如何制作生物进化树

A. 如何用phytozome构建进化树

进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出：生物进化有一个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等，从简单到复杂。有相关图书一册。

B. 生物信息学clustal2.1怎么生产tree view 可以用的文件做出系统进化树

用蛋白互或者基因的序列做进化树，大概分为两个步骤，一个是比对，一个是构建进化树，clustalX主要是用来进行比对的，构建的进化树只是前导树，不够准确。如果需要构建进化树还是选择下其他专业的软件靠谱些，强烈推荐下新手使用MEGA5，比较容易上手，而且已经嵌入了Clustalw和muscle的比对，不需要另行装比对软件。而且可以直接生成树状图，避免使用tree view。官方网址：http://www.megasoftware.net/

C. megalign怎么构建进化树

序列比对建议用ClustalX
建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便
若要建ML树推荐用phyML
建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC

如果不是专业建树的话，MEGA足够用了，建议参考下面这篇文章：

一、引言
开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有 3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：

1．涉及基本概念
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。

2．关于构建进化树的方法的选择
例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。

3．关于软件的选择
例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用ClustalX做出来的进化树与 phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。

4．蛋白家族的分类问题
例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。

5．新基因功能的推断
例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。

6．计算基因分化的年代
例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。

7．进化树的编辑
例如生成的进化树图片，如何进行后续的编辑，比如希望在图片上标注某些特定的内容，等等。

由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑，而 Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。

这里，作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论，并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。

D. 如何手工简单画进化树(生物信息学)

什么叫做手工绘制？你的意思是用某些系统发生程序做simulation，自动生成一堆树形吗？还是说你要自己用某种画图软件手绘进化树？

E. 如何建立微生物的进化树网络分析

微生物的进化

原始地球环境(约10亿年地球体形成还原性汽与气)――化学进化历程(三步曲为：无机小分子，有机大分子，有机多分子有机) ――生物进化阶段(微生物进化四大步：厌氧异养菌，厌氧自养菌，光能自养产O2菌，好氧异养菌)

地球上开始出现生命，主要是些类似简单杆状细菌的原始生物。

厌氧异养原始原核菌类的诞生：化学进化的产物(团聚体与微球体等多分子体系－“原始汤”。

厌氧自养原始原核菌的诞生：继厌氧异养原始原核菌的诞生后产生。

光合放氧菌的产生

好氧异养菌的诞生

在光能自养菌的基础上好氧异养菌诞生。

厌氧生物产能效率低, 有氧则生物朝能效 高的有氧呼吸飞跃迈进。

原始的假单胞菌类及脱氮副球菌等好氧异养菌诞生。

衍生出多样类型呼吸链的原核微生物类

进化的测量指征

一、进化指征的选择

表型特征、少量的化石资料

(1) 生物大分子作为进化标尺依据：蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显着特点是进化

速率相对恒定，也就是说，分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进化的时间成正比。

(2) 作为进化标尺的生物大分子的选择原则：

1）在所需研究的种群范围内，它必须是普遍存的。

2）在所有物种中该分子的功能是相同的。

3）为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进一步的分析比较。

4）分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测量尺度相适应。

大量的资料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要

的区域，比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低。

二、RNA作为进化的指征

16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”：

1）rRNA具有重要且恒定的生理功能；

2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；

3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析；

4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；

5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。

三、rRNA和系统发育树

1. rRNA的顺序和进化：培养微生物、提取并纯化rRNA、rRNA序列测定、分析比较、微生物之间的系统发育关系

2. 特征序列或序打印记

通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是采用计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单碱基印记。

特征序列有助于迅速确定某种微生物的分类归属，或建立新的分类单位。

3. 系统发育树

通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系。

图型中，分枝的末端和分枝的连结点称为结(node)，代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。系统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度变化来表示分子序列的差异数值。

建立16 S r RNA系统发育树的意义

a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群；

b）提出了一种新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；

c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据；

d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的分类理论；

e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。

F. 生物进化树示意图解说

如图生物进化树

G. 怎么得到生物进化树

首先要有数据，包括分子数据或者数量性状数据
然后利用一些软件，譬如paup计算做图

H. 生物进化树

原始生命，原始海洋中。结构，种。形成了种子

I. 生物进化树怎么做

建进化树的话，有兴趣可以用mega软件建树。网上教程很多，你自己看看。