如何用STS序列繪制物理圖譜

㈠ 基因組遺傳圖譜和物理圖譜的異同

通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱為遺傳連鎖圖。它是通過計算連鎖的遺傳標志之間的重組頻率，確定他們的相對距離，一般用厘摩(cM，即每次減數分裂的重組頻率為1%)來表示。繪制遺傳連鎖圖的方法有很多，但是在DNA多態性技術未開發時，鑒定的連鎖圖很少，隨著DNA多態性的開發，使得可利用的遺傳標志數目迅速擴增。早期使用的多態性標志有RFLP(限制性酶切片段長度多態性)、RAPD(隨機引物擴增多態性DNA)、AFLP(擴增片段長度多態性)；80年代後出現的有STR(短串聯重復序列，又稱微衛星)DNA遺傳多態性分析和90年代發展的SNP(單個核苷酸的多態性)分析。

物理圖譜是利用限制性內切酶將染色體切成片段，再根據重疊序列確定片段間連接順序，以及遺傳標志之間物理距離〔鹼基對(bp) 或千鹼基(kb)或兆鹼基(Mb)〕的圖譜。以人類基因組物理圖譜為例，它包括兩層含義，一是獲得分布於整個基因組30 000個序列標志位點(STS，其定義是染色體定位明確且可用PCR擴增的單拷貝序列)。將獲得的目的基因的cDNA克隆，進行測序，確定兩端的cDNA序列，約200bp，設計合成引物，並分別利用cDNA和基因組DNA作模板擴增；比較並純化特異帶；利用STS制備放射性探針與基因組進行原位雜交，使每隔100kb就有一個標志；二是在此基礎上構建覆蓋每條染色體的大片段：首先是構建數百kb的YAC(酵母人工染色體)，對YAC進行作圖，得到重疊的YAC連續克隆系，被稱為低精度物理作圖，然後在幾十個kb的DNA片段水平上進行，將YAC隨機切割後裝入粘粒的作圖稱為高精度物理作圖。

㈡ 生物學 EST是什麼啊 詳細的介紹一下

EST是Expressed Sequence Tag的縮寫，意思是表達序列標簽，指從一個隨機選擇的cDNA克隆，進行5』端和3』端單一次測序挑選出來獲得的短的cDNA 部分序列。

EST是從一個隨機選擇的cDNA 克隆進行5』端和3』端單一次測序獲得的短的cDNA 部分序列，代表一個完整基因的一小部分，在資料庫中其長度一般從20 到7000bp 不等，平均長度為360 ±120bp。

EST 來源於一定環境下一個組織總mRNA 所構建的cDNA 文庫，因此EST也能說明該組織中各基因的表達水平。

(2)如何用STS序列繪制物理圖譜擴展閱讀

EST的作用表現在：

1、 用於構建基因組的遺傳圖譜與物理圖譜；

2、作為探針用於放射性雜交;

3、 用於定位克隆；

4、藉以尋找新的基因;

5、作為分子標記；

6、 用於研究生物群體多態性。

㈢ 什麼是STS圖譜

STS（Sequence-Tagged Site, STS）序列標簽位點 是基因組上定位明確、作為界標並能通過PCR擴增被唯一操作的短的、單拷貝DNA 序列，，用於產生作圖位點，即測定一系列STS 的次序即可作出基因組區域的圖譜。STS主要包括簡單重復序列（Simple Sequence Repeat Polymorphisms, 簡稱SSR或SSRP）、錨定簡單重復序列（ Anchored Simple Sequence Repeats, ASSR）、序列特異擴增區域（Sequence-characterized amplified regions）、酶切擴增多態性序列（Cleaved Amplified Polymorphism Sequences, CAPS）、單引物擴增反應（Single Primer Amplification Reaction, SPAR）等標記技術。

㈣ 遺傳圖與物理圖是如何整合的

前者是描述的基因相對位置，後者是具體的鹼基位置
遺傳圖譜是某一物種的染色體圖譜（也就是我們所知的連鎖圖譜），顯示所知的基因和/或遺傳標記的相對位置，而不是在每條染色體上特殊的物理位置。由遺傳重組測驗結果推算出來的、在一條染色體上可以發生的突變座位的直線排列（基因位點的排列）圖。

