如何用STS序列绘制物理图谱

㈠ 基因组遗传图谱和物理图谱的异同

通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图。它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离，一般用厘摩(cM，即每次减数分裂的重组频率为1%)来表示。绘制遗传连锁图的方法有很多，但是在DNA多态性技术未开发时，鉴定的连锁图很少，随着DNA多态性的开发，使得可利用的遗传标志数目迅速扩增。早期使用的多态性标志有RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)；80年代后出现的有STR(短串联重复序列，又称微卫星)DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP(单个核苷酸的多态性)分析。

物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕的图谱。以人类基因组物理图谱为例，它包括两层含义，一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS，其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列)。将获得的目的基因的cDNA克隆，进行测序，确定两端的cDNA序列，约200bp，设计合成引物，并分别利用cDNA和基因组DNA作模板扩增；比较并纯化特异带；利用STS制备放射性探针与基因组进行原位杂交，使每隔100kb就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段：首先是构建数百kb的YAC(酵母人工染色体)，对YAC进行作图，得到重叠的YAC连续克隆系，被称为低精度物理作图，然后在几十个kb的DNA片段水平上进行，将YAC随机切割后装入粘粒的作图称为高精度物理作图。

㈡ 生物学 EST是什么啊 详细的介绍一下

EST是Expressed Sequence Tag的缩写，意思是表达序列标签，指从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列。

EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。

EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

(2)如何用STS序列绘制物理图谱扩展阅读

EST的作用表现在：

1、 用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；

2、作为探针用于放射性杂交;

3、 用于定位克隆；

4、借以寻找新的基因;

5、作为分子标记；

6、 用于研究生物群体多态性。

㈢ 什么是STS图谱

STS（Sequence-Tagged Site, STS）序列标签位点 是基因组上定位明确、作为界标并能通过PCR扩增被唯一操作的短的、单拷贝DNA 序列，，用于产生作图位点，即测定一系列STS 的次序即可作出基因组区域的图谱。STS主要包括简单重复序列（Simple Sequence Repeat Polymorphisms, 简称SSR或SSRP）、锚定简单重复序列（ Anchored Simple Sequence Repeats, ASSR）、序列特异扩增区域（Sequence-characterized amplified regions）、酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphism Sequences, CAPS）、单引物扩增反应（Single Primer Amplification Reaction, SPAR）等标记技术。

㈣ 遗传图与物理图是如何整合的

前者是描述的基因相对位置，后者是具体的碱基位置
遗传图谱是某一物种的染色体图谱（也就是我们所知的连锁图谱），显示所知的基因和/或遗传标记的相对位置，而不是在每条染色体上特殊的物理位置。由遗传重组测验结果推算出来的、在一条染色体上可以发生的突变座位的直线排列（基因位点的排列）图。

物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离［碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)］的图谱。以人类基因组物理图谱为例，它包括两层含义，一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS，其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列)。
基因定位：通过遗传杂交、绘制图谱或探针杂交等手段确定基因在染色体上的相对和绝对位置，是遗传学研究中的重要环节，研究生物的基因在染色体上的位置和生理功能之间的关系
物理图谱：表示某些基因与遗传标志之间在基因组上的直线相对位置和距离的图谱，可以用来识别的标记包括限制性内切酶的酶切位点，基因等
遗传图谱：由遗传重组测验结果推算出来的、在一条染色体上可以发生的突变座位的直线排列图，如果同一条染色体上的两个基因相对距离越长，那么他们减数分裂发生重组的概率将越大，共同遗传的概率也就越小。因此可以根据他们后代性状的分离可以判断他们的交换率，也就可以判断他们在遗传图谱上的相对距离

㈤ 物理图是怎样绘制的呢

首先，科学家从人类的DNA中鉴定出15000种单一的遗传标记——序列标签位点STS。这些STS各约300个碱基大小，在基因组中仅出现一次，然后，通过筛选含有人基因组DNA片段的酵母人工染色体库(YAC)来确定这些STS标记在基因组上的顺序。YAC库就是一个含有人类染色体约1MbP大小片段的酵母人工染色体克隆群，约三万个克隆。如果2个STS标记间距小于1Mb，它们将可能存在于同一个YAC克隆中。这样，利用自动的机器，分别以STS片段为标记探针对每个YAC染色体DNA进行PCR扩增，接着将反应产物转移至一种可吸附DNA的支持物上，鉴定出阳性克隆，然后将结果输入数据库中，利用计算机软件分析就可确定这些STS的顺序。如果要更精确地确定STS之间的准确距离，还可结合利用称之为BAC和MAC的技术。BAC是细菌人工染色体的简称，可克隆长度为80～200Kb的异源DNA片段，确定距离较近的STS标志。MAC则是以哺乳动物细胞作为宿主细胞的人工染色体技术，作为异源DNA片段的载体，MAC所装载的异源DNA片段长度可达10Mb左右，比YAC容量大，这样，间隔较大的STS标记间的距离也可以确定了。最终，以STS为物理标志的物理图谱就绘制成功了。

