❶ 5月week2: 单细胞测序技术将彻底改变整个生物科学
Single-cell sequencing-based technologies will revolutionize whole-organism science
全文链接： https://www.nature.com/articles/nrg3542
生物体有成千上万种细胞类型，有多种方法可以从生物体组织中分离出单个的细胞。（主要分为随机和靶向分离两种）
从实体组织中分离单个细胞关键两步：
第一步，（单个细胞）通常是用酶解的方式把离体或者活体分解成单个的细胞；
第二步，单个的细胞必须在单个的反应器中进行裂解和进一步的分析。
四种方式获得单个细胞及其优缺点（Table 1）：
显微操纵（精密控制）（micromanipulation）
荧光激活的流式分选：flow sorting using fluorescence-activated cell sorting (FACS)
激光捕获显微切割（Laser Capture Microdissection，LCM）
http://www.tj3zx.cn/system/2016/06/27/012259863.shtml
微流体技术（microfluidic device）
最初，人们认为同一个个体不同的细胞具有完全相同的基因组的观点证明是错误的。体细胞分裂时DNA的复制不可能绝对精确无误-引起体细胞突变。体细胞突变从受精卵阶段开始积累，这些突变具有很高的几率赋予我们身体中的每个细胞具有独特的基因组特征。体细胞独特的基因组信号可以构建精度很高的细胞谱系。人类生物学和医学中尚未解决的核心问题实际上是关于人类细胞谱系树的问题：它在发育，生长，更新，衰老和疾病中的结构，动力学和变异性。完全了解每个细胞中积累的独特体细胞突变将允许我们以极高的精度重建细胞谱系树。
Cell lineage reconstruction of cancer will elucidate its development.
细胞谱系重建癌症将阐明其发展。癌症患者通常不会死于肿瘤的发生，而是死于癌症转移。然而，尽管进行了数十年的研究，关于转移灶起源于何处的关键问题尚未得到彻底的阐述（图2）。转移癌细胞的来源癌症病灶中的任何一个细胞还是来自于不肿瘤亚克隆？或是来自于肿瘤干细胞？或者是转移来自肿瘤细胞和正常移动的巨噬细胞融合形成的杂合体？化疗后癌症复发余或码的原因，可能是普通肿瘤细胞随机逃避化疗引起的？癌细胞谱系对解答这些问题至关重要。
早期的实验分析了每个细胞中的几个关键标记。在最近的一个例子中，通过荧光原位杂交（FISH）测定单个细胞中多达8个染色体畸变及其组合的发生率，来研究了急性淋巴母细胞白血病的异质性和肿瘤起源。这使得在癌症进展过程中可以分析亚克隆结构。最近，使用数百个单核的测序产生个体乳腺癌细胞的近似拷贝数分布，从而重建肿瘤群体结构团隐和进化历史。在另一项研究中，对患有骨髓增生性肿瘤的患者的全外显子组进行单细胞测序，以重建肿瘤祖细胞并识别出候选驱动突变。
使用二代测序构建的体细胞突变谱系示踪，已经在体内大量细胞群体中得到了证实，但对于单个细胞尚无报道。且bulk测序不能显示，关于突变或畸变的不同组合的准确信息，解决此类问题有待构建癌细胞的单细胞谱系分析
虽然，现在对细胞群体的DNA进行测序已经变得很容易，但对来自单细胞的DNA进行测序仍然是一个挑战。尽管最近通量有所提高，获得足够深度的多个单细胞测序分析的成本仍然很高，这已经成为限制大规模应用单细胞基因组学，转录组学和表观基因组竖哪学的阻力。
单细胞转录组学
