⑴ 怎么制作微生物的制片,然后用显微镜观察
(1) 以油性签字笔在载玻片之背面画个圈 并写上所要鉴定之细菌的名称。
,
(2) 在圆圈正面滴上一滴水,水滴越小滴越好,如有需要,可将多馀的水
擦去。
(3) 用牙签沾取一点菌落涂于载玻片正面的圆圈中(勿沾取太多的细菌)。
(4) 待涂布的菌液完全风乾后(切记不可用火烧乾,以免破坏细菌细胞壁的
结构),让载玻片在火上來回數次,使细菌固定(每次通过火焰后均需
稍冷却,载玻片之温度以不烫手为原则)。
一)正置显微镜
1、安放
右手握住镜臂,左手托住镜座,使镜体保持直立。桌面要清洁、平稳,要选择临窗或光线充足的地方。单筒的一般放在左侧,距离桌边3~4厘米处。
2、清洁
检查显微镜是否有毛病,是否清洁,镜身机械部分可用干净软布擦拭。透镜要用擦镜纸擦拭,如有胶或粘污,可用少量二甲苯清洁之。
3、对光
镜筒升至距载物台1~2厘米处,低倍镜对准通光孔。调节光圈和反光镜,光线强时用平面镜,光线弱时用凹面镜,反光镜要用双手转动。
若使用的为带有光源的显微镜,可省去次步骤,但需要调节光亮度的旋钮。
4、安装标本
将玻片放在载物台上,注意有盖玻片的一面一定朝上。用弹簧夹将玻片固定,转动平台移动器的旋钮,使要观察的材料对准通光孔中央。
5、调焦
调焦时,先旋转粗调焦旋钮慢慢降低镜筒,并从侧面仔细观察,直到物镜贴近玻片标本,然后左眼自目镜观察,左手旋转粗调焦旋钮抬升镜筒,直到看清标本物像时停止,再用细调焦旋钮回调清晰。
操作注意:不应在高倍镜下直接调焦;镜筒下降时,应从侧面观察镜筒和标本间的间距;要了解物距的临界值。
若使用双筒显微镜,如观察者双眼视度有差异,可靠视度调节圈调节。另外双筒可相对平移以适应操作者两眼间距。
6、观察
若使用单筒显微镜,两眼自然张开,左眼观察标本,右眼观察记录及绘图,同时左手调节焦距,使物象清晰并移动标本视野。右手记录、绘图。
镜检时应将标本按一定方向移动视野,直至整个标本观察完毕,以便不漏检,不重复。
光强的调节:一般情况下,染色标本光线宜强,无色或未染色标本光线宜弱;低倍镜观察光线宜弱,高倍镜观察光线宜强。除调节反光镜或光源灯以外,虹彩光圈的调节也十分重要。
(1)低倍镜观察
观察任何标本时,都必须先使用低倍镜,因为其视野大,易发现目标和确定要观察的部位。
(2)高倍镜观察
从低倍镜转至高倍时,只需略微调动细调焦旋钮,即可使物像清晰。
使用高倍镜时切勿使用粗调焦旋钮,否则易压碎盖玻片并损伤镜头。
转动物镜转换器时,不可用手指直接推转物镜,这样容易使物镜的光轴发生偏斜,转换器螺纹受力不均匀而破坏,最后导致转换器就会报废。
(3)油镜的观察
先用低倍镜及高倍镜将被检物体移至视野中央后,再换油镜观察。油镜观察前,应将显微镜亮度调整至最亮,光圈完全打开。
使用油镜时,先在盖玻片上滴加一滴香柏油(镜油),然后降低镜筒并从侧面仔细观察,直到油镜浸入香柏油并贴近玻片标本,然后用目镜观察,并用细调焦旋钮抬升镜筒,直到看清标本的焦段时停止并调节清晰。
香柏油滴加要适量。油镜使用完毕后一定要用擦镜纸沾取二甲苯擦去香柏油,并再用干的擦镜纸擦去多余二甲苯。
7、结束操作
观察完毕,移去样品,扭转转换器,使镜头V字型偏于两旁,反光镜要竖立,降下镜筒,擦抹干净,并套上镜套。
若使用的是带有光源的显微镜,需要调节亮度旋钮将光亮度调至最暗,再关闭电源按钮,以防止下次开机时瞬间过强电流烧坏光源灯
⑵ 我画微生物平板的时候为什么后面区域的菌落长得比前面区域的还好,我...
后面划得细,菌稀少,容易生长,
前面菌太密,互相抢夺营养,自然没有后面长的好。
⑶ 什么是菌种作画
菌种作画指的是在培养皿内从自然环境中找到合适的菌种,根据它们自身不同的颜色,利用无菌操作等方式,让菌种长成一幅漂亮的画。
⑷ 微生物异步生长图咋画
画一根竖线 分成两根 四根.
