⑴ [转载]VASP能够进行哪些过程的计算怎样设置
我们平时最常用的研究方法是做单点能计算,结构优化、从头计算的分子动力学和电子结构相关性质的计算。 一般我们的研究可以按照这样的过程来进行 如果要研究一个体系的最优化构型问题可以首先进行结构弛豫优化,然后对优化后的结构进行性质计算或者单点能计算。 如果要研究一个体系的热力学变化过程可以首先进行分子动力学过程模拟,然后在某个温度或压强下进行性质计算或者单点能计算。 如果要研究一个体系的热力学结构变化可以首先在初始温度下进行NVT计算,然后进行分子动力学退火,然后在结束温度下进行性质计算研究。 什么是单点能计算(single point energy)?如何计算? 跟其它软件类似,VASP具有单点能计算的功能。也就是说,对一个给定的固定不变的结构(包括原子、分子、表面或体材料)能够计算其总能,即静态计算功能。 单点能计算需要的参数最少,最多只要在KPOINTS文件中设置一下合适的K点或者在INCAR文件中给定一个截断能ENCUT就可以了。还有一个参数就是电子步的收敛标准的设置EDIFF,默认值为EDIFF=1E-4,一般不需要修改这个值。 具体来说要计算单点能,只要在INCAR中设置IBRION=-1也就是让离子不移动就可以了。 什么是结构优化(structure optimization)?如何计算? 结构优化又叫结构弛豫(structure relax),是指通过对体系的坐标进行调整,使得其能量或内力达到最小的过程,与动力学退火不同,它是一种在0K下用原子间静力进行优化的方法。可以认为结构优化后的结构是相对稳定的基态结构,能够在实验之中获得的几率要大些(当然这只是理论计算的结果,必须由实验来验证)。 一般要做弛豫计算,需要设置弛豫收敛标准,也就是告诉系统收敛达成的判据(convergence break condition),当系统检测到能量变化减小到一个确定值时例如EDIFFG=1E-3时视为收敛中断计算,移动离子位置尝试进行下一步计算。EDIFFG这个值可以为负,例如EDIFFG=-0.02,这时的收敛标准是当系统发现所有离子间作用力都小于给定的数值,如0.02eV/A时视为收敛而中断。 弛豫计算主要有两种方式:准牛顿方法(quasi-Newton RMM-DIIS)和共轭梯度法(CG)两种。准牛顿方法计算速度较快,适合于初始结构与平衡结构(势能面上全局最小值)比较接近的情况,而CG方法慢一些,找到全局最小的可能性也要大一些。选择方法为IBRION=1时为准牛顿方法而IBRION=2时为CG方法。 具体来说要做弛豫计算,设置IBRION=1或者2就可以了,其它参数根据需要来设置。NSW是进行弛豫的最大步数,例如设置NSW=100,当计算在100步之内达到收敛时计算自动中断,而100步内没有达到收敛的话系统将在第100步后强制中止(平常计算步数不会超过100步,超过100步可能是计算的体系出了问题)。参数通常可以从文献中发现,例如收敛标准EDIFFG等。 有的时候我们需要一些带限制条件的弛豫计算,例如冻结部分原子、限制自旋的计算等等。冻结部分原子可以在POSCAR文件中设置selective dynamic来实现。自旋多重度限制可以在INCAR中以NUPDOWN选项来设置。另外ISIF选项可以控制弛豫时的晶胞变化情况,例如晶胞的形状和体积等。 费米面附近能级电子分布的smearing是一种促进收敛的有效方法,可能产生物理意义不明确的分数占据态情况,不过问题不大。在INCAR文件中以ISMEAR来设置。一般来说K点只有一两个的时候采用ISMEAR=0,金属体材料用ISMEAR=1或2,半导体材料用ISMEAR=-5等等。不过有时电子步收敛速度依然很慢,还需要设置一些算法控制选项,例如设置ALGO=Very_Fast,减小真空层厚度,减少K点数目等。 弛豫是一种非常有效的分析计算手段,虽然是静力学计算但是往往获得一些动力学得不到的结果。
⑵ 如何vasp和origin计算热力学性质