The molecular state of cell populations
细胞群的分子状态
给定异质细胞群，测量关键因子的平均值，例如基因型，RNA输出或目标基因座的表观遗传状态，仅提供系统状态的部分表征。不幸的是，用于量化细胞群的分子状态的大多数方法，从转录分析到蛋白质组学，是基于通过平均单个细胞的信号来估计数百万个细胞的集合中的平均行为。例如，不可能基于微阵列或RNA测序（RNA-seq）数据确定基因表达的细胞间差异，或确定信号蛋白的中间水平是否是双峰或均匀种群内的结果。基于标准蛋白质组学的分布。超越基于平均值的细胞群表征需要在不同尺度上平衡采样细胞的数量和功能覆盖的完整性（表2）。
单细胞转录组的应用
单细胞转录组学的应用。单细胞转录组学的一个主要应用是分析稀有细胞类型。例如，可以从患者血液中获得循环肿瘤细胞，但是通常每个血液样品仅分离少量细胞，并且这些细胞通常会被更多数量的正常细胞污染。单细胞RNA-seq可用于区分这些细胞类型，同时从肿瘤中获得表达数据。类似地，根据定义，早期人类胚胎仅包含稀有细胞类型，其仅存在于瞬时。关于早期发展的关键问题可以使用转录组学来解决。在这种情况下，转录组学具有能够使用序列多态性（例如，SNP）来区分衍生自两个亲本基因组中的每一个的转录物的优点。另一个将从单细胞转录组学中获益的领域是成体干细胞的研究，这种干细胞通常很少见，有时只是短暂存在，并且可以与其他细胞类型混合。然而，通过使用单细胞RNA-seq，可以简单地通过从组织中取无偏倚的细胞样品来广泛地采样每种细胞类型。单个细胞的大小，形态，发育起源和功能特性差别很大。然而，尽管在某些特定情况下取得了进展，但我们目前对细胞类型，其起源，进化和多样性的理解程度。
单细胞转录组学之路
通往单细胞转录组学的道路。尽管单分子DNA72,73,74和RNA92测序取得了进展，但尚不可能直接从单细胞中测序RNA。目前，RNA需要转化为cDNA并进行扩增，这必须以最小的损失实现，并且不会引入太多的定量偏差。
在单细胞转录组实验中存在几种噪声源。全局（即，影响细胞中RNA的总量）和局部（例如由于共调节或大规模染色质修饰）存在生物学波动。还存在技术噪音，例如由于移液误差，温度差异，测序深度的差异，PCR扩增偏差和逆转录效率的差异。重要的是要认识到单细胞转录组分析也是单分子分析，因为许多基因仅在每个细胞的少数mRNA分子中表达。
单细胞表观组和蛋白组
显然，细胞的基因组和转录组仅捕获其部分状态，并且细胞的大部分功能由其表观基因组和蛋白质组决定，这增加了群体中细胞的多样性。单细胞转录组学的另一个应用领域是转录波动的表征。 RNA含量的动态变化与循环过程相关，例如细胞分裂和昼夜节律的细胞周期。其他波动是随机的，反映了转录是由许多概率步骤组成的离散过程的事实。通过细胞分裂时细胞内容的不均匀分配引入了进一步的异质性。大量单细胞的直接转录组分析应该开启对未受干扰的细胞群中振荡和随机调节过程的研究。在假定相同的细胞群中，可以鉴定多组共同调节的基因。每组必须是功能过程的一部分，例如振荡器或随机过程。
单细胞是生命的基本单位。因此，单细胞分析不仅仅是更进一步地迈向更敏感检测，而且是对生物学更基本原理理解质的飞跃。在这里，我们描述了基于单细胞测序分析的最新进展。这些进展包括单个细胞的基因组和转录组测序，我们预测很快就可以在数千甚至数百万个细胞中的核酸完成全基因组测序。此外，我们也描述了如何将细胞现象转换为基于DNA序列的读数。例如，可以通过ChIP-seq将诸如组蛋白修饰的表观基因组标记转化为DNA信号。类似地，蛋白质修饰和相互作用可通过邻近连接测定法转化为DNA信号。
