① 如何命名微生物:微生物命名的规则与实例解读 2021-02-01
二、细菌和古菌的系统分类学:
1)细菌和古菌的分类学地位:
从高到低:(Domain)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)。
备注:细菌和古菌的分类学中没有界(kingdom)!
三、 如何命名?
生物学中物种(细菌,真菌,植物,动物,昆虫等)的命名都是基于清岩顷拉丁语(或拉丁语与希腊语的组合)语法规则进行,而且已有成文的规范。对于原核生物物种命名来说,也已有专门的委员会公布了对应的命名规则,即:国际原核生物命名法(International Code of Nomenclature of Prokaryotes)。
2.1 种(species)的命名:
2.1.1 命名时,根据潜在新物种:①分离源(如:土壤,肠道,人或动物来源,分离地点等);②形态特征(如:形状(球状,杆状,弧状,线装);③细胞大小(如:两端尖,或棒状),鞭毛特征);④菌落形态与质地(菌落大小,菌落颜色);⑥生长快慢;⑦是否产生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名;⑨非特异性命名:如用某个人的或者动物的名字命名。
2.1.2 种(species)命名实例:
①根据分离源:Blautia hominis 人源布劳蒂亚菌(human 人);Blautia intestini 肠源布劳蒂亚菌(intestine肠道);②根据形态和颜色特征等:Blautia recta 直杆布劳蒂亚菌(rectus直的);Blautia lenta 生长缓慢的布劳蒂亚菌(lentus缓慢的,懒惰的);Blautia rubra 红色布劳蒂亚菌(ruber红色的);③人名与地名: Blautia wangii 王氏劳蒂亚菌;Blautia beijingensis 北京布劳蒂亚菌;
2.1.3 完整的物种名称(属+种名)怎么翻译和理解:
2.1.3.1 翻译:种名当形容词而属名当名词进行翻译和理解。比如:Roseburia(罗斯布里氏或罗氏) faecis(粪便的)=粪源罗氏菌;
2.2 属(genus)的命名:
2.2.1 命名时,根据潜在新属:①分离源(如:土壤,肠枣毁道,人或动物来源,分离地点等);②形态特征(如:形状(球状,杆状,弧状,线装);③细胞大小(如:两端尖,或棒状),鞭毛特征);④菌落形态与质地(菌落大小,菌落颜色);⑥生长快慢;⑦是否产生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名。
2.2.2 属(genus)的命名实例:
①分离源( Humibacillus土壤杆菌属:土壤(humus)杆(bacillus=rod)菌属);Intestinibacter肠杆菌属:肠(intestine)杆(bacter)菌属;Indibacter:印度杆菌属,indi=india印度, bacter=rod 杆状);②形态和颜色特征等(如:Rhodococcus:rhodon=the rose,玫瑰,coccus球状的,rhodococcus红球菌);③生长快慢与细胞特性组合:Lentibacillus 慢长杆状菌属:lentus(慢的),bacillus=rod(杆状的)答陆);④人名与地名:人名(Zunongwangia 祖农菌属);地名(Sinobacter,Sinae中国的,sina中国,bacter=rod杆状,中华杆状菌属 );⑤其他理化特性:Butyratibacter产丁酸杆菌属,butyratum=butyrate丁酸,bacter=rod杆状的,丁酸杆菌属;
2.2 科(Family)的命名:
对于已经界定好的潜在新科来说,命名是相对简单的。比如:我们鉴定某个分离物(isolate)为一个潜在新属(potential novel genus,假设:我们命名这个属的名称为:Xiaomingia, 小明菌属),而且它与原先系统进化上临近的科(neighbor families)中的各属(genera)有明显的不同,那么界定它为新科,此时:就取这个新属为该科的模式属(type genus),并基于该模式属的名称(Xiaomingia)加上科标志后缀aceae,来生成新科的名称:Xiaomingiaeae ( 小明菌科);