人类基因组物理图的问世是基因组计划中的一个重要里程碑，被遗传学家誉为20世纪的“生命(生物学)周期表”。与门捷列夫在100多年前所发现的元素周期表相比，意义同样重大和深远。利用一张遗张图，研究人员可将一种特定的遗传病的遗传模式同标记顺序的遗传模式进行比较，迅速确定引起该遗传病的基因的位置。然后，计算机把数据固定在物理图框架内。遗传图与物理图结合在一起，就能迅速确定与疾病有联系的基因。物理图问世标志着离人类基因组全序列测定仅有一步之遥了。

㈥ 基因组图谱的遗传图谱和物理图谱有什么区别

通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图。它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离，一般用厘摩(cM，即每次减数分裂的重组频率为1%)来表示。绘制遗传连锁图的方法有很多，但是在DNA多态性技术未开发时，鉴定的连锁图很少，随着DNA多态性的开发，使得可利用的遗传标志数目迅速扩增。早期使用的多态性标志有RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)；80年代后出现的有STR(短串联重复序列，又称微卫星)DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP(单个核苷酸的多态性)分析。

� 物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕的图谱。以人类基因组物理图谱为例，它包括两层含义，一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS，其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列)。将获得的目的基因的cDNA克隆，进行测序，确定两端的cDNA序列，约200bp，设计合成引物，并分别利用cDNA和基因组DNA作模板扩增；比较并纯化特异带；利用STS制备放射性探针与基因组进行原位杂交，使每隔100kb就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段：首先是构建数百kb的YAC(酵母人工染色体)，对YAC进行作图，得到重叠的YAC连续克隆系，被称为低精度物理作图，然后在几十个kb的DNA片段水平上进行，将YAC随机切割后装入粘粒的作图称为高精度物理作图.

㈦ 如何将10bp的DNA序列在人染色体上定位并图形化显示

构建遗传连锁图谱的软件好多
不同的软件作出的图大差不差
一般常用的有linkagemap1.0或者mapmaker 3.0
南京的去南林大找吧
去林木遗传育种实验室
生物技术大楼5楼
他们作图做的很多
这些软件都很齐全
网上也有免费的软件下载

照你的意思的话你是要作物理图谱
物理图谱的目的就是用分子生物学技术直接将DNA分子标记或基因定位在基因组的实际位置
你那些10bp的DNA序列也就是相当于分子标记
但是物理图的构建比遗传图谱复杂多了
你这个可以采用荧光原位杂交FISH来作图
将10bp的DNA互补序列做成探针直接与染色体进行杂交
通过荧光标记将序列直接显示出位置
STS作图是目前最有效的物理作图方法
通常使用的软件是由Phil Green小组的C. L. Magness等人编写的SEGMAP
物理图谱我没做过不是很清楚
我只能帮你这么多了

㈧ 什么是物理图谱如何用序列标签位点绘制物理图谱

通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图.它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率,确定他们的相对距离,一般用厘摩(cM,即每次减数分裂的重组频率为1%)来表示.绘制遗传连锁图的方法有很多,但是在DNA多态性技术未开发时,鉴定的连锁图很少,随着DNA多态性的开发,使得可利用的遗传标志数目迅速扩增.早期使用的多态性标志有RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)；80年代后出现的有STR(短串联重复序列,又称微卫星)DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP(单个核苷酸的多态性)分析.
 物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段,再根据重叠序列确定片段间连接顺序,以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕的图谱.以人类基因组物理图谱为例,它包括两层含义,一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS,其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列).将获得的目的基因的cDNA克隆,进行测序,确定两端的cDNA序列,约200bp,设计合成引物,并分别利用cDNA和基因组DNA作模板扩增；比较并纯化特异带；利用STS制备放射性探针与基因组进行原位杂交,使每隔100kb就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段：首先是构建数百kb的YAC(酵母人工染色体),对YAC进行作图,得到重叠的YAC连续克隆系,被称为低精度物理作图,然后在几十个kb的DNA片段水平上进行,将YAC随机切割后装入粘粒的作图称为高精度物理作图.

㈨ 求问：分子生物学中Contig的含义

contig就是重叠群的意思。就是基因组分析测序中的一个概念。
把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。分析中的用到的一个概念就是重叠群。

物理图谱的制作，可以更好的理解这个概念：
基本原理是把庞大的无从下手的DNA先“敲碎”，再拼接。以Mb、kb、bp作为图距，以DNA探针的STS（sequence tags site）序列为路标。1998 年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。构建物理图的一个主要内容是把含有STS对应序列的DNA的克隆片段连接成相互重叠的“片段重叠群（contig）”。用“酵母人工染色体(YAC)作为载体的载有人DNA片段的文库已包含了构建总体覆盖率为100%、具有高度代表性的片段重叠群”，近几年来又发展了可靠性更高的BAC、PAC库或cosmid库等。