依此类推就ok啦
⑸ 如何绘制细菌生长的对数曲线
这个记得不是很清楚了,大致是这样,开始营养足够,细菌数量呈几何级增长,达到临界点后平衡,是水平直线,后来营养不足,数量下降。
⑹ 微生物在如何培养基上绘画
1、图案的绘制:蘸取适量菌落在培养基上画出图案,在恒温箱内培养一段时间就能显现出先前绘画的图案。
2、颜色的选取:不同菌种长成的菌落有不同的颜色、边缘、质地特征
⑺ 如何进行微生物多样性 重复样品如何作图
CAD的尺寸是按1:1画的,只有单位的变化(英寸,毫米等等),要标注的话,可以把图形放大或缩小(快捷键SC),要标注这个尺寸的话就要按相应比例来标注(比如:图形放大5,标注比例位0.2.)。所以画图形的话,就需要按1:1画就可以了。
⑻ 平板划线怎么画
平板划线法,平板划线分离法是指把混杂在一起的微生物或同一微生物群体中的不同细胞用接种环在平板培养基表面通过分区划线稀释而得到较多独立分布的单个细胞,经培养后生长繁殖成单菌落,通常把这种单菌落当作待分离微生物的纯种。有时这种单菌落并非都由单个细胞繁殖而来的,故必须反复分离多次才可得到纯种。其原理是将微生物样品在固体培养基表面多次作“由点到线”稀释而达到分离目的的
方式
划线的形式有多种,可将一个平板分成四个不同面积的小区进行划线,第一区(A区)面积最小,作为待分离菌的菌源区,第二和第三区(B、C区)是逐级稀释的过渡区,第四区(D区),则是关键区,使该区出现大量的单菌落以供挑选纯种用。为了得到较多的典型单菌落,平板上四区面积的分配应是D>C>B>A。
步骤
用接种环在平板培养基表面通过分区划线而达到纯化分离微生物的一种方法。是将微生物样品在固体培养基表面多次作“由点到线”稀释而达到分离的目的。用于目的微生物的分离。
特点
快捷、方便、便于得到目的性状的单克隆。
示例
对大肠杆菌的分离
实验器材
大肠杆菌、枯草芽孢杆菌混合菌悬液
牛肉膏蛋白胨培养基
无菌培养皿,水浴锅,接种环等。
实验步骤
1.融化培养基:牛肉膏蛋白胨琼脂培养基放入水浴中加热至融化。
2.倒平板:待培养基冷却至50℃左右,按无菌操作法倒2只平板(每皿约15m1),平置,待凝固。
倒平板的方法:右手持盛培养基的试管或三角瓶置火焰旁边,用左手将试管塞或瓶塞轻轻地拨出,试管或瓶口保持对着火焰;然后用右手手掌边缘或小指与无名指夹住管(瓶)塞(也可将试管塞或瓶塞放在左手边缘或小指与无名指之间夹住。如果试管内或三角瓶内的培养基一次用完,管塞或瓶塞则不必夹在手中)。左手拿培养皿并将皿盖在火焰附近打开一缝,迅速例入培养基约15m1,加盖后轻轻摇动培养皿,使培养基均匀分布在培养皿底部,然后平置于桌面上,待凝后即为平板。
3.作分区标记在皿底将整个平板划分成A、B、C、D四个面积不等的区域。各区之间的交角应为120℃左右(平板转动一定角度约60℃),以便充分利用整个平板的面积,而且采用这种分区法可使D区与A区划出的线条相平行,并可避免此两区线条相接触。
4.划线操作
(1)挑取他含菌样品:选用平整、圆滑的接种环,按无菌操作法挑取少量菌种。
(2)划A区:将平板倒置于煤气(酒精)灯旁,左手拿出皿底并尽量使平板垂直于桌面,有培养基一面向着煤气灯(这时皿盖朝上,仍留在煤气灯旁),右手拿接种环先在A区划3—4条连续的平行线(线条多少应依挑菌量的多少面定)。划完A区后应立即烧掉环上的残菌,以免因菌过多而影响后面各区的分离效果。在烧接种环时,左手持皿底并将其覆盖在皿盖上方(不要放入皿盖内),以防止杂菌的污染。
(3)划其他区:将烧去残菌后的接种环在平板培养基边缘冷却一下,并使B区转到上方,接种环通过A区(菌源区)将菌带到B区,随即划数条致密的平行线。再从B区作C区的划线。最后经C区作D区的划线,D区的线条应与A区平行,但划D区时切勿重新接触A、B区,以免极该两区中浓密的菌液带到D区,影响单菌落的形成。随即将皿底放入皿盖中。烧去接种环上的残菌。
5.恒温培养:将划线平板倒置,于37℃(或28℃)培养,24hr后观察。
⑼ 用细菌画画
好漂亮的说,很喜欢真的很漂亮,但是非专业人士还是要注意不要轻易尝试,在条件达不到的实验室还是有传染感染病原微生物的危险
⑽ 环境微生物群落heatmap图怎么画
1. 稀释性曲线(Rarefaction Curve)
采用对测序序列进行随机抽样的方法,以抽到的序列数与它们所能代表OTU的数目构建曲线,即稀释性曲线。
当曲线趋于平坦时,说明测序数据量合理,更多的数据量对发现新OTU的边际贡献很小;反之则表明继续测序还可能产生较多新的OTU。
