如何对微生物进行命名

A. 双名命名制的微生物的双命名法

由一个属名和一个种名组成，属名和种名都用斜体字表达，属名在前，用拉丁文名词表示，第一个字母大写。种名在后，用拉丁文的形容词表示，第一个字母小写，若用名词，第二个字要用所有格。如大肠埃希氏杆菌的名称是Escherichia coli。为了避免同物异名或同名异物，在生物名称后缀有命名人的姓，如：大肠埃希氏杆菌的名称是Escherichia coli Castellani and Chalmers，浮游球衣菌的名称是Sphaerotilus natans Kützing等。如果只讲生物鉴定到属，没鉴定到种，则该生物的名称只有属名，没有种名。如：芽孢杆菌属的名称是Bacillus。也可在属名后面加sp.(单数)或spp.(复数)，sp和spp是种（species）的缩写，如Bacillus sp.(spp.) 。
犬类的“双名命名制”和“三名命名制”
给眼前的每一种生物一个名字，是最起码的需要。至于人类自己，则每一个个体都需要一个清楚的名字。早在古希腊时期，着名生物学家德奥弗拉特首创双名制命名法，即用属名和种名同时给物种命名。16世纪末，植物分类学得到了初步的发展，瑞士植物学家鲍兴在1623年出版的植物分类学着作中，用德奥弗拉斯特的双名法为六千余种植物命名。由于生物种类繁多，而命名又极不统一，就给生物进行统一分类带来了极大的困难，一直到17世纪初期，双名法也未能成为统一的命名法。
在理论和方法上，林奈吸收了自然分类法的许多成果，如瑞士植物学家鲍兴双名制命名法，英国生物学雷伊在植物分类与动物分类中的成就。在进行生物分类学研究之初，林奈改进了鲍兴的双名制命名法中的不足之处，建立了以人为分类法为基础的属名与种名相符合的新的双名制命名法。
林奈的双名法的基本原则与鲍兴的基本相同：即用两个词来给物种命名。但在本质上与鲍兴的双名法有所区别：鲍兴的双名法中两个词不完全是属种结合的分类学概念。所谓属种结合，即属名在前，是一个名词；种名在后，为一个形容词。林奈的新双名法在生物分类及语义的表达两方面上，分别做到了属种结合及名词与形容词的结合，因此这一命名法简单明了。林奈运用这种新双名制命名法，给他所知晓七百种植物和四千四百种动物做了统一的命名。例如，按照林奈的双名制命名法，食肉兽狮、虎、豹的学名分别是这样表达的（前面的名词说明它们是同一个属，后面的形容词用来表明它们是不同的种）：
狮： Felis leo
虎： Felis tigns
豹： Felis Pars
在林奈建立双名制命名法之后的两百多年中，人们又相继规定了一些命名法，如规定属和亚属以上的名称采用单名制；物种的名称采用双名制；亚种的名称采用三名制；用亚种来表示动植物物种的地理分布，而物种本身的名称仍采用双名制。
虎： Felis tigns Asia
尽管生物命名法及生物分类学得到了新的发展，但归根结底林奈的双名制命法仍是其基本的原则。

B. 微生物是如何命名的举例说明

命名按照《国际细菌命名法规》,采用林奈氏双名法.
属名 + 种名 +命名人
如大肠杆菌:Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers 1919
属名:名词,大写首字母,一般描绘主要形态或生理特征.
种名:形容词,小写,代表一个种次要特征.
未确定种名或不指特定的种时,可在属名后加sp.表示.

C. 如何对一株微生物进行分类鉴定和命名

如何对一株微生物进行分类鉴定和命名
（1）常规鉴定
常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。（2）BIOLOG碳源自动分析鉴定
BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。（3）分子生物学鉴定
提取细菌基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA片段并测序，将结果与GeneBank或者Eztaxon对比分析，一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌，该方法也是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。——源自网络

D. 对微生物命名常采用林奈创立国际命名法则:双名法,即属名+种名,排正体,属名的

双名法又称二名法，是林奈提出的，以拉丁文表示，通常以斜体字或下划双线以示区别．第一个是属名，是主格单数的名词，第一个字母大写；后一个是种名，常为形容词，须在词性上与属名相符．
故选：D

E. 食品微生物的命名

世界各国都采用双名制的国际植物命名法命名微生物。命名后的名称为学名。它由两个拉丁文组成，前一个是属名，词首字母大写；后一个是种名，字母则一律小写。如Staphylococcus aureus,前一个词是葡萄球菌属，后一个词是金黄色的意思，中译名叫金黄色葡萄球菌。有的还在学名后附上命名人和发表年份。当分离到未知菌名时，即根据其形态、生理生化生态以及免疫血清反应等特性，对照各分类系统进行鉴定确认为某一菌种名。

