motif在生物中怎么解释

1. motif到底是什么

https://mp.weixin.qq.com/s/bCkZ4L9IJTJTFUWKJMsuFw

来自联川生物

有特征的短序列，一般认为它是拥有 生物学功能 的 保守序列 ，

并不局限于 基因组DNA序列 还是 RNA序列 ，甚至 蛋白质序列 也可以提取出相应的motif

当某一个大类的序列中， 大量重复出现 相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值

可能包含特异性的结合位点，或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。

比如 蛋白质 的序列特异性结合位点，如 核酸酶 和 转录因子 。 转录因子 的结合位点，其motif往往意味着 某蛋白结构域 与 DNA碱基序列 的相互作用。

基于motif序列的提取，我们可以 预测潜在的结合位点

Protein domain是一种结构实体，通常代表 蛋白质 结构中 独立折叠和行使功能 的一部分

a．logo展示图: 这样的logo经常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点等。motif logo由每个位置的一堆字母组成。字母的 相对大小 表示它们在正枝指序列中的 频率 。每个字母的 高度 与该位置的相应碱基的 出现频率成正比 ，常以bits为单位。每个位置的字母按照 保守性 从大到小排列，可以方便的从 顶端的字母识别保守序列 。

b．一致性序列： 用一段序列来描述所有序列的碱基组成，称之为一致性序列。当一个位置涉及到多个碱基出现的时候，这里就涉及到简并碱基的使用。

c．PFM矩阵 ：（position 举配 frequency matrix），搭晌用于代表motif的 碱基分布频数

和FASTA文件类似，有一个“>”开头的ID信息。下面的每一行分别代表4个碱基，每一列分别代表一个位置。矩阵信息的即表示A, C, G, T 4种碱基在每个位置的频数分布。

2. 生物信息网络中什么是motif

分子生物学概念

在生物学孙兄领域里，也经常会提到到motif这个词。

模体（motif）是蛋白质分子渣陵中具有特定空间构象和特定功能的结构成分。

其中一类就是具有特殊功能的超二级结构。
一个模体总有其特征性的氨基酸序列，并发挥特殊的功能。

一般而言，常见的motion有以下几种形式如凯戚：
有规则地聚集在一起形成全由α-螺旋、全由β-片层或α-螺旋与β-片层混合、具体说，形成相对稳定的αα、βββ、βαβ、β2α和αTα等超二级结构，又称模体(motif)或模序。

3. 在生物里面domains motifs and families是什么意思呢

domains：在蛋白质迟唤三级结构内的独立折叠单元。结构域通常都是几个超二级结构单元的组合。

motif：结构基元，功能域，例如锌指结构基元（zinc finger motif） 每一个指结构具有以下的保守序列: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His。这段保守序列中的两个半胱氨酸残基和两个组氨酸残基码乎凯与锌离子形成配位键, 形成环, 因此称为锌顷差指, 上述具有Cys和His的指结构称为Cys2/His2指。每个指结构有23个氨基酸残基, 指结构之间的距离为7～8个氨基酸残基。

families，是具有显着相似性的一组基因，编码相似的蛋白质产物
通常称为蛋白或者基因家族
在真核细胞中许多相关的基因常按功能成套组合，被称为基因家族（gene family）。同一家族中的成员有时紧密的排列在一起，成为一个基因簇；

4. 生物学里，motif 和 domain的区别是什么

1、层级不同

Motif是位于二级和三级结构之间的层次，Motif的层次接近二级结构。

Domain是位于二级和三级结构之间的层次，Domain的层次接近三级结构。

2、独立性不同：

domain是独立稳定的。

motif不是独立稳定的。

3、蛋白质结构不同岩枝：

Motif在生物学中是基于数据的数学统计模型，是特定的group的序列预测。对蛋白质来说，motifs可以被定义为蛋白质（蛋白质序列）属于一个给定的蛋白质家族。

domains是一种结构实体，通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。

4、组合形式不同神耐：

motif通常是螺旋-环-螺旋，贝塔折叠的组合、阿而法螺游枣春旋组合等。

domain通常是球状压缩区或纤维状压缩区。

5. 分子生物学中的motif指什么motif analysis又是干什么

你好！
基元（motif）
在蛋白质中，特别是球蛋白中，经常可以看到由若干相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，形此春枝成的有规则、在空间上能森好辨认的二级结构组合体。
又称超二级结构森敏，motif也被翻作模序，模体
motif
analysis就是指对蛋白质结构进行motif的分析，可找出新发现的蛋白质可能具有的结构域，并由此推测其功能。
如有疑问，请追问。

