⑴ 微生物的学名采用什么原则命名
有部分使用形态命名的，也有是它的特点，即与众不同的地方。
⑵ 如何将微生物菌群鉴定到种
可以做一个很简单的16sRNA的鉴定，利用通用引物扩增，然后再去测序，然后去NCBI做blast确定种
⑶ 怎样区别微生物分离种有没有命名
区别微生物分离种有没有命名的方法是看是否正式的拉丁名称后面附着命名者的姓。
微生物的命名方法
1、生物的命名和其他生物一样，都按国际命名法命名，即采用林奈氏 (Linnaeus) 所创立的“双名法”。
2、每一种微生物的学名都依属与种而命名，由两个拉丁字或希腊字或者拉丁化了的其他文字组成。属名在前，规定用拉丁字名词表示，字首字母要大写，由微生物的构造、形状，或由着名的科学家名字而来，用以描述微生物的主要特征。种名在后，用拉丁字形容词表示，字首字母小写，为微生物的色素、形状、来源、病名或着名的科学家姓名等，用以描述微生物的次要特征。
3、此外，由于自然界的生物种类太多了，大家都在命名，为了更明确，避免误解，故在正式的拉丁名称后面附着命名者的姓。
例如。金黄色葡萄球菌的学名为：Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
属名：葡萄球菌 种名：金黄色 命名人的姓 命名年份
又如： Peptostreptococcus foetis （ Veillon ） Smith
属名：消化链球菌 种名：恶臭 原命名者 改名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的，后 Smith 重新定为现名。由此可以看出，种名后括号内的姓，是表示这个种首先由 Veillon 定的名，在括号后再附加改定此菌学名人的姓。如果发表新种，则在学名之后加 n ． sp( 即 novo species 的缩写，意为新种 ) 。有时只泛指某一属的微生物，而不是指定某一个具体的种，或没有种名，只有属名时，可在属名后加 sp. 或 spp.(species 的缩写， sp. 表示单数， spp. 表示复数 ) ，如 Micrococcus sp. ，表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。变种的学名，是在种名后加变种名称，并在变种名称之前加 var 如枯草芽孢杆菌黑色变种应写成 Bacillus subtilis var. niger 。 属以上的名称必须是阴性复数形容词，与 prokaryotae 相一致。
⑷ 微生物如何界定物种
1。16S相似度。16S指的是核糖体小亚基的RNA组分，也就是16S rRNA。长度大约1500nt，不同物种略有差异。这里需要测全长的16S，一般用27F和1492R这对引物。扩出来之后送一代测序，然后去数据库比对，也就是BLAST。一般认为相似度超过97%的话，就是同一个物种；低于97%的话就是不同物种。这只能用来做初步判断，因为变形菌门可能相似度达到99%的仍然可能是不同的种（忘了是哪篇文献了，似乎是讨论97%阈值的）。但是这个指标可以简单的帮我们确定这个菌是哪个属，或者哪个科。定属还是靠谱的。
2。形态学观察。比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等。还包括最适生长条件的确定。
3。磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4。呼吸醌。看一下占优势的呼吸醌是哪种。这个有种特异性。
5。分子杂交。测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。相似度超过70%是一个种，低于70%是不同物种。阈值的数值记不清了，大概是65-70%吧。
6。碳源利用情况。看一下能利用哪些碳源。95种碳源的测试。
7。API试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8。GC含量。
9。革兰氏染色。
确定了新种之后，需要命名。命名用的是现代拉丁文或者希腊文，因为拉丁文已经是死文字了，语义不会再变化。生物的拉丁名都是有意义的，比如Arthiobotrys oligospora，这是一种真菌，中文名寡孢节丛孢。是节丛孢属的。种名oligo表示稀少的，spora表示孢子。属名我不会拆词，但是节肢动物的名字是Arthropoda，所以可以看出属名是带“节”的，表示分节。Pseudomonas aeruginosa，铜绿假单胞菌。pseudo是假的，伪的，monas表示单一的，单个的，aeruginosa表示铜绿，也就是铜锈。需要注意拉丁文和希腊文是分阴阳性的，这个在解释命名的时候都会有。
⑸ 多道微生物题目
太多了，还不给分。楼主小气。
⑹ 微生物可以分成哪“三行八大类”啊详细点！谢谢啊!