DNA测序的海量信息及其不断增长的势头，意味着许多不同的细胞现象可转化为DNA读出。这种融合的结果应该允许多种模态的综合测量。这种整合的可行性已经在基因组学和转录组学分析中得到证实，并且同时分析单细胞中的DNA，RNA和蛋白质可用于定量描述分子生物学的中心法则。尽管单细胞分析方法正在快速发展，但在单细胞整合分析中同时分析多种特性仍待开发。细胞特性之间的生化差异导致分析它们的方法需要改变。并有待开发通用性的单细胞多特性分析测量。这种整合单细胞遗传，表观遗传，转录和蛋白质组学的分析方法（图1），将允许构建多个分子标记之间的关系，无偏见的识别复杂细胞群结构，直接或间接表征其之间的因果关系。开发复杂的单细胞遗传分析方法可以更好地理解这些细胞特性，并重新定义“细胞类型”的概念。这种整合的可行性已经在基因组学和转录组学分析中得到证实。
最后，在发育过程中单个细胞的突变的积累，可以用于推断每个细胞的祖细胞。虽然细胞命运图描述了特定状态下细胞的下一潜在状态，但并不能获得它们的精确谱系关系。相比之下，使用体细胞突变重建细胞谱系树，不但能获得细胞间的谱系关系，还可以提供它们祖细胞的状态信息。我们预计，对单细胞进行的综合分析将为推动小鼠和人类等高等生物研究发展提供动力。如果采样细胞的状态 - 由它们的转录组和表观基因组决定，并且可由它们的蛋白质组进一步增强 - 构成重建细胞谱系树的叶子，那么可以精确的知道，其祖细胞的状态；由谱系树内部节点可以形式化为数学模型。这将允许扩展重建范围来描述其状态改变的动态，并将细胞谱系树与细胞命运整合在一起。
高等生物的细胞谱系树可以回答人类生物学与医学中的许多开放性问题，并且有可能将医学转变为个性化的诊断和治疗。大约十年前，就有人提出，单细胞基因组学的发展可能会开启“人类细胞谱系项目”，并以重建整个人类细胞谱系树为目的。我们相信，对单细胞测序技术的回顾和发展将是我们更接近使实现这一目标，并将彻底改变整个有机体科学。
❷ 克隆技术对人类历史的发展有什么影响
克隆技术即无性繁殖技术。通常的有性生殖是由雌雄交配，精子和卵子结合发育成胚胎，经妊娠后产出新的个体。克隆技术不需要雌雄交配，不需要精子和卵子的结合，只需从动物身上提取一个单细胞，用人工的方法将其培养成胚胎，再将胚胎植入雌性动物体内，就可孕育出新的个体。这种以单细胞培养出来的克隆动物，具有与单细胞供体完全相同的特征，是单细胞供体的“复制品”。英国英格兰科学家和美国俄勒冈科学家先后培养出了“克隆羊”和“克隆猴”。克隆技术的成功，被人们称为“历史性的事件，科学的创举”。有人甚至认为，克隆技术可以同当年原子弹的问世相提并论。
克隆技术可以用来生产“克隆人”，可以用来“复制”人，因而引起了全世界的广泛关注。对人类来说，克隆技术是悲是喜，是祸是福？唯物辩证法认为，世界上的任何事物都是矛盾的统一体，都是一分为二的。克隆技术也是这样。如果克隆技术被用于“复制”像希特勒之类的战争狂人，那会给人类社会带来什么呢？即使是用于“复制”普通的人，也会带来一系列的伦理道德问题。如果把克隆技术应用于畜牧业生产，将会使优良牲畜品种的培育与繁殖发生根本性的变革。若将克隆技术用于基因治疗的研究，就极有可能攻克那些危及人类生命健康的癌症、艾滋病等顽疾。克隆技术犹如原子能技术，是一把双刃剑，剑柄掌握在人类弯山手中。人类应该采取联合行动，避免“克隆人”的出现，使克隆技术造福于人类社会。
英国科学家培育出克隆羊“多莉”，震撼了世界。但是，科学家对克隆技术的认识远没有完结。他们普遍认为，克隆技术还存在很大风险。截止目前，已有越来越多的证据表明，克隆健康的动物远比想象的更为困难。这不能不令人担心动物克隆技术的安全性问题。
