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如何学好生物信息学

发布时间:2022-02-08 20:04:25

⑴ 如何学习生物信息

努力

⑵ 如何学好生物信息学

兴趣是关键,多跑图书馆 ,自己多看看有关材料书籍。自己钻研,不明白的就问老师~~

⑶ 如何自学生物信息学

应该是生物类里面就业最好的了,虽然也是不怎么能看,不过其他生物类更是不行,完全渣。本行就是做生物信息的工作,分析基因组,疾病之类,把数据和生物联系起来,虽然现在还没发展好,不过几年以后应该还是有一定前景的。编程能力好的也可以做程序员去IT或者通信,不过生信不太强调编程能力,主要是生物概念和软件,所以要自学一些。

⑷ 如何自学生物信息学

一、计算机基础,需要看三本书,一步步的学会学通,不需要刻意去找哪个书,一般linux是鸟哥私房菜,perl是小骆驼咯,R是R in action,但是看一本书只能入门,真正想成为菜鸟,必须每个要看五本书以上!我云盘里面有这基本上的高清打印版,大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮,对书比较讲究的也可以买正版,也不过是一百多块钱而已!

二、生信基础知识,测序方面,在网络文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读,然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解,再看看陈巍学基因的讲解;数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC,还有一些也可以了解一些(uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO)同样也是网络文库自己搜索资料,但是这次需要自己去官网一个个页面点击看,一个个翻译成中文理解吃透;数据格式讲起了就多了,这个主要是在项目流程中慢慢学,或者你有机会去上课,不然你看来也是立马忘记的,主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等。

三、生信研究领域,各个领域主要是软件繁多,合起来常用的估计有上百个软件了,一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍,而且这也完全需要项目来训练,而不能仅仅是看看软件手册,但是研究领域最重要的是背后的原理,需要看各大牛的综述。

a) 生信基础软件(blast++套件,fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit)。

b) snp-calling相关软件(bwa,bowtie,samtools,GATK,VarScan.jar,annovar)。

c) 基因组相关软件(velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML)。

d) 转录组相关软件(trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go)。

四、生信应用领域,讲这一块其实已经脱离了生信菜鸟的解释范围了,主要是想说社会上为什么需要搞生信的人才,全是因为在肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗等领域有所应用,可以造福人类!这方面政策不确定,产业不定型,所以也这绝对是蓝海,但是也绝对不会有现成的资料直接培训人才,我们必须关注各种微信公众号,逛各种测序,医学相关论坛,紧跟业界精英的脚本,同时追着大牛的文献阅读,如此这般才能保住菜鸟的身份!

⑸ 如何自学生物信息学

先说一下自己吧,我硕士读的是细胞生物学,今年4月开始在boss要求下自学perl,打听了下,这本书不错,就买来开始看,等5月份去北京参加公司的培训班时,读了一遍,看了一部分。培训回来,我们的项目就开始做了,9月拿到所有原始数据和分析结果。然后,我对照着公司的分析报告,试着自己走一边分析流程,中间遇到问题,自己解决不了的,就发邮件求助。有几点需要注意:
1. 我能理解你想早些玩儿数据的愿望,但是在这之前,最好要有一个outline.需要知道数据从哪儿来的,怎么产生的?其实就是测序仪的工作原理。然后是数据质量检验,为什么需要数据过滤?接着是reads拼接和组装。总之,要对整个流程有一个认识,而后在学习的过程中,再不断回头对比这个流程,这样才不会有迷失的感觉。[这本书](BioInformatics for High Throughput Sequencing)推荐看一下。
2. 有了基础知识的铺垫,就可以尝试着自己做些练习了,paper上面都会给出他们的数据、原码地址,可以找来自己试试,先看看自己能不能做出一样的效果。当然,这时要是你手里正好有项目,那就更好了。
3. 学生物信息,paper肯定是要跟踪的。这两个网站可以经常看一下:
[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆盖生物信息有趣的论文, 算法,以及生物科学问题。这个网站还汇集了很多生物信息领域科学家的博客。再如BGI的主程罗瑞邦, SAMtools、BWA的作者Heng Li都有在这里出现。
[rna-seq Blog](RNA-Seq Blog) 推荐新的论文、工作、培训课程、大型会议等。
如果你是生物背景的,那么计算机方面的知识需要补一下:
- 需要能在linux环境下舒服的工作。比如从源码编译安装软件、PATH配置,再比如舒服地使用google找到问题的答案 :-)
- 学会使用python/perl。比如有的时候运行一个软件老是报错,可能就是因为在一个包含几十万行的文本文件里,有随机的那么几千行的末个位置,多一个冒号,[就像这里](using HTSeq | popucui), 这时候你知道需要怎么做了?
- 学会R。要从一大堆基因里面找出表达水平变化的基因来,需要统计分析和显着检验;而要把我们的数据更直观地展示出来,最好的方式就是图形了吧。这两个需要,R都能满足。当然matlab也是可以的,区别在于R是开源工具。
- 具备了上述技能,那么常用的软件就能用起来了。随着学习的深入,可能你的问题别人也没遇到过,这时候就需要自己动手,要么修改现成的工具,要么自己做一个出来。这时候,除了python/perl,或许还可以学学C/C++/java,或许需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。