F. 微生物学的命名

微生物的分类单位：界、门、纲、目、科、属、种
种是最基本的分类单位，每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界（Kindom）：真菌界
门（Phyllum）：真菌门
纲（Class）：子囊菌纲
目（Order）：内孢霉目
科（Family）：内孢霉科
属（Genus）：酵母属
种（Species）：啤酒酵母
种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。①菌株（strain）表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法：如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！ ②亚种（subspecies）或变种（variety）：为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。
变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为亚种。
例如：E.colik12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.colik12的亚种。③型（form）：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型
微生物的命名：微生物的名字有俗名和学名两种。如：红色面包霉——粗糙脉孢霉；绿脓杆菌——铜绿假单胞菌。学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。①双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。例：大肠埃希氏杆菌Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919
金黄色葡萄球菌 当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species缩写的单数和复数形式）。
例如：Saccharomycessp.表示酵母菌属中的一个种。菌株名称：在种名后面自行加上数字、地名或符号等 例如：BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北纺
丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection美国模式菌种保藏中心
当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。
例如：Escherichiacoli可缩写成E.coli
Staphylococcusaureus可缩写成S.aureus ②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种

G. 微生物的学名是由什么组成

学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。
①双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等
②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种

H. 微生物的学名采用什么原则命名

有部分使用形态命名的，也有是它的特点，即与众不同的地方。

I. 如何命名微生物：微生物命名的规则与实例解读 2021-02-01

二、细菌和古菌的系统分类学：
1）细菌和古菌的分类学地位：
从高到低：（Domain）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。
备注：细菌和古菌的分类学中没有界（kingdom）！

三、 如何命名？
生物学中物种（细菌，真菌，植物，动物，昆虫等）的命名都是基于清岩顷拉丁语（或拉丁语与希腊语的组合）语法规则进行，而且已有成文的规范。对于原核生物物种命名来说，也已有专门的委员会公布了对应的命名规则，即：国际原核生物命名法（International Code of Nomenclature of Prokaryotes）。

2.1 种（species）的命名：
2.1.1 命名时，根据潜在新物种：①分离源（如：土壤，肠道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名；⑨非特异性命名：如用某个人的或者动物的名字命名。

2.1.2 种（species）命名实例：

①根据分离源：Blautia hominis 人源布劳蒂亚菌（human 人）；Blautia intestini 肠源布劳蒂亚菌（intestine肠道）；②根据形态和颜色特征等：Blautia recta 直杆布劳蒂亚菌（rectus直的）；Blautia lenta 生长缓慢的布劳蒂亚菌（lentus缓慢的，懒惰的）；Blautia rubra 红色布劳蒂亚菌（ruber红色的）；③人名与地名： Blautia wangii 王氏劳蒂亚菌；Blautia beijingensis 北京布劳蒂亚菌；

2.1.3 完整的物种名称（属+种名）怎么翻译和理解：
2.1.3.1 翻译：种名当形容词而属名当名词进行翻译和理解。比如：Roseburia（罗斯布里氏或罗氏） faecis（粪便的）=粪源罗氏菌；

2.2 属（genus）的命名：

2.2.1 命名时，根据潜在新属：①分离源（如：土壤，肠枣毁道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名。

2.2.2 属（genus）的命名实例:

①分离源（ Humibacillus土壤杆菌属：土壤（humus）杆（bacillus=rod）菌属）；Intestinibacter肠杆菌属：肠（intestine）杆（bacter）菌属；Indibacter：印度杆菌属，indi=india印度, bacter=rod 杆状）；②形态和颜色特征等（如：Rhodococcus：rhodon=the rose，玫瑰，coccus球状的，rhodococcus红球菌）；③生长快慢与细胞特性组合：Lentibacillus 慢长杆状菌属：lentus（慢的），bacillus=rod（杆状的）答陆）；④人名与地名：人名（Zunongwangia 祖农菌属）；地名（Sinobacter，Sinae中国的，sina中国，bacter=rod杆状，中华杆状菌属 ）；⑤其他理化特性：Butyratibacter产丁酸杆菌属，butyratum=butyrate丁酸，bacter=rod杆状的，丁酸杆菌属；