3月25日美国各大媒体援引科学家的话说，现有克隆动物技术已经出现许多严重问题，包括克隆动物发育迟缓、心肺存在缺陷、免疫系统功能不健全等。一些从事动物克隆技术研究的专家以及生物学家在接受媒体采访时表示，克隆技术安全性风险并不在于某个特定的程序或是克隆动物发育出现错误，而在于克隆技术过程似乎会使个别基因的表达出现差错，这些差错在生命发展过程中将造成一些无法逆转的问题。尤其严重的是，动物每次克隆过程均无法避免基因变异问题。科学家进一步解释说，动物克隆技术是将成年动物的体细胞，植入一个已经被去掉细胞核的卵细胞中，卵细胞会重新复制原成年细胞的基因，并使其控制胚胎发育，进而借腹形成胎儿，最后诞生一个基因与原提供细胞的动物完全相同的新生命。科学家认为，没有人知道卵细胞如何重新复制原成年细胞的基因，这是克隆技术可能出错的关键原因。
美国麻省理工学院的生物学家罗特夫·詹里斯说，在自然情况下，精子必须经过几个月才能成熟，期间其基因功能也会重新“设定”，卵细胞也会经历类似过程。这一过程必须完美无缺，否则个别基因将会出错，导致后代发育畸形。
与自然生殖过程相比，克隆过程中的卵细胞必须在几分钟或数小时内，完成通常要花几个月或几年才能完成的“任务”。有关分子生物学的试验显示，克隆技术人为地凳激加快动物自然生殖过程，在很多基因复制时出现微妙的错误，造成胚胎停止发育或因克隆动物的基因变异，而在其诞生后产生许多生理问题。科学家表示，“多莉”羊是克隆技术的一个特例，并不代表克隆技术安全或是没有风险。此前，科学家曾取消对克隆动物会过早衰老的担心。“多莉”羊目前生长健康，但科研人员还是不得不将它与其他羊分开饲养，并帮助它“减肥”。继“多莉”羊后，克隆鼠、克隆牛、克隆猪等先后问世，甚至克隆鼠出现第6代复制品。首次克隆出老鼠的美国夏威夷大学生物学家柳町隆造曾表示，一些克隆鼠生长过快，变成肥胖鼠，或是通常肺发育不正常。美国得州A－M大学的克隆专家韦斯金说，克隆牛诞生时常出现心枣闹袜、肺发育缺陷问题。更为关键的是，目前的克隆技术引发的安全性问题还在于克隆技术成功率低。科学家表示，目前整个动物克隆技术的平均成功率不到3％。克隆牛的成功率只有1％。柳町隆造说，虽然克隆鼠的培育率相对高一些，但由于克隆胚胎经常出现遗传发育问题，其成活率很低，只有2％－3％。目前的克隆动物技术使人对其安全性心有余悸，而此前个别科学家提出利用现有克隆技术来克隆人，可能会发生何种情况，更是令人不寒而栗。虽然目前克隆人引起的争议主要集中在伦理道德方面，但科学家指出，真正的问题是在于克隆人可能会出现基因变异，导致克隆人出现致命的生理问题。正像詹里斯博士所说：“克隆人是不顾后果的、不负责任的行为。”
克隆技术研究现状
一、克隆的早期研究
克隆一词是英文单词clone的音译，作为名词，c1one通常被意译为无性繁殖系。同一克隆内所有成员的遗传构成是完全相同的，例外仅见于有突变发生时。自然界早已存在天然植物、动物和微生物的克隆，例如：同卵双胞胎实际上就是一种克隆。然而，天然的哺乳动物克隆的发生率极低，成员数目太少（一般为两个），且缺乏目的性，所以很少能够被用来为人类造福，因此，人们开始探索用人工的方法来生产高等动物克隆。这样，克隆一词就开始被用作动词，指人工培育克隆动物这一动作。
目前，生产哺乳动物克隆的方法主要有胚胎分割和细胞核移植两种。克隆羊“多莉”，以及其后各国科学家培育的各种克隆动物，采用的都是细胞核移植技术。所谓细胞核移植，是指将不同发育时期的胚胎或成体动物的细胞核，经显微手术和细胞融合方法移植到去核卵母细胞中，重新组成胚胎并使之发育成熟的过程。与胚胎分割技术不同，细胞核移植技术，特别是细胞核连续移植技术可以产生无限个遗传相同的个体。由于细胞核移植是产生克隆动物的有效方法，故人们往往把它称为动物克隆技术。