横轴:从某个样品中随机抽取的测序条数;"Label 0.03" 表示该分析是基于OTU 序列差异水平在0.03,即相似度为97% 的水平上进行运算的,客户可以选取其他不同的相似度水平。
纵轴:基于该测序条数能构建的OTU数量。
曲线解读:
Ø 图1中每条曲线代表一个样品,用不同颜色标记;
Ø 随测序深度增加,被发现OTU 的数量增加。当曲线趋于平缓时表示此时的测序数据量较为合理。
2. Shannon-Wiener 曲线
反映样品中微生物多样性的指数,利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线,以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。
当曲线趋向平坦时,说明测序数据量足够大,可以反映样品中绝大多数的微生物物种信息。
横轴:从某个样品中随机抽取的测序条数。
纵轴:Shannon-Wiener 指数,用来估算群落多样性的高低。
Shannon 指数计算公式:
其中,
Sobs= 实际测量出的OTU数目;
ni= 含有i 条序列的OTU数目;
N = 所有的序列数。
曲线解读:
Ø 图2每条曲线代表一个样品,用不同颜色标记,末端数字为实际测序条数;
Ø 起初曲线直线上升,是由于测序条数远不足覆盖样品导致;
Ø 数值升高直至平滑说明测序条数足以覆盖样品中的大部分微生物。
3.Rank-Abundance 曲线
用于同时解释样品多样性的两个方面,即样品所含物种的丰富程度和均匀程度。
物种的丰富程度由曲线在横轴上的长度来反映,曲线越宽,表示物种的组成越丰富;
物种组成的均匀程度由曲线的形状来反映,曲线越平坦,表示物种组成的均匀程度越高。
横轴:OTU 相对丰度含量等级降序排列。
纵轴:相对丰度比例。
曲线解读:
Ø 图3与图4中每条曲线对应一个样本(参考右上角图标);
Ø 图3与图4中横坐标表示的是OTU(物种)丰度排列顺序,纵坐标对应的是OTU(物种)所占相对丰度比例(图3为相对百分比例,图4为换算后Log值),曲线趋于水平则表示样品中各物种所占比例相似;曲线整体斜率越大则表示样品中各物种所占比例差异较大。
4. 样本群落组成分析:多样本柱状图/ 单样本饼状图
根据分类学分析结果,可以得知一个或多个样品在各分类水平上的物种组成比例情况,反映样品在不同分类学水平上的群落结构。
柱状图(图5)
横轴:各样品的编号。
纵轴:相对丰度比例。
图标解读:
Ø 颜色对应此分类学水平下各物种名称,不同色块宽度表示不同物种相对丰度比例;
Ø 可以在不同分类学水平下作图分析。
饼状图(图6)
在某一分类学水平上,不同菌群所占的相对丰度比例。不同颜色代表不同的物种。
5. 样品OTU 分布Venn 图
用于统计多个样品中共有或独有的OTU数目,可以比较直观地表现各环境样品之间的OTU 组成相似程度。
不同样品用不同颜色标记,各个数字代表了某个样品独有或几种样品共有的OTU 数量,对应的OTU编号会以EXCEL 表的形式在结题报告中呈现。
分析要求
单张分析图,样本分组至少两个,最多5 个。
Ø 默认设置为97% 相似度水平下以OTU 为单位进行分析作图。
6. Heatmap 图
用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息,它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。将高丰度和低丰度的物种分块聚集,通过颜色梯度及相似程度来反映多个样品在各分类水平上群落组成的相似性和差异性。
相对丰度比例:
热图(图8)中每小格代表其所在样品中某个OTU 的相对丰度。以图8为例,红框高亮的小格所对应的信息为:样本(R11-1Z)中OTU(OTU128)的相对丰度比例大概为0.2%。
丰度比例计算公式(Bray Curtis 算法):
其中,
SA,i = 表示A样品中第i个OTU所含的序列数
SB,i = 表示B样品中第i个OTU所含的序列数
样品间聚类关系树:
进化树表示在选用成图数据中,样本与样本间序列的进化关系(差异关系)。处于同一分支内的样品序列进化关系相近。
物种/OTU 丰度相似性树:
丰度相似性树表示选用成图的数据中样品与样品中的OTU 或序列在丰度上的相似程度。丰度最相近的会分配到同一分支上。
