❶ excel打開cub文件彈出數據鏈接屬性cub文件到底應該怎麼打開要裝SQL Server嗎
Multiwfn圖形化軟體的文件。
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使用Multiwfn圖形化研究弱相互作用
文/Sobereva
雖然能顯示高斯類型格點文件的等值面的程序很多，但支持將一個函數數值用不同顏色填到另外一個函數的等值面上的可視化程序比較有限，常用的GaussView雖然支持，但操作不便而且不夠強大。VMD是觀看、分析分子動力學結果最重要的軟體之一，它在映射顏色和顯示等值面方面也很好用，等值面又光滑又有光澤，填色的色彩變化細膩，調整等值面也比較容易，而且運行流暢。VMD可以在。。。下載。
首先安裝VMD，然後將func1.cub和func2.cub復制到VMD安裝後的目錄下，即vmd.exe所在路徑。然後在此目錄下編寫一個文本文件，後綴為.vmd，比如ltwd.vmd。在裡面填上如下內容：
mol new func1.cub
mol addfile func2.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
color scale method BGR
保存文件後，啟動VMD，選File-Load
State，選擇ltwd.vmd，圖13下方的圖就顯示來了。若想把背景改成黑色，選Graphics-Colors-Display-Background-8
White。圖中的彎曲的片狀等值面邊緣略有鋸齒，可以通過增加此處格點密度來改善。從顏色上可看出，彎曲的片狀等值面描述的是二聚體之間范德華作用，但部分區域也有微弱的位阻效應。圓片等值面只有中間呈藍色，說明H與O之間形成了氫鍵，但並不像甲酸二聚體的氫鍵那麼強。
VMD裡面每個操作對應一條語句，載入.vmd本質上就是讓.vmd文件中的語句全部執行，這就免得每次都手動執行載入文件、設定參數的一系列繁瑣步驟。比如mol
new func1.cub的含義就是讀入當前路徑下func1.cub文件（默認的當前路徑一般就是vmd.exe所在路徑），mol scaleminmax top
1 -0.04 0.02代表將1號representation（對應於顯示填色等值面的那個圖層）色彩刻度的下上限分別設為-0.04和0.02，color
scale method BGR代表將色彩刻度由小到大設為藍->綠->紅。將背景設為白色的命令是color Display Background
white，若將此命令添加到.vmd裡面就能在載入.vmd文件時順便執行，使背景自動設為白色。這些命令在VMD手冊上都有解釋。這些命令也可以在VMD的控制台下直接運行，控制台通過Extensions-Tk
Console進入，比如想把色彩刻度改為從-0.05到0.05，就在控制台執行mol scaleminmax top 1 -0.05
0.05。有很多命令在VMD的GUI上有相應的選項，其中有些通過GUI操作會容易得多，比如調整等值面數值，可以在Graphics-Representations裡面的列表中選定第二個顯示模式（即Style為isosurface的那個），然後將下方Range的下上限分別設為比如0和1，點回車，之後拉動滑條就能在0~1范圍內改變等值面。
另外，Chemcraft也可以實現相同功能，對初學者來說使用更簡單，不過效果不
如VMD，而且收費。使用方法：
先打開func2.cub，再點左下角Add cube，選擇func1.cub。將Contour value設為0.5，敲回車，然後點Show
isosurface。然後把Map other:選為2，再把Values range分別填-0.04和0.02，敲回車。
這種分析方法也可以用於分析晶體間內部弱相互作用。雖然Gaussian的PBC功能並不給力，但是簡單的PBC計算還是可以勝任的。由於Gaussian的PBC計算是以高斯型函數作為基函數，所以波函數信息可以直接被Multiwfn讀入並進行分析。這里將以金剛石晶體作為例子。
還是先獲得波函數文件。Gaussian的輸入文件就是壓縮包里的
pbc_diamond.gjf。運行之後，用formchk將.chk轉化為.fch文件。當然，用.wfn作為Multiwfn的波函數輸入也可以。由於計算的是素晶胞，波函數信息也只含有兩個碳原子的，獲得的等值面顯然體現不出周期性，然而計算復晶胞又太費時。在Multiwfn里提供了一個晶胞波函數平移復制功能，可以將這素晶胞波函數信息擴展為足夠大的復晶胞波函數。復制次數越多，體系中高斯函數越多，計算格點時越慢，為避免計算格點時間太長，這里只向各方向平移復制兩次。
啟動Multiwfn後輸入：
c:\pbc_diamond.fch
6 //修改波函數功能
32 //平移復制體系
4.7523,0,0 //第一個平移向量。平移向量在輸出文件中的PBC vector段落，或者查看.fch中的Translation
vectors欄位。不要用輸入文件中的平移向量，因為Gaussian可能自動改動坐標，平移向量也就變了。
1 //單位為bohr
2 //復制兩次。接下來再對另外兩個方向做相同的平移復制。
❷ VMD中如何調電荷密度的等勢面
我進行的是自旋極化計算，得到電荷密度文件chgcar。現在用vmd進行可視化，用它是因為它有spinup+spindown spinup-spindown spinup spindown 四個選項，看起來很方便。但是在選擇spinup-spindown時，得到的上下自旋的等高面是相同顏色的，我怎麼才能讓他們用不同的顏色呢，多謝！