物理圖譜是利用限制性內切酶將染色體切成片段，再根據重疊序列確定片段間連接順序，以及遺傳標志之間物理距離［鹼基對(bp) 或千鹼基(kb)或兆鹼基(Mb)］的圖譜。以人類基因組物理圖譜為例，它包括兩層含義，一是獲得分布於整個基因組30 000個序列標志位點(STS，其定義是染色體定位明確且可用PCR擴增的單拷貝序列)。
基因定位：通過遺傳雜交、繪制圖譜或探針雜交等手段確定基因在染色體上的相對和絕對位置，是遺傳學研究中的重要環節，研究生物的基因在染色體上的位置和生理功能之間的關系
物理圖譜：表示某些基因與遺傳標志之間在基因組上的直線相對位置和距離的圖譜，可以用來識別的標記包括限制性內切酶的酶切位點，基因等
遺傳圖譜：由遺傳重組測驗結果推算出來的、在一條染色體上可以發生的突變座位的直線排列圖，如果同一條染色體上的兩個基因相對距離越長，那麼他們減數分裂發生重組的概率將越大，共同遺傳的概率也就越小。因此可以根據他們後代性狀的分離可以判斷他們的交換率，也就可以判斷他們在遺傳圖譜上的相對距離

㈤ 物理圖是怎樣繪制的呢

首先，科學家從人類的DNA中鑒定出15000種單一的遺傳標記——序列標簽位點STS。這些STS各約300個鹼基大小，在基因組中僅出現一次，然後，通過篩選含有人基因組DNA片段的酵母人工染色體庫(YAC)來確定這些STS標記在基因組上的順序。YAC庫就是一個含有人類染色體約1MbP大小片段的酵母人工染色體克隆群，約三萬個克隆。如果2個STS標記間距小於1Mb，它們將可能存在於同一個YAC克隆中。這樣，利用自動的機器，分別以STS片段為標記探針對每個YAC染色體DNA進行PCR擴增，接著將反應產物轉移至一種可吸附DNA的支持物上，鑒定出陽性克隆，然後將結果輸入資料庫中，利用計算機軟體分析就可確定這些STS的順序。如果要更精確地確定STS之間的准確距離，還可結合利用稱之為BAC和MAC的技術。BAC是細菌人工染色體的簡稱，可克隆長度為80～200Kb的異源DNA片段，確定距離較近的STS標志。MAC則是以哺乳動物細胞作為宿主細胞的人工染色體技術，作為異源DNA片段的載體，MAC所裝載的異源DNA片段長度可達10Mb左右，比YAC容量大，這樣，間隔較大的STS標記間的距離也可以確定了。最終，以STS為物理標志的物理圖譜就繪製成功了。

人類基因組物理圖的問世是基因組計劃中的一個重要里程碑，被遺傳學家譽為20世紀的「生命(生物學)周期表」。與門捷列夫在100多年前所發現的元素周期表相比，意義同樣重大和深遠。利用一張遺張圖，研究人員可將一種特定的遺傳病的遺傳模式同標記順序的遺傳模式進行比較，迅速確定引起該遺傳病的基因的位置。然後，計算機把數據固定在物理圖框架內。遺傳圖與物理圖結合在一起，就能迅速確定與疾病有聯系的基因。物理圖問世標志著離人類基因組全序列測定僅有一步之遙了。

㈥ 基因組圖譜的遺傳圖譜和物理圖譜有什麼區別

通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱為遺傳連鎖圖。它是通過計算連鎖的遺傳標志之間的重組頻率，確定他們的相對距離，一般用厘摩(cM，即每次減數分裂的重組頻率為1%)來表示。繪制遺傳連鎖圖的方法有很多，但是在DNA多態性技術未開發時，鑒定的連鎖圖很少，隨著DNA多態性的開發，使得可利用的遺傳標志數目迅速擴增。早期使用的多態性標志有RFLP(限制性酶切片段長度多態性)、RAPD(隨機引物擴增多態性DNA)、AFLP(擴增片段長度多態性)；80年代後出現的有STR(短串聯重復序列，又稱微衛星)DNA遺傳多態性分析和90年代發展的SNP(單個核苷酸的多態性)分析。

� 物理圖譜是利用限制性內切酶將染色體切成片段，再根據重疊序列確定片段間連接順序，以及遺傳標志之間物理距離〔鹼基對(bp) 或千鹼基(kb)或兆鹼基(Mb)〕的圖譜。以人類基因組物理圖譜為例，它包括兩層含義，一是獲得分布於整個基因組30 000個序列標志位點(STS，其定義是染色體定位明確且可用PCR擴增的單拷貝序列)。將獲得的目的基因的cDNA克隆，進行測序，確定兩端的cDNA序列，約200bp，設計合成引物，並分別利用cDNA和基因組DNA作模板擴增；比較並純化特異帶；利用STS制備放射性探針與基因組進行原位雜交，使每隔100kb就有一個標志；二是在此基礎上構建覆蓋每條染色體的大片段：首先是構建數百kb的YAC(酵母人工染色體)，對YAC進行作圖，得到重疊的YAC連續克隆系，被稱為低精度物理作圖，然後在幾十個kb的DNA片段水平上進行，將YAC隨機切割後裝入粘粒的作圖稱為高精度物理作圖.