客户自定义分组:根据研究需求对菌群物种/OTU 研究样本进行二级分组
Ø 二级物种/OTU 分组:将下级分类学水平物种或OTU 分配到对应的上级分类学水平,以不同颜色区分;
Ø 二级样品分组:根据研究需要,对样品进行人为的分组,以不同颜色区分。
7. 主成分分析PCA (Principal Component Analysis)
在多元统计分析中,主成分分析是一种简化数据集的技术。主成分分析经常用于减少数据集的维数,同时保持数据集中对方差贡献最大的特征,从而有效地找出数据中最“主要”的元素和结构,去除噪音和冗余,将原有的复杂数据降维,揭示隐藏在复杂数据背后的简单结构。
通过分析不同样品的OTU 组成可以反映样品间的差异和距离,PCA 运用方差分解,将多组数据的差异反映在二维坐标图上,坐标轴为能够最大程度反映方差的两个特征值。如样品组成越相似,反映在PCA图中的距离越近。
横轴和纵轴:以百分数的形式体现主成分主要影响程度。以图9为例,主成分1(PC1)和主成分2(PC2)是造成四组样品(红色,蓝色,黄色和绿色)的两个最大差异特征,贡献率分别为41.1% 和27.1%。
十字交叉线:在图9中作为0 点基线存在,起到辅助分析的作用,本身没有意义。
图例解读:
Ø PCA 分析图是基于每个样品中所含有的全部OTU 完成的;
Ø 图9中每个点代表了一个样本;颜色则代表不同的样品分组;
Ø 两点之间在横、纵坐标上的距离,代表了样品受主成分(PC1 或 PC2)影响下的相似性距离;
Ø 样本数量越多,该分析意义越大;反之样本数量过少,会产生个体差异,导致PCA分析成图后形成较大距离的分开,建议多组样品时,每组不少于5个,不分组时样品不少于10个;
Ø 图10中的圆圈为聚类分析结果,圆圈内的样品,其相似距离比较接近。
8. RDA/ CCA 分析图
基于对应分析发展的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。主要用来反映菌群与环境因子之间的关系。RDA 是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
横轴和纵轴:RDA 和CCA 分析,模型不同,横纵坐标上的刻度为每个样品或者物种在与环境因子进行回归分析计算时产生的值,可以绘制于二维图形中。
图例解读:
Ø 冗余分析可以基于所有样品的OTU作图,也可以基于样品中优势物种作图;
Ø 箭头射线:图11中的箭头分别代表不同的环境因子(即图中的碳酸氢根离子HCO3-,醋酸根离子AC-等,图中的其它环境因子因研究不同代表的意义不同,因此不再赘述);
Ø 夹角:环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系,钝角时呈负相关关系。环境因子的射线越长,说明该影响因子的影响程度越大;
Ø 图11中不同颜色的点表示不同组别的样品或者同一组别不同时期的样品,图中的拉丁文代表物种名称,可以将关注的优势物种也纳入图中;
Ø 环境因子数量要少于样本数量,同时在分析时,需要提供环境因子的数据,比如 pH值,测定的温度值等。
9. 单样品/ 多样品分类学系统组成树
根据NCBI 提供的已有微生物物种的分类学信息数据库,将测序得到的物种丰度信息回归至数据库的分类学系统关系树中,从整个分类系统上全面了解样品中所有微生物的进化关系和丰度差异。
单样品图(图12):可以了解单样品中的序列在各个分类学水平上的分布情况。
图例解读:
Ø 图12中不同的层次反映不同的分类学水平;
Ø 分支处的圆面积说明了分布在该分类学水平,且无法继续往下级水平比对的序列数量,面积越大,说明此类序列越多;
Ø 每个分支上的名词后面的两组数字分别表示比对到该分支上的序列数和驻留在该节点上的序列数;
Ø 图13中为某单一水平物种分布情况,并非是序列分布。
多样品图(图14):比对多个样品在不同分类学分支上序列数量差异。
图例解读:
Ø 比对不同样品在某分支上的序列数量差异,通过带颜色的饼状图呈现,饼状图的面积越大,说明在分支处的序列数量越多,不同的颜色代表不同的样品。
Ø 某颜色的扇形面积越大,说明在该分支上,其对应样品的序列数比其他样品多。
Ø 多样品在做该分析时,建议样品数量控制在10个以内,或者将重复样本数据合并成一个样本后,总样品数在10个以内。
10.系统发生进化树
在分子进化研究中,基于系统发生的推断来揭示某一分类水平上序列间碱基的差异,进而构建进化树。