采用细胞核移植技术克隆动物的设想，最初由汉斯·施佩曼在1938年提出，他称之为“奇异的实验”，即从发育到后期的胚胎（成熟或未成熟的胚胎均可）中取出细胞核，将其移植到一个卵子中。这一设想是现在克隆动物的基本途径。
从1952年起，科学家们首先采用青蛙开展细胞核移植克隆实验，先后获得了蝌蚪和成体蛙。1963年，我国童第周教授领导的科研组，首先以金鱼等为材料，研究了鱼类胚胎细胞核移植技术，获得成功。
哺乳动物胚胎细胞核移植研究的最初成果在1981年取得——卡尔·伊尔门泽和彼得·霍佩用鼠胚胎细胞培育出发育正常的小鼠。1984年，施特恩·维拉德森用取自羊的未成熟胚胎细胞克隆出一只活产羊，其他人后来利用牛、猪、山羊、兔和猕猴等各种动物对他采用的实验方法进行了重复实验。1989年，维拉德森获得连续移核二代的克隆牛。1994年，尼尔·菲尔斯特用发育到至少有120个细胞的晚期胚胎克隆牛。到1995年，在主要的哺乳动物中，胚胎细胞核移植都获得成功，包括冷冻和体外生产的胚胎；对胚胎干细胞或成体干细胞的核移植实验，也都做了尝试。但到1995年为止，成体动物已分化细胞核移植一直未能取得成功。
二、克隆羊“多莉”的意义和引起的反响
以上事实说明，在1997年2月英国罗斯林研究所维尔穆特博士科研组公布体细胞克隆羊“多莉”培育成功之前，胚胎细胞核移植技术已经有了很大的发展。实际上，“多莉”的克隆在核移植技术上沿袭了胚胎细胞核移植的全部过程，但这并不能减低“多莉”的重大意义，因为它是世界上第一例经体细胞核移植出生的动物，是克隆技术领域研究的巨大突破。这一巨大进展意味着：在理论上证明了，同植物细胞一样，分化了的动物细胞核也具有全能性，在分化过程中细胞核中的遗传物质没有不可逆变化；在实践上证明了，利用体细胞进行动物克隆的技术是可行的，将有无数相同的细胞可用来作为供体进行核移植，并且在与卵细胞相融合前可对这些供体细胞进行一系列复杂的遗传操作，从而为大规模复制动物优良品种和生产转基因动物提供了有效方法。
在理论上，利用同样方法，人可以复制“克隆人”，这意味着以往科幻小说中的独裁狂人克隆自己的想法是完全可以实现的。因此，“多莉”的诞生在世界各国科学界、政界乃至宗教界都引起了强烈反响，并引发了一场由克隆人所衍生的道德问题的讨论。各国政府有关人士、民间纷纷作出反应：克隆人类有悖于伦理道德。尽管如此，克隆技术的巨大理论意义和实用价值促使科学家们加快了研究的步伐，从而使动物克隆技术的研究与开发进入一个高潮。
三、近3年来克隆研究的重要成果
克隆羊“多莉”的诞生在全世界掀起了克隆研究热潮，随后，有关克隆动物的报道接连不断。1997年3月，即“多莉”诞生后1个月，美国、中国台湾和澳大利亚科学家分别发表了他们成功克隆猴子、猪和牛的消息。不过，他们都是采用胚胎细胞进行克隆，其意义不能与“多莉”相比。同年7月，罗斯林研究所和PPL公司宣布用基因改造过的胎儿成纤维细胞克隆出世界上第一头带有人类基因的转基因绵羊“波莉”（Polly）。这一成果显示了克隆技术在培育转基因动物方面的巨大应用价值。
1998年7月，美国夏威夷大学Wakayama等报道，由小鼠卵丘细胞克隆了27只成活小鼠，其中7只是由克隆小鼠再次克隆的后代，这是继“多莉”以后的第二批哺乳动物体细胞核移植后代。此外，Wakayama等人采用了与“多莉”不同的、新的、相对简单的且成功率较高的克隆技术，这一技术以该大学所在地而命名为“檀香山技术”。
