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生物检测病毒的方法有哪些

发布时间:2022-08-01 11:13:04

1. 病毒检测方法

检测病毒方法有:特征代码法、校验和法、行为监测法、软件模拟法, 这些方法依据的原理不同,实现时所需开销不同,检测范围不同,各有所长。
1、特征代码法:
特征代码法被早期应用于SCAN、CPAV等着名病毒检测工具中。国外专家认为特征代码法是检测已知病毒的最简单、开销最小的方法。

2、校验和法:
将正常文件的内容,计算其校验和,将该校验和写入文件中或写入别的文件中保存。在文件使用过程中,定期地或每次使用文件前,检查文件现在内容算出的校验和与原来保存的校验和是否一致,因而可以发现文件是否感染,这种方法叫校验和法,它既可发现已知病毒又可发现未知病毒。在SCAN和CPAV工具的后期版本中除了病毒特征代码法之外,还纳入校验和法,以提高其检测能力。

3、行为监测法:
利用病毒的特有行为特征性来监测病毒的方法,称为行为监测法。通过对病毒多年的观察、研究,有一些行为是病毒的共同行为,而且比较特殊。在正常程序中,这些行为比较罕见。当程序运行时,监视其行为,如果发现了病毒行为,立即报警。

4、软件模拟法:
多态性病毒每次感染都变化其病毒密码,对付这种病毒,特征代码法失效。因为多态性病毒代码实施密码化,而且每次所用密钥不同,把染毒的病毒代码相互比较,也无法找出相同的可能做为特征的稳定代码。虽然行为检测法可以检测多态性病毒,但是在检测出病毒后,因为不知病毒的种类,难于做消毒处理。

2. 常用的植物病毒分子检测诊断技术有哪些

1 RT-PCR技术

RT-PCR是英文Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction的简写,中文称之为反转录聚合酶链式扩增反应。在反转录酶M-MLV或AMV的作用下,以RNA为模板、以20个左右的核苷酸为引物,反转录合成cDNA。再以cDNA为模板,两个3和5端互补寡核苷酸引物,由Taq聚合酶从5→3进行一系列DNA聚合反应,扩增出所需要的目的DNA,可将极微量的靶DNA特异性地扩增上百万倍,从而大大提高了对DNA分子的分析和检测能力。

利用PCR技术,可以检测到单分子核酸或对每10万个细胞中仅含1个靶核酸分子的样品。因此,该技术创立至今十年来,迅速地形成为常规的标准程序,为生物科学提供了从微量微生物材料中快速得到大量特定的遗传物质的实验手段。PCR在植物病毒的检测、鉴定和植物病毒的检疫工作中也将具有重要意义。如果病毒核酸是DNA类型,不需要反转录(RT),直接可以进行聚合酶链式扩增(PCR)。而大多数植物病毒的核酸类型为RNA,因此,需要先进行反转录(RT),再进聚合酶链式(PCR)扩增。用1%琼脂糖和5%聚丙烯酰胺进行电泳,即可检出扩增片段。

这里以香石竹斑驳病毒为例,介绍RT-PCR检测香石竹斑驳病毒的实验技术。

用已知病毒核酸保守序列设计引物,分别提取病、健植物总RNA为模板,进行RT-PCR反应,琼脂糖或PAGE电泳检测扩增结果。感病材料会出现特异扩增带。如香石竹斑驳病毒(Carnation mottle virus,CarMV)。根据该病毒的RNA序列设计引物,P1引物(5′端引物,与CarMV RNA的2516~2538同源):5′-〔TTA,GTT,TGC,CCC,CGT,TGG,TAA,CC〕-3′。P2引物(3′端互补引物,与CarMV RNA的3100~3124对应):5′-〔AAG,CGT,CAT,CGT,TGA,ATC,CCA,GAG〕-3′。目标片段大小为608nt。对病健材料进行了RT-PCR,从感病材料中可以扩增出了大约600bp的特异片段,而健康植物无此扩增带。用此方法可以快速、准确地检测香石竹斑驳病毒。操作如下:

(1)RNA提取

分别取感病及健康叶片0.2~0.5g,加液氮研成粉末,按1g∶2ml的比例悬浮于RNA抽提缓冲液(20mmol/L Tris-HC1 pH8.0,1mmol/L EDTA,1%SDS,0.2%巯基乙醇)。按1∶1比例加入水饱和苯酸—氯仿—异戊醇(25∶24∶1)混合液,抽提数次,乙醇沉淀总RNA。溶入20~50μl TE缓冲液中,-70℃冰箱保存备用。

