1. 多个启动子元件的比较应该用什么软件
②上游启动子元件(upstreampromoterelements)包括通常位于-70bp附近的CAAT盒和GC盒、以及距转录起始点更远的上游元件.这些元件与相应的蛋白因子结合能提高或改变转录效率.不同基因具有不同的上游启动子元件组成,其位置也不相同,就使得不同的基因表达分别有不同的调控.
2. 如何分析某基因启动子区域的结合蛋白用何软件或者网站分析
双荧光检测~1、将基因的启动子区域克隆至pGL系列质粒上
3. 有谁知道有没有一个启动子预测软件，可以预测一个基因的启动子序列上的转录因子结合位点
软件不知道 网站倒是有 你去google搜tfscan或者tfsearch 就是去ncbi把一个基因的上游1，2K bp的序列输进去 就会找出来的 不过都是预测的 而且不能确定是促进还是抑制
4. 对环境样品中的微生物进行PCR克隆测序后，用什么软件比较序列划分OTU
clastal，treeview等等
5. 识图软件有关微生物的
微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保等诸多领域。在中国大陆地区的教科书中，均将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等。还有微生物是一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”，但是它的生存必须依赖于活细胞。
6. 用手机下载哪个软件看微生物
您可以下载一个应用宝，应用宝里有
一个北京生物工程平台的软件，通过这
个软件您是可以了解好多为生物的，类似
的软件应用宝里还是有好多的，建议您
自己下载自己看一下，应用宝里的软件
都是官方认证的，无毒，所以您用着
也可以放心些，望采纳谢谢。
7. 什么软件或网站可以分析启动子
可以下载GENSCAN、Promoter和Dragon Promoter Finder软件，这些软件专门用于预测启动子区域，核心启动子一般指TATA盒和起始子。
8. 如何进行基因序列分析，有什么软件吗
你去ncbi吧，上面可以进行DNA序列的分析，我们一般分析启动子上又什么元件啊之类的都在上面，不过你可能需要让他人教一下才会用的。
9. 基因组分析软件
楼主的基因组序列是真核还是原核的？真核和原核的分析软件不一样：
glimmer 预测系统先用 build-icm 程序对该物种已知的基因序列生成一个马尔可夫模型参数集合，glimmer2 再应用这个参数集对 DNA 序列进行基因预测。此软件适合对原核生物进行预测；http://www.cbcb.umd.e/software/glimmer/glimmer302.tar.gz
GlimmerM 是 TIGR 开发的用于真核生物基因预测的软件。该 软 件 包 可 以 从 TIGR 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
ftp://ftp.tigr.org/pub/software/GlimmerM/
GenScan 是由美国麻省理工大学的 Burge 和 Karlin 于 1997 年开发的，基于广义隐马尔可夫模型的人类及脊椎动物基因预测软件。它不依赖于已有的蛋白库，是一种"从头预测"的软件。目前还开发了适用于果蝇、拟南芥和玉米的专用版本，对于其他物种可以先采用相近的物种版本来预测。 总体来说，对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子，外显子的准确性高于 polyA 或启动子。该 软 件 的 可 执 行 版 本 可 以 从 Burge 实 验 室 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
http://genes.mit.e/GENSCAN.html
还有很多我就不一一列举了，要熟练使用这些软件，要需要多多训练，祝好
10. 列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。
二、结果：
输出序列长度918bp，
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：。
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（view gel），要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。
进入google首页，搜索NEBcutter 2.0，进入主页，选择linear，运行！选择custom digest， ，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。View gel。选择1.4% agarose和Marker为100bp。
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019