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微生物测序结果在什么网站比对

发布时间:2023-02-16 11:25:40

㈠ 测序出来的序列,在NCBI网站上比对相似度,寻找相似度100%或99%的是为了分析什么

找到你测的序列是什么物种,如果是100%,说明你测的这个物种就是你在NCBI上找到的这个。

㈡ 测序得到基因序列后如何分析呢 都需要用什么软件啊 新手 拜托高人指点下 什么都不会 求死啊!!

测序得到基因序列后一般都需要进行序列比对,看和目的序列的差异情况,常用的软件有DNAman,还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对,推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。

不用担心,多熟悉几遍就可以操作了,很简单的,要对自己有信心,加油!

㈢ 如何用分子生物学的方法鉴定微生物

可以用16s rDNA的通用引物,对细菌的16s rDNA进行PCR, 然后测序,得到序列片段之后,在GenBank或者其他的数据网站进行比对,就可以得出微生物的种属。

㈣ 16srRNA的测序结果怎么分析啊谢谢!!!!!

原核生物的30S核糖体亚基中含有16S rRNA.16S rRNA的相对分子质量约为0.6 MDa,长度约为1540 nt.在30S核糖体亚基组装过程中,16S rRNA与其核糖体蛋白质S4、S7、S8、S15、S17和S20结合先行成初级复合物.
16S rRNA约有一半的核苷酸形成链内碱基对,使其具有约60个螺旋;分子中未配对部分则形成突环.在浓度足够的Mg2+存在下分离得到的16S rRNA处于紧密状态,与30S核糖体亚基的结构相似.已发现16S rRNA中的一些序列与蛋白质合成时30S核糖体亚基、mRNA及一些翻译因子的结合有关.核糖体16S rRNA的3'端能识别待翻译mRNA的5'端的夏因-达尔加诺序列,起始翻译.另有研究表明,16S rRNA也能与进入核糖体P位点的tRNA相互作用.
16S rRNA作为研究分类学和系统进化的分子受到很大重视,16S rRNA序列分析是当前对细菌进行分类学研究中较精确的一种技术.随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用,对16S rRNA作为微生物分类依据的研究也逐渐发展起来并已得到广泛认同.
位于原核生物70S核糖体A位点的16S rRNA部分的是氨基糖苷类抗生素的作用靶位,该类抗生素通过与16S rRNA的A位点结合而阻碍原核翻译.但由质粒介导的16S rRNA甲基化酶能将16S rRNA甲基化,从而导致细菌产生对该类抗生素较高的抗药性.

㈤ 我有一个细菌测序结果可是不会比对,有哪位前辈可以指教一下

网页上输入NCBI BLAST进入主页后黏贴你的序列,选择blastn表示核酸比对,blastx表示氨基酸比对,确定就有比对结果了

㈥ 基因测序结果怎么看

问题一:测序结果怎么分析 测序结果的分析
测序都是从5端进行的,正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序,通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。生工测序结果一般都提供两个文档,一个是TEXT的序列文档,一个是用Chromas软件打开的ABI文档。

1.寻找引物

blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比对,去除引物序列,找到目的片段。
在DNAMan上进行比对,看引物能不能比对上(一个不变,一个反向互补),如果比不上,那可能就不是你要的序列,如果能比上,上游以引物第一个为分界线,去除前面的;下有一最后一个为分界线,去除后面的,剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK了。

批注:PCR产物进行测序的结果可能不包含引物序列

2.将找到的对应目的片段转成*.txt格式

3.下载BioEdit软件

第一:打开Bioedit软件,导入拼接好的样品序列与标准亚型参考序列
File New Alignment Sequence New Sequence 导入拼接好的样品序列和标准参考序列(从TEXT文档利用复制粘贴工具) Apply and close 保存结果 关闭窗口