3.1 物种名称的性别(Gender)(阳性Masculine,阴性 Feminine ,中性Neuter)
与众多其他语言(如:西班牙语,意大利语,葡萄牙语,阿拉伯语等)类似,拉丁语也区分词汇的性别,即:阳性,阴性,中性。具体区分来说:性别很明确的(跟女/雌性直接相关的)词汇都可直接确定为阴性,如:amica(女朋友);而与男/雄性直接相关的词汇可直接确定为为阳性,如:mustaceus(胡须);还有一些词不分男女,即:中性词,如Bacterium,细菌。
3.1.1 名词与形容词性别的统一性:
描述阳性词的其他词(如:形容词,动词),也都是有性别的,也就是说前后统一。
比如:美丽bellus(美丽的,阴性);bella(美丽的,阳性) ;bellum(美丽的,中性)
3.1.2 阳性与阴性的区分(此处仅论结尾规律性阴阳性词,对固有性别直的直接略过):
1)阳性结尾:us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2)阴性结尾:as,a,ia,ea
3)中性结尾:um,im,ii
3.1.3 对于新物种(species)起名(注意:种名全小写,斜体!):
3.1.3.1 用形容词起种名:lentus慢的,(阳/阴/中:lentus/lenta/lentum)
1)Ruminococcus lentus:慢生瘤胃球菌(直译:长得慢的瘤胃球菌)
2)Pasteuria lenta:慢生巴斯德菌(直译:长得慢的巴斯德菌)
3)Halobacterium lentum:慢生嗜盐菌(直译:长得慢的嗜盐菌)
3.1.3.2 用地名起种名: 如,在南京分离的
1)Ruminococcus nanjingensis:南京瘤胃球菌
2)Pasteuria nanjingensis:南京巴斯德菌
3)Halobacterium nanjingensis:南京嗜盐菌
3.1.3.3 用颜色起种名: 如,白色的
1)Ruminococcus albus:白色瘤胃球菌
2)Pasteuria alba:白色巴斯德菌
3)Halobacterium album:白色嗜盐菌
3.1.3.4 用人名起种名: 如,John的
1)Ruminococcus johnii:琼氏瘤胃球菌
2)Pasteuria johnii:琼氏巴斯德菌
3)Halobacterium johnii:琼氏嗜盐菌
备注:对于上述人名,地名来命名的规则的详解可参阅International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的对应解释。
3.1.4 对于新属(genus)起名(注意:属名首字母大写,斜体!):
3.1.4.1 如常见的用人名来起名:Weng
1)Wengia lenta:慢生翁氏菌,具体词性的变化(即:结尾的变化,可以参考上述变化规则)
3.1.4.2 用组合词起名:Lentus(慢的)+coccus(球状的)=lenticoccus,慢生球菌属
1)lenticoccus albus:白色慢生球菌
3.2 物种命名常见的错误:
1)阴阳性不统一:比如,lenticoccus(阳性) alba(阴性)
2)重复命名:比如,某个词已用作某个生物(微生物,动物,植物等)的科学属名(genus name),此时不能重复用这个词来命名一个新属;另外,如果一个种名已被用,则也不能重用;但是:如果一个名字只是用来命名了一个物种(species),则可以用这个词的属名(genus)格式来命名一个新属(novel genus),比如:Pasteuria johnii 琼氏巴斯德菌,johnii作为物种(species)名了,然后我们造Johnia,用这个命名新的属Johnia(琼氏菌属),然后命名一个新物种Johnia alba (白色琼氏菌),虽然可以这么做,但是不推荐这么做,毕竟科学命名(scientific nomenclature)的初衷是为了去除混乱(less chaotic!)