此后，美国、法国、荷兰和韩国等国科学家也相继报道了体细胞克隆牛成功的消息；日本科学家的研究热情尤为惊人，1998年7月至1999年4月，东京农业大学、近畿大学、家畜改良事业团、地方（石川县、大分县和鹿儿岛县等）家畜试验场以及民间企业（如日本最大的奶商品公司雪印乳业等）纷纷报道了，他们采用牛耳部、臀部肌肉、卵丘细胞以及初乳中提取的乳腺细胞克隆牛的成果。至1999年底，全世界已有6种类型细胞——胎儿成纤维细胞、乳腺细胞、卵丘细胞、输卵管／子宫上皮细胞、肌肉细胞和耳部皮肤细胞的体细胞克隆后代成功诞生。
2000年6月，中国西北农林科技大学利用成年山羊体细胞克隆出两只“克隆羊”，但其中一只因呼吸系统发育不良而早夭。据介绍，所采用的克隆技术为该研究组自己研究所得，与克隆“多莉”的技术完全不同，这表明我国科学家也掌握了体细胞克隆的尖端技术。
在不同种间进行细胞核移植实验也取得了一些可喜成果，1998年1月，美国威斯康星一麦迪逊大学的科学家们以牛的卵子为受体，成功克隆出猪、牛、羊、鼠和猕猴五种哺乳动物的胚胎，这一研究结果表明，某个物种的未受精卵可以同取自多种动物的成熟细胞核相结合。虽然这些胚胎都流产了，但它对异种克隆的可能性作了有益的尝试。1999年，美国科学家用牛卵子克隆出珍稀动物盘羊的胚胎；我国科学家也用兔卵子克隆了大熊猫的早期胚胎，这些成果说明克隆技术有可能成为保护和拯救濒危动物的一条新途径。
四、克隆技术的应用前景
克隆技术已展示出广阔的应用前景，概括起来大致有以下四个方面：（1）培育优良畜种和生产实验动物；（2）生产转基因动物；（3）生产人胚胎干细胞用于细胞和组织替代疗法；（4）复制濒危的动物物种，保存和传播动物物种资源。以下就生产转基因动物和胚胎干细胞作简要说明。
转基因动物研究是动物生物工程领域中最诱人和最有发展前景的课题之一，转基因动物可作为医用器官移植的供体、作为生物反应器，以及用于家畜遗传改良、创建疾病实验模型等。但目前转基因动物的实际应用并不多，除单一基因修饰的转基因小鼠医学模型较早得到应用外，转基因动物乳腺生物反应器生产药物蛋白的研究时间较长，已进行了10多年，但目前在全世界范围内仅有2例药品进入3期临床试验，5～6个药品进入2期临床试验；而其农艺性状发生改良、可资畜牧生产应用的转基因家畜品系至今没有诞生。转基因动物制作效率低、定点整合困难所导致的成本过高和调控失灵，以及转基因动物有性繁殖后代遗传性状出现分离、难以保持始祖的优良胜状，是制约当今转基因动物实用化进程的主要原因。
体细胞克隆的成功为转基因动物生产掀起一场新的革命，动物体细胞克隆技术为迅速放大转基因动物所产生的种质创新效果提供了技术可能。采用简便的体细胞转染技术实施目标基因的转移，可以避免家畜生殖细胞来源困难和低效率。同时，采用转基因体细胞系，可以在实验室条件下进行转基因整合预检和性别预选。在核移植前，先把目的外源基因和标记基因（如LagZ基因和新霉素抗生基因）的融合基因导入培养的体细胞中，再通过标记基因的表现来筛选转基因阳性细胞及其克隆，然后把此阳性细胞的核移植到去核卵母细胞中，最后生产出的动物在理论上应是100％的阳性转基因动物。采用此法，Schnieke等（Bio Report，1997）已成功获得6只转基因绵羊，其中3只带有人凝血因子IX基因和标记基因（新霉素抗性基因），3只带有标记基因，目的外源基因整合率高达50％。Cibelli（Science，1997）同样利用核移植法获得3头转基因牛，证实了该法的有效性。由此可以看出，当今动物克隆技术最重要的应用方向之一，就是高附加值转基因克隆动物的研究开发。
