存在就創建(create a new file if none exists.)
O_EXCL：與 O_CREATE 一起用，構成一個新建文件的功能，它要求文件必須不存在(used with O_CREATE, file must not exist)
O_SYNC：同步方式打開，即不使用緩存，直接寫入硬碟
O_TRUNC：打開並清空文件
文件許可權（unix許可權位）：只有在創建文件時才需要，不需要創建文件可以設置為 0。os庫雖然提供常量，但是我一般直接寫數字，如0664。