用origin 画图软件画,你把VASP计算出来的PDOS弄成txt格式(当然得从DOSCAR 中 split dos 得到,这个需要小程序,你自己搜一下),有两列,一列能量,一列态密度,直接用origin打开就行。这个软件很有用的,像画能带结构什么的都是用的到的。
⑶ 进行vasp计算时怎么选势函数
有时在INCAR文件用了ISYMM=0,打破对称性优化,但是,虽然这个关键词是在不保持对称性的前提下优化,但是可能还是以前的对称性,或许最终的能量最低的结构是一个对称性降低的结构,这种情况在dope中常常遇到,而Jahn-Teller效应或许直接影响到体系的性质。所以面临的问题就是如果真正打破这种对称性。这种优化不能找到最低能量的原因:主要可能是在保持对称前提下找到了一个local能量最小点,而非全局的最小点。当然对于IBRION的设置可能也会影响到计算的结构。详细的情况可以参看vasp说明书。
⑷ 怎么使用vasp计算锂在石墨烯表面的扩散及扩散势垒
怎么使用vasp计算锂在石墨烯表面的扩散及扩散势垒
石墨烯是由碳原子组成的六角蜂窝状二维晶格,它具有大的比表面积、高的电子迁移率、较小的质量密度、高的热稳定性和化学惰性等特性,已被成功用于气体检测,储氢,以及储锂等领域。除此之外,石墨烯还表现出良好的磁输运性质,如室温下的量子霍尔效应,非常规量子霍尔效应,弱的局域化抗磁性,以及量子电气力学现象等,由于它特殊的电学性质,石墨烯在未来电子器件行业有着广阔的应用前景。本文的主要研究以下内容: 首先,利用密度泛函理论在B3LYP/6-31G(d)基组水平上研究
⑸ 求教针对VASP分子动力学计算的数据结果分析问题
1. 如何提取温度-时间和总能-时间变化信息?
温度,能量-时间信息在OSZICAR里面,可以用grep提取。
2. 一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线?
不懂什么意思,RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到,这块不太懂。
3. VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么?尤其是不懂selection1、selection2如何选取?
数据导入到vmd后,点extension->radio distribution funcion->Use Molecule选你需要的molecue,一般直接把xml文件拖进去的话这个只有一个,选了就行。
selection 1 和 selection 2分别是中心原子(类)和相对原子(类)。
这里要用vmd的选择原子的语言,比如,我算vasp时候INCAR里面是Li和O,那么vasp.xml导入vmd以后就会有type Li和type O。这里type是关键字。
以我的为例子,我selection 1 里面写type Li,selection 2里面也写type Li。那我得到的就是Li的g(r)。
你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求,就要自己对原子进行重新定义。
⑹ 化学势的计算方法
例:三氧化二铁,因铁的化合价为正三价,氧为负二价,交叉后,为三氧化二铁
⑺ 如何用vasp求固体和原子化学势
20℃100g水溶解氯化钠36g故A、B确.澄清溶液饱溶液滤饱溶液剩余固体与关所加入水固体继续溶解变饱溶液加水变饱溶液D确.该溶液溶质质量数= 36g...
感觉这样的提问没有意义
建议自己下去查查资料
⑻ VASP中Zn的化学势是多少
ms是一个很大的模块。
它包括各种软件。
其中有一个是castep, 它跟vasp很像。
vasp是第一性原理基于平面波赝势的软件。
⑼ 一般化学反应的焓变可以用vasp来计算吗
1.用ms先建一个表面,
2.对表面进行DFT优化,
3.对优化后的结构进行重现切面,要求结构不变,真空层厚度增加,
4.进行静态计算注意INCAR中LVTOT=.T,
5.对输出文件LOCPOT文件进行处理就可以了。
VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。