sts標記如何查找物理位置

Ⅰ 在物理學中，STS表示什麼意思

STS類型的試題:即科學--技術--社會試題 STS試題特點：（1）題材新穎,取材廣泛,信息量大,綜合性強.全面考查學生知識的掌握情況和綜合運用知識的能力.（2）題給的信息往往是書本外的知識,聯系社會、科學和技術,構思別致,呈現探究性.要求學生經過短時間的臨場閱讀和自學,綜合分析,類比推理,聯系實際,創造性地解決化學問題.

Ⅱ 什麼是物理圖譜如何用序列標簽位點繪制物理圖譜

通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱為遺傳連鎖圖.它是通過計算連鎖的遺傳標志之間的重組頻率,確定他們的相對距離,一般用厘摩(cM,即每次減數分裂的重組頻率為1%)來表示.繪制遺傳連鎖圖的方法有很多,但是在DNA多態性技術未開發時,鑒定的連鎖圖很少,隨著DNA多態性的開發,使得可利用的遺傳標志數目迅速擴增.早期使用的多態性標志有RFLP(限制性酶切片段長度多態性)、RAPD(隨機引物擴增多態性DNA)、AFLP(擴增片段長度多態性)；80年代後出現的有STR(短串聯重復序列,又稱微衛星)DNA遺傳多態性分析和90年代發展的SNP(單個核苷酸的多態性)分析.
 物理圖譜是利用限制性內切酶將染色體切成片段,再根據重疊序列確定片段間連接順序,以及遺傳標志之間物理距離〔鹼基對(bp) 或千鹼基(kb)或兆鹼基(Mb)〕的圖譜.以人類基因組物理圖譜為例,它包括兩層含義,一是獲得分布於整個基因組30 000個序列標志位點(STS,其定義是染色體定位明確且可用PCR擴增的單拷貝序列).將獲得的目的基因的cDNA克隆,進行測序,確定兩端的cDNA序列,約200bp,設計合成引物,並分別利用cDNA和基因組DNA作模板擴增；比較並純化特異帶；利用STS制備放射性探針與基因組進行原位雜交,使每隔100kb就有一個標志；二是在此基礎上構建覆蓋每條染色體的大片段：首先是構建數百kb的YAC(酵母人工染色體),對YAC進行作圖,得到重疊的YAC連續克隆系,被稱為低精度物理作圖,然後在幾十個kb的DNA片段水平上進行,將YAC隨機切割後裝入粘粒的作圖稱為高精度物理作圖.

Ⅲ 生物信息學的各種名詞解釋

1.計算生物信息學（Computational Bioinformatics）是生命科學與計算機科學、數理科學、化學等領域相互交叉而形成的一門新興學科，以生物數據作為研究對象，研究理論模型和計算方法，開發分析工具，進而達到揭示這些數據蘊含的生物學意義的目的。
2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕獲磁珠混合; 2) 礦物油和水相的劇烈震盪產生油包水環境; 3) DNA片段在油包水環境中擴增;4) 破油並富集有效擴增磁珠。
3.雙鹼基編碼技術：在測序過程中對每個鹼基判讀兩遍，從而減少原始數據錯誤，提供內在的校對功能。代表測序方法：solid 測序。

4.焦磷酸測序法：焦磷酸測序技術是由4種酶催化的同一反應體系中的酶級聯化學發光反應,適於對已知的短序列的測序分析,其可重復性和精確性能與SangerDNA測序法相媲美,而速度卻大大的提高。焦磷酸測序技術不需要凝膠電泳,也不需要對DNA樣品進行任何特殊形式的標記和染色,具備同時對大量樣品進行測序分析的能力。在單核苷酸多態性、病原微生物快速鑒定、病因學和法醫鑒定研究等方面有著越來越廣泛的應用。例如：454測序儀

5.tblastn：用蛋白質序列查找核苷酸序列。

6.STS:STS是序列標記位點（sequence-tagged site）的縮寫，是指染色體上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因組中只有一份拷貝的DNA短片斷，一般長200bp－500bp。它可用PCR方法加以驗證。將不同的STS依照它們在染色體上的位置依次排列構建的圖為STS圖。在基因組作圖和測序研究時，當各個實驗室發表其DNA測序數據或構建成的物理圖時，可用STS來加以鑒定和驗證，並確定這些測序的DNA片段在染色體上的位置；還有利於匯集分析各實驗室發表的數據和資料，保證作圖和測序的准確性。
7.EST:表達序列標簽技術（EST，Expressed Sequence Tags） EST技術直接起源於人類基因組計劃。詳細參考：http://ke..com/view/3794316.htm
8.Unigene：生物信息學資料庫。UniGene試圖通過計算機程序對GeneBank中的序列數據進行適當處理，剔除冗餘部分，將同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的轉錄圖譜。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。
9.ORF:開放閱讀框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以編碼蛋白的鹼基序列，不能被終止子打斷。編碼一個蛋白質的外顯子連接成為一個連續的ORF。
10.分子鍾檢驗：只有分子鍾的，沒聽過分子鍾檢驗。一種關於分子進化的假說，認為兩個物種的同源基因之間的差異程度與它們的共同祖先的存在時間(即兩者的分歧時間)有一定的數量關系