6. 模体（motif）英文解释是什么

模体(motif)表示具有特定功能的或作为一个独立结构域一部分的相邻的二级结构的聚合体,它一般被称为功能模体（functional motif）或结构模体（structural motif）,相当于超二级结构（super-secondary structure）.模体和结构域一起组成了蛋白李颂质的三级结构.
结构模体作为结构域的组分,介于蛋白质二级结构和三级结构之间,由相邻的二级结构单元彼此相互作用,组合在一起,排列成规则的,在空间结构能够辨认的二级结构组合体,并充当三级结构的构件,其基本形式有aa、bab和bbb等.多数情况下,只有非极性残基侧链参与这些相互作用,而亲水侧链多在分子的外表面.
常见模体：
（1）左手超螺旋——3根右手a-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；
（2）右手超螺旋——3根左手螺旋拧到一起形成一个右手超螺旋,如胶原蛋白；
（3）卷曲螺旋——相邻的2根右手a-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；
（4）螺旋束——多个a-螺旋的聚合体；
（5）b-折叠-a-螺旋-b-折叠,即bab；
（6）b-发夹环——两个反平行b-股由一个环相连；
（7）a-螺旋-b-转角-a-螺旋,即aba；
（8）a-螺旋-环-a-螺旋(EF手相）；
（9）Rossmann卷曲——也称Rossmann折叠,它由两个bab连在一起,形成babab结构,通常能结合辅酶I；
（10）希腊钥匙模体——是一种全b折叠聚合体,存在于许多不同类型的蛋白质中,因在拓扑学上像古代花瓶上的希腊钥匙而得名,清蛋白原就含有这种模体.
模体是刻画蛋白质家族组成结构和执行功能的重要部分,但是对于通过各种生物信息学方法识别出的模体,目前没有很好的办法辨别真假和优劣.文中提出一种新的模体评价策略,从分类器的观点出发,对不同方法在同一个蛋白质家族上建立的不同模体进行比较,从而推断出最具有生物意义的模体.本文在PROSITE数据库中选取7个细胞因子家族,采用MEME和HMMER两种模体识别方法分别识别每个家族的模体,将每个模体看作一个分类器,通过计算同一家族的每个模体的敏感性和特异性并比较它们颂没对应的接收机操作特性曲线,进而比较不同模体,确定真的模体和排除假的模体,从而获得每个蛋白质家族的最佳模体的模型.这种策略可以应用于对任意蛋白质家族模体识别结野扰纳果的评价.此外,还可以利用最佳模体搜索数据库的结果预测每个家族的新成员.

7. 生物学中motif和domain有什么区别

motif一般指DNA序列中有特殊功能的一段，domain指蛋白结构域

8. 结构域与模体在蛋白质的结构和功能中具有什么作用

结构域（domain）是蛋白中具有特异空间结构和独立功能的区域，就是属于超二级结构的，介扮誉于二级和三级结构之间，这里着重理解结构域是蛋白质发挥生物学效用的关键功能单位，并且具有特定的空间构型。——以上可以解释超二级结构和结构域。
而模体厅岁段（motif）则是蛋白质分子中具有特定空间构象和特定功能的结构成分，一个模体总有其特征性的氨基酸序列，并发挥特殊的功能。motif一般也是超二级结构。
雀春而motif和domain的区别可以这样理解：motif是蛋白中较小的保守序列片断，比domain小，若干motif可形成一个domain，因此motif可以理解为domain的一个亚单位。

9. Motif和domain的区别

结构域 domain 的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结构单位，功能和进化单位。每个定义都是有效的并且经常重叠。紧密结构单位结构域在很多不同的蛋白质中被发现，它在结构环境内容易独立折叠。自然界经常把几个domains结合在一起形成多结构域和多功能蛋白质。在一个多结构域蛋白质中，每一个结构域可以独立行使它自己的功能，或者和它的临近蛋白协调一致的方式行驶。Domains既可以作为模块构建大的复合体像病毒颗粒或肌纤维，也可以提供特定的催化或结合位点，这些都在酶或调节蛋白中被发现。

完全不同的两个概念，但有时还有联系。

Motif ：在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构，是特定的group的序列预测，例如皮局一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点，也就是序列倾向于被这种factor结合。对蛋白质来说，sequence motifs可以被定义为蛋白质（蛋白质序列）属于一个给定的蛋白质家族。一个简单的motif可以是，例如，一个模式pattern，而这个模式被这燃棚让个group中的所有成员共享。例如WTRXEKXXY（这里，X代表任何氨基酸）。当然也有更复杂的motif模型。Motif有时和特定的功能联系一起。

Protein domains ：是一种结构实体，通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此，蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。

那，motif和domains之间有什么联系？当你考虑蛋白质家族的时候，不仅要看整个序列，还有关注单独结构域。因为，它们是一个基本的功能结构单位，因此找到单个结构域domain的序列motif是很有意义的。因此，你经常会发现一个蛋白质包含多个结构域，每个结构和李域都有一个与它所属的家族motif匹配的序列。

最主要的区别是，domain是独立的稳定的，motif不是。

参考：2008.2：Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks

10. 分子生物学中的motif指什么motif analysis又是干什么

基元（motif）
在蛋白质中，特别仔返是球蛋白中，经常可以看到由迹谨若干相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，形成的有规则、在空间上能辨认的二级结构组合体。
又称超二级结构，motif也被翻作模序，模体
motif analysis就是指对蛋白质结构进行motif的分析，可找出新发现的蛋白质可能具姿戚基有的结构域，并由此推测其功能。