‘壹’ 某个家族的全基因组鉴定与表达分析具体要做什么实验
要做基因家族分析。
通常在学习基因家族分析的过程中会涉及到很多细节性的问题。而在解决这些问题的过程中会逐渐提高学术严谨性和高标准。
关于基因家族的分析，生物大类相关方向的研究生都应该掌握，尤其研究生新生。但不能天马行空，而是应该紧密联系所在课题组的大方向。因为在进行基因家族分析的过程中，会涉及到很多的生物学概念、分子生物学基础原理以及基因组相关的知识点，而在实际分析和操作过程中，可以较为深入的理解其中蕴含的分子生物学知识。同时，在学习生物信息学的过程中，多少可以初步掌握一些数据分析和绘图制表的基础。
‘贰’ 如何快速地分析基因结构和基因家族
水稻OsMKK基因家族的结构和表达分析OsMKK是水稻MAPK途径中位于中游的一个分裂原蛋白激酶激酶基因家族,主要承载着上游信号的汇聚、逐步向下扩散传递的作用。它们在水稻生长发育和逆境反应中的功能目前还不很清楚。干旱、低温、盐害等非生物逆境是影响水稻产量的重要因素。本文对OsMKK基因家族的结构进行了生物信息学分析,预测了其可能的生物学功能。并以籼稻品种9311为材料,在低温、高温、盐害、H2O2、ABA、JA、SA下胁迫水稻幼苗。测定了水稻苗期在7种处理下生理指标的变化和OsMKK基因家族的表达模式。最后,讨论了它们可能的生物学功能。主要实验结果如下：1.OsMKK染色体定位、进化树和基因结构分析表明,OsMKK基因家族的8成员位于4条不同染色体上,分为2大类,A、B、C、D4个亚组。第一大类有3个基因：OsMKK1、OsMKK6、OsMKK3,含有多个内含子和外显子,其调控形式多样。第二个大类包括5个基因：OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-1、OsMKK10-2、OsMKK10-3,仅仅含有一个外显子。OsMKK的sub-domain和motif分析表明,该基因家族都含有11个sub-domain、ATP结合位点,磷酸化位点。除OsMKK10-1,OsMKK10-2和OsMKK10-3外,均含有S/TXXXXXS/Tmotif.2.对OsMKK基因家族5’端ATG上游1.0kb区域启动子顺式作用元件的预测,鉴定了有多个特殊的顺式作用元件。如低温响应元件、热激响应元件、脱水响应元件、ABA响应元件、JA响应元件、防卫反应响应元件。每个基因均含多个不同的顺式作用元件,可能与多个逆境反应相关。3.7种处理对水稻苗期叶片的生理指标变化结果表明,相对电导率、丙二醛和脯氨酸含量的变化趋势比较吻合。随胁迫时间的延长,相对电导率增大(除ABA处理外)；丙二醛含量都不同程度地增加；脯氨酸含量也呈递增趋势(除JA处理外)。说明水稻幼苗随着胁迫时间的延长,其细胞受胁迫的伤害程度越大。4.OsMKK基因家族在12℃低温、38℃高温、250mM盐、10mMH2O2、50μMABA,50μMJA、1mMSA胁迫下表达具有明显的诱导特性。12℃低温处理下,OsMKK4在0-12h表达没有变化,在24h诱导表达；38℃高温下,OsMKK3在3h时激活表达,随后下降。OsMKK4、OsMKK5、OsMKK6在6h表达最强,随后下降。其它基因的表达在6h时都略有上升；250mM盐处理下,OsMKK3在1h瞬间诱导表达,表达量达最高值；10mMH2O2处理下,OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-2在1h内就瞬间诱导表达,表达量达最高,随后下降；50μMABA处理下,OsMKK4、OsMKK5在1h时诱导表达；50μMJA处理下,OsMKK4诱导表达最强,随着时间增加而增强。其次是OsMKK5,在1h瞬时表达增加,而后不再增加；1mMSA处理下,OsMKK6在6h内受到诱导表达,表达量达最高值。各种逆境对其它基因表达的影响较小。5.OsMKK在水稻茎、叶、叶鞘、幼穗的表达有一定差异。OsMKK1在茎中表达低,其他基因在4个组织中均表达。OsMKK10-2在4个组织中表达量均不高,其它基因在4个组织中均有高有低。
‘叁’ 对于一个基因，生物信息学分析都要分析什么
楼主的问题问的太宽泛了。请问你是具体问题出在哪里呢？你可以利用Biomart这个工具（www.biomart.org），找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系。你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.multiple alignment可以用clust W或者mega做。系统发育树可以用mega做。PHYLIP好像也可以。基因结构上可以做做gc含量，外显子大小，splicing，调控序列什么的蛋白结构预测软件很多，不过我没做过。ncbi有一个conserved domain 的数据库，你可以和他比较下，分析下结构域。表达情况。。。。你可以找找相关的EST（ncbi）或者array（。。这个不记得了，在ncbi上应该有别人的数据）的表达数据。