㈦ 如何將10bp的DNA序列在人染色體上定位並圖形化顯示

構建遺傳連鎖圖譜的軟體好多
不同的軟體作出的圖大差不差
一般常用的有linkagemap1.0或者mapmaker 3.0
南京的去南林大找吧
去林木遺傳育種實驗室
生物技術大樓5樓
他們作圖做的很多
這些軟體都很齊全
網上也有免費的軟體下載

照你的意思的話你是要作物理圖譜
物理圖譜的目的就是用分子生物學技術直接將DNA分子標記或基因定位在基因組的實際位置
你那些10bp的DNA序列也就是相當於分子標記
但是物理圖的構建比遺傳圖譜復雜多了
你這個可以採用熒光原位雜交FISH來作圖
將10bp的DNA互補序列做成探針直接與染色體進行雜交
通過熒游標記將序列直接顯示出位置
STS作圖是目前最有效的物理作圖方法
通常使用的軟體是由Phil Green小組的C. L. Magness等人編寫的SEGMAP
物理圖譜我沒做過不是很清楚
我只能幫你這么多了

㈧ 什麼是物理圖譜如何用序列標簽位點繪制物理圖譜

通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱為遺傳連鎖圖.它是通過計算連鎖的遺傳標志之間的重組頻率,確定他們的相對距離,一般用厘摩(cM,即每次減數分裂的重組頻率為1%)來表示.繪制遺傳連鎖圖的方法有很多,但是在DNA多態性技術未開發時,鑒定的連鎖圖很少,隨著DNA多態性的開發,使得可利用的遺傳標志數目迅速擴增.早期使用的多態性標志有RFLP(限制性酶切片段長度多態性)、RAPD(隨機引物擴增多態性DNA)、AFLP(擴增片段長度多態性)；80年代後出現的有STR(短串聯重復序列,又稱微衛星)DNA遺傳多態性分析和90年代發展的SNP(單個核苷酸的多態性)分析.
 物理圖譜是利用限制性內切酶將染色體切成片段,再根據重疊序列確定片段間連接順序,以及遺傳標志之間物理距離〔鹼基對(bp) 或千鹼基(kb)或兆鹼基(Mb)〕的圖譜.以人類基因組物理圖譜為例,它包括兩層含義,一是獲得分布於整個基因組30 000個序列標志位點(STS,其定義是染色體定位明確且可用PCR擴增的單拷貝序列).將獲得的目的基因的cDNA克隆,進行測序,確定兩端的cDNA序列,約200bp,設計合成引物,並分別利用cDNA和基因組DNA作模板擴增；比較並純化特異帶；利用STS制備放射性探針與基因組進行原位雜交,使每隔100kb就有一個標志；二是在此基礎上構建覆蓋每條染色體的大片段：首先是構建數百kb的YAC(酵母人工染色體),對YAC進行作圖,得到重疊的YAC連續克隆系,被稱為低精度物理作圖,然後在幾十個kb的DNA片段水平上進行,將YAC隨機切割後裝入粘粒的作圖稱為高精度物理作圖.

㈨ 求問：分子生物學中Contig的含義

contig就是重疊群的意思。就是基因組分析測序中的一個概念。
把含有STS序列標簽位點的基因片段分別測序後，重疊分析就可以得到完整的染色體基因組序列。分析中的用到的一個概念就是重疊群。

物理圖譜的製作，可以更好的理解這個概念：
基本原理是把龐大的無從下手的DNA先「敲碎」，再拼接。以Mb、kb、bp作為圖距，以DNA探針的STS（sequence tags site）序列為路標。1998 年完成了具有52,000個序列標簽位點(STS)，並覆蓋人類基因組大部分區域的連續克隆系的物理圖譜。構建物理圖的一個主要內容是把含有STS對應序列的DNA的克隆片段連接成相互重疊的「片段重疊群（contig）」。用「酵母人工染色體(YAC)作為載體的載有人DNA片段的文庫已包含了構建總體覆蓋率為100%、具有高度代表性的片段重疊群」，近幾年來又發展了可靠性更高的BAC、PAC庫或cosmid庫等。