‘壹’ 16sRNA怎样鉴定细菌
16s rRNA长度为1.5k多，作为菌种鉴定一般选择相似度97%的标准，相似度超过97%一般定义为同一种菌。
如果是sanger测序获得16s全长的都可以鉴定到种，甚至能区分亚种。有些细菌并不只有1个16s序列，会包含有1-15拷贝的16s序列，所以单一的16s序列鉴定可能会出现偏差。
利用高通量如454或miseq测序一般由于读长的缘故，通常只有300-500多个碱基被测序，所以在物种鉴定上一般比较可靠的是能分类到属，部分能分类到种。
根据我们的经验，不同的样品会有大约10-50的菌能分类到种。利用新的分析方法，我们现在也可以利用16s rRNA的群落多样性高通测序数据进行亚种级别的分析。主要是利用16s中共同变化的SNP位点进行分型。这样可以大大提高菌种的分类精度，尤其是在有些菌株之间表型差异巨大的时候。
‘贰’ 16s能测死菌吗
能。
16s需要提取到DNA后进行聚合酶链式反应扩增16秒之后进行测序，即使是死菌也可以只要是纯度足够，便可以进行检测。
‘叁’ 微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组
一、16SrRNA
16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码 rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管变异性再高，对于某些物种来说，这些高变区也可能十分相近，而能够区分它们的特异性序列片段有可能不在我们的扩增区域内。换言之，非全长的可变区序列覆盖范围不够导至无法鉴定到种。
目前来说，16S比较可靠的是用来做菌群的群落分析，物种的组成，多样性分析等，但是由于16S测序本身的性质，想要注释到种水平目前准确性还有待商榷。由于16s是以菌为主体进行研究，想要研究具体的功能目前来说还比较困难。
2、宏基因组
宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能，特定环境相关的代谢通路等分析，从而进一步发掘和研究具有应用价值的基因及环境中微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。构建的环境微生物基因集，可为环境中微生物的研究、开发和利用提供基因资源库。
宏基因组测序又能做什么分析呢，首先16s能做的宏基因组都能做，有些还能做的更好，比如宏基因组就可以准确的在种水平上进行相应的注释。除此之外，由于宏基因组可以组装到比对到基因上，那么就可以基于基因水平进行更多的分析，如GO，KEGG功能分析，代谢相关关联分析，疾病关联分析等。对于菌群在疾病的发生发展的解释会更加的细致具体。
如果你有一些临床样本（口腔，鼻腔或粪便等），想了解研究菌群与疾病的关联，那么我们该选16S测序还是宏基因组测序呢？ 首先就是研究经费得够，目前来说16S一个只要几百块钱，但是宏基因组测序一个样本需要3、4千，如果经费不够那就选择16S啦。其次和我们的研究目标是密切相关的，假设我们研究的是疾病与对照组间菌群直接的差异，那么16S测序完全够用，而且目前来说除了种水平外，其它的多个水平同样的样本16s注释的物种会更加丰富。当然如果需要研究关键的功能和基因，那么直接选择宏基因组测序即可。
‘肆’ 为什么16S可以鉴定细菌的原理
一般我们pCR 16S 送去测序，根据16S DNA序列鉴定细菌的属。
为什么16S可以鉴定细菌的种。
01 逐级了解定义
RNA分为：mRNA 、核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）、其他类型RNA。
核糖体：是细胞器的一种，是翻译进行的场所。为直径25-30nm不规则颗粒状，有大小亚基。
由核糖体RNA和具有各种功能的大量蛋白质组成。
核糖体很大很难估计他们的分子质量，所以通常用S（沉降系数）值来衡量大小。
什么是S（沉降系数），怎么理解它的数值？
真核和原核核糖体rRNA
为什么核糖体的沉降系数不等于大亚基和小亚基之和
02 16S rDNA 鉴定
16S rDNA 是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列。存在于所有细菌染色体基因中。
16S rDNA 鉴定是指利用细菌16S rDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。
rRNA是 rDNA 的转录产物，是构成核糖体的重要组成部分。16S rRNA是其中一个组件。
一般所分析对象都是16S rDNA ，因为DNA提取容易，也比较稳定。
03 选16S rDNA鉴定原因
未完待续。。。。
‘伍’ 微生物16S测序数据分析思路解读
文章摘录： https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control&dist_request_id=1328680.10001.16161359172342727&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog--1.control
16S rRNA基因测序（也称16S rDNA测序）是最常用的菌群多样性分析的手段。对于新手，如果收到一份不讲“人话”的16S测序分析报告，很快就会被各种生态学术语、各种指数、各种分析方法弄晕。
7个问题串起16S测序的核心结果
怎么办？用你的研究逻辑来梳理16S测序数据（图1）。
简单地说，做16S测序是为了鉴定样本中的微生物（细菌）群组成，找微生物群与疾病或表型的相关性。
详细地说，
1）首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度（对应于菌群鉴定和α多样性分析）；
2）接着想看不同样本组间微生物群组成是否存在差异（对应于β多样性分析）；
3）如果是，那么就有必要找出引起不同组样本微生物群差异的关键菌。如果不是，那说明微生物群比如肠道菌群与疾病或表型可能并不相关（基于已有的研究，这种可能性比较小）；
4）找到了关键菌，在临床上，很自然会想到，这些（个）关键菌是否可以作为Biomarker（对应于疾病诊断模型构建），比如用于区分糖尿病前期患者与健康组的标志物；
5）以及这些（个）菌是否与临床指标具有相关性（对应于菌群与临床指标的相关性分析）；也会进一步想到，既然不同组的微生物群落存在差异，又与疾病具有相关性，
6）那么这些菌群是如何影响宿主的，可能参与了哪些代谢途径（对应于菌群基因功能预测）；
7）这些预测到的菌群功能是否与疾病有关，通常是肯定的。最后把这些结果整合起来分析，可以初步得出菌群组成的变化是如何与疾病或表型相关的。
顺着上述7个生物学问题来看16S测序结果，你会轻松拨开迷雾，直达核心结果。
‘陆’ 微生物鉴定的16种生理生化实验有哪些
微生物鉴定没有16种生理生化实验这种说法吧
我猜测你可能是把16S rRNA序列 和26项生化性状这两个项目记混了
rRNA序列的话，通常鉴定细菌用16s，鉴定真菌等真核生物用的是18s