(2)cDNA合成反应体系组分为

待检测材料总RNA或健康材料总RNA各0.5/μg,20pmol/L引物P21μl,5×MMLV缓冲液4μl,ddH2O7μl,该混合液于88℃处理10min后冰上迅速冷却,然后加入10mmol/L dNTPs 1μl,40U/μl Rnasin 0.5μl,100mmol/L DTT 2μl,200U/μl MMLV逆转录酶1μl,混合后经42℃处理lh,合成cDNA。

(3)PCR扩增

取上述的cDNA各0.5μg,分别加入10×PCR缓冲液5μl,20pmol/L引物P1和引物P2各1μl,10mmol/LdNTPs 1μl,88℃10min之内加2U/μl Taq DNA聚合酶1μl,加ddH2O至50/μl。然后在液面上加三滴石蜡油,进行如下PCR热循环:94℃3min,60℃1min,72℃1min,1次循环;94℃40s、60℃1min,72℃1min,35次循环,最后72℃延伸10min。PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检查。携带CarMV的样品会出现600bp的特性扩增带。如图1。

图1 CarMV PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果

3. 迄今为止,我国检测新冠病毒有哪些方法

1、荧光PCR法。PCR法指的是聚合酶链式反应,能将微量的DNA大幅增加。荧光PCR检测的原理为——随着PCR的进行,反应产物不断累积,荧光信号强度也等比例增加。最后通过荧光强度变化监测产物量的变化,从而得到一条荧光扩增曲线图。
2、联合探针锚定聚合测序法。这种检测主要是用专门的仪器检测测序载片上DNA纳米球携带的基因序列。这种检测的灵敏度高,不容易漏诊,但结果也容易受多种因素的影响而不准。
3、恒温扩增芯片法。检测原理是基于核酸之间的互补结合特性开发的一种检测方式,能够用于定性或定量测量存在于生物体内的核酸。
4、病毒抗体检测。抗体检测试剂是检测血清中由病毒进入人体后刺激人体产生的IgM或IgG抗体,IgM抗体出现较早,IgG抗体出现较晚。
5、胶体金法。胶体金法是用胶体金试纸进行检测,也就是常说的快速检测试纸。这种试纸经过特殊标记,上面有孔,用于滴入受检者的血清样本。
6、磁微粒化学发光法。化学发光法是一种高度敏感的免疫检测,凡具有抗原性的物质都可以用这种方法测定。

4. 病毒学研究的基本方法有哪些

(一)生物学特性测定:在寄住上的反应——症状、传播等;
(二)病毒分离与培养:提纯与纯化,二元培养法;
(三)光镜与电镜观察:病毒粒子和病毒与相应抗血清的特异性免疫吸附情况;
(四)免疫学技术:以血清学和组织免疫化学方法检测材料带毒情况,多克隆抗体,单克隆抗体;
(五)分子生物学技术:核酸分子杂交,PCR等。

5. 病毒鉴定常用方法有哪些

寨卡病毒病的检测方法包括病毒核酸检测、IgM抗体检测、中和抗体检测和病毒分离等。寨卡病毒与黄病毒属其他病毒具有较强的血清学交叉反应,目前主要采用病毒核酸检测。
开展蚊媒寨卡病毒检测时,对捕获的伊蚊成蚊或幼虫进行病毒核酸检测。
开展寨卡病毒实验室检测时,应同时考虑登革病毒和基孔肯雅病毒感染可能。登革病毒和基孔肯雅病毒实验室检测应按照相应的技术指南开展。
(一)临床标本检测。
1.病原学检测
病原学检测主要适用于急性期血液标本,一般认为发病7天内检测阳性率高。
(1)核酸检测:采用荧光定量RT-PCR方法,是目前早期诊断寨卡病毒病的主要检测手段。
(2)病毒分离:将标本接种于蚊源细胞(C6/36)或哺乳动物细胞(BHK21、Vero)进行分离培养,出现病变以后,用检测核酸的方法鉴定病毒。也可使用乳鼠脑内接种进行病毒分离。
2.血清学检测
(1)血清特异性IgM抗体:发病3天后可检出病毒特异性IgM抗体,但发病7天后检出率高。可采用ELISA、免疫荧光等方法检测。IgM抗体阳性,提示患者可能新近感染寨卡病毒,但寨卡病毒IgM抗体与登革病毒、黄热病毒和西尼罗病毒等黄病毒有较强的交叉反应,易于产生假阳性。
(2)中和抗体:采用空斑减少中和试验方法检测。患者恢复期血清中和抗体阳转或滴度较急性期呈4倍及以上升高,且排除登革、乙脑等其他常见黄病毒感染,可以确诊。
(二)媒介标本检测。
1.标本处理
将分类后的伊蚊成蚊或幼虫,按照采集地点,每10~20只为一份进行研磨处理。
2.病毒核酸检测
用RT-PCR的方法进行寨卡病毒核酸检测
3.病毒分离
病毒核酸阳性的标本进行病毒分离。

