在vmd中如何顯示化學鍵

㈠ vmd 如何設置改變化學鍵的顏色

首先是需要用來著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為mp.pdb
這里要說明一下：文件名的後綴必須是VMD能識別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認就能打開的格式）。
打開VMD，成功導入軌跡文件或分子文件，VMD
main窗口，filesave
coordinatesSelected
atoms
選擇
all；File
type選擇
pdb,或xyz。Frames下面用默認的就行。格式轉換後的文件存在VMD的安裝主目錄下。
其次為用於給原子著色的數據文件，就是想讓原子按哪些數值顯示顏色，命名為user.data
數據文件的名字無所謂，但其格式有要求，數據文件里的數值只有單一的一列，而且從第一個值到最後一個值必須與軌跡文件中的原子一一對應，數值之間不能空行。