vcf是什么文件

㈠ vcf文件说明

1. 什么是VCF
CVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。

官方说明： http://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/

下面是一个典型VCF文件的示例（部分）：

2. 整体说明信息（Meta-information lines）

VCF文件分为两部分内容：以“#”开头的 注释 部分；没有“#”开头的 主体 部分。去掉了头部的注释行，只留下了代表每一行意义的注释行。

VCF文件的开头是整体注释信息，通常以##作为起始，其后一般接以FILTER，INFO，FORMAT等字样。例如：

3. Variation

FORMAT [9] 和 R01 [10]：这两行合起来提供了’R01(某个基因名)′这个sample的基因型的信息。’NA12878′代表这该名称的样品，是由BAM文件中的@RG下的 SM 标签决定的。

㈡ 什么是VCF

什么是VCF文件：全称“The variant call format”，变体调用格式，是一种用于存储DNA多态性数据如snp、插入、删除和结构变体和丰富注释的通用格式。

什么是VCFtools：VCFtools是一个软件套件，它实现了处理VCF文件的各种工具，包括验证、合并、比较，还提供了一个通用的Perl API。

VCF格式：由标题部分（header）和数据部分（Body）组成。标头包含任意数量的元信息行，每一行都以字符' ## '开头，用TAB键分隔开的字段定义行（field definition line）以单个' # '字符开头。元信息头行提供了数据部分中使用的标记和注释的标准化描述。

字段定义行（field definition line）强制有八个列，相应的数据列代表

染色体 chromosome (CHROM)；

基于1的位置开始的变体 a 1-based position of the start of the variant (POS)；

变体的惟一标识符 unique identifiers of the variant (ID)；

参考等位基因 the reference allele(REF)；

替代非引用等位基因的逗号分隔列表  a comma separated list of alternate non-reference alleles(ALT)；

phred-scaled质量分数  a phred-scaled quality score(QUAL)；

网站过滤信息site filtering information (FILTER)；

一个额外的分号分隔的列表和用户可扩展的注释 a semicolon separated list of additional, user extensible annotation (INFO)。

GT，genotype，基因型，将等位基因编码为数字:0表示参考等位基因，1表示ALT列中列出的第一个等位基因，2表示ALT列中列出的第二个等位基因，以此类推。等位基因的数量表明样本的倍性，而分隔符表明相对于其他数据线，等位基因是阶段性的(' | ')还是非阶段性的(' / ')。

PS, phase set，表明具有相同PS值的基因型等位基因排列顺序相同。

DP，读取深度。

GL，genotype likelihoods，给定REF和ALT字段中定义的等位基因集，所有可能的基因型的基因型可能性。

GQ, genotype quality，在位点变异的情况下，基因型调用错误的概率。

㈢ .vcf文件怎么查看

1．浏览器搜索并安装VCF拷贝通讯录编辑器。

㈣ 微信如何打开vcf格式的文件

1.运行VCF通讯录编辑器软件，单击“文件”菜单中的“打开”命令。

㈤ vcf和vcard有区别吗

有，XML是电子表格的格式，即文件后缀是xml。
vCard(规范定义电子名片)是互联网中一种规范的文件传播格式，文件后缀是vcf。
csv是逗号分隔值（Comma-SeparatedValues，CSV，有时也称为字符分隔值，因为分隔字符也可以不是逗号），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本），文件后缀是csv。CSV文件格式的不存在通用标准，所以不同的手机导出的csv文件并不能通用。
三者都可以保存通讯录，但三者根本就不是一回事，但三者的通讯录可以用软件互相转换，比如可以使用客维通可以轻易地将vCard的通讯录转换为CSV格式的通讯录。

㈥ VCF文件格式解析

VCF文件全称为Variant Call Format，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
VCF文件大致可以分为两个部分：

头文件信息主要包括vcf文件版本、FORMAT、INFO、参考基因组以及执行程序等信息。
表头各列含义详解：

㈦ 手机vcf是什么文件

手机vcf是windows系统中的outlook名片存储格式文件。

VCF是一个C++编写的开源项目，全名Visual Component Framework，中文名：可视化组件框架。

VCF格式通讯录格式现在用途广泛，一般诺基亚、摩托罗拉手机导出通讯录的格式即为VCF。可以把VCF格式保存到电脑上以备不时之需。

很多网上通讯录的导入格式也是VCF，例如飞信加入了导入联系人的功能，可以把手机通讯录导入飞信的通讯录里，这样不管手机在不在，只要有一台电脑就可以对自己的通讯录里的人了如指掌了。

(7)vcf是什么文件扩展阅读：

VCF文件的基本结构

VCF文件由两个主要部分组成：

1、the variant call records

该部分为主体部分，记录了每个样品每个位点处的基因分型信息。

2、the header

以‘##’为前缀，通常包含fileformat、fileDate、reference等信息，头行信息( header line )

㈧ vcf是不是文本文件

VCF格式，该文件格式是WINDOWS视窗系统"通讯薄"用户的存储格式，您可以点击"开始-所有程序-附件-通讯薄"将所有VCF文件导入其中，或者直接拖拽到Outlook Express通讯薄中。再把Outlook Express通讯薄导出为WAB格式（只有一个文件）再打开MS outlook， 导入WAB格式的通讯薄.

㈨ vcf是什么格式的文件

1. VCF是windows系统中的outlook名片存储格式文件。

2. VCF是一个C++编写的开源项目，全名Visual Component Framework，中文名：可视化组件框架。

   程序框架库可以算是系统级软件，它提供给用户一种相对固化的编程方式，进而简化系统编程。

   VCF格式通讯录格式现在用途广泛，一般诺基亚、摩托罗拉手机导出通讯录的格式即为VCF。可以把VCF格式保存到电脑上以备不时之需。而且现在很多网上通讯录的导入格式也是VCF，例如飞信现在就加入了导入联系人的功能，可以把手机通讯录导入飞信的通讯录里，这样不管手机在不在，只要有一台电脑就可以对自己的通讯录里的人了如指掌了。
   

㈩ vcf文件怎么打开

vcf文件是什么格式？
VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，用outlook也可以打开VCF文件。但是问题是要么乱码，要么outlook只能导入第一个号码。
vcf文件怎么打开方法介绍：
VCFEdito运行VCF通讯录编辑器软件，单击“文件”菜单中的“打开”命令
弹出“打开通讯录文件”的对话框，在左侧文件夹列表中浏览到要打开通讯录文件的位置，选中后单击“确定”按钮