如何看16s微生物测序

‘壹’ 细菌鉴定中到底是16srDNA测序还是16srRNA测序

测的是16s rDNA序列，或者说是16s rRNA基因。即编码16SrRNA的DNA序列，所以说其实是16S rDNA测序，而且RNA还特别容易降解。

基因测序是测出DNA上的碱基是A,C,G,T中的哪一个；而基因检测是通过杂交或测序等方法来确定DNA序列中是否含有特定的一段序列，来明确相关的基因某些功能，比如耳聋基因检测就是用芯片来检测一个正常人是否携带隐性先天性耳聋基因或者药敏性耳聋基因。

测序只是得到DNA的序列,而检测是最终要跟功能建立联系。

(1)如何看16s微生物测序扩展阅读：

16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌DNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。

在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

‘贰’ 什么是16s核糖体rna基因测序

16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。英文名称是16S ribosomal DNA identification，应用有细菌种属鉴定。
细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。
16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

‘叁’ 通过保守序列测序来鉴定微生物，可靠性有多少

二代测序在微生物研究中使用的频率越来越高了，通过16S rDNA测序可以得到微生物基因组的序列信息，通过序列比对即可鉴定出微生物的种属，从而进行后续的分析。今天我们就来聊一聊16S rDNA测序是如何鉴定微生物到种的！
1.什么是 16S rDNA？
细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性，成为细菌分类学研究的“分子钟”，素有“细菌化石”之称。16S rDNA基因全长1542 bp，由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则表明物种间的差异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。

图16S rDNA基因组成（灰色为保守区，绿色为可变区）
2.什么是 16S rDNA测序？
在细菌基因组中，编码 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的进化保守性，适宜分析的长度（约为1.5kb），以及与进化距离相匹配的良好变异性，所以成为细菌分子鉴定的标准标识序列。16S rDNA测序即是对16S rDNA特定可变区（可选择单可变区或是多可变区）进行PCR扩增，再结合高通量测序和生物信息分析，帮助研究人员进行大规模鉴定群落组成，表达丰度，以及开展系统进化分析的方案。该方案因其无需分离培养细菌，实验操作简单，并可大规模鉴定特定生境中全部菌群而成为研究微生物群落多样性的首选方案。
3.16S rDNA测序如何鉴定微生物到种？
联川基于最新版Greengene和自建数据库以及V3、V4双可变区扩增测序，并配合自主开发的数据分析程序可以将菌群鉴定到分类学上“种”的级别（目前最多可鉴定4414个种，覆盖2106个属，可鉴定菌种持续更新中......）。

(图片仅供参考)
4.微生物鉴定到种的意义？
在医学研究中，将菌群鉴定到种的级别具有重要的临床应用价值，因为这不仅可以鉴定出某种传染病的关键致病菌种，还可以帮助临床医生选择适合的抗生素，以及确定治疗持续的时间和制定传染控制程序。
在农业生产中，牲畜、农作物的生长既离不开与菌群的共生作用，也时常受到多种不同病菌的侵染而影响发育，减产，甚至造成死亡，如鉴定出引起某一病害的关键或是占主导的菌种，缩小致病菌范围，将显着促进开发出更有针对性的控制策略。

‘肆’ 高通量16s测序的结果怎么分析

1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。 2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域

‘伍’ 16s rrna的dgge和 16s rrna的高通量测序到底有什么区别

16S rRNA: 16S RNA 即 16S ribosomal RNA，是原核核糖体30S小亚基的组成部分。16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16S rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。

16S rRNA方法：没有单独的这个说法。16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，再加上16S rRNA可直接从DNA中转录而直接测序，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。