sts标记如何查找物理位置

Ⅰ 在物理学中，STS表示什么意思

STS类型的试题:即科学--技术--社会试题 STS试题特点：（1）题材新颖,取材广泛,信息量大,综合性强.全面考查学生知识的掌握情况和综合运用知识的能力.（2）题给的信息往往是书本外的知识,联系社会、科学和技术,构思别致,呈现探究性.要求学生经过短时间的临场阅读和自学,综合分析,类比推理,联系实际,创造性地解决化学问题.

Ⅱ 什么是物理图谱如何用序列标签位点绘制物理图谱

通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图.它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率,确定他们的相对距离,一般用厘摩(cM,即每次减数分裂的重组频率为1%)来表示.绘制遗传连锁图的方法有很多,但是在DNA多态性技术未开发时,鉴定的连锁图很少,随着DNA多态性的开发,使得可利用的遗传标志数目迅速扩增.早期使用的多态性标志有RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)；80年代后出现的有STR(短串联重复序列,又称微卫星)DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP(单个核苷酸的多态性)分析.
 物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段,再根据重叠序列确定片段间连接顺序,以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕的图谱.以人类基因组物理图谱为例,它包括两层含义,一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS,其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列).将获得的目的基因的cDNA克隆,进行测序,确定两端的cDNA序列,约200bp,设计合成引物,并分别利用cDNA和基因组DNA作模板扩增；比较并纯化特异带；利用STS制备放射性探针与基因组进行原位杂交,使每隔100kb就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段：首先是构建数百kb的YAC(酵母人工染色体),对YAC进行作图,得到重叠的YAC连续克隆系,被称为低精度物理作图,然后在几十个kb的DNA片段水平上进行,将YAC随机切割后装入粘粒的作图称为高精度物理作图.

Ⅲ 生物信息学的各种名词解释

1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。
2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。
3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。

4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如：454测序仪

5.tblastn：用蛋白质序列查找核苷酸序列。

6.STS:STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp－500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。
7.EST:表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags） EST技术直接起源于人类基因组计划。详细参考：http://ke..com/view/3794316.htm
8.Unigene：生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。
9.ORF:开放阅读框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。
10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说，认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系

Ⅳ 物理图的介绍

物理图是指标明一些界标（例如，限制酶的切点、基因等）在DNA上的位置，图距以物理长度为单位，例如染色体的带区、核苷酸对数目等。人类基因组计划的研究目标是，构建人的每条染色体的STS图，标记之间相距约10Okb。获得一组组DNA片段的克隆，组内两两片段之间有共同的重叠序列；或是获得标记按正确次序排列、相互毗邻的片段，其连续长度超过2000kb，以便把染色体分段进行研究。

Ⅳ 物理图是怎样绘制的呢

首先，科学家从人类的DNA中鉴定出15000种单一的遗传标记——序列标签位点STS。这些STS各约300个碱基大小，在基因组中仅出现一次，然后，通过筛选含有人基因组DNA片段的酵母人工染色体库(YAC)来确定这些STS标记在基因组上的顺序。YAC库就是一个含有人类染色体约1MbP大小片段的酵母人工染色体克隆群，约三万个克隆。如果2个STS标记间距小于1Mb，它们将可能存在于同一个YAC克隆中。这样，利用自动的机器，分别以STS片段为标记探针对每个YAC染色体DNA进行PCR扩增，接着将反应产物转移至一种可吸附DNA的支持物上，鉴定出阳性克隆，然后将结果输入数据库中，利用计算机软件分析就可确定这些STS的顺序。如果要更精确地确定STS之间的准确距离，还可结合利用称之为BAC和MAC的技术。BAC是细菌人工染色体的简称，可克隆长度为80～200Kb的异源DNA片段，确定距离较近的STS标志。MAC则是以哺乳动物细胞作为宿主细胞的人工染色体技术，作为异源DNA片段的载体，MAC所装载的异源DNA片段长度可达10Mb左右，比YAC容量大，这样，间隔较大的STS标记间的距离也可以确定了。最终，以STS为物理标志的物理图谱就绘制成功了。

人类基因组物理图的问世是基因组计划中的一个重要里程碑，被遗传学家誉为20世纪的“生命(生物学)周期表”。与门捷列夫在100多年前所发现的元素周期表相比，意义同样重大和深远。利用一张遗张图，研究人员可将一种特定的遗传病的遗传模式同标记顺序的遗传模式进行比较，迅速确定引起该遗传病的基因的位置。然后，计算机把数据固定在物理图框架内。遗传图与物理图结合在一起，就能迅速确定与疾病有联系的基因。物理图问世标志着离人类基因组全序列测定仅有一步之遥了。