微生物的分类,鉴定及命名
1,生物界的分类
地球上的物种估计大约有150万,其中微生物超过10万种,而且其数目还在不断增加.
在生物进化历史过程中演化形成生物种类和种群的多样性.
生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史,揭示各类生物的多样性及其系统关系,编制分类系统,还原生物的自然历史位置.
高等动植分类
化石资料,形态学,比较胚胎学
较正确反映其系统发育
微生物分类的难题:
绝大部分微生物个体小,形态简单,易受环境影响而变异,缺少有性繁殖,缺乏化石资料.
生物分类的二种基本原则:
a)根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类,这种
表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以反映生
物亲缘关系为目标;
b)按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目标
是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生物系
统发育的分类系统.
★从两界系统经历过三界系统,四界系统,五界系统甚至六界系统,最后又有了三原界(或三总界)系统.
★传统的,为多数学者所接受的是1969年魏塔克(R.H.Whittaker)在《Science》上提出的五界学说,它以纵向显示从原核生物到真核单细胞生物再到真核多细胞生物的三大进化过程.
生物的界级分类学说
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese
三域学说的建立
(1)古细菌原界(Archaebacteria) ,包括产甲烷细菌,极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌;
(2)真细菌原界(Eubacteria) ,包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物;
(3)真核生物原界(Eucaryotes),包括原生生物,真菌,动物和植物.
2,微生物分类学
经典分类学:按微生物表型分类
微生物系统学:按亲缘关系和进化规律分类
发展
表型特征:形态学,生理生化学,生态学等,推断微生物的系统发育.
表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征(如16S rRNA)探讨微生物进化,系统发育和分类鉴定.
★微生物分类学的三个任务:分类,鉴定及命名
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群.
☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程.
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称.
以啤酒酵母为例,它在分类学上的地位是:
界(Kindom):真菌界
门(Phyllum):真菌门
纲(Class):子囊菌纲
目(Order):内孢霉目
科(Family):内孢霉科
属(Genus):酵母属
种(Species):啤酒酵母
3,微生物的分类单位
界,门,纲,目,科,属,种
种是最基本的分类单位
每一分类单位之后可有亚门,亚纲,亚目,亚科...
种(species):是一个基本分类单位;是一大群表型特征高度相似,亲缘关系极其接近,与同属内其他种有明显差别的菌株的总称.
菌株(strain): 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群).因此,一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株.菌株强调的是遗传型纯的谱系.
例如:大肠埃希氏杆菌的两个菌株:
Escherichia coli B 和Escherichia coli K12
★菌株的表示法:
★种是分类学上的基本单位,菌株是实际上应用的基本单位,因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别!
亚种(subspecies)或变种(variety):
为种内的再分类.
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状,而又不足以区分成新种时,可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种.
变种是亚种的同义词,因"变种"一词易引起词义上的混淆,从1976年后,不在使用变种一词.通常把实验室中所获得的变异型菌株,称之为亚种.
如:E.coli k12(野生型)是不需要特殊aa的,而实验室变异后,可从k12获得某aa的缺陷型,此即称为E.coli k12的亚种.
型(form):
常指亚种以下的细分.当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型.
例如:按抗原特征的差异分为不同的血清型;
学名—是微生物的科学名称,它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的.学名由拉丁词,或拉丁化的外来词组成.学名的命名有双名法和三名法两种.
①双名法:
学名=属名+种名+(首次定名人)+现定名人+定名年份
属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名.
种名:拉丁文形容词,字首小写,为微生物次要特征,
如微生物色素,形状,来源或科学家姓名等.