胚胎干细胞（ES）是具有形成所有成年细胞类型潜力的全能干细胞。科学家们一直试图诱导各种干细胞定向分化为特定的组织类型，来替代那些受损的体内组织，比如把产生胰岛素的细胞植入糖尿病患者体内。科学家们已经能够使猪ES细胞转变为跳动的心肌细胞，使人ES细胞生成神经细胞和间充质细胞和使小鼠ES细胞分化为内胚层细胞。这些结果为细胞和组织替代疗法开辟了道路。目前，科学家已成功分离到人ES细胞（Thomson等1998，Science），而体细胞克隆技术为生产患者自身的ES细胞提供了可能。把患者体细胞移植到去核卵母细胞中形成重组胚，把重组胚体外培养到囊胚，然后从囊胚内分离出ES细胞，获得的ES细胞使之定向分化为所需的特定细胞类型(如神经细胞，肌肉细胞和血细胞），用于替代疗法。这种核移植法的最终目的是用于干细胞治疗，而非得到克隆个体，科学家们称之为“治疗克隆”。
克隆技术在基础研究中的应用也是很有意义的，它为研究配子和胚胎发生，细胞和组织分化，基因表达调控，核质互作等机理提供了工具。
五、克隆技术存在的问题
尽管克隆技术有着广泛的应用前景，但离产业化尚有很大距离。因为作为一个新兴的研究领域，克隆技术在理论和技术上都还很不成熟，在理论上，分化的体细胞克隆对遗传物质重编（细胞核内所有或大部分基因关闭，细胞重新恢复全能性的过程）的机理还不清楚；克隆动物是否会记住供体细胞的年龄，克隆动物的连续后代是否会累积突变基因，以及在克隆过程中胞质线粒体所起的遗传作用等问题还没有解决。
在实践中，克隆动物的成功率还很低，维尔穆特研究组在培育“多莉“的实验中，融合了277枚移植核的卵细胞，仅获得了“多莉”这一只成活羔羊，成功率只有0.36％，同时进行的胎儿成纤维细胞和胚胎细胞的克隆实验的成功率也分别只有1.7％和1.1％，即使是使用“檀香山”技术，以分化程度较低的卵丘细胞为核供体，其成功率也只有百分之几。
此外，生出的部分个体表现出生理或免疫缺限。以克隆牛为例，日本、法国等国培育的许多克隆牛在降生后两个月内死去；到2000年2月，日本全国已共有121头体细胞克隆牛诞生，但存活的只有64头。观察结果表明，部分犊牛胎盘功能不完善，其血液中含氧量及生长因子的浓度都低于正常水平；有些牛犊的胸腺、脾和淋巴腺未得到正常发育；克隆动物胎儿普遍存在比一般动物发育快的倾向，这些都可能是死亡的原因。
即使是正常发育的“多莉”，也被发现有早衰迹象。染色体的未端被称为端粒，它决定着细胞能够分裂的次数：每一次分裂端粒都会缩短，而当端粒耗尽后细胞就失去了分裂能力。1998年，科学家发现“多莉”的细胞端粒比正常的要短，即其细胞处于更衰老的状态。当时认为，这可能是用成年绵羊的细胞克隆“多莉”造成的，使其细胞具有成年细胞的印记，但这一解释目前受到了挑战，美国马萨诸塞州的医生罗伯特·兰扎等用培养的衰老细胞克隆牛，得到6头小牛，出生5～10个月后发现这些克隆牛的端粒比普通同龄小牛要长，有的甚至比普通新生小牛的端粒还长。现在还不清楚这一现象的原因，也不清楚为何与“多莉“的情况有巨大差别。但这一实验说明，在一些情况下克隆过程能改变成熟细胞的分子钟，使其“恢复青春”，关于这种变化对克隆动物寿命的影响，还有待于进一步观察。
除了以上的理论和技术障碍外，克隆技术（尤其是在人胚胎方面的应用）对伦理道德的冲击和公众对此的强烈反应也限制了克隆技术的应用。但几年来克隆技术的发展表明，世界各科技大国都不甘落后，谁也没有放弃克隆技术研究。这一点上英国政府的态度非常具有代表性，在1997年2月底宣布中止对“多莉”研究小组投资后不到1个月，英国科技委员会就对克隆技术发表专题报告，表明英国政府将重新考虑这一决定，认为盲目禁止这方面的研究并不是明智之举，关键在于建立一定的规范利用它为人类造福。