vcf是什麼文件

㈠ vcf文件說明

1. 什麼是VCF
CVF是用於描述SNP，INDEL和SV結果的文本文件。做過DNA重測序，群體遺傳進化，BSA，GWAS等項目的人都會遇到VCF文件，這個文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息。後續幾乎所有的分析內容都是基於此文件，比如進化樹分析、群體結構分析、PCA分析、GWAS關聯分析等等。

官方說明： http://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/

下面是一個典型VCF文件的示例（部分）：

2. 整體說明信息（Meta-information lines）

VCF文件分為兩部分內容：以「#」開頭的 注釋 部分；沒有「#」開頭的 主體 部分。去掉了頭部的注釋行，只留下了代表每一行意義的注釋行。

VCF文件的開頭是整體注釋信息，通常以##作為起始，其後一般接以FILTER，INFO，FORMAT等字樣。例如：

3. Variation

FORMAT [9] 和 R01 [10]：這兩行合起來提供了』R01(某個基因名)′這個sample的基因型的信息。』NA12878′代表這該名稱的樣品，是由BAM文件中的@RG下的 SM 標簽決定的。

㈡ 什麼是VCF

什麼是VCF文件：全稱「The variant call format」，變體調用格式，是一種用於存儲DNA多態性數據如snp、插入、刪除和結構變體和豐富注釋的通用格式。

什麼是VCFtools：VCFtools是一個軟體套件，它實現了處理VCF文件的各種工具，包括驗證、合並、比較，還提供了一個通用的Perl API。

VCF格式：由標題部分（header）和數據部分（Body）組成。標頭包含任意數量的元信息行，每一行都以字元' ## '開頭，用TAB鍵分隔開的欄位定義行（field definition line）以單個' # '字元開頭。元信息頭行提供了數據部分中使用的標記和注釋的標准化描述。

欄位定義行（field definition line）強制有八個列，相應的數據列代表

染色體 chromosome (CHROM)；

基於1的位置開始的變體 a 1-based position of the start of the variant (POS)；

變體的惟一標識符 unique identifiers of the variant (ID)；

參考等位基因 the reference allele(REF)；

替代非引用等位基因的逗號分隔列表  a comma separated list of alternate non-reference alleles(ALT)；

phred-scaled質量分數  a phred-scaled quality score(QUAL)；

網站過濾信息site filtering information (FILTER)；

一個額外的分號分隔的列表和用戶可擴展的注釋 a semicolon separated list of additional, user extensible annotation (INFO)。

GT，genotype，基因型，將等位基因編碼為數字:0表示參考等位基因，1表示ALT列中列出的第一個等位基因，2表示ALT列中列出的第二個等位基因，以此類推。等位基因的數量表明樣本的倍性，而分隔符表明相對於其他數據線，等位基因是階段性的(' | ')還是非階段性的(' / ')。

PS, phase set，表明具有相同PS值的基因型等位基因排列順序相同。

DP，讀取深度。

GL，genotype likelihoods，給定REF和ALT欄位中定義的等位基因集，所有可能的基因型的基因型可能性。

GQ, genotype quality，在位點變異的情況下，基因型調用錯誤的概率。

㈢ .vcf文件怎麼查看

1．瀏覽器搜索並安裝VCF拷貝通訊錄編輯器。

㈣ 微信如何打開vcf格式的文件

1.運行VCF通訊錄編輯器軟體，單擊「文件」菜單中的「打開」命令。

㈤ vcf和vcard有區別嗎

有，XML是電子表格的格式，即文件後綴是xml。
vCard(規范定義電子名片)是互聯網中一種規范的文件傳播格式，文件後綴是vcf。
csv是逗號分隔值（Comma-SeparatedValues，CSV，有時也稱為字元分隔值，因為分隔字元也可以不是逗號），其文件以純文本形式存儲表格數據（數字和文本），文件後綴是csv。CSV文件格式的不存在通用標准，所以不同的手機導出的csv文件並不能通用。
三者都可以保存通訊錄，但三者根本就不是一回事，但三者的通訊錄可以用軟體互相轉換，比如可以使用客維通可以輕易地將vCard的通訊錄轉換為CSV格式的通訊錄。

㈥ VCF文件格式解析

VCF文件全稱為Variant Call Format，表示基因組的變異信息，通常為GATK和Samtools軟體處理所得到。
VCF文件大致可以分為兩個部分：

頭文件信息主要包括vcf文件版本、FORMAT、INFO、參考基因組以及執行程序等信息。
表頭各列含義詳解：

㈦ 手機vcf是什麼文件

手機vcf是windows系統中的outlook名片存儲格式文件。

VCF是一個C++編寫的開源項目，全名Visual Component Framework，中文名：可視化組件框架。

VCF格式通訊錄格式現在用途廣泛，一般諾基亞、摩托羅拉手機導出通訊錄的格式即為VCF。可以把VCF格式保存到電腦上以備不時之需。

很多網上通訊錄的導入格式也是VCF，例如飛信加入了導入聯系人的功能，可以把手機通訊錄導入飛信的通訊錄里，這樣不管手機在不在，只要有一台電腦就可以對自己的通訊錄里的人了如指掌了。

(7)vcf是什麼文件擴展閱讀：

VCF文件的基本結構

VCF文件由兩個主要部分組成：

1、the variant call records

該部分為主體部分，記錄了每個樣品每個位點處的基因分型信息。

2、the header

以『##』為前綴，通常包含fileformat、fileDate、reference等信息，頭行信息( header line )

㈧ vcf是不是文本文件

VCF格式，該文件格式是WINDOWS視窗系統"通訊薄"用戶的存儲格式，您可以點擊"開始-所有程序-附件-通訊薄"將所有VCF文件導入其中，或者直接拖拽到Outlook Express通訊薄中。再把Outlook Express通訊薄導出為WAB格式（只有一個文件）再打開MS outlook， 導入WAB格式的通訊薄.

㈨ vcf是什麼格式的文件

1. VCF是windows系統中的outlook名片存儲格式文件。

2. VCF是一個C++編寫的開源項目，全名Visual Component Framework，中文名：可視化組件框架。

   程序框架庫可以算是系統級軟體，它提供給用戶一種相對固化的編程方式，進而簡化系統編程。

   VCF格式通訊錄格式現在用途廣泛，一般諾基亞、摩托羅拉手機導出通訊錄的格式即為VCF。可以把VCF格式保存到電腦上以備不時之需。而且現在很多網上通訊錄的導入格式也是VCF，例如飛信現在就加入了導入聯系人的功能，可以把手機通訊錄導入飛信的通訊錄里，這樣不管手機在不在，只要有一台電腦就可以對自己的通訊錄里的人了如指掌了。
   

㈩ vcf文件怎麼打開

vcf文件是什麼格式？
VCF格式是Windows系統中outlook的名片存儲格式，打開VCF格式需要使用各手機的配套軟體，用outlook也可以打開VCF文件。但是問題是要麼亂碼，要麼outlook只能導入第一個號碼。
vcf文件怎麼打開方法介紹：
VCFEdito運行VCF通訊錄編輯器軟體，單擊「文件」菜單中的「打開」命令
彈出「打開通訊錄文件」的對話框，在左側文件夾列表中瀏覽到要打開通訊錄文件的位置，選中後單擊「確定」按鈕