4,微生物的命名
必要,用斜体表示
可省略,用正体字
微生物的名字有俗名和学名两种.如: 红色面包霉———粗糙脉孢霉
绿脓杆菌———铜绿假单胞菌
例:大肠埃希氏杆菌
Escherichia coli (Migula)Castellani et Chalmers 1919
金黄色葡萄球菌
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
◆当泛指某一属微生物,而不特指该属中某一种(或未定种名)时,可在属名后加sp.或ssp.(分别代表species 缩写的单数和复数形式)
例如:Saccharomyces sp.
表示酵母菌属中的一个种.
◆菌株名称——在种名后面自行加上数字,地名或符号等,如: Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica
Bacillus subtilis BF7658 BF=北纺
Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌
ATCC=American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心
◆当文章中前面已出现过某学名时,后面的可将其属名缩写成1~3个字母.
如:Escherichia coli 可缩写成 E.coli
Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus
②三名法:用于对亚种的命名,这时在属和种名后加写一个subsp.,然后再附上亚种名称(斜排体). 如:
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
形态结构,生理生化,少量的化石资料,行为习性,等等
表型特征:
5, 进化指征的选择:
b)形态特征在不同类群中进化速度差异很大,仅根据形态推断进化关系往往不准确;
缺点:
a)由于微生物可利用的形态特征少,很难把所有生物放在同一水平上进行比较;
蛋白质,RNA和DNA序列进化变化的显着特点是进化速率相对恒定,也就是说,分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进化的时间成正比.
生物大分子作为进化标尺依据
a)在两群生物中,如果同一种分子的序列差异很大时,
------------进化距离远,进化过程中很早就分支了.
b)如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同,
------------处在同一进化水平上.
大量的资料表明:功能重要的大分子,或者大分子中功能重要
的区域,比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低.
RNA作为进化的指征
16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的"分子尺":
1)rRNA具有重要且恒定的生理功能;
2)在16SrRNA分子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究;
3)16SrRNA分子量大小适中,便于序列分析;
4)rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%),也易于提取;
5)16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同
源分子是18SrRNA).因此它可以作为测量各类生物进化的工具.
Eubacteria
(真细菌界)
Archaebacteria
(古细菌界)
Eukarya
(真核生物界)
Carl Woese利用16SrRNA建立分子进化树
微生物
(病毒)
古生菌(Archaea)
细菌(Bacteria)
真菌(酵母,霉菌,蕈菌等),
单细胞藻类,原生动物等
非细胞型
细胞型
原核微生物
真核微生物(Eukarya)
古生菌在进化谱系上与真细菌及真核生物相互并列,且与后者关系
更近,而其细胞构造却与真细菌较为接近,同属于原核生物.
6,微生物分类鉴定的特征和技术
形态学特征,
生理学特征,
生态学特征
6.1 生物分类的传统指标:
☆形态学特征
培养特征,
运动性,
特殊的细胞结构,
细胞形态及其染色特性,
等等
微生物分类和鉴定的重要依据之一:
a)易于观察和比较,尤其是真核微生物和具有特殊
形态结构的细菌;
b)许多形态学特征依赖于多基因的表达,具有相对
的稳定性;
☆生理生化特征�
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关;
代谢产物等
营养类型;
与氧的关系;
对温度的适应性;
对pH的适应性;
对渗透压的适应性;
酶及蛋白质都是基因产物;
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较;
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多;
常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种,亚种或菌株.
★生态特性
包括在自然界的分布情况,与其他生物有否寄生或共生关系, 宿主种类及与宿主关系, 有性生殖情况, 生活史等.
★血清学反应
6.2 核酸的碱基组成和分子杂交
特点:
与形态及生理生化特性的比较不同,对DNA的碱基
组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微
生物之间基因组的差异,因此结果更加可信.
(1) DNA的碱基组成(G+Cmol%)
DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征,即使个别基因突变,碱基组成也不会发生明显变化.
分类学上,用G+C占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%)来表示各类生物的DNA碱基因组成特征.
◆每个生物种都有特定的GC%范围,因此后者可以作为分类鉴定的指标.细菌的GC%范围为25--75%,变化范围最大,因此更适合于细菌的分类鉴定.
◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定,并可检验表型特征分类的合理性,从分子水平上判断物种的亲缘关系.
使用原则:
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
每一种生物都有一定的碱基组成,亲缘关系近的生物,
它们应该具有相似的G+C含量,若不同生物之间G+C含
量差别大表明它们关系远.
但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系.
同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下;同属不同种的差别应低于10～15%;G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征,它对于种,属甚至科的分类鉴定有重要意义.
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的菌株,如果其G+C含量的差别大于5%,则肯定不是同一个种,大于15%则肯定不是同一个属.
在疑难菌株鉴定,新种命名,建立一个新的分类单位时,G+C含量是一项重要的,必不可少的鉴定指标.
其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元.
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
(2) 核酸的分子杂交
不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近,碱基排列顺序差异越小,它们之间的亲缘关系就越近,反之亦然.
核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性
a)DNA-DNA杂交;
(亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较)
b)DNA-rRNA杂交;
(亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较)
c)核酸探针;
(利用特异性的探针,用于细菌等的快速鉴定)
(3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析
16SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的"分子尺":
16SrRNA的序列高度保守,可精确指示细菌之间的亲缘关系
16SrRNA的大小为1500bp左右,所含信息能反映生物界进化关系,易操作,适用于各级分类单元
目前常用的是建立在PCR技术基础上的16SrRNA基因的直接测序法,方便快捷.
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
1957年第七版后,由于越来越广泛地吸收了国际上细菌分类学家参加编写(如1974年第八版,撰稿人多达130多位,涉及15个国家;现行版本撰稿人多达300多人,涉及近20个国家),所以它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新成果,因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位.
7.1 细菌分类系统
7,微生物分类系统
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey's Manual of Systematic Bacteriology)
伯杰氏手册是目前进行细菌分类,鉴定的最重要依据,其特点是描述非常详细,包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法.
(20世纪80年代末期)
7.2 真菌分类系统
真菌界分类系统很多,各国采用不同的系统,比较混乱.近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要.
俗名—common name简洁易懂,方便记忆,但涵义往往不够准确,还有适用范围和地区性的限制.
命名—scientific name菌种的科学名称.菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的国际学术界公认,并通用的名称.
命名原则:
学名=属名+种的加词+(首次定名人)+现名定名人和鲜明定名年份
规定与常识:属名应大写首字母,单数,可以组合外而成.种的加词代表一个种的次要特征,首字小写
⑺ 微生物育种的诱变育种
1.1物理诱变
1.1.1紫外照射
