如何阅读生物信息学文献

❶ 生物信息学专业的知识技能

1．掌握普通生物学、生物化学、分子生物学、遗传学等基本知识和实验技能；
2．掌握计算机科学与技术基本知识和编程技能(包括计算机应用基础、Linux基础及应用、数据库系统原理、模式识别与预测、生物软件及数据库、Perl编程基础等)，具备较强的数学和统计学素养(高等数学I、II、生物统计学等)；
3．掌握生物信息学、基因组学、计算生物学、蛋白质组学、生物芯片原理与技术的基本理论和方法，初步具备综合运用分子生物学、计算机科学与技术、数学、统计学等知识和技能，解决生物信息学基本问题的能力；
4．掌握生物信息学资料的查询、文献检索及运用现代信息技术获得相关信息的基本方法，具有一定的实验设计、结果分析、撰写论文、参与学术交流的能力；
5．熟悉国家生物信息产业政策、知识产权及生物安全条例等有关政策和法规；
6．了解生物信息学的理论前沿、应用前景和最新发展动态；
7．具有较好的科学人文素养和较强的英语应用能力，具备较强的自学能力、创新能力和独立解决问题的能力；
8．具有良好的思想道德素质和文化素养，身心健康；
9．具有较好的科学素质、竞争意识、创新意识和合作精神。

❷ 自学生物信息学真的有效吗

从工科转到生物信息学来，讲一下自己的经历。首先得了解生物信息学做什么。推荐一本入门的书：《探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学》，这本书基本上把现在用到的生物信息的基本技术讲了一遍。然后是学会如何应用现有的工具。现在有很多已经写好的工具，只要会看帮助文档，对于解决手头的工作是提供了相当大的帮助。学习一门语言python,perl,R,都可以，只要能够帮自己解决问题就好。因为你是生物学出身，所以能够理解工具背后的含义。对于像我一样从工科转到生物信息方向的，需要好好了解生物学的意义。有助于更好的完成工作。国内的相关论坛确实不多，相应的帮助可以去查看工具和数据库的文献。

❸ 打算读生物信息学博士，怎样规划这几年的博士生涯

欢迎入坑！
根据正常人读博的经历来说（牛人不是我等常人可以想象的~~~），跟别的专业差别也不大。
前两年应该学习生物信息学的相关知识和阅读大量的文献（英文的），选定自己的研究领域，顺便自己试试写一个文章或总结，可以发表国外，也可以发表国内，中英文均可，
博二末或博三需要真正的写一些英文文章投出去，以及计划出国一到两年
如果顺利，博四文章都该出来了，恭喜你可以毕业了，如果不顺利，文章没出来，或者你还在国外，继续做你的课题研究，写出论文（文章已经够毕业了，就可以不发表，便于毕业工作之后使用）。
博五也该从国外回来了，写大论文吧，顺便等小论文出来，然后毕业
博六是最后一年，如果这个时候你还没毕业，就需要把你之前研究的东西全部投出去，不要在留了，保证毕业再说
博7还没毕业的话，要么你是在职的，要么你喜欢大学生活。。。。
还有可能 你被你的导师坑了~~~

❹ 如何自学生物信息学

一、计算机基础，需要看三本书，一步步的学会学通，不需要刻意去找哪个书，一般linux是鸟哥私房菜，perl是小骆驼咯，R是R in action，但是看一本书只能入门，真正想成为菜鸟，必须每个要看五本书以上！我云盘里面有这基本上的高清打印版，大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮，对书比较讲究的也可以买正版，也不过是一百多块钱而已！

二、生信基础知识，测序方面，在网络文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读，然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解，再看看陈巍学基因的讲解；数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC，还有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）同样也是网络文库自己搜索资料，但是这次需要自己去官网一个个页面点击看，一个个翻译成中文理解吃透；数据格式讲起了就多了，这个主要是在项目流程中慢慢学，或者你有机会去上课，不然你看来也是立马忘记的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等。