❸ vmd制圖怎麼改變不同分子的顯示
首先是需要用來著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為mp.pdb 這里要說明一下：文件名的後綴必須是VMD能識別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認就能打開的格式）。
打開VMD，成功導入軌跡文件或分子文件，VMD main窗口，file?save coordinatesSelected atoms 選擇 all；File type選擇 pdb,或xyz。Frames下面用默認的就行。格式轉換後的文件存在VMD的安裝主目錄下。
其次為用於給原子著色的數據文件，就是想讓原子按哪些數值顯示顏色，命名為user.data 數據文件的名字無所謂，但其格式有要求，數據文件里的數值只有單一的一列，而且從第一個值到最後一個值必須與軌跡文件中的原子一一對應，數值之間不能空行。</ol>
❹ vmd 如何設置改變化學鍵的顏色
首先是需要用來著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為mp.pdb
這里要說明一下：文件名的後綴必須是VMD能識別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認就能打開的格式）。
打開VMD，成功導入軌跡文件或分子文件，VMD
main窗口，filesave
coordinatesSelected
atoms
選擇
all；File
type選擇
pdb,或xyz。Frames下面用默認的就行。格式轉換後的文件存在VMD的安裝主目錄下。
其次為用於給原子著色的數據文件，就是想讓原子按哪些數值顯示顏色，命名為user.data
數據文件的名字無所謂，但其格式有要求，數據文件里的數值只有單一的一列，而且從第一個值到最後一個值必須與軌跡文件中的原子一一對應，數值之間不能空行。
❺ lammps生成的文件怎麼導入vmd
用materials studio建模轉化成lammps data文件，我是用lammps里的msi2lmp工具轉化的。
那個msi2lmp工具，手冊第七章裡面也有介紹，下載的lammps文件，tool目錄下也有源代碼和例子，你可以做相應的參考。
使用MS將PDB導出成car，mdf格式。
有關msi2lmp工具的使用(執行msi2lmp.exe 的許可權 更改文件的使用許可權):
按照以下順序來的：
1，直接把msi2lmp.exe拷貝到指定文件夾下；
2，在ms中建立好結構模型後，在ds模塊或者forcite模塊中指定力場類型，如對xxx結構指定為cvff力場，export結構保存為.car格式，同時自動有.mdf格式的文件生成；
3，將xxx.car和xxx.mdf文件拷貝到msi2lmp.exe所在的文件夾，並將tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中對應的力場文件拷貝到這個文件夾中（如上面的cvff.frc）；
4，在這個文件目錄下，通過終端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 運行程序，運行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接刪除，數據在xxx.lammps05文件中。
❻ 暗影精靈7 關閉vmd
1.點擊設備管理,找到系統點擊,找到IntelMEI電源管理去掉節能選項。
2.點擊電源選項,找到高級設置,點擊硬碟改0/PCIexpress,鏈接狀態電源管理關閉。
3.點擊電源選項,選擇更改進入睡眠狀態,改成從不。
暗影精靈是惠普公司專為游戲玩家打造的專業電競品牌，該系列以暗影精靈游戲本為核心，已初步形成了「暗影精靈家族」系列產品，產品LOGO採用被惠普收購的高性能筆記本 品牌VOODOO。初代暗影精靈游戲本於2015年發布，暗影精靈游戲本已更新至暗影精靈七代，配備144Hz高刷新率專業電競顯示屏。
❼ 惠普暗影精靈intel vmd怎麼關閉
1、點擊設備管理，找到系統點擊，找到IntelMEI電源管理去掉節能選項。
2、點擊電源選項，找到高級設置，點擊硬碟改0/PCIexpress，鏈接狀態電源管理關閉。
3、點擊電源選項，選擇更改進入睡眠狀態，改成從不。
❽ vmd 如何設置改變化學鍵的顏色
首先是需要用來著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為mp.pdb 這里要說明一下：文件名的後綴必須是VMD能識別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認就能打開的格式）。
打開VMD，成功導入軌跡文件或分子文件，VMD main窗口，filesave coordinatesSelected atoms 選擇 all；File type選擇 pdb,或xyz。Frames下面用默認的就行。格式轉換後的文件存在VMD的安裝主目錄下。
其次為用於給原子著色的數據文件，就是想讓原子按哪些數值顯示顏色，命名為user.data 數據文件的名字無所謂，但其格式有要求，數據文件里的數值只有單一的一列，而且從第一個值到最後一個值必須與軌跡文件中的原子一一對應，數值之間不能空行。