紫外线照射是常用的物理诱变方法之一，是诱发微生物突变的一种非常有用的工具。DNA 和RNA 的嘌呤和嘧啶最大的吸收峰在260nm，因此在260nm 的紫外辐射是最有效的致死剂。紫外辐射的作用已有多种解释，但比较确定的作用是使DNA 分子形成嘧啶二聚体[1]。二聚体的形成会阻碍碱基间正常配对，所以可能导致突变甚至死亡[2]。
紫外照射诱变操作简单，经济实惠，一般实验室条件都可以达到，且出现正突变的几率较高，酵母菌株的诱变大多采用这种方法。
1.1.2电离辐射
γ- 射线是电离生物学上应用最广泛的电离射线之一，具有很高的能量，能产生电离作用,可直接或间接地改变DNA 结构。其直接效应是可以氧化脱氧核糖的碱基，或者脱氧核糖的化学键和糖- 磷酸相连接的化学键。其间接效应是能使水或有机分子产生自由基，这些自由基可以与细胞中的溶质分子发生化学变化，导致DNA 分缺失和损伤[2]。
除γ- 射线外的电离辐射还有X- 射线、β- 射线和快中子等。电离辐射有一定的局限性，操作要求较高，且有一定的危险性，通常用于不能使用其他诱变剂的诱变育种过程。
1.1.3离子注入
离子注入是20 世纪80 年代初兴起的一项高新技术，主要用于金属材料表面的改性。1986 年以来逐渐用于农作物育种，近年来在微生物育种中逐渐引入该技术[3]。
离子注入时，生物分子吸收能量，并且引起复杂的物理和化学上的变化，这些变化的中间体是各类活性自由基。这些自由基，可以引起其它正常生物分子的损伤，可使细胞中的染色体突变，DNA 链断裂，也可使质粒DNA 造成断裂。由于离子注入射程具有可控性，随着微束技术和精确定位技术的发展，定位诱变将成为可能[4]。
离子注入法进行微生物诱变育种，一般实验室条件难以达到，目前应用相对较少。
1.1.4 激光
激光是一种光量子流，又称光微粒。激光辐射可以通过产生光、热、压力和电磁场效应的综合应用，直接或间接地影响有机体，引起细胞染色体畸变效应、酶的激活或钝化，以及细胞分裂和细胞代谢活动的改变。光量子对细胞内含物中的任何物质一旦发生作用，都可能导致生物有机体在细胞学和遗传学特性上发生变异。不同种类的激光辐射生物有机体，所表现出的细胞学和遗传学变化也不同[5]。
激光作为一种育种方法，具有操作简单、使用安全等优点，近年来应用于微生物育种中取得不少进展。
1.1.5 微波
微波辐射属于一种低能电磁辐射，具有较强生物效应的频率范围在300MHz~300GHz，对生物体具有热效应和非热效应。其热效应是指它能引起生物体局部温度上升。从而引起生理生化反应；非热效应指在微波作用下，生物体会产生非温度关联的各种生理生化反应。在这两种效应的综合作用下，生物体会产生一系列突变效应[6]。
因而,微波也被用于多个领域的诱变育种，如农作物育种、禽兽育种和工业微生物育种，并取得了一定成果。
1.1.6 航天育种
航天育种，也称空间诱变育种，是利用高空气球、返回式卫星、飞船等航天器将作物种子、组织、器官或生命个体搭载到宇宙空间，利用宇宙空间特殊的环境使生物基因产生变异，再返回地面进行选育，培育新品种、新材料的作物育种新技术。空间环境因素主要有微重力，空间辐射，以及其它诱变因素如交变磁场，超真空环境等，这些因素交互作用导致生物系统遗传物的损伤，使生物发生诸如突变、染色体畸变、细胞失活、发育异常等。
航天育种较其它育种方法特殊，是航天技术与微生物育种技术的有机结合，技术含量高，成本高，个体研究者或一般研究单位都难以实现，只能与航天技术相结合，由国家来完成。
1.1.7 常压室温等离子体诱变育种
常压低温等离子体（Atmospheric and Room Temperature Plasma）简称为ARTP，指能够在大气压下产生温度在25-40 °C之间的、具有高活性粒子（包括处于激发态的氦原子、氧原子、氮原子、OH自由基等）浓度的等离子体射流。ARTP技术作为一种新型的物理方法，在微生物诱变育种领域有着广阔的应用前景。
等离子体中适当剂量的活性粒子作用于微生物，能够使微生物细胞壁/膜的结构及通透性改变，并引起基因损伤，菌株出现遗传物质损伤后，微生物启动SOS修复机制，其诱导产生DNA聚合酶Ⅳ和V，它们不具有3ˊ核酸外切酶校正功能，于是在DNA链的损伤部位即使出现不配对碱基，复制仍能继续前进。在此情况下允许错配可增加存活的机会。ARTP对遗传物质造成的损伤，多样性较高；又SOS诱导修复本身为容错性修复，因此，ARTP多样性的损伤将可能在修复过程中包容于DNA链中，在微生物进行复制修复时，其可能带来多样性的错配可能。
ARTP应用于微生物突变育种，成本低、操作方便，没有很多物理诱变设备（如离子束注入等）所需的离子或电子加速、真空和制冷等附属设备；ARTP对遗传物质的损伤机制多样，具有较高的正突变率，突变性能多样，对于真菌、细菌、藻类等都有效果；ARTP对环境无污染，保证操作者的人身安全，无论用何种气体放电，其均无有害气体产生。