2.2 科（Family）的命名：

对于已经界定好的潜在新科来说，命名是相对简单的。比如：我们鉴定某个分离物（isolate）为一个潜在新属（potential novel genus,假设：我们命名这个属的名称为：Xiaomingia, 小明菌属），而且它与原先系统进化上临近的科（neighbor families）中的各属（genera）有明显的不同，那么界定它为新科，此时：就取这个新属为该科的模式属（type genus）,并基于该模式属的名称（Xiaomingia）加上科标志后缀aceae，来生成新科的名称：Xiaomingiaeae （ 小明菌科）；

3.1 物种名称的性别（Gender）（阳性Masculine，阴性 Feminine ，中性Neuter）
与众多其他语言（如：西班牙语，意大利语，葡萄牙语，阿拉伯语等）类似，拉丁语也区分词汇的性别，即：阳性，阴性，中性。具体区分来说：性别很明确的（跟女/雌性直接相关的）词汇都可直接确定为阴性，如：amica（女朋友）；而与男/雄性直接相关的词汇可直接确定为为阳性，如：mustaceus（胡须）；还有一些词不分男女，即：中性词，如Bacterium，细菌。

3.1.1 名词与形容词性别的统一性：
描述阳性词的其他词（如：形容词，动词），也都是有性别的，也就是说前后统一。
比如：美丽bellus（美丽的，阴性）；bella（美丽的，阳性） ；bellum（美丽的，中性）

3.1.2 阳性与阴性的区分（此处仅论结尾规律性阴阳性词，对固有性别直的直接略过）：
1）阳性结尾：us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2）阴性结尾：as,a,ia,ea
3）中性结尾：um,im,ii

3.1.3 对于新物种（species）起名（注意：种名全小写，斜体！）：

3.1.3.1 用形容词起种名：lentus慢的，（阳/阴/中：lentus/lenta/lentum）
1）Ruminococcus lentus：慢生瘤胃球菌（直译：长得慢的瘤胃球菌）
2）Pasteuria lenta：慢生巴斯德菌（直译：长得慢的巴斯德菌）
3）Halobacterium lentum：慢生嗜盐菌（直译：长得慢的嗜盐菌）

3.1.3.2 用地名起种名： 如，在南京分离的
1）Ruminococcus nanjingensis：南京瘤胃球菌
2）Pasteuria nanjingensis：南京巴斯德菌
3）Halobacterium nanjingensis：南京嗜盐菌

3.1.3.3 用颜色起种名： 如，白色的
1）Ruminococcus albus：白色瘤胃球菌
2）Pasteuria alba：白色巴斯德菌
3）Halobacterium album：白色嗜盐菌

3.1.3.4 用人名起种名： 如，John的
1）Ruminococcus johnii：琼氏瘤胃球菌
2）Pasteuria johnii：琼氏巴斯德菌
3）Halobacterium johnii：琼氏嗜盐菌
备注：对于上述人名，地名来命名的规则的详解可参阅International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的对应解释。
3.1.4 对于新属（genus）起名（注意：属名首字母大写，斜体！）：

3.1.4.1 如常见的用人名来起名：Weng
1）Wengia lenta：慢生翁氏菌，具体词性的变化（即：结尾的变化，可以参考上述变化规则）

3.1.4.2 用组合词起名：Lentus（慢的）+coccus（球状的）=lenticoccus，慢生球菌属
1）lenticoccus albus：白色慢生球菌

3.2 物种命名常见的错误：
1）阴阳性不统一：比如，lenticoccus(阳性） alba（阴性）
2）重复命名：比如，某个词已用作某个生物（微生物，动物，植物等）的科学属名（genus name），此时不能重复用这个词来命名一个新属；另外，如果一个种名已被用，则也不能重用；但是：如果一个名字只是用来命名了一个物种（species）,则可以用这个词的属名（genus）格式来命名一个新属（novel genus）,比如：Pasteuria johnii 琼氏巴斯德菌，johnii作为物种（species）名了，然后我们造Johnia，用这个命名新的属Johnia（琼氏菌属），然后命名一个新物种Johnia alba （白色琼氏菌），虽然可以这么做，但是不推荐这么做，毕竟科学命名（scientific nomenclature）的初衷是为了去除混乱（less chaotic！）

四、一些相关学习资源：

J. 如何对一株微生物进行分类鉴定和命名

传统的方法是先通过菌落形态和菌体形态的观察初步确定，然后做生理生化实验，比如淀粉水解实验、产气实验等一共八项，根据试验结果，对照博杰氏手册查找其分类信息；现在的方法主要是对其保守序列测序鉴定，比如16或18SrDNA序列测定，然后在一些网站上进行BLAST，我一般是在NCBI上比对，从而可以得到其分类和命名信息。