四、一些相关学习资源:
② 微生物的名称
一般地,在中国大陆地区的教科书中,均将微生物划分为以下8大类:
细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。
举例的话。
肺炎链球菌
脑膜炎奈瑟氏菌
淋病奈瑟氏菌
卡他奈瑟氏菌
大肠埃希氏菌
肺炎杆菌
肺炎克雷白氏菌
伤寒沙门氏菌
绿脓假单胞菌
结核分枝杆菌
白喉棒状杆菌
鼠疫耶尔森氏菌
志贺氏菌
穿透芽胞梭菌
破伤风芽胞梭菌
③ 微生物学的命名
微生物的分类单位:界、门、纲、目、科、属、种
种是最基本的分类单位,每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 以啤酒酵母为例,它在分类学上的地位是:界(Kindom):真菌界
门(Phyllum):真菌门
纲(Class):子囊菌纲
目(Order):内孢霉目
科(Family):内孢霉科
属(Genus):酵母属
种(Species):啤酒酵母
种(species):是一个基本分类单位;是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近,与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。①菌株(strain)表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群)。因此,一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。例如:大肠埃希氏杆菌的两个菌株:EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法:如果说种是分类学上的基本单位,那末菌株实际上是应用的基本单位,因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别! ②亚种(subspecies)或变种(variety):为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状,而又不足以区分成新种时,可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。
变种是亚种的同义词,因“变种”一词易引起词义上的混淆,从1976年后,不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株,称之为亚种。
例如:E.colik12(野生型)是不需要特殊aa的,而实验室变异后,可从k12获得某aa的缺陷型,此即称为E.colik12的亚种。③型(form):常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型。例如:按抗原特征的差异分为不同的血清型
微生物的命名:微生物的名字有俗名和学名两种。如:红色面包霉——粗糙脉孢霉;绿脓杆菌——铜绿假单胞菌。学名—是微生物的科学名称,它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。①双名法:学名=属名+种名+(首次定名人)+现定名人+定名年份 属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名。种名:拉丁文形容词,字首小写,为微生物次要特征,如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。例:大肠埃希氏杆菌Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers1919
金黄色葡萄球菌 当泛指某一属微生物,而不特指该属中某一种(或未定种名)时,可在属名后加sp.或ssp.(分别代表species缩写的单数和复数形式)。
例如:Saccharomycessp.表示酵母菌属中的一个种。菌株名称:在种名后面自行加上数字、地名或符号等 例如:BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北纺
丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection美国模式菌种保藏中心
当文章中前面已出现过某学名时,后面的可将其属名缩写成1~3个字母。
例如:Escherichiacoli可缩写成E.coli
Staphylococcusaureus可缩写成S.aureus ②三名法:用于对亚种的命名,这时在属和种名后加写一个subsp.,然后再附上亚种名称(斜排体)。例如:Bacillusthuringiensissubsp.galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
④ 微生物是什么
微生物的定义
现代定义:微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物的总称。 形体微小,结构简单,通常要用光学显微镜和电子显微镜才能看清楚的生物,统称为微生物。 (但有些微生物是可以看见的,像属于真菌的蘑菇、灵芝等。)
特点
个体微小,一般<0.1mm。 构造简单,有单细胞的,简单多细胞的,非细胞的。进化地位低,大多依靠有机物维持生命。
