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ebi历史数据怎么删除

发布时间:2022-08-05 05:35:53

⑴ DNA数据库的EMBL

欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等, 1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo sapiens), 线虫(Caenorhabditis elegans),啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),小鼠(Mus musculus)和拟南芥(Arabidopsis thalania)。
可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。

⑵ 为什么说swiss-prot是重要的蛋白质序列数据库

SWISS-PROT是含有详细注释内容的蛋白质序列数据库,由欧洲生物信息学中心(EBI)维护,目前已合并入 UniProt数据库,旨在帮助基因组和蛋白质组以及相关的分子生物学研究人员提供有关蛋白质氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列,并与其它30多个数据建立
了交叉引用,其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。SWISS-PROT数据库包含了EMBL核酸序列数据库中被经过仔细检查和准确注释了
的蛋白质序列,一般地,任何蛋白质序列数据的搜寻和比较都应从SWISS-PROT开始。

SWISS-PROT蛋白质序列数据由大量序列条目组成,每一个序列条目
有其自己的格式。为了标准化的目的,SWISS-PROT的格式与EMBL核酸序列数据库的格式尽可能类似。SWISS-PROT涉及已知蛋白质的序列、
引用文献信息、分类学信息、注释等,注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关
系、序列变异体和冲突等信息。利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序
获得的蛋白质序列,序列提交可以在其Web页面上完成。

⑶ 电子商务EBI是什么意思

主要任务
⑴ 为科学界建立和维护生物学数据库,提供免费的数据和生物信息服务,支持生物学数据的存储和挖掘,促进科技进步;
⑵ 通过生物信息学的基础研究继续推动生物学发展;
⑶ 为各个层次的科学工作者提供生物信息学培训;
⑷ 支持帮助边缘尖端科技成果向工业界的转化;
⑸ 协调欧洲生物数据的提供。


EBI系统特点
⑴友好图形人机交互界面;
⑵支持本及远程多个高性能工作站;
⑶对各类机电设备提供实时监控;
⑷功能完备报警管理;
⑸提供大量历史数据及趋势图;
⑹内置多种标准格式报表,提供用户自定义报表格式功能;
⑺强大应用开发工具;
⑻支持基于工业标准网络本及远程多客户机/服务器体系;
⑼安保数据与人力资源软件系统无缝集成;
⑽针对大型用户多客户机/服务器DSA结构;
⑾针对关键任务热冗余功能;
⑿ActiveX技术。
EBI-----------External Bus Interface 外部总线接口
EBI-empty bottle inspector 空瓶检测仪

⑷ 楼宇自控中EBI的全称是什么

EBI(欧洲生物信息学中心)全称是European Bioinformatics Institute,是一个非盈利性的学术机构,是欧洲分子生物学实验室(EMBL,全称是European Molecular Biology Laboratory)的一部分。它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务,从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。EMBL全称是欧洲分子生物学实验室,位于德国海德尔堡,是世界上着名的生命科学研究机构。

⑸ ascp 如何删除传到ncbi上的数据

首先,到aspera网站下载你的操作系统对应的aspera connect。(如果选Linux,下载以后会是一个几M大,内嵌二进制代码的shell脚本。。) 。不需要root或者sudo权限,直接安装之:
$ sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh
安装好以后,会在HOME目录下新建一个叫.aspera的目录,有两个文件比较重要:
一个是ascp的可执行文件:
~/.aspera/connect/bin/ascp
另一个ascp的密钥文件:
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty
建议将密钥备份到HOME目录下方便使用:
$ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/
再把aspera-license复制到系统目录
~/.aspera/connect/etc$ sudo cp aspera-license /usr/local/bin/
再把ascp可执行文件的路径加入PATH变量中,或者将其拷贝到当前目录。
使用
执行以下两条命令(注意最后要加点号“.”,表示当前目录)
从EBI下载:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty era-fasp@f

⑹ ebi和ena一样吗

不一样。
1、ebi是为科学界建立和维护生物学数据库,提供免费的数据和生物信息服务。
2、ENA即抗可溶性抗原Extractablenuclerantigen(抗体)的简写

⑺ 高通量数据提交到ncbi的文件能不能撤回

我原来常用的:

NCBI:持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单机程序,以及各种工具程序。

EBI:和NCBI类似,欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具,比如多序列比对。

Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。

Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。
Rfam:RNA的,类似Pfam。

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