Ⅳ 物理圖的介紹

物理圖是指標明一些界標（例如，限制酶的切點、基因等）在DNA上的位置，圖距以物理長度為單位，例如染色體的帶區、核苷酸對數目等。人類基因組計劃的研究目標是，構建人的每條染色體的STS圖，標記之間相距約10Okb。獲得一組組DNA片段的克隆，組內兩兩片段之間有共同的重疊序列；或是獲得標記按正確次序排列、相互毗鄰的片段，其連續長度超過2000kb，以便把染色體分段進行研究。

Ⅳ 物理圖是怎樣繪制的呢

首先，科學家從人類的DNA中鑒定出15000種單一的遺傳標記——序列標簽位點STS。這些STS各約300個鹼基大小，在基因組中僅出現一次，然後，通過篩選含有人基因組DNA片段的酵母人工染色體庫(YAC)來確定這些STS標記在基因組上的順序。YAC庫就是一個含有人類染色體約1MbP大小片段的酵母人工染色體克隆群，約三萬個克隆。如果2個STS標記間距小於1Mb，它們將可能存在於同一個YAC克隆中。這樣，利用自動的機器，分別以STS片段為標記探針對每個YAC染色體DNA進行PCR擴增，接著將反應產物轉移至一種可吸附DNA的支持物上，鑒定出陽性克隆，然後將結果輸入資料庫中，利用計算機軟體分析就可確定這些STS的順序。如果要更精確地確定STS之間的准確距離，還可結合利用稱之為BAC和MAC的技術。BAC是細菌人工染色體的簡稱，可克隆長度為80～200Kb的異源DNA片段，確定距離較近的STS標志。MAC則是以哺乳動物細胞作為宿主細胞的人工染色體技術，作為異源DNA片段的載體，MAC所裝載的異源DNA片段長度可達10Mb左右，比YAC容量大，這樣，間隔較大的STS標記間的距離也可以確定了。最終，以STS為物理標志的物理圖譜就繪製成功了。

人類基因組物理圖的問世是基因組計劃中的一個重要里程碑，被遺傳學家譽為20世紀的「生命(生物學)周期表」。與門捷列夫在100多年前所發現的元素周期表相比，意義同樣重大和深遠。利用一張遺張圖，研究人員可將一種特定的遺傳病的遺傳模式同標記順序的遺傳模式進行比較，迅速確定引起該遺傳病的基因的位置。然後，計算機把數據固定在物理圖框架內。遺傳圖與物理圖結合在一起，就能迅速確定與疾病有聯系的基因。物理圖問世標志著離人類基因組全序列測定僅有一步之遙了。

Ⅵ STS是什麼意思物理書上老出現

STS是「科學（Science）」、「技術（Technology）」和「社會（Society）」的英文縮寫，愈來愈多的事實表明，化學在極大程度上推動了現代社會的文明和進步，對人類解決當今面臨的能源危機、環境危機、資源危機和糧食危機等一系列重大挑戰提供了可能的途經。通過學習使中學生了解化學的應用價值，初步樹立STS的觀念，逐步建立可持續發展的意識

Ⅶ 如何將10bp的DNA序列在人染色體上定位並圖形化顯示

構建遺傳連鎖圖譜的軟體好多
不同的軟體作出的圖大差不差
一般常用的有linkagemap1.0或者mapmaker 3.0
南京的去南林大找吧
去林木遺傳育種實驗室
生物技術大樓5樓
他們作圖做的很多
這些軟體都很齊全
網上也有免費的軟體下載

照你的意思的話你是要作物理圖譜
物理圖譜的目的就是用分子生物學技術直接將DNA分子標記或基因定位在基因組的實際位置
你那些10bp的DNA序列也就是相當於分子標記
但是物理圖的構建比遺傳圖譜復雜多了
你這個可以採用熒光原位雜交FISH來作圖
將10bp的DNA互補序列做成探針直接與染色體進行雜交
通過熒游標記將序列直接顯示出位置
STS作圖是目前最有效的物理作圖方法
通常使用的軟體是由Phil Green小組的C. L. Magness等人編寫的SEGMAP
物理圖譜我沒做過不是很清楚
我只能幫你這么多了

Ⅷ sts是什麼標簽

准確的說,SCAR是STS的一類,也就是STS是一大類基於序列位點標記的分子標記,而SCAR則只是其中的一種.