Ⅵ STS是什么意思物理书上老出现

STS是“科学（Science）”、“技术（Technology）”和“社会（Society）”的英文缩写，愈来愈多的事实表明，化学在极大程度上推动了现代社会的文明和进步，对人类解决当今面临的能源危机、环境危机、资源危机和粮食危机等一系列重大挑战提供了可能的途经。通过学习使中学生了解化学的应用价值，初步树立STS的观念，逐步建立可持续发展的意识

Ⅶ 如何将10bp的DNA序列在人染色体上定位并图形化显示

构建遗传连锁图谱的软件好多
不同的软件作出的图大差不差
一般常用的有linkagemap1.0或者mapmaker 3.0
南京的去南林大找吧
去林木遗传育种实验室
生物技术大楼5楼
他们作图做的很多
这些软件都很齐全
网上也有免费的软件下载

照你的意思的话你是要作物理图谱
物理图谱的目的就是用分子生物学技术直接将DNA分子标记或基因定位在基因组的实际位置
你那些10bp的DNA序列也就是相当于分子标记
但是物理图的构建比遗传图谱复杂多了
你这个可以采用荧光原位杂交FISH来作图
将10bp的DNA互补序列做成探针直接与染色体进行杂交
通过荧光标记将序列直接显示出位置
STS作图是目前最有效的物理作图方法
通常使用的软件是由Phil Green小组的C. L. Magness等人编写的SEGMAP
物理图谱我没做过不是很清楚
我只能帮你这么多了

Ⅷ sts是什么标签

准确的说,SCAR是STS的一类,也就是STS是一大类基于序列位点标记的分子标记,而SCAR则只是其中的一种.

Ⅸ 如何在NCBI DNA序列中找到STS标记物

GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank与EMBL、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。你可以到生物帮那里了解这方面的信息，生物帮，依托互联网，面向生物研究者、企业和研究机构，提供最新、领先、精准、高效、全面的生物产品和技术信息。我一般找资料都会去那里的。帮助蛮大的。 简介大型数据库分成若干子库，有许多好处。首先，可以把数据库查询限定在某一特定部分，以便加快查询速度。其次，基因组计划快速测序得到的大量序列尚未加以注释，将它们单独分类，有利于数据库查询和搜索时“有的放矢”。GenBank将这些数据按高通量基因组序列(HighThroughput Genomic Sequences，HTG)、表达序列标记(Expressed Sequence Tags，EST)、序列标记位点(Sequence TaggedSites，STS)和基因组概览序列(Genome Survey Sequences，GSS)单独分类。尽管这些数据尚未加以注释，它们依然是GenBank的重要组成部分。可通过Entrez数据库查询系统对GenBank进行查询。这个系统将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。此外，通过该系统的文献摘要数据库MEDLINE，可获取有关序列的进一步信息。在万维网上，进入NCBI的主页，可以用BLAST程序对GenBank数据库进行未知序列的同源性搜索(详见第六章)。完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。GenBank曾以CD-ROM光盘的形式分发，价格比较便宜。随着数据库容量的增长，一套最新版的GenBank需要12张光盘存放，不仅生产成本很高，也不便于使用。现在，光盘分发的方式已经停止，可以通过网络下载GenBank数据库。可 参考：That can help you.Click /zt/focus/ncbi.htm, Sign in accountGenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。序列条目的关键字包括代码(LOCUS)，说明(DEFINITION)， 编号(ACCESSION)，核酸标识符(NID)，关键词(KEYWORDS)，数据来源(SOURCE)，文献(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，碱基组成(BASE COUNT)及碱基排列顺序(ORIGIN)。代码LOCUS是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶cyclooxygenase。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。序列代码具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此代码为准。核酸标识符NID对序列信息的当前版本提供?关键词字段由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中还氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。数据来源字段说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血管(umbilical vein)。次关键字种属(ORGANISM)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等。文献字段说明该序列中的相关文献，包括作者(AUTHORS)，题目(TITLE)及杂志名(JOURNAL)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个网络链接指针，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。FEATURES是具有自己的一套结构，用来详细描述序列特性的一个表格。在这个表格内，带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库内(本例，您看到的是一个分类数据库(taxon 9606)，以及一个蛋白质数据库(PID：g181254));序列中各部分的位置都加以标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等;蛋白质翻译的信号肽及最终的多肽也都有所说明。这个例子不能说很全面，但已经足以说明特性表给出信息的详细程度。 接下来是BASE COUNT记录，计算出不同碱基在整个序列中出现的次数(1010A，712个C，633个G，1032个T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一个碱基在基因组中可能的位置。最后，核酸的序列全部列出，并以//作为结尾。检索方式：如果在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，进入NCBI ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，即可以检索到所需序列。