分类
原核类: 三菌,三体。 三菌:细菌、蓝细菌、放线菌 三体:支原体、衣原体、立克次氏体 真核类: 真菌,原生动物,显微藻类。 非细胞类: 病毒,亚病毒 ( 类病毒,拟病毒,朊病毒)。
五大共性:
体积小,面积大; 吸收多,转化快 微生物
; 生长旺,繁殖快; 适应强,易变异; 分布广,种类多。
编辑本段类群
种类 原核:细菌、放线菌、螺旋体、支原体、立克次氏体、衣原体。 真核:真菌
、藻类、原生动物。 非细胞类:病毒和亚病毒。 一般地,在中国大陆地区的教科书中,均将微生物划分为以下8大类: 细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。
微生物的化学组成
C,H,O,N,P,S以及其他元素
微生物的营养物质
1 水和无机盐 2 碳源:凡能为微生物提供生长繁殖所需碳元素的营养物质 来源 作用 3氮源:凡能为微生物提供所必需氮元素的营养物质 来源 作用:主要用于合成蛋白质,核酸以及含氮的代谢产物 4 能源:能为微生物生命活动提供最初能源来源的营养物质或辐射能
根据碳源和能源分类
5生长因子:微生物生长不可缺少的微量有机物
能引起人和动物致病的微生物叫病源微生物,有八大类: 1.真菌:引起皮肤病。深部组织上感染。 2放线菌:皮肤,伤口感染。 3螺旋体:皮肤病,血液感染 如梅毒,钩端螺旋体病。 4细菌:皮肤病化脓,上呼吸道感染 ,泌尿道感染,食物中毒,败血压症,急性传染病等。 5立克次氏体:斑疹伤寒等。 6衣原体:沙眼,泌尿生殖道感染。 7病毒:肝炎,乙型脑炎,麻疹,艾滋病等。 8支原体:肺炎,尿路感染。 生物界的微生物达几万种,大多数对人类有益,只有一少部份能致病。有些微生物通常不致病,在特定环境下能引起感染称条件致病菌。 能引起食品变质,腐败,正因为它们分解自然界的物体,才能完成大自然的物质循环。
微生物的作用
微生物对人类最重要的影响之一是导致传染病的流行。在人类疾病中有50%是由病毒引起。世界卫生组织公布资料显示:传染病的发病率和病死率在所有疾病中占据第一位。微生物导致人类疾病的历史,也就是人类与之不断斗争的历史。在疾病的预防和治疗方面,人类取得了长足的进展,但是新现和再现的微生物感染还是不断发生,像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治疗药物。一些疾病的致病机制并不清楚。大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力,使许多菌株发生变异,导致耐药性的产生,人类健康受到新的威胁。一些分节段的病毒之间可以通过重组或重配发生变异,最典型的例子就是流行性感冒病毒。每次流感大流行流感病毒都与前次导致感染的株型发生了变异,这种快速的变异给疫苗的设计和治疗造成了很大的障碍。而耐药性结核杆菌的出现使原本已近控制住的结核感染又在世界范围内猖獗起来。 微生物千姿百态,有些是腐败性的,即引起食品气味和组织结构发生不良变化。当然有些微生物是有益的,它们可用来生产如奶酪,面包,泡菜,啤酒和葡萄酒。微生物非常小,必须通过显微镜放大约1000 倍才能看到。比如中等大小的细菌,1000个叠加在一起只有句号那么大。想象一下一滴牛奶,每毫升腐败的牛奶中约有5千万个细菌,或者讲每夸脱牛奶中细菌总数约为50亿。也就是一滴牛奶中可能含有50 亿个细菌。 微生物能够致病,能够造成食品、布匹、皮革等发霉腐烂,但微生物也有有益的一面。最早是弗莱明从青霉菌抑制其它细菌的生长中发现了青霉素,这对医药界来讲是一个划时代的发现。后来大量的抗生素从放线菌等的代谢产物中筛选出来。抗生素的使用在第二次世界大战中挽救了无数人的生命。一些微生物被广泛应用于工业发酵,生产乙醇、食品及各种酶制剂等;一部分微生物能够降解塑料、处理废水废气等等,并且可再生资源的潜力极大,称为环保微生物;还有一些能在极端环境中生存的微生物,例如:高温、低温、高盐、高碱以及高辐射等普通生命体不能生存的环境,依然存在着一部分微生物等等。看上去,我们发现的微生物已经很多,但实际上由于培养方式等技术手段的限制,人类现今发现的微生物还只占自然界中存在的微生物的很少一部分。 微生物间的相互作用机制也相当奥秘。例如健康人肠道中即有大量细菌存在,称正常菌群,其中包含的细菌种类高达上百种。在肠道环境中这些细菌相互依存,互惠共生。食物、有毒物质甚至药物的分解与吸收,菌群在这些过程中发挥的作用,以及细菌之间的相互作用机制还不明了。一旦菌群失调,就会引起腹泻。 随着医学研究进入分子水平,人们对基因、遗传物质等专业术语也日渐熟悉。人们认识到,是遗传信息决定了生物体具有的生命特征,包括外部形态以及从事的生命活动等等,而生物体的基因组正是这些遗传信息的携带者。因此阐明生物体基因组携带的遗传信息,将大大有助于揭示生命的起源和奥秘。在分子水平上研究微生物病原体的变异规律、毒力和致病性,对于传统微生物学来说是一场革命。 以人类基因组计划为代表的生物体基因组研究成为整个生命科学研究的前沿,而微生物基因组研究又是其中的重要分支。世界权威性杂志《科学》曾将微生物基因组研究评为世界重大科学进展之一。通过基因组研究揭示微生物的遗传机制,发现重要的功能基因并在此基础上发展疫苗,开发新型抗病毒、抗细菌、真菌药物,将对有效地控制新老传染病的流行,促进医疗健康事业的迅速发展和壮大!
