生物进化树上如何显示同源性

❶ 急急急！请问测得了基因序列怎么进行同源性比对和构建进化树啊谁可以帮我...不胜感激！

你可以把需要比对的序列用fasta格式保存在记事本里，然后用clustalW/clustalX的多重比对选项，直接按它默认的算法算算，生成的.dnd格式拿到MAGA里面的phylogeny——display newick tree from file选项中打开。就成了进化树了。可以在里面调整成你想要的表示方法和顺序，另存为就好了。
还有就是用DNAMAN , 多重比对（画了多条线并横着排列的标志multiple alignment），点了之后，将fasta格式保存的文件打开，选择是DNA还是蛋白质，然后以默认程序运算，出现的界面中选output——tree——最后一个，就有树了。你可以以不同的方式调整，然后输出。
如果还不行，你可以去网上搜搜相关说明书，那里会有比较详细的步骤。
希望能帮到你哈！

❷ 真核生物在进化树上更接近于古细菌，但古细菌的细胞膜是由醚键构成，而真核生物的是酯键，这是为什么

这位同学的这个问题...额...问得...很有技术含量...==
你的问题中也说了，从遗传学上来说真核生物与古细菌是更为接近的。所以说，并不是说因为它们两个接近所以它们两个就必须在细胞膜上的构造一模一样。酯键和醚键只能说明它们在细胞膜上的构造不同。虽然真核生物在细胞膜上和真细菌是一样的，都是由酯键构成，但是这也只能说明它们只有细胞膜是相似的，它们在细胞整体和内部构造存在很大差别。那么古生菌和真核生物的核糖体还都是70sRNA构成的呢，难道又靠这一点又能说明真核生物和古生菌在进化树上更接近么？进化树的种族判定并不只是依靠细胞膜的相似程度或是RNA的类型来片面判断的，而是从整体的比较，细胞壁，细胞膜，细胞器甚至深入基因中去判断的。
至于为什么最终醚键没有变成真核生物的细胞膜构成成分，我想，也许是酯键更适应于真核生物的生存环境吧，所谓适者生存嘛~这样解释是否为你答疑解惑了？可以追问哦~一定知无不答，言无不尽~
PS.生物的细胞膜并不是靠酯键或是醚键构成的，细胞膜都是由磷脂双分子层构成的，这也显示出了生物在进化中的统一性和同源性.........吧...==磷脂双分子层的基本单位是甘油磷脂，也就是细胞双层膜中一层膜中的一个分子，所谓酯键和醚键，就是在构成甘油磷脂分子时，好像是在二号碳原子上化学键连接的区别吧，如果上面连接的是饱和烃，则是直链的，如果是不饱和烃，那么就会有一个拐角，高中生物书上应该有画过甘油磷脂的结构，其中一个是直链的，一个是弯的，就是因为酯键（或醚键，高中应该没有牵扯到这么深层次的）是不饱和烃基（有些题外话了，当做科普知识补充吧...不好意思...）主要想说的就是，楼主这个问题的表述不够严密（虽然我看懂了而且也沿用了这种说法...==）
其实在细胞膜的构成上，古生菌和其他生物都存在着非常大的不同呢，古生菌的细胞膜存在着独特的单分子层膜或单、双分子层混合膜，这也许也与它的细胞膜的化学成分组成有关吧~
生物真是神奇而又精密的东西啊，我们的分类标准也许还有很多不完美的地方存在，但要知道，世界万物都是统一而又独立的存在啊，我们也只有如此管窥蠡豹地来了解了...

❸ 生物进化树分析中的数字代表了什么含义

分支上的数字：表示这一分支的可靠程度,就是说越大,说明越靠谱,总之越大越好.一般就是几十到100,有个地方可以设置显示的最小值. 长度就是进化距离,如果两个序列/物种 间的头部几乎在一个竖线上,就是同源性越高,如果很长,就说明很远.
进化树分支上的数字表示产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点。

树枝的长度反映当这些事件发生时就存在的蛋白质与蛋白质之间的进化距离。

根据进化树不仅可以研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。对于物种分类问题，蛋白质的分子进化树亦可作为一个重要的依据。

❹ 进化树分支上的数字表示什么进化树的长度呢/。

进化树分支上的数字表示产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点。

树枝的长度反映当这些事件发生时就存在的蛋白质与蛋白质之间的进化距离。

根据进化树不仅可以研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。对于物种分类问题，蛋白质的分子进化树亦可作为一个重要的依据。

(4)生物进化树上如何显示同源性扩展阅读：

生物界各个物种和类群的进化，是通过不同方式进行的。物种形成（小进化）主要有两种方式：一种是渐进式形成，即由一个种逐渐演变为另一个或多个新种；另一种是爆发式形成，如多倍化种形成，这种方式在有性生殖的动物中很少发生，但在植物的进化中却相当普遍。

世界上约有一半左右的植物种是通过染色体数目的突然改变而产生的多倍体。物类形成（大进化）常常表现为爆发式的进化过程（如寒武纪大爆发），从而使旧的类型和类群被迅速发展起来的新生的类型和类群所替代。

❺ 如何通过生物信息分析物种间亲缘关系

生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近。在进化树上每个叶子结点代表一个物种：生物进化有一个规律，从低等到高等。有相关图书一册，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系，怎么使用phytozome
进化树在生物学中，都是从水生到陆生，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出，用来表示物种之间的进化关系生物信息学，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，从简单到复杂

❻ 如何进行序列同源性分析及BLAST同源性步骤

将我们在序列拼接一文中得到的病毒全基因组，进行同源性分析，分析拼接得到的序列与其他序列的相似性，从而为进一步的进化树分析打好基础。