第二:点击菜单栏上按钮 Accessory Application ,选择 Clustalw Multiple Alignment

File Open Accessory Application Clustalw Multiple Alignment

第三:比对结束后,删除比对序列两端的多余序列,使所有序列等长

选择需要编辑的序列 Sequence Edit Sequence 进行序列的编辑 保存修改后结果

第四:选择 Sequence 菜单下的 Gaps ,点击 Lock Gaps

第五:将比对后的序列保存为Fasta 格式文档

4.下载MAGE4.0软件

1) 打开MEGA软件,选择 File 菜单栏中的 Convert To MEGA Format ,把序列文件的格式转换为meg文档保存;
2) 双击序列的meg文档,选择 Nucleotide Sequences ,点击 OK ;
3) 程序运行中询问是否为蛋白编码序列,选择 NO ;
4) 在MEGA操作界面选择 Phylogeny 菜单栏下 Bootstrap Test of Phylogeny 中的 Neibour-Joining ;
5) 选择 Test of Phylogeny 栏中的 Bootsrap , Replications 设定为1 000;在 Options Summary 栏中的 Model 项中,设定参数为 Kimura 2-Paramete r,最后选择 pute ;
6) 将分析结果采用Los Alamos HIV序列库提供的HIV-BLAST和Subtyping工具进行验证。...>>

问题二:dna测序结果分析怎么看进化图 如果是用Sanger测序的话,电泳得到的条带是模板连的互补链,电泳的方向是有3‘段到5’段的,那么从下往上读,就可以的出互补链,根据反向平行,就可以推倒出模板连的碱基序列。

问题三:怎样分析基因测序结果 1.假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方.比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行.
2.如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方.

问题四:细菌基因组重测序结果分析报告怎么看 测序只是最基础的,接下来你要做功能基因分析,查找确定哪一些是编码基因的序列,然后做表达检测。。 如果你事先知道自己的目的基因序列,测序结束后,应该可以直接找到。

问题五:高通量基因测序检验报告单怎么看 哪个公司出的,可拨打他们的客服电话。从业人员素质普遍较高,可以很详细解答您的疑问。

问题六:如何看测序的结果与预期相差很大 先注意染色体与基因的关系,一条染色体有多个基因。
所以基因结构变异(碱基对增、减、变)导致一个基因变。染色体结构变异,导致多个基因的重复,缺失,排列顺序的改变等。所以基因突变是某一性状改变,而染色体变异是某一系列性状的改变。

㈦ 第二代高通量测序都有哪些平台

Illumina公司的Solexa测序平台,目前主流的型号的HiSeq-2500,以及Hiseq-2000,数据通量在每张Flow cell 300G数据,每次最多可以上2张Flow cell,单张Flow cell运行时间大约在11天左右。读长通常是100BP,据说近期有了长度上的突破。还有一个型号是MiSeq,该机器运行通量较小,但是读长大约在150BP以上,常用于微生物检测,而且该型号获得FDA认证,可以进行临床样本的检测。Solexa的错误类型主要是颠换。
罗氏454平台,主要特点是测序长度很长,目前大于1K的测序没有什么难度了,比较适合基因组测序,用于搭建基因组框架,也常用于微生物基因组测序。该平台主要的错误类型是插入缺失。
ABI的SoLID平台,听说该平台不在维护了,故而不再描述。
Life的Ion torrent平台,目前主要有2种型号,较早的一个型号是PGM,该测序仪原理类似于454测序,与454不同的是,454是化学反应发光进行检测,而PGM是半导体测序,检测H离子,如果发生了碱基互补配对,那么高能磷酸键就会释放H离子,导致电位变化,从而根据已知加入的碱基,就可以判断待测序列是否与已知加入的碱基发生互补,从而达到测序目的,测序长度可以达到400BP,主要用于微生物的检测,错误类型也是插入缺失错误。最新的型号是IonProton,该机器与PGM测序原理一致,但是测序通量由PGM的1G数据上升至10G数据,测序精度也较PGM有大幅度提升,测序时间大约是1天。
PacBio的单分子三代测序,该测序仪最大的特点就是测序长度比454更长,更加有利于基因组的拼接工作,有些较小的微生物可以直接将基因组测通成环状。

㈧ 基因测序结果的图怎么看

你是Sanger测序还是二代测序?Sanger测序的话一般公司都会给你两个文件,一个是峰图的文件,还有个能用文本文档打开的文件,里边是测序得到的序列,峰图可以用软件打开,比如Chromas Lite是一个免费软件,网上就能下到。若是二代测序的话就需要生物信息学的人给处理下才能看了
1. 假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行。
2. 如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方。

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