⑹ 如何自学生物信息学

在生物信息的坑里面呆了好几年,发现生物信息的定义越来越模糊了,就像我刚入行的时候一个师兄对我说的那样,中关村卖电脑的如果卖给学生物的了,就说自己是做生物信息的。
同样,我现在在写一些软件,设计一些算法,也说自己是做生物信息的。
计算机系一些做体系结构和GPU编程的也会做一些生物信息的硬件加速算法,他们也说自己是做生物信息的,毕竟文章都发到了Bioinformatics杂志上了。
如果你想学生物信息中的算法设计,那恭喜你,加州大学圣地亚哥分校的一系列课程正合你的胃口,Coursera - Free Online Courses From Top Universities 。这些算法包括字符串算法,图论算法,随机化算法等等。
如果你对这个答案有什么疑问,请追问,
另外如果你觉得我的回答对你有所帮助,请千万别忘记采纳哟!

⑺ 如何从零开始掌握生物信息学分析

今天的世界大不同,表现在生命科学研究领域,就是一切都开始进入了大数据时代,无论是DNA序列,显微图片,还是质谱数据,研究人员都越来越需要对这些庞大的信息进行收集、整合、处理和诠释。

对于许多生物学家们来说,这并不容易完成,传统的科研培训方式主要集中于科学的基础原理和实验方法,而不是计算机编程和数据统计,因此当不少研究人员发现自己需要面对大量的数据量时,他们不知道如何处理这些问题。

目前其实也不乏现成的计算工具,而且不少都是免费的,但对于门外汉来说还是有些难。通常情况下研究人员还是需要深入了解这些界面并未友好的程序,才能运行,而这需要计算运行的深厚知识。

这就会导致研究人员在进行大数据研究的时候,不得不自己编写一些程序来进行可重复和得到证实的信息处理。然而这些过程也需要小心处理,一不留意犯错了,就有可能危及数据本身。

⑻ 请教如何学习生物信息学

首先得了解生物信息学做什么。推荐一本入门的书:《探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学》,这本书基本上把现在用到的生物信息的基本技术讲了一遍。
然后是学会如何应用现有的工具。现在有很多已经写好的工具,只要会看帮助文档,对于解决手头的工作是提供了相当大的帮助。
学习一门语言。python,perl,R,都可以,只要能够帮自己解决问题就好。

⑼ 如何自学生物信息学

本人自大三就开始做生物信息,现在即将读博士,希望我的经验可以帮助到你。
既然你是想做生物信息学,那么相关背景什么的会了解一些,我在这就不多说了。

首先,确定你自己的背景专业,现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业,都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学,不同的专业将来做生信区别会很大。当然,做什么方向和背景专业并没有绝对关系。
如果是生物学背景,那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话,主要学几下几点就好:
1、一门脚本语言,个人推荐Python(Perl也可以,各有利弊,Python更新兴一些)。
2、Linux系统。这个也不是百分百要求,但是专业的生信人,都是用Linux的,而且很多软件都是不支持Windows的。
3、常用的生物信息学数据库,这里列出几个,NCBI,Ensembl,EBI,GENEbank等等,这些数据库下面还分子数据库,像GEO,GWAS catalog等。当然,还有方向更细的,像miRBase(miRNA数据库)等。
4、R,这也是一种编程语言,但更加侧重结果的展示,实际上也就是画图。
5、常用生信分析软件,这个没必要专门去学,需要用到他们的时候再学也不晚,都是很简单的东西。
如果是计算机背景,那么以后的工作可能主要是算法分析,创造新的生信分析软件,做数据库等。需要自学的就是以上的那些,再加一门工程语言,C,C++,C#,Java都可以。

⑽ 如何自学生物信息学

自学一门课程一般来说是先弄到教材、练习册和试卷,条件允许的话再找视频教材

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