Ⅸ 如何在NCBI DNA序列中找到STS標記物

GenBank是美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列資料庫，從公共資源中獲取序列數據，主要是科研人員直接提供或來源於大規模基因組測序計劃( Benson等， 1998)。為保證數據盡可能的完全，GenBank與EMBL、DDBJ建立了相互交換數據的合作關系。你可以到生物幫那裡了解這方面的信息，生物幫，依託互聯網，面向生物研究者、企業和研究機構，提供最新、領先、精準、高效、全面的生物產品和技術信息。我一般找資料都會去那裡的。幫助蠻大的。 簡介大型資料庫分成若乾子庫，有許多好處。首先，可以把資料庫查詢限定在某一特定部分，以便加快查詢速度。其次，基因組計劃快速測序得到的大量序列尚未加以注釋，將它們單獨分類，有利於資料庫查詢和搜索時「有的放矢」。GenBank將這些數據按高通量基因組序列(HighThroughput Genomic Sequences，HTG)、表達序列標記(Expressed Sequence Tags，EST)、序列標記位點(Sequence TaggedSites，STS)和基因組概覽序列(Genome Survey Sequences，GSS)單獨分類。盡管這些數據尚未加以注釋，它們依然是GenBank的重要組成部分。可通過Entrez資料庫查詢系統對GenBank進行查詢。這個系統將核酸、蛋白質序列和基因圖譜、蛋白質結構資料庫整合在一起。此外，通過該系統的文獻摘要資料庫MEDLINE，可獲取有關序列的進一步信息。在萬維網上，進入NCBI的主頁，可以用BLAST程序對GenBank資料庫進行未知序列的同源性搜索(詳見第六章)。完整的GenBank資料庫包括序列文件，索引文件以及其它有關文件。索引文件是根據資料庫中作者、參考文獻等子段建立的，用於資料庫查詢。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻譯而得到的蛋白質序列資料庫，其數據格式為FastA。GenBank曾以CD-ROM光碟的形式分發，價格比較便宜。隨著資料庫容量的增長，一套最新版的GenBank需要12張光碟存放，不僅生產成本很高，也不便於使用。現在，光碟分發的方式已經停止，可以通過網路下載GenBank資料庫。可 參考：That can help you.Click /zt/focus/ncbi.htm, Sign in accountGenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本單位是序列條目，包括核甘酸鹼基排列順序和注釋兩部分。目前，許多生物信息資源中心通過計算機網路提供該資料庫文件。下面，我們介紹序列文件的結構。序列文件由單個的序列條目組成。序列條目由欄位組成，每個欄位由關鍵字起始，後面為該欄位的具體說明。有些欄位又分若干次子欄位，以次關鍵字或特性表說明符開始。每個序列條目以雙斜杠「//」作結束標記。序列條目的格式非常重要，關鍵字從第一列開始，次關鍵字從第三列開始，特性表說明符從第五列開始。每個欄位可以佔一行，也可以占若干行。若一行中寫不下時，繼續行以空格開始。序列條目的關鍵字包括代碼(LOCUS)，說明(DEFINITION)， 編號(ACCESSION)，核酸標識符(NID)，關鍵詞(KEYWORDS)，數據來源(SOURCE)，文獻(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，鹼基組成(BASE COUNT)及鹼基排列順序(ORIGIN)。代碼LOCUS是該序列條目的標記，或者說標識符，蘊涵這個序列的功能。例如，圖4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的環氧化酶cyclooxygenase。該欄位還包括其它相關內容，如序列長度、類型、種屬來源以及錄入日期等。說明欄位是有關這一序列的簡單描述，如本例為人環氧化酶-2的mRNA全序列。序列代碼具有唯一性和永久性，如本例中代碼M90100用來表示上述人環氧化酶-2的mRNA序列，在文獻中引用這個序列時，應該以此代碼為准。核酸標識符NID對序列信息的當前版本提供?關鍵詞欄位由該序列的提交者提供，包括該序列的基因產物以及其它相關信息，如本例中還氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。數據來源欄位說明該序列是從什麼生物體、什麼組織得到的，如本例中人臍帶血管(umbilical vein)。次關鍵字種屬(ORGANISM)指出該生物體的分類學地位，如本例人、真核生物等等。文獻欄位說明該序列中的相關文獻，包括作者(AUTHORS)，題目(TITLE)及雜志名(JOURNAL)等，以次關鍵詞列出。該欄位中還列出醫學文獻摘要資料庫MEDLINE的代碼。該代碼實際上是個網路鏈接指針，點擊它可以直接調用上述文獻摘要。一個序列可以有多篇文獻，以不同序號表示，並給出該序列中的哪一部分與文獻有關。FEATURES是具有自己的一套結構，用來詳細描述序列特性的一個表格。在這個表格內，帶有『/db-xref/』標志的字元可以連接到其它資料庫內(本例，您看到的是一個分類資料庫(taxon 9606)，以及一個蛋白質資料庫(PID：g181254));序列中各部分的位置都加以標明，5』非編碼區(1-97)，編碼區(98-1912)，3非編碼區(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等;蛋白質翻譯的信號肽及最終的多肽也都有所說明。這個例子不能說很全面，但已經足以說明特性表給出信息的詳細程度。 接下來是BASE COUNT記錄，計算出不同鹼基在整個序列中出現的次數(1010A，712個C，633個G，1032個T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一個鹼基在基因組中可能的位置。最後，核酸的序列全部列出，並以//作為結尾。檢索方式：如果在文獻中看到過你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號，進入NCBI ，在Search後的下拉框中選擇Nucleotide，把Genbank ID號輸入GO前面的文本框中，點「GO」，即可以檢索到所需序列。