❶ excel打开cub文件弹出数据链接属性cub文件到底应该怎么打开要装SQL Server吗
Multiwfn图形化软件的文件。
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使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
文/Sobereva
虽然能显示高斯类型格点文件的等值面的程序很多，但支持将一个函数数值用不同颜色填到另外一个函数的等值面上的可视化程序比较有限，常用的GaussView虽然支持，但操作不便而且不够强大。VMD是观看、分析分子动力学结果最重要的软件之一，它在映射颜色和显示等值面方面也很好用，等值面又光滑又有光泽，填色的色彩变化细腻，调整等值面也比较容易，而且运行流畅。VMD可以在。。。下载。
首先安装VMD，然后将func1.cub和func2.cub复制到VMD安装后的目录下，即vmd.exe所在路径。然后在此目录下编写一个文本文件，后缀为.vmd，比如ltwd.vmd。在里面填上如下内容：
mol new func1.cub
mol addfile func2.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
color scale method BGR
保存文件后，启动VMD，选File-Load
State，选择ltwd.vmd，图13下方的图就显示来了。若想把背景改成黑色，选Graphics-Colors-Display-Background-8
White。图中的弯曲的片状等值面边缘略有锯齿，可以通过增加此处格点密度来改善。从颜色上可看出，弯曲的片状等值面描述的是二聚体之间范德华作用，但部分区域也有微弱的位阻效应。圆片等值面只有中间呈蓝色，说明H与O之间形成了氢键，但并不像甲酸二聚体的氢键那么强。
VMD里面每个操作对应一条语句，载入.vmd本质上就是让.vmd文件中的语句全部执行，这就免得每次都手动执行载入文件、设定参数的一系列繁琐步骤。比如mol
new func1.cub的含义就是读入当前路径下func1.cub文件（默认的当前路径一般就是vmd.exe所在路径），mol scaleminmax top
1 -0.04 0.02代表将1号representation（对应于显示填色等值面的那个图层）色彩刻度的下上限分别设为-0.04和0.02，color
scale method BGR代表将色彩刻度由小到大设为蓝->绿->红。将背景设为白色的命令是color Display Background
white，若将此命令添加到.vmd里面就能在载入.vmd文件时顺便执行，使背景自动设为白色。这些命令在VMD手册上都有解释。这些命令也可以在VMD的控制台下直接运行，控制台通过Extensions-Tk
Console进入，比如想把色彩刻度改为从-0.05到0.05，就在控制台执行mol scaleminmax top 1 -0.05
0.05。有很多命令在VMD的GUI上有相应的选项，其中有些通过GUI操作会容易得多，比如调整等值面数值，可以在Graphics-Representations里面的列表中选定第二个显示模式（即Style为isosurface的那个），然后将下方Range的下上限分别设为比如0和1，点回车，之后拉动滑条就能在0~1范围内改变等值面。
另外，Chemcraft也可以实现相同功能，对初学者来说使用更简单，不过效果不
如VMD，而且收费。使用方法：
先打开func2.cub，再点左下角Add cube，选择func1.cub。将Contour value设为0.5，敲回车，然后点Show
isosurface。然后把Map other:选为2，再把Values range分别填-0.04和0.02，敲回车。
这种分析方法也可以用于分析晶体间内部弱相互作用。虽然Gaussian的PBC功能并不给力，但是简单的PBC计算还是可以胜任的。由于Gaussian的PBC计算是以高斯型函数作为基函数，所以波函数信息可以直接被Multiwfn读入并进行分析。这里将以金刚石晶体作为例子。
还是先获得波函数文件。Gaussian的输入文件就是压缩包里的
pbc_diamond.gjf。运行之后，用formchk将.chk转化为.fch文件。当然，用.wfn作为Multiwfn的波函数输入也可以。由于计算的是素晶胞，波函数信息也只含有两个碳原子的，获得的等值面显然体现不出周期性，然而计算复晶胞又太费时。在Multiwfn里提供了一个晶胞波函数平移复制功能，可以将这素晶胞波函数信息扩展为足够大的复晶胞波函数。复制次数越多，体系中高斯函数越多，计算格点时越慢，为避免计算格点时间太长，这里只向各方向平移复制两次。
启动Multiwfn后输入：
c:\pbc_diamond.fch
6 //修改波函数功能
32 //平移复制体系
4.7523,0,0 //第一个平移向量。平移向量在输出文件中的PBC vector段落，或者查看.fch中的Translation
vectors字段。不要用输入文件中的平移向量，因为Gaussian可能自动改动坐标，平移向量也就变了。
1 //单位为bohr
2 //复制两次。接下来再对另外两个方向做相同的平移复制。
❷ VMD中如何调电荷密度的等势面
我进行的是自旋极化计算，得到电荷密度文件chgcar。现在用vmd进行可视化，用它是因为它有spinup+spindown spinup-spindown spinup spindown 四个选项，看起来很方便。但是在选择spinup-spindown时，得到的上下自旋的等高面是相同颜色的，我怎么才能让他们用不同的颜色呢，多谢！
❸ vmd制图怎么改变不同分子的显示
首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为mp.pdb 这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式）。
打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，file?save coordinatesSelected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data 数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行。</ol>
❹ vmd 如何设置改变化学键的颜色
首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为mp.pdb
这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式）。
打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD
main窗口，filesave
coordinatesSelected
atoms
选择
all；File
type选择
pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data
数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行。
❺ lammps生成的文件怎么导入vmd
用materials studio建模转化成lammps data文件，我是用lammps里的msi2lmp工具转化的。
那个msi2lmp工具，手册第七章里面也有介绍，下载的lammps文件，tool目录下也有源代码和例子，你可以做相应的参考。
使用MS将PDB导出成car，mdf格式。
有关msi2lmp工具的使用(执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限):
按照以下顺序来的：
1，直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下；
2，在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场，export结构保存为.car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成；
3，将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff.frc）；
4，在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 运行程序，运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接删除，数据在xxx.lammps05文件中。
❻ 暗影精灵7 关闭vmd
1.点击设备管理,找到系统点击,找到IntelMEI电源管理去掉节能选项。
2.点击电源选项,找到高级设置,点击硬盘改0/PCIexpress,链接状态电源管理关闭。
3.点击电源选项,选择更改进入睡眠状态,改成从不。
暗影精灵是惠普公司专为游戏玩家打造的专业电竞品牌，该系列以暗影精灵游戏本为核心，已初步形成了“暗影精灵家族”系列产品，产品LOGO采用被惠普收购的高性能笔记本 品牌VOODOO。初代暗影精灵游戏本于2015年发布，暗影精灵游戏本已更新至暗影精灵七代，配备144Hz高刷新率专业电竞显示屏。
❼ 惠普暗影精灵intel vmd怎么关闭
1、点击设备管理，找到系统点击，找到IntelMEI电源管理去掉节能选项。
2、点击电源选项，找到高级设置，点击硬盘改0/PCIexpress，链接状态电源管理关闭。
3、点击电源选项，选择更改进入睡眠状态，改成从不。
❽ vmd 如何设置改变化学键的颜色
首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为mp.pdb 这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式）。
打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，filesave coordinatesSelected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data 数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行。