6. 如何利用生物学方法鉴别植物病毒

在植物病毒诊断中所采用的生物学方法是基本的手段,也是取得该病毒有关特性的第一手资料。生物学测定方法有:鉴别寄主或指示植物反应,传播途径测定,寄主范围测定等。

鉴别寄主(诊断寄主)是指病毒或某一株系在一些特定植物上能引起专化性症状反应,这种专化性或特殊症状反应与其他病毒在该植物上的侵染反应有差异。这些或这种植物就可作为某一病毒或株系的鉴别寄主或指示植物。如烟草花叶病毒(TMV)在心叶烟(Nicotiana glutinosa)上产生枯斑反应,马铃薯X病毒(PVX)摩擦接种到千日红(Gomphrena globosa)上产生具有红色边缘的局部枯斑,黄瓜花叶病毒(CMV)在苋色藜(Chenopodium amnticolor)上表现局部枯斑,大麦黄矮病毒(BYDV)在燕麦(Avena sativa)上表现为紫红色叶片。鉴别寄主除了对病毒进行生物学鉴定外,还可用于病毒的生物学分离。即利用植物病毒具有局部枯斑和系统症状的特点,根据症状的不同来区分单一病毒。如利用枯斑反应进行单斑分离,然后将单斑分离的病毒接种到系统症状的植物上进行繁殖,就会得到单一病毒的分离物。这一过程可以反复进行,直到确定已排除了其他病毒混杂时,就可大量繁殖和提纯,以便进行进一步鉴定。

对一些不能通过汁液摩擦接种的病毒,需要采用蚜虫、叶蝉、飞虱等介体昆虫进行传毒试验,或通过嫁接的方法将要鉴定或检测的植物标样传播接种到鉴别寄主上进行生物学鉴定。如大麦黄矮病毒(BYDV)只能通过蚜虫传毒到指示植物燕麦上进行生物学鉴定,苹果锈果类病毒(ADFVd)只通过嫁接的途径来接种到指示植物上进行鉴定。而对那些既不能通过汁液摩擦接种传播,又不知道其传播途径的病毒,则要首先进行其传播途径的测定。

生物学鉴定虽然具有较稳定的试验结果,操作简单,要求的设备和技术不高,但所需的时间较长,而且试验结果常受到环境条件的影响,如温度、光照常影响症状表现。

7. 高中生物。RT-PCR怎样检测病毒含量呢

RT-PCR检测方法的具体步骤如下:
(一)RNA提取
1、根据标本数量分装RLT液:从Kit中取出RLT液,用1.5mL离心管分装,每管500μL(在体系配制区操作)。
2、在生物安全柜内将采样液(鼻拭子、咽拭子、胸水等)或病毒培养物(鸡胚尿囊液或细胞培养液)取100μL加入RLT液管中,充分混匀。 3、每管分别加入5μL β-巯基乙醇,混匀后依次加入600μL 70%的乙醇,充分混匀。
4、从Kit中取出带滤柱的2mL收集管,打开包装将其做好标记。取步骤(3)中的混合液600μL加入滤柱中,12000rpm,离心15s,弃收集管中的离心液。
5、滤柱仍放回收集管上,将步骤(3)剩余的混合液全部吸入滤柱中,12000rpm,离心15s,弃离心液。
6、于滤柱中加入700μL Wash Buffer RW1液,12000rpm,离心15s。
7、从QIAGEN RNeasy Mini Kit中取一支干净的2mL收集管,将离心后的滤柱移到新的收集管上,于滤柱中加入500μL Wash Buffer RPE液,12000rpm,离心15s。
8、弃收集管中的离心液,再于滤柱中加入500μL Wash Buffer RPE液,13000~14000rpm,离心2min。
9、将滤柱移到一个干净的1.5mL eppendorf管上,向滤柱中加入30~50μL的Rnase-free Water,室温静置1~3min。
10、12000rpm,离心1min,收集离心液即为提取的病毒RNA,立即做实验或-20℃以下保存。
注意:Buffer RPE使用之间加44mL无水乙醇。
(二)反应体系配制
1、实验设计: 检测标本RNA
阴性对照:无菌水(标本RNA提取时,跟标本同时提取无菌水。) 阳性对照:已知病毒RNA