三、生信研究领域，各个领域主要是软件繁多，合起来常用的估计有上百个软件了，一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍，而且这也完全需要项目来训练，而不能仅仅是看看软件手册，但是研究领域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的综述。

a) 生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)。

b) snp-calling相关软件（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）。

c) 基因组相关软件（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）。

d) 转录组相关软件（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）。

四、生信应用领域，讲这一块其实已经脱离了生信菜鸟的解释范围了，主要是想说社会上为什么需要搞生信的人才，全是因为在肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗等领域有所应用，可以造福人类！这方面政策不确定，产业不定型，所以也这绝对是蓝海，但是也绝对不会有现成的资料直接培训人才，我们必须关注各种微信公众号，逛各种测序，医学相关论坛，紧跟业界精英的脚本，同时追着大牛的文献阅读，如此这般才能保住菜鸟的身份！

❺ 生物信息学 NCBI的使用

在生物医学信息学领域，数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同，如果要问NCBI过去，现在或将来会有多少数据库，恐怕连NCBI自己都说不清楚。要是一个一个数据库讲下来，9999个字肯定不够用。这里有一个列表供您参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。

NCBI的产生和发展是在美国和全球生物学高速发展，高通量数据急速产生，而缺乏有效的数据分析方法的背景下产生，起初它主要任务是数据的存储和查询。只不过其存储的数据大多以高通量数据为主，例如基因测序，基因组，SNP, 基因芯片,小分子化合物和GWAS数据等。这些数据的共享，极大地促进了生物信息学发展。

按照数据->样式->知识->智慧的发展模式，NCBI主要起到了一个为生物学家提供数据的角色。不过，NCBI目前也不断地在调整自己的角色。例如，生物医学文献。NCBI在从NLM继承过来的pubmed的基础，提供以PMC数据库为核心的全文文献服务。PubMed数据库应该是全球生物学家使用频率最高的数据库。NCBI最近对pubmed的改版，虽然没有实质性的改变，但其按照用户体验进行的修改，足见其对该数据库的重视。

另外，NCBI目前不断地在引入高学历生物学人才对其数据库的质量进行控制。以dbSNP为例，其正在通过与领域专家的合作将突变数据与人类表型数据进行关联。

总得来讲，NCBI的发展是与生物学高通量数据产生密切相关，它以经不在局限于提供数据存储与查询，其未来的发展必将发展为一个大型的、综合的知识库。到那时NCBI会不会免费，就要另当别论了。很显然没有人会将自己的手稿拱手让人。如果真有那么一天，不知道从中会产生多少专利和知识产权。

❻ 如何学好生物信息学大家有什么建议

最好要有一个outline.需要知道数据从哪儿来的，怎么产生的?其实就是测序仪的工作原理。然后是数据质量检验，为什么需要数据过滤?接着是reads拼接和组装。总之，要对整个流程有一个认识，而后在学习的过程中，再不断回头对比这个流程，这样才不会有迷失的感觉。有了基础知识的铺垫，就可以尝试着自己做些练习了，paper上面都会给出他们的数据、原码地址，可以找来自己试试，先看看自己能不能做出一样的效果。当然，这时要是你手里正好有项目，那就更好了。学生物信息，paper肯定是要跟踪的。