⑤ 微生物的学名是由什么组成
学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。
①双名法:学名=属名+种名+(首次定名人)+现定名人+定名年份 属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名。种名:拉丁文形容词,字首小写,为微生物次要特征,如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等
②三名法:用于对亚种的命名,这时在属和种名后加写一个subsp.,然后再附上亚种名称(斜排体)。例如:Bacillusthuringiensissubsp.galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
⑥ 微生物学名词解释是什么
微生物学名词解释是是生物学的分支学科之一。它是在分子、细胞或群体水平上研究各类微小生物。
微生物学是应用学科,也是基础学科,是生物学的重要组成部分。在探讨生命的本质、生命活动规律、生物的起源与进化等方面,与分子生物学有着密切联系。由于微生物结构简单、生长繁殖迅速、易于培养以及突变体应用方便,使它们成为研究生物学中许多基本问题的良好材料。
分类如下:
一类:能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物,以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。具有高个体危害和高群体危害,引起的疾病一般不能治愈,如天花病毒、埃博拉病毒等。
二类:能够引起人类或者动物严重疾病,比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。具有高个体危害和低群体危害特征,如高致病性禽流感病毒、布鲁杆菌等。
三类:能够引起人类或者动物疾病,但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害,传播风险有限,具备有效治疗和预防措施的微生物。具有中等个体危害和有限群体危害特征,如甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒等。
四类:在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。具有低个体危害和低群体危害。
⑦ 如何记忆微生物的拉丁文名称
拉丁名取名是作者根据自己爱好定的,又不是统一编号,如果你学过拉丁文,那么还好,不过完全没有必要。
考研大不了让你记几个常见微生物的拉丁名,死记硬背下来就行了啊,又没多少。
微生物专业的教授也一样不认识生僻微生物的拉丁名啊。
⑧ 微生物是如何命名的举例说明
命名按照《国际细菌命名法规》,采用林奈氏双名法.
属名 + 种名 +命名人
如大肠杆菌:Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers 1919
属名:名词,大写首字母,一般描绘主要形态或生理特征.
种名:形容词,小写,代表一个种次要特征.
未确定种名或不指特定的种时,可在属名后加sp.表示.
⑨ 微生物的命名原则和方法
所有正式分类单元(包或亚种和亚种以上等级的分类单元)的学名,必须用拉丁词或者其他词源经拉丁化的词命名.
(1)属名
属名用一个单数主格名词或当做名词用的形容词来表示,可以是阳性、阴性或中性,首字母要大写.Bacillus( 属名,首字母亚斜写).亚属分类单元的命名和属名相同.其中的阴阳或者中性指的是原本的拉丁词的性质.
(2)种名
细菌的命名也和其他的生物一样用双名法命名,即种的学名=属名+种名.第一个词为属名,首字母要大写;第二个词为种名加词,常用形容词(要与属名性别一致),也可以用人名、地名、病名、或者其他名词(名词用主格或者所有格形式),种名加词首字母不大写.
例如Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌)其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性),aeruginosa是种名加词,是拉丁形容词(阴性),原意为“铜绿色的”.
还有亚种名和属级以上的分类单元的命名我就不写了,我打字很慢.
PS:如果需要了解的话可以看高等教育出版社出版的(主编为沈萍、陈向东等)《微生物生物学》教材.