2、PCR反应体系配制(在体系配制区配反应液) 1)按下表加入试剂: PCR反应体系
对每一个建立的反应确定反应数(n=拟进行的PCR管数,包括阴性,阳性对)。考虑到阴性无模板对照,阳性对照,误差,制备过量的反应混合物是必要的。具体如下:
(1)如果包括对照,样品的数量(n)为1到14,那么N=n+1;
(2)如果包括对照,样品的数量(n)大于15,那么N=n+2。
2)将上述反应液混匀,分装到0.2mL PCR小管中,每管20μL,分别做好标记。
3)加RNA模板(在核酸提取区)
将上述分装好的PCR小管分别加入模板。首先加入阴性对照管(5μL无菌水),然后分别加标本RNA(每管5μL),最后加入阳性对照RNA(每管5μL)。
3、RT-PCR反应
将上述加好模板的反应管混匀,短暂离心后放入PCR仪进行RT-PCR 扩增。
4、RT-PCR产物检测
1)2.0%琼脂糖凝胶制备:称取2.0g Agarose,倒入耐热玻璃瓶内,再加入电泳液(1×TBE)100mL,轻轻混匀后加热,使Agarose完全熔化。待Agarose胶温度降至50~60℃左右,加入核酸染料,轻轻混匀(不要产生气泡)。待胶温度降至50℃左右时,将其倒入制胶板,插好电泳梳子。待胶完全凝固(约30~60min)之后,将梳子拔出。
2)将制备好的电泳胶放入电泳槽(带梳子孔的一端在阴极),倒入电泳液(1×TBE)浸过胶面即可。
3)PCR产物各取10μL,加入2μL上样缓冲液(6×Loading Buffer),混匀后加入电泳胶孔内(先加Marker(DL-2000)5μL,然后依次加标本PCR产物,再加阴性对照,最后加阳性对照产物)。 4)电泳电压100V,约30~40min后看结果。 5)将电泳胶放入凝胶成像系统观察结果并照相。
5、结果判断。

8. 植物病毒检测方法

植物病毒病是农业生产上一种重要病害,严重影响农作物的产量和质量, 目前还没有1种治疗效果较理想的药剂,对发病植株做到早期诊断及提前检测就显得尤为重要。植物病毒学历经近百年的发展,植物病毒的检测方法与手段也在不断发展与改进。常用的方法有侵染力测定法、血清学方法、电子显微镜计数和分子生物学法等。
1.4.1侵染力测定法
侵染力测定法是将病毒样本接种在植物上,根据侵染力的大小定量。它的灵敏度在所有定量法中是比较高的,而且是其他定量法的基础。设计一种新的定量法,如果不经过侵染力的验证,将无法判断测定的是病毒或者是具有侵染力的病毒。侵染力测定法包括局部枯斑法、淀粉-碘斑法、系统感染率的测定法等。侵染力测定多用粗汁液来接种,为了避免抑制物质的作用和使半叶枯斑数目控制在一定范围,须用缓冲液稀释接种物。
局部枯斑法 1929年F.O.Holmes发现TMV在心叶烟(Nicotiana glutinosa)接种叶片上引起局部坏死斑点,在一定的病毒浓度范围内,所产生的斑点数目与病毒浓度成正比例。这一发现成为病毒侵染性定量测定的基础(田波,1987)。所有机械传染的病毒都有可能应用局部斑点法,但实际上只有少数病毒具有可用于定量测定的局部斑寄主。一个待测样品所形成的斑点数目除取决于接种物中病毒浓度外,还受试验植物种类、环境条件和接种物中是否含有病毒抑制物质的影响。
淀粉-碘斑法 当所研究的病毒没有过敏性枯斑寄主时,采用此法。Holmes(1931)发现TMV接种的烟叶上有时形成明显的黄化斑块,但不能用于计数。将这种接种叶用95%乙醇加热到80℃固定,然后用I2和KI混合液(10克I2,30克KI,1500毫升H2O)染色时,则侵染点处出现淀粉-碘的蓝色反应。当下午采摘叶片,褪色过夜,然后用碘液染色,则侵染点较周围组织着色浅;当采摘叶片前,植株先在黑暗中放几个小时,再用碘液染色,则侵染点组织着色深。这是由于病毒侵染既降低光合组织中碳水化合物的形成,也降低碳水化合物从光合组织中的运出。淀粉-碘染色的强弱受环境条件的影响较大,不如局部枯斑法可靠,但在标准化条件下仍可用于侵染性的定量测定。
侵染性滴度法 当上述方法都不适用时,可采用侵染性滴度法。即把欲测定样品用缓冲液稀释,可用十倍稀释、成倍稀释、半倍稀释或更低稀释。这种方法的缺点是需用大量实验植物,但可得到较好的结果。此方法可用于介体传染的病毒。

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