❼ 如何系统的学习生物信息学

生物信息学，是一门综合学科。涉及到数学，生物学和计算机的内容。但在我看来，计算机的基础需要，但要求不是很高，关键是要有很好的生物学知识，包括遗传学的、生物化学的、发育生物学的、分子生物学的、植物生理学的知识等等，也就说需要达到这样的一个要求：在进行数据分析时，能对各种分析结果进行生物学的评价，并给出最优的分析策略。同时也应该有纯熟的数理基础，包括统计学的、拓扑学的，这样才能把待分析的问题转换成可计算的模型，最后能给出实现的程序。
从个人来说，因为生物信息学是一个非常大的领域，所以，关键是要确定自己的研究方向。比如，以关联分析为方向的生物信息学，那么就要掌握好各种关联分析的统计分析方法，有很强的数据管理能力，足够好的序列分析能力（这是进行variation查找和分析的基础）。
回到6年以前，如果决定在生物信息学上发展，那么我也许会做下面这些事情：
首先，从最不重要的计算机这个方面来说：
（1）要掌握好bash等脚本语言，一般的linux问题都能很好的解决
（2）熟练使用apache，mysql等基础软件工具，用joomla等CMS配置搭建网站
（3）应该努力精通perl，bioperl，以基于此的各种分析工具，比如gbrowser，cmap等
（4）足够好的c/c++语言能力，这是实现新算法的最高效语言。
（5）应该努力精通R语言，这是进行统计分析的基础工具
（6）如果有机会，学学erlang这样一些函数式语言吧
其次，从数学基础来说，我觉得应该：
（1）学好线性代数
（2）学好高等数学，或者数学分析
（3）学好统计学
（4）学好离散数学
（5）学好计算机算法和数据结构
其次，从生物学来说：
（1）如果没有进化论的基层，请把进化论学好
（2）学好发育生物学，植物生理学
（3）学好基因组学、遗传学等
千万不要认为这些没有什么用，当你在数据分析，怎么判断结果的合理性，或者对结果进行解释时候，都离不开这些生物学问题。最后，你对这些问题的理解成度，决定了你的生物信息学水平：只是一个有生物学知识的、会进行计算机操作的技术员，还是一个能给出解决方案的有良好计算机基础的能把握生物学问题的生物信息学家。
最后，从生物信息学的角度来说：
（1）对NCBI等各大数据库非常熟悉
（2）对各种生物学信息学的分析方法和策略非常的清楚，至少应该知道有那些工具软件，以及这些工具软件的原理和基于的生物学基础，包括：基因组学分析，表达谱分析，代谢组分析、调控网络分析、数据结果的整合展示等
最后，生物信息学是一个发展很快的学科，但因起涉及的内容比较多，因此，要想到底一定的要求，是需要付出巨大的努力的。此外，在进行生物信息学学习的过程中，对自己感兴趣的方法工具，一定要把文献上的数据拿来，自己独立分析一遍，自己去体会分析的过程，从而对这些方法和工具有更深入的理解。

❽ 生物信息学分析 如何翻

专业分析是：bioinformatics analysis；一楼的是直译，不是很好，一般文献中都用bioinformatics analysis

❾ 如何自学生物信息学

无论自学什么，都要从一本最基础的，比较权威的教材入手，要是没有教材的话，先从一些大牛的文献综述开始了解，再从硕士博士论文一步步深入，还有就是看看网上有没有课程，比如爱课程，还可以去网盘搜搜试试看。望采纳

❿ 生物信息学的研究方法及内容

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文档介绍：生物信息学 生物信息学 说文解字：生物 + 信息 + 学 (bioinformatics) biology + information + theory 广义 应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程中信息的存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。 狭义 应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。 生命信息系统 生物所处的时空系统 物质系统，信息传递与控制，能量 相关学科图示 广义概念图示 狭义概念图示 总结：生物信息学 生物信息学(Bioinformatics) 是一门新兴的交叉学科，是生命科学领域中的新兴学科，面对人类基因组计划等各种项目所产生的庞大的分子生物学信息，生物信息学的重要性将越来越突出，它将会为生命科学的研究带来革命性的变革。 生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。 生物信息学是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一，其研究重点主要体现在基因组学(Genomics)和蛋白组学(Proteomics) 。 生物学基础速递 细胞(分子水平) 个体生命 生命之树 生命的分子基础 细胞/分子水平 DNA/RNA 蛋白质 糖 脂类 DNA结构和碱基互补原理 中心法则 生物信息学的历史 从人类基因组计划（HGP）说起 生物信息学的发展历史 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列着 名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机 构和生物信息数据库 20世纪90年代后